f******g
发帖数: 1003 | 1 我现在负责基因A敲除老鼠，分析了几只年老的老鼠发现基因A敲除老鼠的脂肪含量显著
比对照的野生老鼠少。糖耐受实验结果显示基因A敲除老鼠的糖耐受能力比对照的野生
老鼠好。
假设基因A有可能在糖代谢或者新陈代谢通路中起作用。
现在想用一系列的方法证明我们的假设。
请问有什么方法能够证明我们的假设吗
先说说我想做的实验
有没有什么药物，刺激后能产生糖尿病
有没有什么药物，刺激后能够加速新陈代谢
分析脂肪前体细胞的数量和功能(Gene A KO vs WT)
提前谢谢各位 |
f******g
发帖数: 1003 | |
D*a
发帖数: 6830 | |
D*a
发帖数: 6830 | 4 可以上high fat diet看看。
年老的老鼠这样，年轻的老鼠呢？可以往aging坑里跳。 |
f******g
发帖数: 1003 | |
f******g
发帖数: 1003 | 6 我分析的是８个月大的老鼠，老板也建议我建立一个大的colony,然后观察生存曲线。
high fat diet是个好主意，我试试。
但是我想问问大侠，野生老鼠短期或者长期吃high fat diet会出现什么症状呢?
【在 D*a 的大作中提到】
: 可以上high fat diet看看。
: 年老的老鼠这样，年轻的老鼠呢？可以往aging坑里跳。
|
D*a
发帖数: 6830 | 7 8个月大不能叫年老的老鼠吧。
一条生存曲线做三年，你的发表策略要好好想想。
high fat diet具体的影响我也是零碎的知道的，就是肥胖糖尿病一类的，再多就不知
道了。你还是pubmed看看吧。
【在 f******g 的大作中提到】
: 我分析的是８个月大的老鼠，老板也建议我建立一个大的colony,然后观察生存曲线。
: high fat diet是个好主意，我试试。
: 但是我想问问大侠，野生老鼠短期或者长期吃high fat diet会出现什么症状呢?
|
f******g
发帖数: 1003 | 8 你说的对，8个月大不能叫年老的老鼠.
糖耐受实验用的是8个月大的老鼠.
这个colony最老的老鼠已经快１岁了，在慢慢等的过程中，我可以做其他的实验 |
f******g
发帖数: 1003 | |
h*******o
发帖数: 4884 | 10 有没有什么药物，刺激后能产生糖尿病
STZ-induced diabetes is a well accepted diabetic model, however, not sure
how suitable it is for your case.
STZ basically induces pancreatic islet damages.
The other model is high fat diet model.
有没有什么药物，刺激后能够加速新陈代谢
In vitro, yes a lot.
In vivo, not that I know of.
分析脂肪前体细胞的数量和功能(Gene A KO vs WT)
You got a very interesting mouse model.
If money is not an issue, I would quickly run a proteomic analyses in the
liver and probably the brain (since I work in neurosciences).
Also, survive curve is too time consuming to achieve.
You should consider survive curve of mice under high fat diet, not regular
diet.
It is unlikely a mild metabolic gene manipulation will significant alter
life-span on regular mouse chow. |
|
|
n***w
发帖数: 2405 | 11 You can also sort adipocyte precursor cells using FACS and the do some
functional assays. And IHC may give you informative results regarding APCs. |
f******g
发帖数: 1003 | 12 thank you.
I will try STZ.
【在 h*******o 的大作中提到】
: 有没有什么药物，刺激后能产生糖尿病
: STZ-induced diabetes is a well accepted diabetic model, however, not sure
: how suitable it is for your case.
: STZ basically induces pancreatic islet damages.
: The other model is high fat diet model.
: 有没有什么药物，刺激后能够加速新陈代谢
: In vitro, yes a lot.
: In vivo, not that I know of.
: 分析脂肪前体细胞的数量和功能(Gene A KO vs WT)
: You got a very interesting mouse model.
|
f******g
发帖数: 1003 | 13 good idea.
