D*a
发帖数: 6830 | 1 我觉得那个帖子是两个问题混在一起
1 科学研究如何进行，如何收集数据来解释现象
2 科学文章发表和科学基金申请的现状，不光要有story，还要有完整story。
如果分开这两个问题，那么我还是认同科学活动需要假设。
说到这里不得不说说波普尔。波普尔最著名的理论，是在于对经典的观测-归纳法的批
判，提出「从实验中证伪的」的评判标准来区别“科学的”与“非科学的”。
先说说他提出的证伪原则。
波普尔同意对偶然真理的界定，但他强调这样的经验科学应该服从一种证伪主义。证伪
主义至少存在两个优点。第一，科学理论的表达一般为全称判断，而经验的对象是个别
的。所以，经验如果用来证实理论，那么它将是无法穷尽一般的理论的。
比如一个全称判断，所有的羊都是白的。再多的白羊也不能证明所有的羊都是白的，
而只要一只黑羊就能证明所有的羊都是白的这个理论是错误的。所以，经验的真正意义
在于可以证伪科学理论。
第二，证伪主义可以避免对错误理论的辩护和教条。如果坚持实证主义，那么一旦出现
与理论相悖的经验，人们便会做出特例假設或特殊的限制以使得理论能满足经验。但实
际上这样的设定往往是极不科学的。证伪主义使人们相信所有的科学都只是一种猜测和
假说，它们不会被最终证实，但却会被随时证伪。
那么为了能够证伪，就应该大胆提出假设和猜测，因为如果没有猜测（数据导出的结论
），只有数据，别人就不能否定它。
而这个假设就是为了等人来否定的，人们去寻找到和这一假说不符合的事例。对假说进
行修正，不断重复这一过程，乃至将最初的假说全盘否定。试错法对理论的修改和完善
是没有止境的，试错法的结果只能是一个较好的假说，但不是最好的假说。最好的假说
是终极真理的代名词，和科学精神相悖。
拿到生物学上来看，设计实验，不是为了证明这个假设，而是为了证伪这个假设。如果
这个假设不能被自己设计的实验证伪，那么我们可以下结论说某蛋白具有某某作用。而
这个结论可以进一步在世界范围内被人试图证伪。
那么即使一个data driven的project在执行过程中不需要hypothesis，那么它最后仍然
需要作出一个结论，即我分析的数据是不是足够多来解释我这个疾病表型的变化？这一
千个蛋白或者一万个位点上有没有能够解释表型的变化？有多少个蛋白或者位点是可能
跟这个疾病有强联系的？有多少个是可能没有联系的？我对这方面研究的了解是，这个
结论需要最终作出来，然后才能开展后续的传统方法的实验，比如老鼠KO或者细胞之类
的。那么这些结论，我认为并不是最终结论，而是根据数据得到的服务于将来科学活动
的假设。如果没有人来作出这个结论/假设，那么后续研究就不能在此基础上进行，那
么这些data的意义就没有得到实现。科学活动的一个步骤中暂时不需要假设不等于科学
活动从此不需要假设。
现在的问题是很多实验室没有认清假设被推翻之后并非失败，而是有新的作用被发现，
需要抛弃假设来重新审视数据。要区别的是扭曲结果来支持假设的风气，而不是去否定
提出假设的科学活动。人的问题和科学活动的内在逻辑应该分开来讨论。
当然是不是由于大规模测序等等大型project的出现，生物学是不是走到了库恩说得需
要Paradigm shift的阶段？而不再适用于慢性的猜想-反驳的模式？我本身不太了解大
规模测序这方面的东西，如何进行Paradigm shift？如果有人有什么见解愿意听听。
(证伪主义部分文字改编自维基百科)。 |
y**********n
发帖数: 478 | 2 我看到的做的好的data driven的group都是从hypothesis出发的，包括大规模测序文章
垃圾文章不算 |
b*******n
发帖数: 8420 | 3 如果hypothesis不是100%成功的话，就总得有个机制允许negative data的出现
不过目前negative data还是不太受人欢迎，只能被封存在硬盘或者实验记录本里面
，需要抛弃假设来重新审视数据。要区别的是扭曲结果来支持假设的风气，而不是去否
定提出假设的科学活动。人的问题和科学活动的内在逻辑应该分开来讨论。
【在 D*a 的大作中提到】
: 我觉得那个帖子是两个问题混在一起
: 1 科学研究如何进行，如何收集数据来解释现象
: 2 科学文章发表和科学基金申请的现状，不光要有story，还要有完整story。
: 如果分开这两个问题，那么我还是认同科学活动需要假设。
: 说到这里不得不说说波普尔。波普尔最著名的理论，是在于对经典的观测-归纳法的批
: 判，提出「从实验中证伪的」的评判标准来区别“科学的”与“非科学的”。
: 先说说他提出的证伪原则。
: 波普尔同意对偶然真理的界定，但他强调这样的经验科学应该服从一种证伪主义。证伪
: 主义至少存在两个优点。第一，科学理论的表达一般为全称判断，而经验的对象是个别
: 的。所以，经验如果用来证实理论，那么它将是无法穷尽一般的理论的。
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D*a
发帖数: 6830 | 4 对，这个是现在生物研究很大的一个问题。尤其是要反驳一个大牛的东西，付出很多还
得不到什么。
【在 b*******n 的大作中提到】
: 如果hypothesis不是100%成功的话，就总得有个机制允许negative data的出现
