t*****z
发帖数: 1598 | 1 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
注意的吗？
只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。 |
t******o
发帖数: 1470 | 2 你想想为啥有ramdisk这个东西，或者你做计算为啥要避开swap memory.
1. ssd大概是ram速度的1%，access time, ssd是几十ms, ram是几个ns, 这个靠
raid0上来,成本，可靠性都成啥了
2. 现在的cpu体系，你可以从ram pre-load到cpu, 不能i/o pre-load啊，大改系统？
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
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l*******1
发帖数: 866 | 3 按写内存的频率写，就算有trim,SSD也很快就得完蛋了吧？
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
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a*o
发帖数: 19981 | 4 显然你程序架构有严重问题，如果size matters，speed does not，那你显然根本就不
应该有一大堆数据在memory里，弄个数据库做bankend才靠谱。
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
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n******7
发帖数: 12463 | 5 你用什么assembler？
还是改进算法更实际
搜搜memory efficient genome assembly很多结果
不过我都没用过 |
g*******t
发帖数: 7704 | 6 想法有问题， 内存不是用来存储数据的，
内存一般是放代码，放临时数据，堆栈， |
h*******u
发帖数: 15326 | 7 可以
现在有公司在做
很贵
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
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t*****z
发帖数: 1598 | 8 谢谢！你说的对我很有帮助。
【在 t******o 的大作中提到】
: 你想想为啥有ramdisk这个东西，或者你做计算为啥要避开swap memory.
: 1. ssd大概是ram速度的1%，access time, ssd是几十ms, ram是几个ns, 这个靠
: raid0上来,成本，可靠性都成啥了
: 2. 现在的cpu体系，你可以从ram pre-load到cpu, 不能i/o pre-load啊，大改系统？
:
: 256GB
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t*****z
发帖数: 1598 | 9 速度也是需要的，只是不是最关键的因素，但也不能降低到磁盘的水平。
【在 a*o 的大作中提到】
: 显然你程序架构有严重问题，如果size matters，speed does not，那你显然根本就不
: 应该有一大堆数据在memory里，弄个数据库做bankend才靠谱。
:
: 256GB
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t*****z
发帖数: 1598 | 10 我大概都看过一遍。我们所买的CLC就是很节省内存，速度还很快，在笔记本上都能拼
接人类基因组。但是，大家总觉得不靠谱。为了结果尽可能精确，我们还是倾向于用学
术界的assembler。我用的是IDBA-UD和SPAdes。
原则上，耗费内存的量跟de Brujin graph的复杂度有关，这一道坎过不去，不管什么
算法。
算法上是有人在改进。最近的几个程序都用了Bloom filter来节省内存，内存下去了，
结果精确度不一定上来。我也需要调查下。
【在 n******7 的大作中提到】
: 你用什么assembler？
: 还是改进算法更实际
: 搜搜memory efficient genome assembly很多结果
: 不过我都没用过
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a*f
发帖数: 1790 | 11 基因组拼接搜寻空间太大了，不能从算法上解决吗？比如搞成类似MapR的结构速度成本
都能优化
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
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a*o
发帖数: 19981 | 12 我也觉得还是算法的问题，不可能一定要搁内存里才能解决。
要按这个说法google的搜索服务器还不得弄个几光年的内存啊。
【在 a*f 的大作中提到】
: 基因组拼接搜寻空间太大了，不能从算法上解决吗？比如搞成类似MapR的结构速度成本
: 都能优化
:
: 256GB
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t*****z
发帖数: 1598 | 13 你是说UlltraDIMM吗？
【在 h*******u 的大作中提到】
: 可以
: 现在有公司在做
: 很贵
:
: 256GB
