S********e
发帖数: 16 | 1 请教一个transcription factor的问题，在做一个转录因子，发现它特异的binding 一
个基因的3'UTR region in vivo, 并且抑制这个基因的表达，想和大家讨论一下这可能
是什么样的机理呢？多谢！ |
T****u
发帖数: 424 | 2 TF一般会结合几百上千的基因，不会特异的
【在 S********e 的大作中提到】
: 请教一个transcription factor的问题，在做一个转录因子，发现它特异的binding 一
: 个基因的3'UTR region in vivo, 并且抑制这个基因的表达，想和大家讨论一下这可能
: 是什么样的机理呢？多谢！
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Z******5
发帖数: 435 | 3 做个IF看看转录因子的定位？ 再做个FISH看看这个mRNA定位？ |
S********e
发帖数: 16 | 4
是的，当然有很多targets,我是说它特异结合在3'UTR,不太明白这样怎么负调节
Transcription.
【在 T****u 的大作中提到】
: TF一般会结合几百上千的基因，不会特异的
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x********e
发帖数: 35261 | 5 post-transcriptional repression
可以有很多种可能
【在 S********e 的大作中提到】
: 请教一个transcription factor的问题，在做一个转录因子，发现它特异的binding 一
: 个基因的3'UTR region in vivo, 并且抑制这个基因的表达，想和大家讨论一下这可能
: 是什么样的机理呢？多谢！
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x********e
发帖数: 35261 | 6 你确定只结合DNA不结合RNA？
【在 S********e 的大作中提到】
:
: 是的，当然有很多targets,我是说它特异结合在3'UTR,不太明白这样怎么负调节
: Transcription.
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S********e
发帖数: 16 | 7
感谢回复，是这样的，我做了ChIp-PCR,证明TF binds to the 3'UTR region of one
target gene, 并且可以抑制这个下游基因的表达。现在有点迷糊了，不知道这是怎么
完成的呢？查了一些文献，在5'promoter region比较容易解释，在3'UTR可能是什么机
理呢？
【在 Z******5 的大作中提到】
: 做个IF看看转录因子的定位？ 再做个FISH看看这个mRNA定位？
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S********e
发帖数: 16 | 8
是的，ChIp-PCR 重复了好几遍
【在 x********e 的大作中提到】
: 你确定只结合DNA不结合RNA？
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x********e
发帖数: 35261 | 9 转录因子离promoter的距离和位置不是很重要
可以有chromatin looping
【在 S********e 的大作中提到】
:
: 是的，ChIp-PCR 重复了好几遍
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S********e
发帖数: 16 | 10
感谢回复.不知道有什么论文讨论转录因子结合３＇ＵＴＲ来抑制基因转录的例子呢？
【在 x********e 的大作中提到】
: 转录因子离promoter的距离和位置不是很重要
: 可以有chromatin looping
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S********e
发帖数: 16 | 11
3'UTR的方向性重要吗？
【在 x********e 的大作中提到】
: 转录因子离promoter的距离和位置不是很重要
: 可以有chromatin looping
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r******g
发帖数: 600 | 12 Regulatory region can be anywhere theoretically. 3' UTR region can loop back
to promoter region to form a multiprotein complex to regulate gene
expression. |
x********e
发帖数: 35261 | 13 如果不考虑posttranscriptonal regulation, 只讨论transcriptional regulation,那
位置,方向和距离都不重要
【在 S********e 的大作中提到】
:
: 3'UTR的方向性重要吗？
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k*****n
发帖数: 323 | 14 enhancer can be anywhere |
x********u
发帖数: 430 | 15 If the TF binds with the 3'UTR region of your gene,it probably relates with
transcription termination by interacting with terminator. |
S********e
发帖数: 16 | 16 请教一个transcription factor的问题，在做一个转录因子，发现它特异的binding 一
个基因的3'UTR region in vivo, 并且抑制这个基因的表达，想和大家讨论一下这可能
是什么样的机理呢？多谢！ |
T****u
发帖数: 424 | 17 TF一般会结合几百上千的基因，不会特异的
【在 S********e 的大作中提到】
: 请教一个transcription factor的问题，在做一个转录因子，发现它特异的binding 一
: 个基因的3'UTR region in vivo, 并且抑制这个基因的表达，想和大家讨论一下这可能
: 是什么样的机理呢？多谢！
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Z******5
发帖数: 435 | 18 做个IF看看转录因子的定位？ 再做个FISH看看这个mRNA定位？ |
S********e
发帖数: 16 | 19
是的，当然有很多targets,我是说它特异结合在3'UTR,不太明白这样怎么负调节
Transcription.
