c***y
发帖数: 615 | 1 最近在看mass spec 结果, 用的是scaffold viewer 3
说明书说是"protein window, green amino acid indicates PTM ". 我发现所有蛋白
的green amino acid都是M
google 了一下, 没有发现methionine有特别的转录后修饰啊.除了首位被切除以外.
我这里的green M 全是中间的
是我的理解错了吗? |
s*******e
发帖数: 1010 | |
b****u
发帖数: 2771 | 3 不就是氧化， mostly artificats of sample prep |
b****u
发帖数: 2771 | |
K******S
发帖数: 10109 | 5 就是氧化(+16),在MS2里,带氧化的M的多肽有很独特的-64的片断,可以用来确认
【在 c***y 的大作中提到】
: 最近在看mass spec 结果, 用的是scaffold viewer 3
: 说明书说是"protein window, green amino acid indicates PTM ". 我发现所有蛋白
: 的green amino acid都是M
: google 了一下, 没有发现methionine有特别的转录后修饰啊.除了首位被切除以外.
: 我这里的green M 全是中间的
: 是我的理解错了吗?
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s******s
发帖数: 13035 | 6 我自己没做过ms, 不过有sample和别人做过。制备sample
的时候会有一些modification, 专门做ms的人应该清楚
【在 c***y 的大作中提到】
: 最近在看mass spec 结果, 用的是scaffold viewer 3
: 说明书说是"protein window, green amino acid indicates PTM ". 我发现所有蛋白
: 的green amino acid都是M
: google 了一下, 没有发现methionine有特别的转录后修饰啊.除了首位被切除以外.
: 我这里的green M 全是中间的
: 是我的理解错了吗?
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c***y
发帖数: 615 | 7 Thanks for all the information.
How do I know it is really an artifact? It looks like animals do have
oxidated methionine.
【在 b****u 的大作中提到】
: 不就是氧化， mostly artificats of sample prep
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u**********d
发帖数: 573 | 8 从细菌里纯化的蛋白，即使没有再用其它酶修饰，直接MS检测也是好多的M的氧化。
【在 c***y 的大作中提到】
: 最近在看mass spec 结果, 用的是scaffold viewer 3
: 说明书说是"protein window, green amino acid indicates PTM ". 我发现所有蛋白
: 的green amino acid都是M
: google 了一下, 没有发现methionine有特别的转录后修饰啊.除了首位被切除以外.
: 我这里的green M 全是中间的
: 是我的理解错了吗?
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c***y
发帖数: 615 | 9 所以很好奇, 怎么区别是实验中引入的, 还是本来就有的?
【在 u**********d 的大作中提到】
: 从细菌里纯化的蛋白，即使没有再用其它酶修饰，直接MS检测也是好多的M的氧化。
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u**********d
发帖数: 573 | 10 我们一般都不管它。如果你要专门做M的氧化，设置对照组就可以了吧。我曾经很偶然
地做过另外一种氨基酸的氧化修饰，发现在不加酶的对照组里也还是有微量的自发氧化
，毕竟酶只是一个加速的作用。但是在加酶的样品里目的氨基酸的氧化峰就非常高了。
对不起上面回答的肯那个不准确。你可能感兴趣的是这种修饰是细胞里本来就有的，还
是破碎细胞后的人工操作过程中产生的？我不知道。也许下面的策略可以使用：
构建活细胞中的M氧化的reporter（请参考活细胞中的钙指示剂）；
在低氧的环境里提取蛋白（看到过有人在充满氮气的容器里进行蛋白的修饰），
把氧化后的M用化学的方法进一步转化为其它的化学基团，然后MS检测，就可以区分是
不是人工过程中发生的自发氧化。
【在 c***y 的大作中提到】
: 所以很好奇, 怎么区别是实验中引入的, 还是本来就有的?