I plan to follow this paper:
identification of white adipocyte progenitor cells in vivo. Cell, 2008, 240-
249
How do you think?
【在 n***w 的大作中提到】
: You can also sort adipocyte precursor cells using FACS and the do some
: functional assays. And IHC may give you informative results regarding APCs.
|
y****i
发帖数: 2194 | 14 Before you rush into any hypothesis about fat/adipocyte,
you should FIRST carefully look into the food intake/physical activity of
these mice.
It is very likely your KO mice simply eat less, which is still very
interesting. All other phenotypes could be secondary to the body weight
difference.
【在 f******g 的大作中提到】
: 我现在负责基因A敲除老鼠，分析了几只年老的老鼠发现基因A敲除老鼠的脂肪含量显著
: 比对照的野生老鼠少。糖耐受实验结果显示基因A敲除老鼠的糖耐受能力比对照的野生
: 老鼠好。
: 假设基因A有可能在糖代谢或者新陈代谢通路中起作用。
: 现在想用一系列的方法证明我们的假设。
: 请问有什么方法能够证明我们的假设吗
: 先说说我想做的实验
: 有没有什么药物，刺激后能产生糖尿病
: 有没有什么药物，刺激后能够加速新陈代谢
: 分析脂肪前体细胞的数量和功能(Gene A KO vs WT)
|
f******g
发帖数: 1003 | 15 we measure body weight of Gene A KO mice, they are less compared to WT.
but your suggestion is a good idea that I should measre food intake and
physical activity of Gene A KO mice.
thank you
【在 y****i 的大作中提到】
: Before you rush into any hypothesis about fat/adipocyte,
: you should FIRST carefully look into the food intake/physical activity of
: these mice.
: It is very likely your KO mice simply eat less, which is still very
: interesting. All other phenotypes could be secondary to the body weight
: difference.
|
w***e
发帖数: 269 | 16 Read a couple articles in cell metabolism then you will have a pretty good
idea. |
n***w
发帖数: 2405 | 17 Body weight measurement is not enough.
Measure their body composition, e.g. lean mass and fat mass.
I didn't read that paper. I just came across this paper:
http://www.cell.com/abstract/S0092-8674(11)00817-8
Testing their physical activity is a good idea. Let them swim. :-)
For STZ, make sure you follow your institute's IACUC and IBC protocols as
STZ is TOXIC.
【在 f******g 的大作中提到】
: we measure body weight of Gene A KO mice, they are less compared to WT.
: but your suggestion is a good idea that I should measre food intake and
: physical activity of Gene A KO mice.
: thank you
|
f******g
发帖数: 1003 | 18 thank you
【在 n***w 的大作中提到】
: Body weight measurement is not enough.
: Measure their body composition, e.g. lean mass and fat mass.
: I didn't read that paper. I just came across this paper:
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674(11)00817-8
: Testing their physical activity is a good idea. Let them swim. :-)
: For STZ, make sure you follow your institute's IACUC and IBC protocols as
: STZ is TOXIC.
