b**********8
发帖数: 349 | 1 做了一批tissue microarray，检测某个protein在癌组织和癌旁组织中的表达。统计学
分析发现癌旁组织中（注意不是癌组织）该protein的表达和multiple tumour，
microvascular invasion以及overal survival显著相关。该怎么解释这个结果？接下
来可以做哪些工作继续深入研究？
欢迎大家讨论并提出宝贵意见和建议，谢谢。 |
h****n
发帖数: 2552 | |
y****y
发帖数: 123 | 3 cancer associated fibroblasts |
j*p
发帖数: 411 | 4 tissue microarray 可以检测protein表达？ |
b**********8
发帖数: 349 | 5 谢谢关注。
这个基因目前研究还比较少，功能不是太清楚，个人倾向于认为是一个转录因子。
【在 h****n 的大作中提到】
: 什么蛋白？细胞因子，转录因子还是膜受体？
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a***r
发帖数: 58 | 6 可能就是所谓的microenviroment and metastasis吧, 先试图定位以下蛋白在什么组织
什么细胞中表达. |
b**********8
发帖数: 349 | 7 很有道理。那么能否说说有哪些关键的蛋白或者信号通路负责调控肿瘤的
microenviroment and metastasis?
【在 a***r 的大作中提到】
: 可能就是所谓的microenviroment and metastasis吧, 先试图定位以下蛋白在什么组织
: 什么细胞中表达.
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g****0
发帖数: 425 | 8 首先癌旁组织是什么组织？是stroma 或 parenchyma？
【在 b**********8 的大作中提到】
: 做了一批tissue microarray，检测某个protein在癌组织和癌旁组织中的表达。统计学
: 分析发现癌旁组织中（注意不是癌组织）该protein的表达和multiple tumour，
: microvascular invasion以及overal survival显著相关。该怎么解释这个结果？接下
: 来可以做哪些工作继续深入研究？
: 欢迎大家讨论并提出宝贵意见和建议，谢谢。
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z*****i
发帖数: 28 | 9 好像最近有一篇nature还是science的文章上说“cancer stem cell”也在旁组织？没
有仔细读。
【在 b**********8 的大作中提到】
: 做了一批tissue microarray，检测某个protein在癌组织和癌旁组织中的表达。统计学
: 分析发现癌旁组织中（注意不是癌组织）该protein的表达和multiple tumour，
: microvascular invasion以及overal survival显著相关。该怎么解释这个结果？接下
: 来可以做哪些工作继续深入研究？
: 欢迎大家讨论并提出宝贵意见和建议，谢谢。
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b**********8
发帖数: 349 | 10 谢谢关注，我做的是肝癌，癌旁组织应该是 一个混合体吧，既有stroma也有
parenchyma。 |
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b**********8
发帖数: 349 | 11 谢谢关注，我做的是肝癌，癌旁组织应该是 一个混合体吧，既有stroma也有
parenchyma。 |
c******r
发帖数: 3778 | 12 。。。说实在的，不知道怎么回答你的问题。
不是说你哈。但是有很多生物研究都是这样，拿了一堆数据，然后问我下面能做些啥？
能做些cool实验？
no，这些人的思考方式完全错了，这样是做不出有意义的结果的。
生物学是hypothesis driven的。也就是说，要先有个具体的问题，然后去研究用什么
数据可以证明或者反驳这个hypothesis。然后找具体用什么方法可以获得这些数据。
你检测某个protein在“检测某个protein在癌组织和癌旁组织中的表达”的目的是什么
？你的生物学问题是什么？你为什么要检测这个protein？为什么要检测跟这些因素的
相关性？现在检测到了相关性说明什么？你还需要什么数据才能达到你的目的？
比如说，你要证明这个protein在肿瘤的发生发展的某个方面有重要意义。那么现在你
需要集中证明这个protein对比如说survival有因果关系。
那么你可以首先disect你的数据。比如这个protein跟肿瘤的metastasis是否相关，跟
肿瘤的生长速度（比如ki-67）staining是否相关，等等。
比如说跟生长速度相关，那么你需要的是比如animal model，knockout或者transgenic
之后影响了某个肿瘤的生长，这就是你的证据。比如还可以做cell，比如和肿瘤细胞co
-culture，影响了肿瘤细胞的生长，这也是你的evidence。
没有明确的生物学问题的数据都是垃圾数据。
你的数据还是很有意义的。关键要找到正确的问题，理清思路哈。
【在 b**********8 的大作中提到】
: 做了一批tissue microarray，检测某个protein在癌组织和癌旁组织中的表达。统计学