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l**********1
发帖数: 5204 | 11 忽然有个想法:
要是iPS 在低氧的环境里或就在充满氮气的容器里进行 Yamanaka and Takahashi 那几
个因子 诱导筛选
和以前的那几个因子是同样结果吗?
还是会是24个因子中的其它的一个或数个? 如有不同 新的因子 和 ROS 或 NOS 有啥
关联吗?
【在 u**********d 的大作中提到】
: 我们一般都不管它。如果你要专门做M的氧化，设置对照组就可以了吧。我曾经很偶然
: 地做过另外一种氨基酸的氧化修饰，发现在不加酶的对照组里也还是有微量的自发氧化
: ，毕竟酶只是一个加速的作用。但是在加酶的样品里目的氨基酸的氧化峰就非常高了。
: 对不起上面回答的肯那个不准确。你可能感兴趣的是这种修饰是细胞里本来就有的，还
: 是破碎细胞后的人工操作过程中产生的？我不知道。也许下面的策略可以使用：
: 构建活细胞中的M氧化的reporter（请参考活细胞中的钙指示剂）；
: 在低氧的环境里提取蛋白（看到过有人在充满氮气的容器里进行蛋白的修饰），
: 把氧化后的M用化学的方法进一步转化为其它的化学基团，然后MS检测，就可以区分是
: 不是人工过程中发生的自发氧化。
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u**********d
发帖数: 573 | 12 低氧和iPS关联的研究好多，经常听到，不过没有专门关注过。
不过筛选结果很坑能不会一样。对于老丫的配方现在也有好多改版了，六年都过去啦，
小孩子都该上小学了。
【在 l**********1 的大作中提到】
: 忽然有个想法:
: 要是iPS 在低氧的环境里或就在充满氮气的容器里进行 Yamanaka and Takahashi 那几
: 个因子 诱导筛选
: 和以前的那几个因子是同样结果吗?
: 还是会是24个因子中的其它的一个或数个? 如有不同 新的因子 和 ROS 或 NOS 有啥
: 关联吗?
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l**********1
发帖数: 5204 | 13 Sure,
from ROS/NOS are here(our) interests.
【在 u**********d 的大作中提到】
: 低氧和iPS关联的研究好多，经常听到，不过没有专门关注过。
: 不过筛选结果很坑能不会一样。对于老丫的配方现在也有好多改版了，六年都过去啦，
: 小孩子都该上小学了。
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u**********d
发帖数: 573 | 14 那这篇你也许会有兴趣：
http://www.nature.com/ncb/journal/v13/n9/full/ncb2293.html
【在 l**********1 的大作中提到】
: Sure,
: from ROS/NOS are here(our) interests.
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l**********1
发帖数: 5204 | 15 THX
a couple of Years ago our one paper cited FOXO
from one Chinese American PI, his lab web site:
http://www.cancerbiology.usf.edu/bai.html
or
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=bai%20wenlong%5Bau%5D
but you noted NCB this paper, it is new to me.
【在 u**********d 的大作中提到】
: 那这篇你也许会有兴趣：
: http://www.nature.com/ncb/journal/v13/n9/full/ncb2293.html
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c***y
发帖数: 615 | 16 我这里的蛋白本来就是胞外蛋白, 来自动物的不同体腔. 我在想如果结果如实地反映了
真实的蛋白状态, 是不是可以推论不同体腔的氧化程度不同.所以我觉得如何artifact
与原始状态很重要
你能进一步解释下你的最后一点:把氧化后的M用化学的方法进一步转化为其它的化学基
团，然后MS检测，就可以...?因为如果是纯化中引入的氧化也是可以转化成其他化学基
团的.