|
D*a
发帖数: 6830 | 19 糖耐受是GTT ? insulin tolerance test (ITT)也不难做，可以做一下。
你的新功能有没有litterature支持？不是说新功能就完全没有前人工作的影子了。
感觉你们老板完全不懂代谢这块啊？还是你们老板完全放羊。你这个代谢的idea是老板
看了结果拍脑袋想出来的还是怎么。
比如这个基因如果影响老鼠长牙，那么老鼠吃的少了，那么代谢有问题。。。等等很多
情况。 |
f******g
发帖数: 1003 | 20 我们实验室基本上是放羊状态，学生多，老板又忙，所以只抓大的方向，他想做的东西
很多，但是以前又没有做过。他有个本事就是会找文章的卖点，最近我们实验室的文章
还不错。CNS一篇，sister系列一片，还有１０几分的三四片。
我因为在国内读master的时候基本已经习惯自生自灭了，国内的老板也很忙，没有时间
指导学生。
这个课题是延续前面的课题的，前面的课题发现GENE A 非常有意义，所以老板就买了
GEne A KO 的老鼠，让我负责。Gene A 的功能已经有一些人做了，但是我们这个领域
还没有人涉及。目前这个领域非常hot，正是大家挣抢制高点的时候，所以他是想用这
个老鼠模型把两个领域联系起来。
你提到的insulin tolerance test (ITT)很好，我做一下。
谢谢
【在 D*a 的大作中提到】
: 糖耐受是GTT ? insulin tolerance test (ITT)也不难做，可以做一下。
: 你的新功能有没有litterature支持？不是说新功能就完全没有前人工作的影子了。
: 感觉你们老板完全不懂代谢这块啊？还是你们老板完全放羊。你这个代谢的idea是老板
: 看了结果拍脑袋想出来的还是怎么。
: 比如这个基因如果影响老鼠长牙，那么老鼠吃的少了，那么代谢有问题。。。等等很多
: 情况。
|
|
|
D*a
发帖数: 6830 | 21 你提到“证明”此基因在代谢中有作用，不知道你的data有多solid，当然这是论坛大
家都不会完全说，但是首先两个领域的联系是不是make sense，你们的前期结果是不是
完全指向这个方向？一般是“检验”某假说而不是“证明”它，否则自己很容易被自己
的数据误导。建议你先花时间读一两个星期的文献，不要所有的代谢的实验一起上。尤
其是不是有其他一些实验更巧妙可以解决你的问题，这里我们都是只根据你的思路来，
首先不知道你全部的数据，因此我们的回答很可能被你引入某一个方向，但是很可能有
你完全没想到的解决方法。就算确实证明是代谢，也有n种激素，n种系统起作用...并
不是说food intake/GTT/ITT/xxx数据变或者不变就证明一定是或者不是代谢问题。
【在 f******g 的大作中提到】
: 我们实验室基本上是放羊状态，学生多，老板又忙，所以只抓大的方向，他想做的东西
: 很多，但是以前又没有做过。他有个本事就是会找文章的卖点，最近我们实验室的文章
: 还不错。CNS一篇，sister系列一片，还有１０几分的三四片。
: 我因为在国内读master的时候基本已经习惯自生自灭了，国内的老板也很忙，没有时间
: 指导学生。
: 这个课题是延续前面的课题的，前面的课题发现GENE A 非常有意义，所以老板就买了
: GEne A KO 的老鼠，让我负责。Gene A 的功能已经有一些人做了，但是我们这个领域
: 还没有人涉及。目前这个领域非常hot，正是大家挣抢制高点的时候，所以他是想用这
: 个老鼠模型把两个领域联系起来。
: 你提到的insulin tolerance test (ITT)很好，我做一下。
|
f******g
发帖数: 1003 | 22 这两个领域是肯定有联系的，有一些文章间接的指出了，但是到目前为止，没有人指出
哪条通路具体参与到其中，如果我们这个老鼠能够部分解释这两个领域的联系，将是很
有意思的发现。
【在 D*a 的大作中提到】
: 你提到“证明”此基因在代谢中有作用，不知道你的data有多solid，当然这是论坛大
: 家都不会完全说，但是首先两个领域的联系是不是make sense，你们的前期结果是不是
: 完全指向这个方向？一般是“检验”某假说而不是“证明”它，否则自己很容易被自己
: 的数据误导。建议你先花时间读一两个星期的文献，不要所有的代谢的实验一起上。尤
: 其是不是有其他一些实验更巧妙可以解决你的问题，这里我们都是只根据你的思路来，
: 首先不知道你全部的数据，因此我们的回答很可能被你引入某一个方向，但是很可能有
: 你完全没想到的解决方法。就算确实证明是代谢，也有n种激素，n种系统起作用...并
: 不是说food intake/GTT/ITT/xxx数据变或者不变就证明一定是或者不是代谢问题。
|
f******g
发帖数: 1003 | 23 我目前的计划是简单的做一些实验看看是不是朝着我们预测的方向走。
第一，food 摄入实验。看看KO的老鼠是不是吃少了。
第二，physical activity test.我想问，除了swim test，还有什么其他的方法能
够测量一个时间段内老鼠的运动量吗
第三， insulin tolerance test (ITT)。我已经和老板说了，我们马上就可以做了。
第四，测量fat mass。
第五，FACS analyze adipocyte progenitor and do some functional assays.
how do you think?