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t*****z
发帖数: 1598 | 14 你说得有道理。算法一直跟不上去。好在即使最传统的基因组拼接算法，内存需求量只
跟基因组复杂度有关，而跟数据量无关。所以即使以后数据越来越多了，内存这个问题
也不会更加严重。
Anyway, good data beat good algorithm. 只要有大数据，什么算法都不重要。
【在 a*o 的大作中提到】
: 我也觉得还是算法的问题，不可能一定要搁内存里才能解决。
: 要按这个说法google的搜索服务器还不得弄个几光年的内存啊。
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h*******u
发帖数: 15326 | 15 类似的
还有更猛的，容量几百T
【在 t*****z 的大作中提到】
: 你是说UlltraDIMM吗？
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j******o
发帖数: 4219 | 16 你的方向不太对，从来只有内存替代磁盘的，从来没有反过来的。从架构上，你可以直
接访问内存，但是没办法直接访问磁盘。弄到最后你的成本可能比直接上大内存更高。 |
a9
发帖数: 21638 | 17 一直就有，windows叫虚拟内存，linux叫swap。哈 哈
【在 j******o 的大作中提到】
: 你的方向不太对，从来只有内存替代磁盘的，从来没有反过来的。从架构上，你可以直
: 接访问内存，但是没办法直接访问磁盘。弄到最后你的成本可能比直接上大内存更高。
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L***s
发帖数: 1148 | 18 你们这个什么de Brujin graph，是全部要存在内存里么？
有没有其他像B＋树一样基于硬盘的数据结构可选？
你们这个行业，其他组是怎么做的，调研过么？
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我大概都看过一遍。我们所买的CLC就是很节省内存，速度还很快，在笔记本上都能拼
: 接人类基因组。但是，大家总觉得不靠谱。为了结果尽可能精确，我们还是倾向于用学
: 术界的assembler。我用的是IDBA-UD和SPAdes。
: 原则上，耗费内存的量跟de Brujin graph的复杂度有关，这一道坎过不去，不管什么
: 算法。
: 算法上是有人在改进。最近的几个程序都用了Bloom filter来节省内存，内存下去了，
: 结果精确度不一定上来。我也需要调查下。
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d*********s
发帖数: 306 | 19 不差钱的话关注EMC的DSSD产品。还有一段时间才能开始卖。具体参数不能说，但是产
品就是你这个思路，解决的就是你这样的问题。 |
t*****z
发帖数: 1598 | 20 现在绝大多数人用de Brujin graph（少数人用overlap graph），需要把大量数据（k-
mer）全放在内存里，从原理上说我也想不出不放内存的方法。但是我并不是CS出身，
也许想得不够清楚。
[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]
【在 L***s 的大作中提到】
: 你们这个什么de Brujin graph，是全部要存在内存里么？
: 有没有其他像B＋树一样基于硬盘的数据结构可选？
: 你们这个行业，其他组是怎么做的，调研过么？
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L***s
发帖数: 1148 | 21 不干这行，我不懂。
不过还是建议你调研一些你们bioinformatics业界主流做法是什么，不要闭门造车。
你肯定不是第一个碰到此类问题的人，解决方案可能早就有了。
k-
【在 t*****z 的大作中提到】
: 现在绝大多数人用de Brujin graph（少数人用overlap graph），需要把大量数据（k-
: mer）全放在内存里，从原理上说我也想不出不放内存的方法。但是我并不是CS出身，
: 也许想得不够清楚。
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: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]
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t*****z
发帖数: 1598 | 22 既然你不是这行的，请不要断言我闭门造车。
【在 L***s 的大作中提到】
: 不干这行，我不懂。
: 不过还是建议你调研一些你们bioinformatics业界主流做法是什么，不要闭门造车。
: 你肯定不是第一个碰到此类问题的人，解决方案可能早就有了。
:
: k-
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c****p
发帖数: 6474 | 23 全放在虚存里，然后一部分一部分处理呗。处理的那部分在物理内存里，剩下的在硬盘。
总不可能同时处理256GB的数据吧……
k-
【在 t*****z 的大作中提到】
: 现在绝大多数人用de Brujin graph（少数人用overlap graph），需要把大量数据（k-
: mer）全放在内存里，从原理上说我也想不出不放内存的方法。但是我并不是CS出身，
: 也许想得不够清楚。