【在 T****u 的大作中提到】
: TF一般会结合几百上千的基因，不会特异的
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x********e
发帖数: 35261 | 20 post-transcriptional repression
可以有很多种可能
【在 S********e 的大作中提到】
: 请教一个transcription factor的问题，在做一个转录因子，发现它特异的binding 一
: 个基因的3'UTR region in vivo, 并且抑制这个基因的表达，想和大家讨论一下这可能
: 是什么样的机理呢？多谢！
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x********e
发帖数: 35261 | 21 你确定只结合DNA不结合RNA？
【在 S********e 的大作中提到】
:
: 是的，当然有很多targets,我是说它特异结合在3'UTR,不太明白这样怎么负调节
: Transcription.
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S********e
发帖数: 16 | 22
感谢回复，是这样的，我做了ChIp-PCR,证明TF binds to the 3'UTR region of one
target gene, 并且可以抑制这个下游基因的表达。现在有点迷糊了，不知道这是怎么
完成的呢？查了一些文献，在5'promoter region比较容易解释，在3'UTR可能是什么机
理呢？
【在 Z******5 的大作中提到】
: 做个IF看看转录因子的定位？ 再做个FISH看看这个mRNA定位？
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S********e
发帖数: 16 | 23
是的，ChIp-PCR 重复了好几遍
【在 x********e 的大作中提到】
: 你确定只结合DNA不结合RNA？
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x********e
发帖数: 35261 | 24 转录因子离promoter的距离和位置不是很重要
可以有chromatin looping
【在 S********e 的大作中提到】
:
: 是的，ChIp-PCR 重复了好几遍
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S********e
发帖数: 16 | 25
感谢回复.不知道有什么论文讨论转录因子结合３＇ＵＴＲ来抑制基因转录的例子呢？
【在 x********e 的大作中提到】
: 转录因子离promoter的距离和位置不是很重要
: 可以有chromatin looping
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S********e
发帖数: 16 | 26
3'UTR的方向性重要吗？
【在 x********e 的大作中提到】
: 转录因子离promoter的距离和位置不是很重要
: 可以有chromatin looping
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r******g
发帖数: 600 | 27 Regulatory region can be anywhere theoretically. 3' UTR region can loop back
to promoter region to form a multiprotein complex to regulate gene
expression. |
x********e
发帖数: 35261 | 28 如果不考虑posttranscriptonal regulation, 只讨论transcriptional regulation,那
位置,方向和距离都不重要
【在 S********e 的大作中提到】
:
: 3'UTR的方向性重要吗？
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k*****n
发帖数: 323 | 29 enhancer can be anywhere |
x********u
发帖数: 430 | 30 If the TF binds with the 3'UTR region of your gene,it probably relates with
transcription termination by interacting with terminator. |
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x********e
发帖数: 35261 | 31 3'UTR怎么会有方向性呢？
【在 S********e 的大作中提到】
:
: 3'UTR的方向性重要吗？
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t**l
发帖数: 109 | 32 可以做个3C或者4C-seq 来看看这个3'utr到底和哪里有interaction. |
x********e
发帖数: 35261 | 33 就这点preliminary data,不值得上highC吧
【在 t**l 的大作中提到】
: 可以做个3C或者4C-seq 来看看这个3'utr到底和哪里有interaction.
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