r*h
发帖数: 24 | 1 各位前辈大神，
本人第一次做DNA甲基化检测，想检测药物处理后人类细胞某个特定启动子的甲基化情
况，可否指教一下到底该设计BSP引物还是MSP引物？测序用Sanger 法好还是
pyrosequencing？测序后的结果是用的哪个软件分析的呢？我看有些paper里面的图能
计算出某个位点的甲基化比例，也想那样分析。
Thanks in advance！
Ps: 我也很关注NgAgo，重复多次无法成功，期待韩老师早日出来指点迷经！ |
S**********e
发帖数: 620 | 2 这个想顶一下，看过文章用pyro算比例，不知道靠不靠谱
【在 r*h 的大作中提到】
: 各位前辈大神，
: 本人第一次做DNA甲基化检测，想检测药物处理后人类细胞某个特定启动子的甲基化情
: 况，可否指教一下到底该设计BSP引物还是MSP引物？测序用Sanger 法好还是
: pyrosequencing？测序后的结果是用的哪个软件分析的呢？我看有些paper里面的图能
: 计算出某个位点的甲基化比例，也想那样分析。
: Thanks in advance！
: Ps: 我也很关注NgAgo，重复多次无法成功，期待韩老师早日出来指点迷经！
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z*t
发帖数: 863 | 3 bsp引物
pcr产物TA cloning 后挑克隆sanger好，pyrosequncing据说很准，但是没用过。
而且引物设计反应模式很麻烦。
现在流行的是pcr产物miseq测序，相当于挑了大量的克隆
【在 r*h 的大作中提到】
: 各位前辈大神，
: 本人第一次做DNA甲基化检测，想检测药物处理后人类细胞某个特定启动子的甲基化情
: 况，可否指教一下到底该设计BSP引物还是MSP引物？测序用Sanger 法好还是
: pyrosequencing？测序后的结果是用的哪个软件分析的呢？我看有些paper里面的图能
: 计算出某个位点的甲基化比例，也想那样分析。
: Thanks in advance！
: Ps: 我也很关注NgAgo，重复多次无法成功，期待韩老师早日出来指点迷经！
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r*h
发帖数: 24 | 4 多谢解答。那做miseq 的话需要用特殊的聚合酶不？NEB的phusion可以吗？
【在 z*t 的大作中提到】
: bsp引物
: pcr产物TA cloning 后挑克隆sanger好，pyrosequncing据说很准，但是没用过。
: 而且引物设计反应模式很麻烦。
: 现在流行的是pcr产物miseq测序，相当于挑了大量的克隆
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z*t
发帖数: 863 | 5 phusion和高保真的酶不适合做bisulfite
promega的gotaq即可
【在 z*t 的大作中提到】
: bsp引物
: pcr产物TA cloning 后挑克隆sanger好，pyrosequncing据说很准，但是没用过。
: 而且引物设计反应模式很麻烦。
: 现在流行的是pcr产物miseq测序，相当于挑了大量的克隆
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