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: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]
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d***a
发帖数: 13752 | 24 我的建议是买一个配大内存的server，价格也不是特别贵，比软件开发或系
统维护的人工费用便宜多了。比如说Dell Tower Server T630，
配16x16GB的内存，不到6000美元。
软件开发或系统维护的费用，动不动就是十万美元以上。就算是在学校，支
持一个PhD学生一年少说也要四五万美元，支持一个postdoc要十万美元。所以
正规的做法就是上大内存。花人工来省内存，是不省钱的。
用SSD当内存用的想法不可行，前面的人已经说过了。
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
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y*****0
发帖数: 1189 | 25 我们用128g内存加2*k20c的显卡，已经是2年前的东西了。我们这暂时不会更新，因为
在等新的xeon，ddr4内存和volta显卡，pascal。
你的算法估计是找一个算一个，瓶颈都在内存上，估计改进的余地也不大了，直接上大
内存吧，ebay上有128g的，不知道你能不能改变一下数据结构之类的，省一半bits。
【在 t*****z 的大作中提到】
: 既然你不是这行的，请不要断言我闭门造车。
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v*******e
发帖数: 11604 | 26 GPU运算呀，羡慕。这个k20强在双精度浮点吧，做基因组是不是不需要浮点？
【在 y*****0 的大作中提到】
: 我们用128g内存加2*k20c的显卡，已经是2年前的东西了。我们这暂时不会更新，因为
: 在等新的xeon，ddr4内存和volta显卡，pascal。
: 你的算法估计是找一个算一个，瓶颈都在内存上，估计改进的余地也不大了，直接上大
: 内存吧，ebay上有128g的，不知道你能不能改变一下数据结构之类的，省一半bits。
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y*****0
发帖数: 1189 | 27 不太懂基因组，问问楼主。
nvidia变化太猛了，不得不转型。如果不用双精度，titan x就完胜k20了。
【在 v*******e 的大作中提到】
: GPU运算呀，羡慕。这个k20强在双精度浮点吧，做基因组是不是不需要浮点？
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t*****z
发帖数: 1598 | 28 我还没遇到过需要GPU的。以前做进化分析可以用到。现在唯一跟GPU有关的是BLAST的
某些特殊变种，但是应用不广泛。至于基因组拼接，因为涉及大内存，恐怕不可能用
GPU。
【在 y*****0 的大作中提到】
: 不太懂基因组，问问楼主。
: nvidia变化太猛了，不得不转型。如果不用双精度，titan x就完胜k20了。
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t*****z
发帖数: 1598 | 29 我想，如果我有钱了，也会给自己买一台这样的工作站。现在我不在其位，不可能要求
买这种设备。你的建议向来都是让公家买好机器，是因为你的工作大量涉及这些事务吗？
【在 d***a 的大作中提到】
: 我的建议是买一个配大内存的server，价格也不是特别贵，比软件开发或系
: 统维护的人工费用便宜多了。比如说Dell Tower Server T630，
: 配16x16GB的内存，不到6000美元。
: 软件开发或系统维护的费用，动不动就是十万美元以上。就算是在学校，支
: 持一个PhD学生一年少说也要四五万美元，支持一个postdoc要十万美元。所以
: 正规的做法就是上大内存。花人工来省内存，是不省钱的。
: 用SSD当内存用的想法不可行，前面的人已经说过了。
:
: 256GB
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t*****z
发帖数: 1598 | 30 你可以想象一个超大的hash table。。。
盘。
【在 c****p 的大作中提到】
: 全放在虚存里，然后一部分一部分处理呗。处理的那部分在物理内存里，剩下的在硬盘。
: 总不可能同时处理256GB的数据吧……
:
: k-
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V*********r
发帖数: 666 | 31 如果算法没有改进余地，租机器行不行？不一定要自己装机的 |
t*****z
发帖数: 1598 | 32 我并不真的准备装机，只是好奇下这件事情。我们单位有1TB内存的机器让我用（需要
排队但不是很紧张）。
【在 V*********r 的大作中提到】
: 如果算法没有改进余地，租机器行不行？不一定要自己装机的
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h**v
发帖数: 2010 | 33 如果是跑lightroom和photoshop处理照片，大牛有啥电脑配置建议？我比较喜欢NUC那种
特小的form factor的，或者比NUC大点。前面帖子提到的alienware看着不错啊。不太喜
欢midtower。
吗？
