I***W
发帖数: 218 | 1 一直都是做低等真菌和细菌，没有做过人类细胞。但现在课题需要做一些人基因检测和
蛋白在不同cell line里表达的实验。
具体课题是这样的，有一个感兴趣的人类基因，现在想了解一下它在不同细胞系可能的
表达情况。有一些问题，
1. 现在人类基因组有多少不同的版本？有不同人种的基因组吗？比如黄种人，白人和
黑人？
2. 由于实验室没有细胞培养的条件，想直接购买一些样品，比如tissues，cells，
cell lysates和total RNA，哪个公司比较好？我看到ScienCell，IMGENEX和Asterand
有，但是不知道哪个比较好？有没有同修用过？
3. 有没有比较好做多抗公司可以推荐？
4. 如果做western的话，选择哪些proteins做controls比较好？
5. 如果想验证transcription，用Northern，microarry还是realtime PCR好？
新人虚心求教，望各位大牛不吝赐教！
万分感谢！ |
I***W
发帖数: 218 | |
s******y
发帖数: 28562 | 3
一直都是做低等真菌和细菌，没有做过人类细胞。但现在课题需要做一些人基因检测和
蛋白在不同cell line里表达的实验。
具体课题是这样的，有一个感兴趣的人类基因，现在想了解一下它在不同细胞系可能的
表达情况。有一些问题，
1. 现在人类基因组有多少不同的版本？有不同人种的基因组吗？比如黄种人，白人和
黑人？
2. 由于实验室没有细胞培养的条件，想直接购买一些样品，比如tissues，cells，
cell lysates和total RNA，哪个公司比较好？我看到ScienCell，IMGENEX和Asterand
有，但是不知道哪个比较好？有没有同修用过？
都差不多。谁便宜买谁的
3. 有没有比较好做多抗公司可以推荐？
4. 如果做western的话，选择哪些proteins做controls比较好？
actin, tubulin
5. 如果想验证transcription，用Northern，microarry还是realtime PCR好？
少量基因用northen or realtime PCR,
大量基因用microarray
新人虚心求教，望各位大牛不吝赐教！
万分感谢！
【在 I***W 的大作中提到】
: 一直都是做低等真菌和细菌，没有做过人类细胞。但现在课题需要做一些人基因检测和
: 蛋白在不同cell line里表达的实验。
: 具体课题是这样的，有一个感兴趣的人类基因，现在想了解一下它在不同细胞系可能的
: 表达情况。有一些问题，
: 1. 现在人类基因组有多少不同的版本？有不同人种的基因组吗？比如黄种人，白人和
: 黑人？
: 2. 由于实验室没有细胞培养的条件，想直接购买一些样品，比如tissues，cells，
: cell lysates和total RNA，哪个公司比较好？我看到ScienCell，IMGENEX和Asterand
: 有，但是不知道哪个比较好？有没有同修用过？
: 3. 有没有比较好做多抗公司可以推荐？
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I***W
发帖数: 218 | 4 太感谢Sunnyday!晋升发考题了还能经常在这里解疑真是难能可贵啊！佩服佩服！
对于第一个问题你有什么答案么？还是说现在只有白种人的基因组（我假设人类基因组
计划就是用白种人的genome）？中国有没有开展黄种人的基因组计划呢？
还有就是Northern和real-time PCR哪个更优？我只做过DNA的real-time PCR，不知道
RNA的好不好做？哪个的接受度更高一些呢？我觉得现在的paper好像Northern的实验很
少人做了，不知道是不是我的错觉而已。
谢谢！
Asterand
【在 s******y 的大作中提到】
:
: 一直都是做低等真菌和细菌，没有做过人类细胞。但现在课题需要做一些人基因检测和
: 蛋白在不同cell line里表达的实验。
: 具体课题是这样的，有一个感兴趣的人类基因，现在想了解一下它在不同细胞系可能的
: 表达情况。有一些问题，
: 1. 现在人类基因组有多少不同的版本？有不同人种的基因组吗？比如黄种人，白人和
: 黑人？
: 2. 由于实验室没有细胞培养的条件，想直接购买一些样品，比如tissues，cells，
: cell lysates和total RNA，哪个公司比较好？我看到ScienCell，IMGENEX和Asterand
: 有，但是不知道哪个比较好？有没有同修用过？
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I***W