多谢:)
【在 u**********d 的大作中提到】
: 我们一般都不管它。如果你要专门做M的氧化，设置对照组就可以了吧。我曾经很偶然
: 地做过另外一种氨基酸的氧化修饰，发现在不加酶的对照组里也还是有微量的自发氧化
: ，毕竟酶只是一个加速的作用。但是在加酶的样品里目的氨基酸的氧化峰就非常高了。
: 对不起上面回答的肯那个不准确。你可能感兴趣的是这种修饰是细胞里本来就有的，还
: 是破碎细胞后的人工操作过程中产生的？我不知道。也许下面的策略可以使用：
: 构建活细胞中的M氧化的reporter（请参考活细胞中的钙指示剂）；
: 在低氧的环境里提取蛋白（看到过有人在充满氮气的容器里进行蛋白的修饰），
: 把氧化后的M用化学的方法进一步转化为其它的化学基团，然后MS检测，就可以区分是
: 不是人工过程中发生的自发氧化。
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u**********d
发帖数: 573 | 17 所以要在低氧保护的情况下先把原始的修饰标记上。然后你就只需要检测这种转化后的
标记，而不用管后续生化操作中引入的M的氧化了。
不知道M的氧化是不是一个古老的课题，说不定前人已经有很好的方法和基础了呢。
artifact
【在 c***y 的大作中提到】
: 我这里的蛋白本来就是胞外蛋白, 来自动物的不同体腔. 我在想如果结果如实地反映了
: 真实的蛋白状态, 是不是可以推论不同体腔的氧化程度不同.所以我觉得如何artifact
: 与原始状态很重要
: 你能进一步解释下你的最后一点:把氧化后的M用化学的方法进一步转化为其它的化学基
: 团，然后MS检测，就可以...?因为如果是纯化中引入的氧化也是可以转化成其他化学基
: 团的.
: 多谢:)
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c***y
发帖数: 615 | 18 说实在话,在得到mass 数据之前, 真不知道Met的氧化是一种posttranslational
modification.
而且我的数据里似乎只有这一种PTM...
【在 u**********d 的大作中提到】
: 所以要在低氧保护的情况下先把原始的修饰标记上。然后你就只需要检测这种转化后的
: 标记，而不用管后续生化操作中引入的M的氧化了。
: 不知道M的氧化是不是一个古老的课题，说不定前人已经有很好的方法和基础了呢。
:
: artifact
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u**********d
发帖数: 573 | 19 你的软件我没用过，以前用的是bioworks。在那里如果关心其它修饰的话，要进行一轮
专门的检索。蛋白修饰的种类很多，不同的组合方式就更是海量，计算机要把它们都分
析一遍太耗费时间和资源了。
做MS的人似乎把M的氧化作为一种control，倒是一般都会分析一下的。
【在 c***y 的大作中提到】
: 说实在话,在得到mass 数据之前, 真不知道Met的氧化是一种posttranslational
: modification.
: 而且我的数据里似乎只有这一种PTM...
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c***y
发帖数: 615 | 20 "M的氧化作为一种control" 是什么的control??
发现你在这方面很内行...
【在 u**********d 的大作中提到】
: 你的软件我没用过，以前用的是bioworks。在那里如果关心其它修饰的话，要进行一轮
: 专门的检索。蛋白修饰的种类很多，不同的组合方式就更是海量，计算机要把它们都分
: 析一遍太耗费时间和资源了。
: 做MS的人似乎把M的氧化作为一种control，倒是一般都会分析一下的。
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u**********d
发帖数: 573 | 21 对于这个control，我是这样理解的：
1. M的氧化在MS中很普遍，那么一旦检测不到，则什么地方肯定出问题了；
2. 对于我们的目的蛋白，如果有M氧化的peptide和没有氧化的peptide都能高分地检测
到，则说明它确实存在的可能性很高。
其实很重要的一点：M氧化发生很普遍，如果不考虑这种修饰很多peptide就会被忽视了。
我只送过几次样品做MS检测，完全不负责任转载他人言论。
【在 c***y 的大作中提到】
: "M的氧化作为一种control" 是什么的control??
: 发现你在这方面很内行...