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我想，如果我有钱了，也会给自己买一台这样的工作站。现在我不在其位，不可能要求
: 买这种设备。你的建议向来都是让公家买好机器，是因为你的工作大量涉及这些事务吗？
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c*****g
发帖数: 3871 | 34 如果对交换速率要求不太高，当然可以。我这里有个SSD虚拟出512G内存，用起来还可
以。
而且如果需要的话，可以弄上10台20台做阵列。
今年2TB的SSD应该价格降到大家可以接受的程度。
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
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t*****z
发帖数: 1598 | 35 这方面我并不了解哎，不好意思
那种
太喜
[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]
【在 h**v 的大作中提到】
: 如果是跑lightroom和photoshop处理照片，大牛有啥电脑配置建议？我比较喜欢NUC那种
: 特小的form factor的，或者比NUC大点。前面帖子提到的alienware看着不错啊。不太喜
: 欢midtower。
:
: 吗？
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t*****z
发帖数: 1598 | 36 谢谢你的正能量！你是说10个20个SSD组RAID吗？一般主板都没有那么多SATA接口呢。
[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]
【在 c*****g 的大作中提到】
: 如果对交换速率要求不太高，当然可以。我这里有个SSD虚拟出512G内存，用起来还可
: 以。
: 而且如果需要的话，可以弄上10台20台做阵列。
: 今年2TB的SSD应该价格降到大家可以接受的程度。
:
: 256GB
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c*****g
发帖数: 3871 | 37 不是，是用网络搭建阵列，这样理论上可以无限拓展
要是自己的机房，互相之间1Gbps的网速，我自己实测SSD的读写速度大概是280 MBps，
所以用1Gbps应该不会形成瓶颈。当然要做适当的网络优化。
【在 t*****z 的大作中提到】
: 谢谢你的正能量！你是说10个20个SSD组RAID吗？一般主板都没有那么多SATA接口呢。
:
: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]
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n******7
发帖数: 12463 | |
d***a
发帖数: 13752 | 39 你记错了吧，我推荐过价格低廉的个人电子产品。
但这种用几百G内存的需求，个人计算中很少见。
用SSD代替，简单不可行。买大内存机器，是正常的做法，
也是工作中性价比好的做法，如此而已。
吗？
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我想，如果我有钱了，也会给自己买一台这样的工作站。现在我不在其位，不可能要求
: 买这种设备。你的建议向来都是让公家买好机器，是因为你的工作大量涉及这些事务吗？
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t*****z
发帖数: 1598 | 40 我想，这种分布式计算的编程应该比较麻烦吧，在基因组拼接方面，只有很少的程序支
持分布式。对了，我听说超算节点之间的通讯可以达到PCI express的水平，不知道自
己的机房能不能用呢。
【在 c*****g 的大作中提到】
: 不是，是用网络搭建阵列，这样理论上可以无限拓展
: 要是自己的机房，互相之间1Gbps的网速，我自己实测SSD的读写速度大概是280 MBps，
: 所以用1Gbps应该不会形成瓶颈。当然要做适当的网络优化。
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L***s
发帖数: 1148 | 41 内存往大了挑，16G起步，推荐32G
见附件，正常打开几个程序，这还没开虚拟机，就已经24G了
那种
太喜
【在 h**v 的大作中提到】
: 如果是跑lightroom和photoshop处理照片，大牛有啥电脑配置建议？我比较喜欢NUC那种
: 特小的form factor的，或者比NUC大点。前面帖子提到的alienware看着不错啊。不太喜
: 欢midtower。
:
: 吗？
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n******7
发帖数: 12463 | 42 我们这里是56.6 Gbps Infiniband connection
我不知道node-to-node是不是能独享这个带宽，还是要share
不过如果没有别人用multiple node的代码的话，应该区别不大吧
wiki了一下PCIE 4，确实在一个级别：
1x
15.754 Gbit/s (1969.2 MB/s)
16x
252.064 Gbit/s (31.508 GB/s)
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我想，这种分布式计算的编程应该比较麻烦吧，在基因组拼接方面，只有很少的程序支
: 持分布式。对了，我听说超算节点之间的通讯可以达到PCI express的水平，不知道自
