Biology版 - 【记录历史】NgAgo’2016 – 第一阶段Milestones修订版 |
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发帖数: 225 | 1 【记录历史】NgAgo’2016 – 第一阶段Milestones 修订版
我们生活在一个奇妙的时代。
在这个时代，由于生物技术的进步，我们的生老病死，我们的衣食住行， 都
在不断地经受着各种微妙的，或是革新性的变化所带来的压力。
我们的思维方式，我们的行为准则，我们的道德底线，也在不停地被考验着。
到了2016年，CRISPR/Cas9基因编辑技术，已经日渐成熟。任何生命体，包括
我们赖以繁衍的生殖细胞，我们的DNA，都有可能很容易被修改。基因编辑技
术的应用，也成为了各种投资的宠儿。
而在2016年夏天，中国河北科技大学的韩春雨实验室，在Nature
Biotechnology（NBT）杂志上，发表了一篇论文，宣布了一个“新的、高效
的基因编辑技术 – NgAgo/gDNA”的诞生。
这篇文章，引起了世界各地业界同行的广泛重视，大规模重复验证NgAgo基因
编辑功能的各种信息，在网络上不断地更新着。
三个多月了，无法重复验证NgAgo的数据不断地出现，至今为止，还没有人能
够发布任何正式的，可重复实验结果。
研究人员们越来越困惑，也越来越担心，韩春雨和他的同事们在NBT发表的
NgAgo基因编辑的实验结果， 会不会是编造出来的？
这个NgAgo，到底是怎么回事？
这会演变为一个“简单”的科研造假的事件吗？
如果这么“简单”，可以“简单”地依靠 “科学的事情由科学来解决”吗？
由于大量的报导，讨论，都散落在各种网络、social media上，为了以后有
兴趣的人们可以更好地了解和回顾这次“事件”的进程，特记录总结一些比较
重要的milestones。
NgAgo‘2016 第一阶段：
o记录draft日期：2016.08.25
o记录update日期：2016.08.31
- 以NBT paper 上线 2016.05.02 为原点
- 从NgAgo 专利的发表，到“火锅哥”（mitbbs）的成功重复实验信息的发布
第一阶段Milestone记录简述：
-Date：2016年04月13日（在NBT paper 上线前约2个多星期）
Title：以Argonaute核酸酶为核心的基因编辑技术 （中国专利号CN
105483118 A）
Links:
https://www.google.com/patents/CN105483118A
https://www.google.com/patents/CN105483118A?cl=zh
Key Points：
- 沈啸、韩春雨 （浙江大学）Ago基因编辑专利发表
- 特别注明：
1. 专利filing date：Dec 21, 2015
2. 根据专利描述，不但NgAgo有基因编辑功能，HpAgo、NaAgo和NtAgo “都
与NgAgo一样有很强的编辑哺乳动物细胞内基因表达的能力”；以及MaAgo，
NpAgo，NIESAgo，SchAgo，SPAgo “等Argonaute核酸酶也能在37°C编辑
DNA”
Date：2016年5月2日
Title：DNA-guided genome editing using the Natronobacterium
gregoryi Argonaute
Link:
http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n7/full/nbt.3547.html
Key Points：
- NBT paper 上线
Date：2015年5月20日（NBT paper 上线2个多星期以后）
Title：“1rst NgAgo plasmids got to Addgene and are in QC”
Link:
https://twitter.com/addgene/status/733780913478356992
Key Points：
-韩春雨组NBT文章中用到的一个vector，nls-NgAgo-GK plasmid，到达
Addgene，进入QC流程
Date：2016年05月26日（NBT paper 上线约3个星期以后）
Title：纯从science角度分析一下韩春雨的文章
Link:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32021669.html
Key Points：
- 从已知Ago蛋白家族的结构及性能上分析，觉得理论上有点想不通
- 对于文章里ss gDNA前后不同的用法也有点困惑
Date：2016年06月03日 （NBT paper 上线一个月以后）
Title：韩春雨的NgAgo效率怎么样？有人试过么？
Link:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32022589.html
Key Points：
- 6月初就有手快的researcher做了实验，没有能重复出来
- 后续几个星期，又有几个researcher没能重复出来
- 大家都是先检讨，是不是自己有什么没做好？
- 大家比较一致的一个想法，是不是有什么关键点，NBT文章没有写出来？
- Consensus：大家都不希望看到有造假的问题