: 不过目前negative data还是不太受人欢迎，只能被封存在硬盘或者实验记录本里面
:
: ，需要抛弃假设来重新审视数据。要区别的是扭曲结果来支持假设的风气，而不是去否
: 定提出假设的科学活动。人的问题和科学活动的内在逻辑应该分开来讨论。
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j****t
发帖数: 1663 | 5 赞同Dua的观点，‘很多实验室没有认清假设被推翻之后并非失败，而是有新的作用被
发现’
我还真没遇到几个真正open-minded 教授。大多都是自诩自己有多么open-minded。但
一旦手下做出了negative results，或者无法重复以前的某个试验，他们就觉得是做试
验的这个人出了问题，而不是去怀疑当初的假设，更不会有时间去仔细分析实验细节和
使用的试剂和方法。
更关键的是，如果是第一次出现的没有预料到的结果（与hypothesis不一致的结果），
又有多少人能根据这个unexpected结果推导出新的、正确的假设来呢？
总之太浮躁的大环境会直接影响大多数人们的决定。 |
l***y
发帖数: 4671 | 6 赞。补充一句，hypothesis and testing by scientific experiments 是 Francis
Bacon 首先比较完善地在哲学上提出来并推广的，所以他和伽利略被并称为现代科学之
父。波普的主要贡献是进一步分析 falsifiablity。
另外说一下 scientific experiment 和 general data collection 的区别，那就是：
是否是 hypothesis driven 的。我想知道自己多重，算 data collection；想知道全
系的每个人多重，也算 data collection；想知道 BMI 和血脂是否有 correlation，
于是去测全系所有人的体重身高和血脂，就算是 scientific experiment 了；测了全
系所有人的一堆指标，想筛选一下看哪些指标跟血脂有关，依然是 scientific
experiment，而不是简单的 data-driven research，因为已经在试图证伪一系列的
bio hypotheses 了：身高和血脂有关，体重和血脂有关，blah blah。证伪的方法是设
立一系列的 stats null hypotheses：身高和血脂无关，体重和血脂无关，blah blah。
纯粹的 data-driven research 可能压根就不存在吧。只要有从 data 到 knowledge
的飞跃，就免不了 hypothesis。
【在 D*a 的大作中提到】
: 我觉得那个帖子是两个问题混在一起
: 1 科学研究如何进行，如何收集数据来解释现象
: 2 科学文章发表和科学基金申请的现状，不光要有story，还要有完整story。
: 如果分开这两个问题，那么我还是认同科学活动需要假设。
: 说到这里不得不说说波普尔。波普尔最著名的理论，是在于对经典的观测-归纳法的批
: 判，提出「从实验中证伪的」的评判标准来区别“科学的”与“非科学的”。
: 先说说他提出的证伪原则。
: 波普尔同意对偶然真理的界定，但他强调这样的经验科学应该服从一种证伪主义。证伪
: 主义至少存在两个优点。第一，科学理论的表达一般为全称判断，而经验的对象是个别
: 的。所以，经验如果用来证实理论，那么它将是无法穷尽一般的理论的。
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t*********l
发帖数: 90 | |
f********7
发帖数: 59 | 8 说实话，这些全是纸上谈兵。孙子兵法很多将军都读，真正能打好仗的没几个。做生物
科研就像是打仗，一将功成万骨枯，大部分人都做了炮灰。做得好的都得要靠天时地利
人和，还有运气。如此而已。
【在 D*a 的大作中提到】
: 我觉得那个帖子是两个问题混在一起
: 1 科学研究如何进行，如何收集数据来解释现象
: 2 科学文章发表和科学基金申请的现状，不光要有story，还要有完整story。
: 如果分开这两个问题，那么我还是认同科学活动需要假设。
: 说到这里不得不说说波普尔。波普尔最著名的理论，是在于对经典的观测-归纳法的批
: 判，提出「从实验中证伪的」的评判标准来区别“科学的”与“非科学的”。
: 先说说他提出的证伪原则。
: 波普尔同意对偶然真理的界定，但他强调这样的经验科学应该服从一种证伪主义。证伪
: 主义至少存在两个优点。第一，科学理论的表达一般为全称判断，而经验的对象是个别
: 的。所以，经验如果用来证实理论，那么它将是无法穷尽一般的理论的。
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c******d
发帖数: 306 | 9 现在所谓生物的大拿们，有几个还潜心研究这写哲学理论。他们关心的就只有一个，怎
么华丽丽的发文章，然后骗到更多的钱。理论在现实面前，就是一块遮羞布，对其有用
的，拿来遮羞，没用的，擦屁股都闲麻烦。
现在生物学研究，就像一个大粪坑，你觉得臭，你就跳出去，要不你就往里面扔石头，