谢谢
【在 D*a 的大作中提到】
: 你提到“证明”此基因在代谢中有作用，不知道你的data有多solid，当然这是论坛大
: 家都不会完全说，但是首先两个领域的联系是不是make sense，你们的前期结果是不是
: 完全指向这个方向？一般是“检验”某假说而不是“证明”它，否则自己很容易被自己
: 的数据误导。建议你先花时间读一两个星期的文献，不要所有的代谢的实验一起上。尤
: 其是不是有其他一些实验更巧妙可以解决你的问题，这里我们都是只根据你的思路来，
: 首先不知道你全部的数据，因此我们的回答很可能被你引入某一个方向，但是很可能有
: 你完全没想到的解决方法。就算确实证明是代谢，也有n种激素，n种系统起作用...并
: 不是说food intake/GTT/ITT/xxx数据变或者不变就证明一定是或者不是代谢问题。
|
D*a
发帖数: 6830 | 24 1 food intake可以用metabolic 笼或者正常笼子。我们是用正常笼子，2到4只老鼠一
笼测一周内吃的。但是这样用的老鼠比较多。
2 还可以用actimetre,红外线测正常情况下24小时运动量
3还可以注射glucose然后抽血看T0 和T15/30（两种protocol都见过）的insulin变化
4 fat 在全身分5到6个位置分布，要每块fat分别解剖分别称重。另外white fat
tissue和brown fat tissue重量也要分别称。
5没做过，不懂。Darlene Berryman此人是专做fat的，可以看看她的文章。
另外其他hormone比如leptin ghrelin也可以考虑。 |
f******g
发帖数: 1003 | 25 thank you so much.
one more experiment that I want to do is to test blood triglycerides levels.
【在 D*a 的大作中提到】
: 1 food intake可以用metabolic 笼或者正常笼子。我们是用正常笼子，2到4只老鼠一
: 笼测一周内吃的。但是这样用的老鼠比较多。
: 2 还可以用actimetre,红外线测正常情况下24小时运动量
: 3还可以注射glucose然后抽血看T0 和T15/30（两种protocol都见过）的insulin变化
: 4 fat 在全身分5到6个位置分布，要每块fat分别解剖分别称重。另外white fat
: tissue和brown fat tissue重量也要分别称。
: 5没做过，不懂。Darlene Berryman此人是专做fat的，可以看看她的文章。
: 另外其他hormone比如leptin ghrelin也可以考虑。
|
D*a
发帖数: 6830 | 26 我们这边是抽了一管子血给一个plateform做的，triglycerides，Cholesterol, HDL，
LDH, 等等等等好多，所有的一起测的。我感觉类似测血相查体那种生化单子，你们那
里也应该有这类的部门。
levels.
【在 f******g 的大作中提到】
: thank you so much.
: one more experiment that I want to do is to test blood triglycerides levels.
|
O******e
发帖数: 4845 | 27 你这些实验都是说起来简单，做起来复杂。你还是挑一两个重要的把结论搞清楚了再去
做别的，省得浪费时间和老鼠。
【在 f******g 的大作中提到】
: 我目前的计划是简单的做一些实验看看是不是朝着我们预测的方向走。
: 第一，food 摄入实验。看看KO的老鼠是不是吃少了。
: 第二，physical activity test.我想问，除了swim test，还有什么其他的方法能
: 够测量一个时间段内老鼠的运动量吗
: 第三， insulin tolerance test (ITT)。我已经和老板说了，我们马上就可以做了。
: 第四，测量fat mass。
: 第五，FACS analyze adipocyte progenitor and do some functional assays.
: how do you think?