发帖数: 218 | 5 还有就是多抗找哪个公司（Q3）做好呢？
Asterand
【在 s******y 的大作中提到】
:
: 一直都是做低等真菌和细菌，没有做过人类细胞。但现在课题需要做一些人基因检测和
: 蛋白在不同cell line里表达的实验。
: 具体课题是这样的，有一个感兴趣的人类基因，现在想了解一下它在不同细胞系可能的
: 表达情况。有一些问题，
: 1. 现在人类基因组有多少不同的版本？有不同人种的基因组吗？比如黄种人，白人和
: 黑人？
: 2. 由于实验室没有细胞培养的条件，想直接购买一些样品，比如tissues，cells，
: cell lysates和total RNA，哪个公司比较好？我看到ScienCell，IMGENEX和Asterand
: 有，但是不知道哪个比较好？有没有同修用过？
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h*********c
发帖数: 78 | 6 你说的如果是reference基因组的话有n个版本，最新的是hg19,2009年发布的（或者是
2007？记不清了），之前的hg18曾经很流行，不过目前新出的结果都是在hg19上作
mapping了。如果你一定要区分人种的基因组可以去google一下genome1000这个project
，但是具体可靠到什么程度我不太清楚~~中国从一开始就参与到基因组计划里了，
genome1000中也确实有中国人的sample~~ |
I***W
发帖数: 218 | 7 我是新手，完全不懂人类基因组的，所以愚蠢问题莫怪。
你所说的hg18 & 19是不是指更新的版本，其实是同一个genome，只是不同版本之间的
信息完整度有差别？那这个genome是纯的还是杂合的？我的意思是问这个genome的信息
是来源于一个个体还是多个个体？你说的中国（1%？）一开始就参与我有所耳闻，但参
与测序用的还是西方的样品吧，也就是白种人的genome？还是我理解有误？
就现在研究的结果而言，不同人种在genome上的差异大吗？我的意思是指有没有发现整
个基因的差别而不只是SNP差别而已（当然SNP是非常重要的，但在这里不是我想了解的
重点）？比如说有没有发现某个基因在黄种人里存在但不存在于白种人或黑人呢？
谢谢你的推荐，我回去看看这个Genome 1000。
project
【在 h*********c 的大作中提到】
: 你说的如果是reference基因组的话有n个版本，最新的是hg19,2009年发布的（或者是
: 2007？记不清了），之前的hg18曾经很流行，不过目前新出的结果都是在hg19上作
: mapping了。如果你一定要区分人种的基因组可以去google一下genome1000这个project
: ，但是具体可靠到什么程度我不太清楚~~中国从一开始就参与到基因组计划里了，
: genome1000中也确实有中国人的sample~~
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k****o
发帖数: 589 | 8 起始物是RNA的话，需要先得到cDNA才能做real-time PCR。这中间有one-step和two－
step之分。
Northern和qPCR都不是直接看转录的，类似于luciferase assay这样的才是。 |
l**********1
发帖数: 5204 | 9 看英语没有问题的 人类基因组的新手的话
hg18 hg 19的区别
Why are some variants mapped to hg18 but not hg19?
When the variation data was mapped to hg19, we did our best to come up with
a process that would result in a low error rate, while maximizing the number
of variants kept in hg19. Due to changes in the underlying assembly, some
regions are re-arranged while others contain novel sequence, thus changing
the structure of the region. In most cases the assembly hasn't changed
enough to cause difficultly in remapping, but there are some regions where
we could no longer map the variant accurately.
