M*******C
发帖数: 183 | 1 最近刚接触Nanostring，结果分析不太懂。
比如我run了11个病人sample，加上一个standard，用的panel能检测780个基因，结果
导成excel表格后，想看自己感兴趣的基因的表达，而最终目的是想根据表达来决定我
的样品里有没有某些细胞（比如免疫细胞），因此我就去看那些免疫细胞的marker基因
，公司说standard不是拿来和样品比较的，是别的功能。因此，我现在只能是根据值高
（比如400，700）低（30，50）来判断哪些样品的这个基因表达高，但我不能决定30，
50这种值的样品，是不是有免疫细胞。这种有/没有 得怎么判断才行？还是根本就没法
判定？ 谢谢！ |
N******n
发帖数: 3003 | 2 normalization for the first step,
comparison testing second step |
M*******C
发帖数: 183 | 3 我同事show我的时候，弄过normalization，那你觉得这种情况下，30，50这么低的值
，也可以认为有那种基因表达吗？
我们的实验目的是想知道我们的组织里有/没有免疫细胞，你觉得用Nanostring来达到
这个目的合适吗? 有没有更好的方法？ （不要免疫组化，那个工作量太大了，要染各
种各样的抗体。。） 谢谢
【在 N******n 的大作中提到】
: normalization for the first step,
: comparison testing second step
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o*****m
发帖数: 981 | 4 我觉得吧，搞生物的简直不知道自己在做什么，根本不知道实验设计为何物，就上一堆
数据。逻辑思维全无。
你的数据中问题多着呢。
最基本的normalization做了吗？ 假设你做了。
实验设计有control样本吗，没control你数据就白做。而且control怎么也得设计三个
以上。
control样本还得是已知某些细胞不表达的，这才是合理的control。
你这个认为400就是表达了， 50就是不表达，这种思维不可取。
某些基因本来就高表达，400这个值或许就是不表达。例如在control中此基因表达3000
某些基因本来就低表达，50或许就是高表达，例如在control中此基因为10
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另外生物学家们，看到一个marker基因表达了，就说这个细胞表达了？殊不知很多细胞
都能表达这个marker基因！ 要想说某个细胞类型存在高表达，需要有这个细胞类型
的signature基因列表，然后这个基因列表要显著（起码p<=0.05）富集（enrich）差异
表达基因，或者使用GSEA说明存在富集。
看到生物学家们这么认识问题和做科研，我真为你们捉急！！ |
o*****m
发帖数: 981 | 5 这不是懂不懂nanostring数据的问题，是懂不懂实验设计和基本科学的问题。
看到一个marker表达了，就说有某细胞，真觉得这样生物科研就是胡扯淡。 |