: 谢谢
|
f******g
发帖数: 1003 | 28 谢谢，我问问老板
【在 D*a 的大作中提到】
: 我们这边是抽了一管子血给一个plateform做的，triglycerides，Cholesterol, HDL，
: LDH, 等等等等好多，所有的一起测的。我感觉类似测血相查体那种生化单子，你们那
: 里也应该有这类的部门。
:
: levels.
|
f******g
发帖数: 1003 | 29 是的，我现在主要做糖耐受，胰岛素耐受实验，food摄入，FACS分析adipocyte
progenitor，至于physical activity, 蛋白质组学，等稍复杂的实验要等到前面的结
果出来后再决定是否要做。
【在 O******e 的大作中提到】
: 你这些实验都是说起来简单，做起来复杂。你还是挑一两个重要的把结论搞清楚了再去
: 做别的，省得浪费时间和老鼠。
|
b*******n
发帖数: 8420 | 30 还可以用metabolism chamber测老鼠的呼吸速率，用PET-CT之类的扫描老鼠身上各部位
的代谢活动。如果fat mass有变化，想靠上肥胖糖尿病这一块，可以找一批老鼠给high
fat diet，看体重、血糖和代谢有没有变化。
如版大所说，这方面fancy的实验和模型很多，摊子可以铺得很大。还是先做几个简单
易行的实验，比如测量food intake和insulin response，看看数据质量如何。如果没
有明显变化的话，这个坑也许就不用再挖了。不然一开始摊子铺得很大，但是数据又不
理想，估计老板就要崩溃了。
另外老鼠品系可能也有影响。我记得看过一个娱乐贴，说是B6老鼠血糖不稳定，不知道
是真是假。
【在 f******g 的大作中提到】
: 我目前的计划是简单的做一些实验看看是不是朝着我们预测的方向走。
: 第一，food 摄入实验。看看KO的老鼠是不是吃少了。
: 第二，physical activity test.我想问，除了swim test，还有什么其他的方法能
: 够测量一个时间段内老鼠的运动量吗
: 第三， insulin tolerance test (ITT)。我已经和老板说了，我们马上就可以做了。
: 第四，测量fat mass。
: 第五，FACS analyze adipocyte progenitor and do some functional assays.
: how do you think?
: 谢谢
|
|
|
b*******n
发帖数: 8420 | 31 另外，个人感觉如果不用特殊kit的话，从脂肪组织里提RNA不太容易，organic
contaminant会比较多 |
C*********u
发帖数: 811 | 32 STZ主要是induce type 1 diabetes
向楼主这种情况我觉得应该是induce type2 diabetes，所以我也觉得high fat diet比
较好
喂个几个月WT老鼠应该都变得超级胖，如果gene A真的在metabolism里面起作用的话，
那么highfat diet会更突出它的作用
至于preadipocyte的话，可以搞primary culture的preadipocyte，然后让他们分化，
看他们differentiation的能力
【在 h*******o 的大作中提到】
: 有没有什么药物，刺激后能产生糖尿病
: STZ-induced diabetes is a well accepted diabetic model, however, not sure
: how suitable it is for your case.
: STZ basically induces pancreatic islet damages.
: The other model is high fat diet model.
: 有没有什么药物，刺激后能够加速新陈代谢
: In vitro, yes a lot.
: In vivo, not that I know of.
: 分析脂肪前体细胞的数量和功能(Gene A KO vs WT)
: You got a very interesting mouse model.
|
z********8
发帖数: 818 | 33
FACS analyze adipocyte progenitor and do some functional assays
这种实验没有必要先做的。可能是放到你整个实验的最后那一步。
先是chow diet，检测体重，饮食量，ITT， ogtt or igtt, 血液指标，脂肪含量/体重
，有变化，做个脂肪组织和肝组织的切片看看。有变化再做个能量代谢。
如果chow diet，你的这个ko 小鼠都有变化，那就神了，说明这个基因很强啊。
不管有没有变化，用个High fat diet试试，也许能看出更明显的效果，重复同样的实
验。
如果想做的fancy一点，cross到ob/ob or db/db mice，这个要看你ko mice是什么背景了.