填废物。
NIH应该是认识到这一点了。开始慢慢的砍那些实在是一点用都没有的所谓基础研究。
拆了几个所，建立translational studies就是个例子。
可惜土共还没认识到这一点。有点小钱，就开始砸这些毫无用处，发垃圾文章的学科。
一个国家要强大，还是要靠工程，材料学科。前几年，新加坡也被忽悠，投资高生物科
技，现在全停了。
【在 f********7 的大作中提到】
: 说实话，这些全是纸上谈兵。孙子兵法很多将军都读，真正能打好仗的没几个。做生物
: 科研就像是打仗，一将功成万骨枯，大部分人都做了炮灰。做得好的都得要靠天时地利
: 人和，还有运气。如此而已。
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w******n
发帖数: 28 | 10 和生物体系相关的假设很难评定绝对的错或对，因为永远是不完整的。不如以假设为基
础构建出一套可以用于解决实际问题的体系，比单纯争论孰对孰错更有意义。 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 11 这个思维就跟外国人造钟表轮船 满世界的探险的时候 中国人觉得这是奇技淫巧 觉得
只有重农抑商才能长治久安 一户不耕一户不织天下就有饥寒一样。
【在 c******d 的大作中提到】
: 现在所谓生物的大拿们，有几个还潜心研究这写哲学理论。他们关心的就只有一个，怎
: 么华丽丽的发文章，然后骗到更多的钱。理论在现实面前，就是一块遮羞布，对其有用
: 的，拿来遮羞，没用的，擦屁股都闲麻烦。
: 现在生物学研究，就像一个大粪坑，你觉得臭，你就跳出去，要不你就往里面扔石头，
: 填废物。
: NIH应该是认识到这一点了。开始慢慢的砍那些实在是一点用都没有的所谓基础研究。
: 拆了几个所，建立translational studies就是个例子。
: 可惜土共还没认识到这一点。有点小钱，就开始砸这些毫无用处，发垃圾文章的学科。
: 一个国家要强大，还是要靠工程，材料学科。前几年，新加坡也被忽悠，投资高生物科
: 技，现在全停了。
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s******r
发帖数: 2876 | 12 钟表，轮船都不是基础研究吧。
这个思维就跟外国人造钟表轮船 满世界的探险的时候 中国人觉得这是奇技淫巧 觉得
只有重农抑商才能长治久安 一户不耕一户不织天下就有饥寒一样。
【在 p*****m 的大作中提到】
: 这个思维就跟外国人造钟表轮船 满世界的探险的时候 中国人觉得这是奇技淫巧 觉得
: 只有重农抑商才能长治久安 一户不耕一户不织天下就有饥寒一样。
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p*****m
发帖数: 7030 | 13 不是 但是站在老祖宗的实用主义角度 和基础研究一样都是奇技淫巧 吃下去不能果腹
穿身上不能保暖的东东
【在 s******r 的大作中提到】
: 钟表，轮船都不是基础研究吧。
:
: 这个思维就跟外国人造钟表轮船 满世界的探险的时候 中国人觉得这是奇技淫巧 觉得
: 只有重农抑商才能长治久安 一户不耕一户不织天下就有饥寒一样。
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r********s
发帖数: 149 | 14 搞基础研究的就像是勘探队，应用研究的就是采矿的。矿总用采完的一天，坐吃山空。
没有勘探队，永远发现不了新矿。
【在 c******d 的大作中提到】
: 现在所谓生物的大拿们，有几个还潜心研究这写哲学理论。他们关心的就只有一个，怎
: 么华丽丽的发文章，然后骗到更多的钱。理论在现实面前，就是一块遮羞布，对其有用
: 的，拿来遮羞，没用的，擦屁股都闲麻烦。
: 现在生物学研究，就像一个大粪坑，你觉得臭，你就跳出去，要不你就往里面扔石头，
: 填废物。
: NIH应该是认识到这一点了。开始慢慢的砍那些实在是一点用都没有的所谓基础研究。
: 拆了几个所，建立translational studies就是个例子。
: 可惜土共还没认识到这一点。有点小钱，就开始砸这些毫无用处，发垃圾文章的学科。
: 一个国家要强大，还是要靠工程，材料学科。前几年，新加坡也被忽悠，投资高生物科
: 技，现在全停了。
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c******d
发帖数: 306 | 15 现在的情况就像，90%的人都在勘探，其中又有90%的人说，他们的办法能找到新矿。结
果是永远是那10%采矿的人在创造价值。
问题就是勘探的人太多，采矿的人太少。勘探的老板们不去专研勘探的技术，而是想着
怎么编个勘探技术发表出去，骗到钱，再来招跟多的奴隶。
【在 r********s 的大作中提到】
: 搞基础研究的就像是勘探队，应用研究的就是采矿的。矿总用采完的一天，坐吃山空。
: 没有勘探队，永远发现不了新矿。
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