m*********3
发帖数: 1425 | 1 在做Mab的glycosylation,有几个问题请教:
1.大家都知道Mab在Fc有个N-glycan,可我看文献，其实大约10-15%的Fab上也有N-
glycan,想请教一下大家对于这种有两个glycosylation的Mab怎么分析它的糖基化，现
在流行的用LC-MS,CE分析都是把糖酶切下来，然后label,但对于有两个糖基化的这个方
法似乎不算最好，对于有Fab N-glycan的大家一般怎么做？
2. 我看到有人用IdeS切Fab和Fc,比起Papain,哪个方法好一些呢？
3.另外对于Fc-fusion protein,还有O-glycan(比如Enbrel)，大家一般做glycopeptide
还chemically release呢？
4.还用过ETD确定glycosylation site,但ETD的效率很低，大家还有什么其它方法确定
glycosylation site吗？尤其是O-glycan, 谢谢。 | s**********8
发帖数: 25265 | 2 放水果猪猪?
glycopeptide
【在 m*********3 的大作中提到】
: 在做Mab的glycosylation,有几个问题请教:
: 1.大家都知道Mab在Fc有个N-glycan,可我看文献，其实大约10-15%的Fab上也有N-
: glycan,想请教一下大家对于这种有两个glycosylation的Mab怎么分析它的糖基化，现
: 在流行的用LC-MS,CE分析都是把糖酶切下来，然后label,但对于有两个糖基化的这个方
: 法似乎不算最好，对于有Fab N-glycan的大家一般怎么做？
: 2. 我看到有人用IdeS切Fab和Fc,比起Papain,哪个方法好一些呢？
: 3.另外对于Fc-fusion protein,还有O-glycan(比如Enbrel)，大家一般做glycopeptide
: 还chemically release呢？
: 4.还用过ETD确定glycosylation site,但ETD的效率很低，大家还有什么其它方法确定
: glycosylation site吗？尤其是O-glycan, 谢谢。
| m*********3
发帖数: 1425 | | d***e
发帖数: 1215 | 4 其它的不知道,但是IdeS比papain的specificity好得多
glycopeptide
【在 m*********3 的大作中提到】
: 在做Mab的glycosylation,有几个问题请教:
: 1.大家都知道Mab在Fc有个N-glycan,可我看文献，其实大约10-15%的Fab上也有N-
: glycan,想请教一下大家对于这种有两个glycosylation的Mab怎么分析它的糖基化，现
: 在流行的用LC-MS,CE分析都是把糖酶切下来，然后label,但对于有两个糖基化的这个方
: 法似乎不算最好，对于有Fab N-glycan的大家一般怎么做？
: 2. 我看到有人用IdeS切Fab和Fc,比起Papain,哪个方法好一些呢？
: 3.另外对于Fc-fusion protein,还有O-glycan(比如Enbrel)，大家一般做glycopeptide
: 还chemically release呢？
: 4.还用过ETD确定glycosylation site,但ETD的效率很低，大家还有什么其它方法确定
: glycosylation site吗？尤其是O-glycan, 谢谢。
| E***n
发帖数: 308 | 5
1, Papain first, get the intact mass of Fab?
2, Peptide mapping can help you for sure.
answer.
glycopeptide
cleavage. I always use strong acid hydrolysis.
ETD could be best here, then CID.
For small molecule , people also use PQD and HCD.
bao zi.......
【在 m*********3 的大作中提到】
: 在做Mab的glycosylation,有几个问题请教:
: 1.大家都知道Mab在Fc有个N-glycan,可我看文献，其实大约10-15%的Fab上也有N-
: glycan,想请教一下大家对于这种有两个glycosylation的Mab怎么分析它的糖基化，现
: 在流行的用LC-MS,CE分析都是把糖酶切下来，然后label,但对于有两个糖基化的这个方
: 法似乎不算最好，对于有Fab N-glycan的大家一般怎么做？
: 2. 我看到有人用IdeS切Fab和Fc,比起Papain,哪个方法好一些呢？
: 3.另外对于Fc-fusion protein,还有O-glycan(比如Enbrel)，大家一般做glycopeptide
: 还chemically release呢？
: 4.还用过ETD确定glycosylation site,但ETD的效率很低，大家还有什么其它方法确定
: glycosylation site吗？尤其是O-glycan, 谢谢。
| m*********3
发帖数: 1425 | 6 I tried ETD for glycopeptide, but the peptide signal is very low and
difficult to analyze, how about HCD/CID? | h*****t
发帖数: 1226 | 7 If your glycopeitide signal is low in MS level, you need improve the
recovery
first. MS/MS by HCD/CID won't help you to determine the modification site.