不要用什么STZ之类的。
最后做各种实验，分析机理。
B6j是做metabolism公认的，6n背景，有的reviewer会不认可，当然了B6j是非常容易诱
导成metabolism dysfunction的小鼠了。
【在 f******g 的大作中提到】
: 我目前的计划是简单的做一些实验看看是不是朝着我们预测的方向走。
: 第一，food 摄入实验。看看KO的老鼠是不是吃少了。
: 第二，physical activity test.我想问，除了swim test，还有什么其他的方法能
: 够测量一个时间段内老鼠的运动量吗
: 第三， insulin tolerance test (ITT)。我已经和老板说了，我们马上就可以做了。
: 第四，测量fat mass。
: 第五，FACS analyze adipocyte progenitor and do some functional assays.
: how do you think?
: 谢谢
|
y****i
发帖数: 2194 | 34 你必须弄明白为什么你的ko老鼠比wt体重轻 （上Metabolic cage)
不然你所有关于糖代谢insulin的数据都没有意义
（因为你在比较两组体重不同的老鼠，瘦老鼠当然糖代谢比胖老鼠有改善）
ITT非常不敏感，而且像我前面说的，不管是positive还是negative结果都是没法解释
的。
至于fat progenitor，我觉得跟你的问题没有什么直接的联系。一个常见的误解是因为
“瘦”是脂肪发育defect造成的，其实绝大多数情况都是energy balance的问题。除非
很罕见的情况你有lipodsytrophy phenotype （如果你影响了fat progenitor的话），
但是这样的话老鼠应该又瘦又diabetic，你这个明显不是。
你的现象必须仔细分析food, activity和energy expenditure的变化，而且这个分析必
须在你的老鼠体重开始diverge之前做，一旦体重显著不一样了，后来的分析都没有什
么意义。
【在 f******g 的大作中提到】
: 我目前的计划是简单的做一些实验看看是不是朝着我们预测的方向走。
: 第一，food 摄入实验。看看KO的老鼠是不是吃少了。
: 第二，physical activity test.我想问，除了swim test，还有什么其他的方法能
: 够测量一个时间段内老鼠的运动量吗
: 第三， insulin tolerance test (ITT)。我已经和老板说了，我们马上就可以做了。
: 第四，测量fat mass。
: 第五，FACS analyze adipocyte progenitor and do some functional assays.
: how do you think?
: 谢谢
|
c*****a
发帖数: 9 | 35 BW, Food intake, Energy consumption, GTT, ITT, GSIS, HFD, qRT-PCR/WF&BF,etc. |
y**********o
发帖数: 37 | 36 lz给出的数据太少
只提到KO老鼠的脂肪少（体重也轻？）
一般的老鼠模型都是敲掉个基因以后老鼠出现各种代谢障碍
各种fancy的实验搞了以后说明该基因对于正常代谢是必须的
lz的这个基因比较有意思，是loss of function有意义
不知道gain of fuction会不会引起肥胖表型
另外发相关文章的基本套路很简单
先上gene expression pattern
是cKO还是global的
如果是global的赶紧上cre-loxP老鼠
然后show一下energy balance的情况
无非就是吃的多不多，消耗的多不多
给出个代谢异常的原因（吃得多消耗正常or吃得正常消耗少....各种情况都有)
接着发现了某个具体的分子机制（信号通路的基本实验技术）
下面最好来个rescue的实验
最后最最好扯点临床的数据（病人的标本）来增加点故事性 |
w******y
发帖数: 2504 | 37 要是KO之后老鼠小，吃的HFD也少，但是还能发展成跟WT一样的OBESITY的表型，是不是
很有意思？ |
f******g
发帖数: 1003 | 38 感谢楼上各位的回复，受益匪浅，现在开始做一些简单的实验，因为还有其他的课题。
如果有意思的结果会及时贴上来让大家讨论，
再次感谢。 |