: 分析发现癌旁组织中（注意不是癌组织）该protein的表达和multiple tumour，
: microvascular invasion以及overal survival显著相关。该怎么解释这个结果？接下
: 来可以做哪些工作继续深入研究？
: 欢迎大家讨论并提出宝贵意见和建议，谢谢。
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q******g
发帖数: 3858 | 13 看这个蛋白什么功能？在细胞里做knockdown, overexpression, 来验证你的观察结果
。然后做xenograft.如果还想继续做，那就做基因敲除小鼠。
【在 b**********8 的大作中提到】
: 做了一批tissue microarray，检测某个protein在癌组织和癌旁组织中的表达。统计学
: 分析发现癌旁组织中（注意不是癌组织）该protein的表达和multiple tumour，
: microvascular invasion以及overal survival显著相关。该怎么解释这个结果？接下
: 来可以做哪些工作继续深入研究？
: 欢迎大家讨论并提出宝贵意见和建议，谢谢。
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b**********8
发帖数: 349 | 14 多谢楼上各位的回复，特别是clonebar站友的意见很实在面对我启发很大。
我们已经在细胞株里做了一些初步的实验，发现敲出这个基因后细胞增殖减慢，同时有
G1 cell cycle arrest。当然这些只是一些初步的data，还需要不断验证和深入。再次
谢谢大家的意见和建议。 |
P******t
发帖数: 1717 | 15 谁说生物学一定是“生物学是hypothesis driven的。”？
达尔文是先有进化理论假说再去采集data，还是先有data再去总结提炼假说或理论？
看paper里一篇一篇讲自己怎么由过往literature导出某hypothesis，然后做试验证实
自己假说。我估计至少一半都是扯淡，为写paper不得不装一装。很多paper都是从无意
发现的一个现象展开的，也有很多从貌似有理的假说开始，却发现了意外结果，再从意
外结果展开的，只不过写paper时不会那么写那么讲给编辑和读者。
当然，不否认hypothesis在展开研究中的重要地位，但张口就说“生物学是hypothesis
driven的”实在令人难以苟同。hypothesis driven只是多种研究方法的一种罢了。
【在 c******r 的大作中提到】
: 。。。说实在的，不知道怎么回答你的问题。
: 不是说你哈。但是有很多生物研究都是这样，拿了一堆数据，然后问我下面能做些啥？
: 能做些cool实验？
: no，这些人的思考方式完全错了，这样是做不出有意义的结果的。
: 生物学是hypothesis driven的。也就是说，要先有个具体的问题，然后去研究用什么
: 数据可以证明或者反驳这个hypothesis。然后找具体用什么方法可以获得这些数据。
: 你检测某个protein在“检测某个protein在癌组织和癌旁组织中的表达”的目的是什么
: ？你的生物学问题是什么？你为什么要检测这个protein？为什么要检测跟这些因素的
: 相关性？现在检测到了相关性说明什么？你还需要什么数据才能达到你的目的？
: 比如说，你要证明这个protein在肿瘤的发生发展的某个方面有重要意义。那么现在你
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t*****2
发帖数: 213 | 16 这个问题还是要先搞清楚的。是拿什么和什么比的？如果如你所说是混合物，那stroma
的高表达和parenchyma高表达要回答的问题和假设明显是完全不同的。
如果是stroma，那为什么stroma作为非肿瘤细胞会有该蛋白的高表达？是个体差异还是
肿瘤特异的？你在细胞株里作了一些功能，但你不是在癌旁发现高表达的吗？这不是肿
瘤细胞本身阿
？你要敲也要在stroma里敲阿？
有没有hypothesis，在这个情况下还是很关键的。有那么一群人，当然不是说你，作之
前不清楚为什么这么作，尤其是那些sb md，发文章靠堆一堆垃圾data.
【在 b**********8 的大作中提到】
: 谢谢关注，我做的是肝癌，癌旁组织应该是 一个混合体吧，既有stroma也有
: parenchyma。
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b**********8
发帖数: 349 | 17 对这个领域不是太了解，请问有没有稳定传代培养的stroma细胞株？特别是人肝脏特异
的,
stroma
【在 t*****2 的大作中提到】
: 这个问题还是要先搞清楚的。是拿什么和什么比的？如果如你所说是混合物，那stroma
: 的高表达和parenchyma高表达要回答的问题和假设明显是完全不同的。
: 如果是stroma，那为什么stroma作为非肿瘤细胞会有该蛋白的高表达？是个体差异还是
: 肿瘤特异的？你在细胞株里作了一些功能，但你不是在癌旁发现高表达的吗？这不是肿
: 瘤细胞本身阿
: ？你要敲也要在stroma里敲阿？
: 有没有hypothesis，在这个情况下还是很关键的。有那么一群人，当然不是说你，作之
: 前不清楚为什么这么作，尤其是那些sb md，发文章靠堆一堆垃圾data.
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