MUSCLE alignment 问题 - Biology版 - 未名存档

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Biology版 - MUSCLE alignment 问题

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i***r 发帖数: 1035	1 有大约2000 个virus 毒株的序列，用muscle align 拿到的algnment 很奇怪，gaps巨多基本是隔几个bp就是几个bp的gap。请问怎么优化？这几个command都不怎么work： muscle -in f.fa -out f_out.fa -gapopen -12 -maxiters 2 muscle -in f.fa -out f_out.fa -maxiters 2 muscle -in f.fa -out f_out.fa 多谢！！
p*****u 发帖数: 191	2 2000多个序列，gap多也正常啊

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