a***r
发帖数: 420 | 1 "Then, we update the haplotypes for each individual in turn by using the
current set of haplotype estimates for all individuals as templates and
sampling S proportional to the likelyhood L(S|G)∝P(G,S).A new set of
haploytpes for an individual is then defined according to sampled mosaic."
其中， S是HMM中的hidden states， G是observations
P(G,S)作为S和G的joint probability，可以由markov chain基本公式得出，认为已知
关键是“sampling S proportional t the likelyhood L(S|G)∝P(G,S)”，不明白是
咋个sampling的过程，大致觉得是说对每一个individual来说（每个G），相对 ”th |
b*****n
发帖数: 685 | |
D******n
发帖数: 2836 | 3 if u have s1 10%,s2 20%,s3 70%
just line up the states,
s1 s2 s3
|----|--------|--------------------|
0 0.1 0.3 1
and then generate a random number r
if r<0.1 s1
elsif r<0.3 s2
else s3
the
,S
【在 a***r 的大作中提到】
: "Then, we update the haplotypes for each individual in turn by using the
: current set of haplotype estimates for all individuals as templates and
: sampling S proportional to the likelyhood L(S|G)∝P(G,S).A new set of
: haploytpes for an individual is then defined according to sampled mosaic."
: 其中， S是HMM中的hidden states， G是observations
: P(G,S)作为S和G的joint probability，可以由markov chain基本公式得出，认为已知
: 关键是“sampling S proportional t the likelyhood L(S|G)∝P(G,S)”，不明白是
: 咋个sampling的过程，大致觉得是说对每一个individual来说（每个G），相对 ”th
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a***r
发帖数: 420 | 4 我第一年，在做rotation，所以大家可以看到我的求助帖种类比较多样。。。
不过这个rotation的内容确实是genotype imputation和haplotype phasing：）
【在 b*****n 的大作中提到】
: 你在做什么？phasing吗？
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a***r
发帖数: 420 | 5 顺便，原来是裤子大的bullren
【在 b*****n 的大作中提到】
: 你在做什么？phasing吗？
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a***r
发帖数: 420 | 6 受教，很有帮助，非常感谢！
bow~~
【在 D******n 的大作中提到】
: if u have s1 10%,s2 20%,s3 70%
: just line up the states,
: s1 s2 s3
: |----|--------|--------------------|
: 0 0.1 0.3 1
: and then generate a random number r
: if r<0.1 s1
: elsif r<0.3 s2
: else s3
:
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b*****n
发帖数: 685 | 7 什么叫裤子大？不懂
【在 a***r 的大作中提到】
: 顺便，原来是裤子大的bullren
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b*****n
发帖数: 685 | 8 直接说multinomial sampling不就行了。
【在 a***r 的大作中提到】
: 受教，很有帮助，非常感谢！
: bow~~
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a***r
发帖数: 420 | 9 从你签名档推测的
难道不是。。。
【在 b*****n 的大作中提到】
: 什么叫裤子大？不懂
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a***r
发帖数: 420 | 10 我圡，还没学过
自己搜的sampling的资料，没跟这句话对应上
【在 b*****n 的大作中提到】
: 直接说multinomial sampling不就行了。
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b*****n
发帖数: 685 | 11 呵呵，我是从小说里面抄的，具体哪所就不说了。
裤子大还是不知道是哪所？
【在 a***r 的大作中提到】
: 从你签名档推测的
: 难道不是。。。
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b*****n
发帖数: 685 | 12 做MCMC的经常搞这个，就一multinomial的random sample，不过是n=1罢了，说白了就
是一个球落入m个盒子中
【在 a***r 的大作中提到】
: 我圡，还没学过
: 自己搜的sampling的资料，没跟这句话对应上
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