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K******S
发帖数: 10109 | 22 my suggestion, move on. this kind of oxidation is of no one's interest.
artifact
【在 c***y 的大作中提到】
: 我这里的蛋白本来就是胞外蛋白, 来自动物的不同体腔. 我在想如果结果如实地反映了
: 真实的蛋白状态, 是不是可以推论不同体腔的氧化程度不同.所以我觉得如何artifact
: 与原始状态很重要
: 你能进一步解释下你的最后一点:把氧化后的M用化学的方法进一步转化为其它的化学基
: 团，然后MS检测，就可以...?因为如果是纯化中引入的氧化也是可以转化成其他化学基
: 团的.
: 多谢:)
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c***y
发帖数: 615 | 23 其实我最奇怪的是, M氧化是我们检测到的唯一的修饰.( 我这里两个体腔共检到241个
蛋白). 作为细胞外蛋白, 我还是期望看到一些糖基化什么的.
而且相同蛋白的相同peptide在不同的体腔的M氧化常有不同.这也是我在想是否应该仔
细比较一下这些不同......
了。
【在 u**********d 的大作中提到】
: 对于这个control，我是这样理解的：
: 1. M的氧化在MS中很普遍，那么一旦检测不到，则什么地方肯定出问题了；
: 2. 对于我们的目的蛋白，如果有M氧化的peptide和没有氧化的peptide都能高分地检测
: 到，则说明它确实存在的可能性很高。
: 其实很重要的一点：M氧化发生很普遍，如果不考虑这种修饰很多peptide就会被忽视了。
: 我只送过几次样品做MS检测，完全不负责任转载他人言论。
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u**********d
发帖数: 573 | 24 要看其它的修饰是不是要对MS的结果进行一次专门的search？比如根据特定氨基酸残基
的理论分子量的变化。
好多糖基化的情况是多糖，可能还带分支，MS来分析的话，样品是不是要经过特殊的处
理，数据分析是不是有不同？去年来看到好几次糖蛋白组的文章在MCP上面，你有兴趣
可以去参考一下。
不同体腔的氧化程度差异这个问题挺有意思，不过M的氧化是不是最好的检测方式呢？
氧化差异如果单指用氧分子来氧化的情况的话，就可能受氧含量的影响，也可能受氧化
酶的含量以及活性的影响。
【在 c***y 的大作中提到】
: 其实我最奇怪的是, M氧化是我们检测到的唯一的修饰.( 我这里两个体腔共检到241个
: 蛋白). 作为细胞外蛋白, 我还是期望看到一些糖基化什么的.
: 而且相同蛋白的相同peptide在不同的体腔的M氧化常有不同.这也是我在想是否应该仔
: 细比较一下这些不同......
:
: 了。
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K******S
发帖数: 10109 | 25 you need to communicate with the MS service to tell them what you are
looking for. glyco detection is a totally different workflow than general
protein ID.
【在 c***y 的大作中提到】
: 其实我最奇怪的是, M氧化是我们检测到的唯一的修饰.( 我这里两个体腔共检到241个
: 蛋白). 作为细胞外蛋白, 我还是期望看到一些糖基化什么的.
: 而且相同蛋白的相同peptide在不同的体腔的M氧化常有不同.这也是我在想是否应该仔
: 细比较一下这些不同......
:
: 了。
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c***y
发帖数: 615 | 26 你说的不同的workflow, 包括样本置备吗？还是只是读谱阶段。
我是想知道如果要得到这些信息，需要重新提供样本吗？
【在 K******S 的大作中提到】
: you need to communicate with the MS service to tell them what you are
: looking for. glyco detection is a totally different workflow than general
: protein ID.
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K******S
发帖数: 10109 | 27 包括样本置备
【在 c***y 的大作中提到】
: 你说的不同的workflow, 包括样本置备吗？还是只是读谱阶段。
: 我是想知道如果要得到这些信息，需要重新提供样本吗？
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