from
//dgvbeta.tcag.ca/dgv/app/faq?ref=NCBI36/hg18
黄种人 白种人 黑人 1250 Hapmap database link:
//dgvbeta.tcag.ca/dgv/app/search?ref=NCBI36/hg18#tabs-view_all_info_study
注意 从最下边的网络地址向上看的话 就知道如何层层剥笋一般地 找到答案啦
//dgvbeta.tcag.ca/dgv/app/home?ref=NCBI36/hg18
//dgvbeta.tcag.ca/dgv/docs/20120409-DGV_Newsletter.pdf
//dgvbeta.tcag.ca/dgv/app/home?ref=NCBI36/hg18
//dgvbeta.tcag.ca/dgv/app/index.html
//projects.tcag.ca/variation/
//www.genenames.org/useful/genome-databases-and-browsers
//www.genenames.org/about/overview
//www.genenames.org/
【在 I***W 的大作中提到】
: 我是新手，完全不懂人类基因组的，所以愚蠢问题莫怪。
: 你所说的hg18 & 19是不是指更新的版本，其实是同一个genome，只是不同版本之间的
: 信息完整度有差别？那这个genome是纯的还是杂合的？我的意思是问这个genome的信息
: 是来源于一个个体还是多个个体？你说的中国（1%？）一开始就参与我有所耳闻，但参
: 与测序用的还是西方的样品吧，也就是白种人的genome？还是我理解有误？
: 就现在研究的结果而言，不同人种在genome上的差异大吗？我的意思是指有没有发现整
: 个基因的差别而不只是SNP差别而已（当然SNP是非常重要的，但在这里不是我想了解的
: 重点）？比如说有没有发现某个基因在黄种人里存在但不存在于白种人或黑人呢？
: 谢谢你的推荐，我回去看看这个Genome 1000。
:
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l**********1
发帖数: 5204 | 10 一个建议:
LZ下次用网络google 内部查一下mitbbs Bio 分舵 的话
就自己找到答案喽
for example:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31649343.html
16th floor
from
google only within mitbbs dot com
with key words:
//www.google.com/search?ie=UTF-8%2F&oe=UTF-
8%2F&q=data+mining+&btnG=Hae&as_sitesearch=utu.fi#hl=en&sclient=psy-
ab&q=data+mining++site:www.mitbbs.com&oq=data+mining++site:www.mitbbs.com&aq=f&aqi=&aql=&
gs_l=serp.12...1277l7538l0l9467l20l19l0l0l0l3l1296l3708l14j2j5-
1j1j1l19l0.&pbx=1&bav=on.2,or.r_gc.r_pw.r_qf.,cf.osb&fp=180aa9184df0bb33&biw=1198&bih=596
如坚持不会用google 在特定的网站内部查相关key word/s
Perl/BioPerl/R/Python/C++orC 语言的话 那就更不须熟悉任何一种了吧啊
今后遇到 3 billion bp x1250 HapMap SNP RNA-Seq
你就更无从入手了吧 啊
与其如此 当初还是别碰 hg19/18 啥的数据库为妙吧 啊?
【在 I***W 的大作中提到】
: 太感谢Sunnyday!晋升发考题了还能经常在这里解疑真是难能可贵啊！佩服佩服！
: 对于第一个问题你有什么答案么？还是说现在只有白种人的基因组（我假设人类基因组
: 计划就是用白种人的genome）？中国有没有开展黄种人的基因组计划呢？
: 还有就是Northern和real-time PCR哪个更优？我只做过DNA的real-time PCR，不知道
: RNA的好不好做？哪个的接受度更高一些呢？我觉得现在的paper好像Northern的实验很
: 少人做了，不知道是不是我的错觉而已。
: 谢谢！
:
: Asterand
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I***W
发帖数: 218 | 11 可能是我理解有问题，Northern不是直接检测transcript的RNA吗？qPCR也是间接检测
吧。Luciferase assay不是在翻译水平么？
【在 k****o 的大作中提到】
: 起始物是RNA的话，需要先得到cDNA才能做real-time PCR。这中间有one-step和two－
: step之分。
: Northern和qPCR都不是直接看转录的，类似于luciferase assay这样的才是。
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I***W
发帖数: 218 | 12 谢谢你的信息，一时半会看不完，等看完再上来请教。
with
number
【在 l**********1 的大作中提到】
: 看英语没有问题的 人类基因组的新手的话
: hg18 hg 19的区别
: Why are some variants mapped to hg18 but not hg19?
: When the variation data was mapped to hg19, we did our best to come up with
: a process that would result in a low error rate, while maximizing the number
: of variants kept in hg19. Due to changes in the underlying assembly, some
: regions are re-arranged while others contain novel sequence, thus changing
: the structure of the region. In most cases the assembly hasn't changed
: enough to cause difficultly in remapping, but there are some regions where
: we could no longer map the variant accurately.
|
l**********1
发帖数: 5204 | 13 You are welcome.
【在 I***W 的大作中提到】
: 谢谢你的信息，一时半会看不完，等看完再上来请教。
:
: with
: number
|