【在 m*********3 的大作中提到】
: I tried ETD for glycopeptide, but the peptide signal is very low and
: difficult to analyze, how about HCD/CID?
| h*****t
发帖数: 1226 | 8 Not about analysis, but if Fab has N-link glycan, if it is not required
for activity,try to mutant the sequence and remove it . It will help you
in the future development.
glycopeptide
【在 m*********3 的大作中提到】
: 在做Mab的glycosylation,有几个问题请教:
: 1.大家都知道Mab在Fc有个N-glycan,可我看文献，其实大约10-15%的Fab上也有N-
: glycan,想请教一下大家对于这种有两个glycosylation的Mab怎么分析它的糖基化，现
: 在流行的用LC-MS,CE分析都是把糖酶切下来，然后label,但对于有两个糖基化的这个方
: 法似乎不算最好，对于有Fab N-glycan的大家一般怎么做？
: 2. 我看到有人用IdeS切Fab和Fc,比起Papain,哪个方法好一些呢？
: 3.另外对于Fc-fusion protein,还有O-glycan(比如Enbrel)，大家一般做glycopeptide
: 还chemically release呢？
: 4.还用过ETD确定glycosylation site,但ETD的效率很低，大家还有什么其它方法确定
: glycosylation site吗？尤其是O-glycan, 谢谢。
| m*********3
发帖数: 1425 | 9 not MS signal, the MS/MS signal from ETD is low.
【在 h*****t 的大作中提到】
: If your glycopeitide signal is low in MS level, you need improve the
: recovery
: first. MS/MS by HCD/CID won't help you to determine the modification site.
| m*********3
发帖数: 1425 | 10 Sometimes, Fab N-glycan is important for activity. Indeed, Cetuximab has two
N-glycosylation sites. Furthermore, other glycoprotein such as EPO has
three N-glycosylation and one O-glycosylation, you can't just mutate the
sequence and remove all of them.
【在 h*****t 的大作中提到】
: Not about analysis, but if Fab has N-link glycan, if it is not required
: for activity,try to mutant the sequence and remove it . It will help you
: in the future development.
:
: glycopeptide
| b****u
发帖数: 2771 | 11 你的glycopeptide 有多少charge,
还有 啥仪器ETD，waters的话 hehe good luck.
【在 m*********3 的大作中提到】
: I tried ETD for glycopeptide, but the peptide signal is very low and
: difficult to analyze, how about HCD/CID?
| b****u
发帖数: 2771 | 12
glycopeptide
做o-glycan site ID 用CID不一定不行,你用啥仪器做
【在 m*********3 的大作中提到】
: 在做Mab的glycosylation,有几个问题请教:
: 1.大家都知道Mab在Fc有个N-glycan,可我看文献，其实大约10-15%的Fab上也有N-
: glycan,想请教一下大家对于这种有两个glycosylation的Mab怎么分析它的糖基化，现
: 在流行的用LC-MS,CE分析都是把糖酶切下来，然后label,但对于有两个糖基化的这个方
: 法似乎不算最好，对于有Fab N-glycan的大家一般怎么做？
: 2. 我看到有人用IdeS切Fab和Fc,比起Papain,哪个方法好一些呢？
: 3.另外对于Fc-fusion protein,还有O-glycan(比如Enbrel)，大家一般做glycopeptide
: 还chemically release呢？
: 4.还用过ETD确定glycosylation site,但ETD的效率很低，大家还有什么其它方法确定
: glycosylation site吗？尤其是O-glycan, 谢谢。
| b****u
发帖数: 2771 | 13
glycopeptide
这个 我已经有一个很好的方法，因为可能要patent，不能说了。
总之不一定要切糖。
【在 m*********3 的大作中提到】
: 在做Mab的glycosylation,有几个问题请教:
: 1.大家都知道Mab在Fc有个N-glycan,可我看文献，其实大约10-15%的Fab上也有N-
: glycan,想请教一下大家对于这种有两个glycosylation的Mab怎么分析它的糖基化，现
: 在流行的用LC-MS,CE分析都是把糖酶切下来，然后label,但对于有两个糖基化的这个方
: 法似乎不算最好，对于有Fab N-glycan的大家一般怎么做？
: 2. 我看到有人用IdeS切Fab和Fc,比起Papain,哪个方法好一些呢？
: 3.另外对于Fc-fusion protein,还有O-glycan(比如Enbrel)，大家一般做glycopeptide
: 还chemically release呢？
: 4.还用过ETD确定glycosylation site,但ETD的效率很低，大家还有什么其它方法确定
: glycosylation site吗？尤其是O-glycan, 谢谢。
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