: 己的机房能不能用呢。
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m*****n
发帖数: 3644 | 43 不需要吧。photoshop，8000X6000像素的图片，8G的内存都足够了。你非要建立50个层
，同时开20个这样的图片处理，那是自己管理不好。
【在 L***s 的大作中提到】
: 内存往大了挑，16G起步，推荐32G
: 见附件，正常打开几个程序，这还没开虚拟机，就已经24G了
:
: 那种
: 太喜
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m*****n
发帖数: 3644 | 44 lightroom对内存吃的也不厉害。不过lightroom 和photoshop都是对多核心利用的相当
好的软件。堆核吧。
那种
太喜
【在 h**v 的大作中提到】
: 如果是跑lightroom和photoshop处理照片，大牛有啥电脑配置建议？我比较喜欢NUC那种
: 特小的form factor的，或者比NUC大点。前面帖子提到的alienware看着不错啊。不太喜
: 欢midtower。
:
: 吗？
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L***s
发帖数: 1148 | 45 就算是“建立50个层，同时开20个这样的图片处理”，那也是工作需要。
我就是一个普通用户，凭啥要我费心思去“管理”这些劳什子事。
最好的“管理”，就是给足资源放心用，“不用管理”。
【在 m*****n 的大作中提到】
: 不需要吧。photoshop，8000X6000像素的图片，8G的内存都足够了。你非要建立50个层
: ，同时开20个这样的图片处理，那是自己管理不好。
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h*******u
发帖数: 15326 | 46 你们用infiniband是什么类型的应用？
【在 n******7 的大作中提到】
: 我们这里是56.6 Gbps Infiniband connection
: 我不知道node-to-node是不是能独享这个带宽，还是要share
: 不过如果没有别人用multiple node的代码的话，应该区别不大吧
: wiki了一下PCIE 4，确实在一个级别：
: 1x
: 15.754 Gbit/s (1969.2 MB/s)
: 16x
: 252.064 Gbit/s (31.508 GB/s)
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d***a
发帖数: 13752 | 47 分布式计算，数据交换通过网络I/O进行。网络I/O的延迟比内存访问慢了四五个数据量
，所以对于需要以随机方式访问大内存的程序来说，分布式计算不是一个选项。
就象是骑自行车和坐高铁之间的差别。:)
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我想，这种分布式计算的编程应该比较麻烦吧，在基因组拼接方面，只有很少的程序支
: 持分布式。对了，我听说超算节点之间的通讯可以达到PCI express的水平，不知道自
: 己的机房能不能用呢。
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n******7
发帖数: 12463 | 48 就是inter-node communication啊
很多软件可以用上multiple nodes
【在 h*******u 的大作中提到】
: 你们用infiniband是什么类型的应用？
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h*******u
发帖数: 15326 | 49 计算为主？
【在 n******7 的大作中提到】
: 就是inter-node communication啊
: 很多软件可以用上multiple nodes
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n******7
发帖数: 12463 | 50 我看了一下我们计算节点到储存节点也是40Gbps的速度，应该也是这个东西
【在 h*******u 的大作中提到】
: 计算为主？
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m*****n
发帖数: 3644 | 51 一个图片要建立50个层，肯定不是一个好的图片工作者。你图片搞了50个层，不论计算
机速度多快，都会发现做起来一团糟。什么艺术性也都扯淡了，就看着到处是层，找不
到。
这和码工们强调算法才是提高速度的关键一个道理。
【在 L***s 的大作中提到】
: 就算是“建立50个层，同时开20个这样的图片处理”，那也是工作需要。
: 我就是一个普通用户，凭啥要我费心思去“管理”这些劳什子事。
: 最好的“管理”，就是给足资源放心用，“不用管理”。
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c*****z
发帖数: 1211 | 52 考虑用多节点吧。比如MATLAB处理巨型矩阵单机内存不够就可以用多机，具体各节点是
用mpi，物理连接可能是ib也可能是10gige，具体看你的需求了。如果数据可以分开处
理最后集中就用不着ib之类低延迟的网络。
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
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