Date：2016年06月06日（NBT paper 上线约1个月以后）
Title：“NEW! Han Lab #NgAgo @NatureBiotech #GenomeEngineering
plasmid is
available for requests”
Link:
https://twitter.com/addgene/status/739851591965102080
Key Points：
- Addgene正式产品发布 韩春雨组NBT文章中用到的一个vector - nls-
NgAgo-GK 质粒
Date：2016年06月28日
(NBT paper 上线近两个月以后）
(方舟子第一篇文章发表两天之前）
Title：please transfer to Biology. RE:Ng-Ago 重复
（发布于WaterWorld版）
Link:
http://www.mitbbs.com/article_t/WaterWorld/2680181.html
Key Points：
1. 提到3个关于optimize ss DNA “transformation tricks"
“Try these single stranded DNA transformation tricks.
1) transformation done at a low pH of ~6. Low pH significantly
reduces the
nuclease activity of cutting single stranded DNA.
2) increase Mg++ to 1 mM. Mg is a conformation stabilizer of
DNA and RNA.
3) No EDTA in the transformation system because it deprives
Mg++ from the
buffer.”
编者注：“transformation tricks" 这个名词用法比较不合常规
2. 看来发布人很了解韩春雨老师的科研水平
“Han is a seasoned scientist with expertise on nucleic acid
research. He
knows all of these tricks and may not disclose all of them.”
编者注：2016年7月15日，这则信息被转到了生物版
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32028167.html
Date：2016年06月30日（NBT paper 上线近两个月以后）
Title：河北科技大学韩春雨“诺贝尔奖级”实验的重复性问题
Link:
http://fangzhouzi.baijia.baidu.com/article/523403
Key Points：
从收集到的无法重复信息以及分析韩春雨的一些行为做法，问了3个问题：
1.有人重复出fig4了吗？
2.韩春雨在遗传所的报告上说的可重复的“20家”实验室没必要保密吧？
3.韩春雨说的做这个实验的“高超的实验技巧”是什么？
Date：2016年07月13日（NBT paper 上线约两个半月以后）
Title：韩的论文里的蛛丝马迹
Link:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32027669.html
Key Points：
在无法重复试验后，仔细分析NBT论文原文， fig4有点不大对劲
- 主要问题是4a和4e 有矛盾（band size separation on gel）
- 以及一些其他图片的问题，可能有PS的迹象
（注： fig4以及与其类似的结果，至今2016.08.31都没有人能重复出来）
Date：2016年07月14日（NBT paper 上线约两个半月以后）
Title：河北科大“韩春雨现象”的真相是什么？
Link:
http://fangzhouzi.baijia.baidu.com/article/542534
Key Points：
原文引用 “推测是，韩春雨只做出了图3的结果，不知道那是假阳性，以为有
戏，但是又没法验证，就伪造了图4结果，先发论文再说，赌一把，说不定别
人能做出图4。本来只是要借此评上教授，被《知识分子》当典型立起来，闹
大了”
Date：2016年07月15日（NBT paper 上线约两个半月以后，关于fig4网上开
题讨论两天以后，以及方舟子第二篇文章发表一天以后）
Title：忙了五个星期，NgAgo重复实验总算告一段落
Link:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32028091.html
Key Points：
- “火锅哥”出现了，声明可以重复出NgAgo 基因编辑功能
- 发布人没有公布图片和实验具体信息
- 信息发布后，发布人至今（2016.08.31）未发表任何follow-up实验结果
-By CoinByCoin
-Drafted on 2016年8月25日
-Updated on 2016年8月31日 | P****R
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