w***y
发帖数: 493 | 1 我现在正在尝试从zebrafish embryo的total RNA里面提取mRNA， 用的是invitrogen的
Dynabeads和他们的mRNA purification kit。 按照他们的protocol做完后跑胶发现里
面还是有挺多rRNA。上网搜了一下发现有的人建议连续做2次protocol里说的
purification。 请问大家有什么建议么？
我试了一下发现第1次纯化后获得了大概3.8%的total RNA。第二次以后有1.5%的total
RNA。我不太确定这样连续2次purification会不会损失太多mRNA。 |
n********k
发帖数: 2818 | 2 do u want mRNA only or you want rRNA depletion, for rRNA depletion, rRNA-
zero from epicentre is the way to go...with one around, I got virtually no
rRNA as determined by agilent Chip...based on the kit, the starting RNA is about 5ug and ends up with 150-
400ng RNA. So about 3-8%...that's what I got for all my 8 samples...
total
【在 w***y 的大作中提到】
: 我现在正在尝试从zebrafish embryo的total RNA里面提取mRNA， 用的是invitrogen的
: Dynabeads和他们的mRNA purification kit。 按照他们的protocol做完后跑胶发现里
: 面还是有挺多rRNA。上网搜了一下发现有的人建议连续做2次protocol里说的
: purification。 请问大家有什么建议么？
: 我试了一下发现第1次纯化后获得了大概3.8%的total RNA。第二次以后有1.5%的total
: RNA。我不太确定这样连续2次purification会不会损失太多mRNA。
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w***y
发帖数: 493 | 3 谢谢， 我只想要mRNA，因为我要去做mRNA-seq, 所以要去掉rRNA。 我看了rRNA-zero
kit，发现这是用在Human/Mouse/Rat上的， 似乎不能确定是否能用在zebrafish上，在
网上搜到有人说在鱼里效果不怎么样。 请问你是用在鱼里么？另外这个kit会不会导致mRNA的丢失呢？
about 5ug and ends up with 150-
【在 n********k 的大作中提到】
: do u want mRNA only or you want rRNA depletion, for rRNA depletion, rRNA-
: zero from epicentre is the way to go...with one around, I got virtually no
: rRNA as determined by agilent Chip...based on the kit, the starting RNA is about 5ug and ends up with 150-
: 400ng RNA. So about 3-8%...that's what I got for all my 8 samples...
:
: total
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c*******n
发帖数: 27 | 4 Do the purification twice--from my own experience. The protocol/kit doesn't
work the way it claimed. You'll lose some mRNA each round. Anyone has good
alternative ways?
total
【在 w***y 的大作中提到】
: 我现在正在尝试从zebrafish embryo的total RNA里面提取mRNA， 用的是invitrogen的
: Dynabeads和他们的mRNA purification kit。 按照他们的protocol做完后跑胶发现里
: 面还是有挺多rRNA。上网搜了一下发现有的人建议连续做2次protocol里说的
: purification。 请问大家有什么建议么？
: 我试了一下发现第1次纯化后获得了大概3.8%的total RNA。第二次以后有1.5%的total
: RNA。我不太确定这样连续2次purification会不会损失太多mRNA。
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l**********1
发帖数: 5204 | 5 alternatively you can try Oligotex-dt30 mRNA purification kit for total RNA
sample:
Manual book:
//catalog.takara-bio.co.jp/PDFFiles/NTrap%20mRNA_j.pdf
Vender link:
//www.mn-net.com/Products/DNAandRNApurification/RNA/NucleoTrapmRNA/tabid/1328/language/en-
US/Default.aspx
Reference:
please go to
PubMed link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18678863
T Yabu - 2008 JBC
31 Oct 2008 – In zebrafish embryonic cells, the endogenous SMase enzyme was
.... using the Oligotex-dt30 mRNA purification kit (Takara Biomedicals,
Shiga, ...
zero
致mRNA的丢失呢？
【在 w***y 的大作中提到】
: 谢谢， 我只想要mRNA，因为我要去做mRNA-seq, 所以要去掉rRNA。 我看了rRNA-zero
: kit，发现这是用在Human/Mouse/Rat上的， 似乎不能确定是否能用在zebrafish上，在
: 网上搜到有人说在鱼里效果不怎么样。 请问你是用在鱼里么？另外这个kit会不会导致mRNA的丢失呢？
:
: about 5ug and ends up with 150-
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w***y
发帖数: 493 | 6 Thanks, anybody tried Oligotex mRNA kit from Qiagen?
RNA
1328/language/en-
【在 l**********1 的大作中提到】
: alternatively you can try Oligotex-dt30 mRNA purification kit for total RNA
: sample:
: Manual book:
: //catalog.takara-bio.co.jp/PDFFiles/NTrap%20mRNA_j.pdf
: Vender link:
: //www.mn-net.com/Products/DNAandRNApurification/RNA/NucleoTrapmRNA/tabid/1328/language/en-
: US/Default.aspx
: Reference:
: please go to
: PubMed link:
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