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c*******e
发帖数: 4642 | 4 【 以下文字转载自 pets 讨论区 】
发信人: chaperone (Stella感冒了 =/), 信区: pets
标 题: 大量图狂奔
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Aug 30 18:46:20 2010, 美东)
刚把大米爹妈给家里俩小的拍的照片整理了下
水平比我强了不是一点
家里光线有点俺，用软件调了下。
主要奔下猪小黛，大姑娘了啊
最后一张是我家的小媳妇，小白菜猪小宝，这一脸苦相啊。好苦啊好苦啊。。。 |
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c*******e
发帖数: 4642 | 5 【 以下文字转载自 pets 讨论区 】
发信人: chaperone (Stella感冒了 =/), 信区: pets
标 题: Re: 大量图狂奔
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Aug 30 18:56:05 2010, 美东)
胆子小却很喜欢打酱油。。。 |
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M****7
发帖数: 13407 | 7 发信人: chaperone (Stella眼睛发炎了 =/), 信区: Shanghai
标 题: Re: 我出来说几句
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Nov 17 11:50:09 2010, 美东)
also quote:
“发信人: Geisha (和谐), 信区: Shanghai
标 题: 深切悼念53位火灾遇难的上海老师
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Nov 15 13:10:21 2010, 美东)”
造谣死全家！
我从来没有那么生气过
哗众取宠搏眼球也有点限度，我昨天晚上吓到腿软，打了多少电话打听消息。
人在做天在看 |
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g***m
发帖数: 465 | 8
good point.
其实按照Anfinsen的经典理论，每个蛋白质分子只有一个最稳定的状态(热力或动力)。但
是有一类蛋白质却好象颠覆了这个理论，最常见的有microtubulin，可以存在两个稳定的
状态，好象称为亚稳态。prion就属于这一类，而且治病的那种能量态更稳定一些。之所
以我们不得疯牛病是因为chaperone的作用，而自然状态下的prion蛋白从正常能量态转变
为致病态需要上百年，所以在人类有限的寿命中大可不必担忧。
然而，有些人的prion存在突变，这种能量态之间的转变可能缩短为几十年(疯牛病的一大
撒克的地方就在潜伏期长)，再加上未知来源的致病态的“种子”效应，这个过程还可能
加速。而致病态正是以一种不溶于水溶液的聚集体存在(所以才会致病)。
另一方面，人的消化过程正如其它生理过程一样，远非我们课本上说的那样理想。因而，
存在着这样或者那样的可能，prion的致病态逃脱了proteolysis(正如它的致病态具有某
种蛋白酶的抗性一样)，进入人的循环系统，透过血脑屏障。
Then |
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s***e
发帖数: 911 | 9 事实上大蛋白质的folding肯定不是一个简单的物理问题. 现在作蛋白质folding预测的
都是小蛋白. 大点的蛋白有chaperon帮忙. 此外细胞内部是个crowding的环境.
Crowding对蛋白质folding有没有影响我不清楚. 不过纯粹的靠crowding就能fold DNA
到很小的尺寸. 这个还是很惊人的.
Macromolecular Crowding Induced Elongation and Compaction of Single DNA
Molecules Confined in a Nanochannel
C. Zhang, P.G. Shao, J.A. van Kan, and J.R.C. van der Maarel
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of
America, 106, 16651-16656 (2009).
这篇文章里, 50 um长的DNA 单靠 crowding就被fold到一个globular 结构, 大概300
nm |
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s********n
发帖数: 2939 | 11 就像楼上所说，可能是GST增加了你的蛋白的溶解度，而在pEXP5表达载体上表达的可能
是misfolded，然后被host降解了，所以没有看到inclusion body。
还是那句话，如果你需要的蛋白量不大(100-500 ug)，用leaky expression也许就够用
了，或者用GST载体表达，然后用protease切掉GST Tag。如果你需要的量比较大（>1
mg），你可能就需要做一些蛋白表达条件的优化，比如temperature, host, inducer
concentration, chaperones, tags etc.。 |
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b******n
发帖数: 4225 | 12 哈哈，我也有同感，很可能是chaperone
取决于当初抗原怎么制备的 |
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b****n
发帖数: 311 | 13 老大，你鸣不平也要做点homework吧？
郭岩怎么着都有5篇plant cell. 就算他去年review,去掉2010年的2篇, 那也有3篇
plant cell.
1: Zhou Y, Zhang J, Lin H, Guo G, Guo Y. MORPHEUS' MOLECULE1 is required to
prevent aberrant RNA transcriptional read-through in Arabidopsis. Plant
Physiol.
2010 Nov;154(3):1272-80. Epub 2010 Sep 8. PubMed PMID: 20826701; PubMed
Central
PMCID: PMC2971605.
2: Zhang C, Guo H, Zhang J, Guo G, Schumaker KS, Guo Y. Arabidopsis cockayne
syndrome A-like proteins 1A and 1B form a complex with CULLIN4 and damage
DNA
bind... 阅读全帖 |
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n*********m
发帖数: 38 | 14 Look his publication
Conversion of D-ribulose 5-phosphate to D-xylulose 5-phosphate: new insights
from structural and biochemical studies on human RPE.
Liang W, Ouyang S, Shaw N, Joachimiak A, Zhang R, Liu ZJ.
FASEB J. 2011 Feb;25(2):497-504. Epub 2010 Oct 5.
PMID:
20923965
[PubMed - indexed for MEDLINE]
Related citations
2.
Structural basis for the inhibition of human 5,10-methenyltetrahydrofolate
synthetase by N10-substituted folate analogues.
Wu D, Li Y, Song G, Cheng C, Zhang R, Joac... 阅读全帖 |
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y******8
发帖数: 1764 | 15 http://www.bio.pku.edu.cn/exchange/index.jsp
Chengqi Yi, Ph.D 主讲 Probing the Biology of Nucleic A
11:00 - 12:00, May. 19, 2011, Thu. 北大新生物楼517会议室
Suhua Feng, Ph.D 主讲 Studying DNA methylation in Eukaryotic Organisms
09:00 - 10:00, May. 19, 2011, Thu. 北大新生物楼517会议室
YuHang Chen, Ph.D 主讲 Exploring ion channels by crystallography and
electrophysiology
08:00 - 09:00, May. 19, 2011, Thu. 北大新生物楼517会议室
Xiang Yang, Ph.D 主讲 Novel Photoreception in Drosophila Larval Body Wall:
from Molecules to Behavior
10:0... 阅读全帖 |
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d*****r
发帖数: 2583 | 16 http://www.hhmi.org/news/popups/isrf_pop.html
2011 International Student Research Fellows
Institution Student Advisor Discipline
Boston University Wei Guo
China Barbara Shinn-Cunningham Systems and computational
neuroscience
Brandeis University Marcus Long
United Kingdom Lizbeth Hedstrom Protein degradation using chemical
biology
California Institute of Technology Andreas Hoenselaar
Germany Thanos Siapas Spatial mapping in the hippocampus using
virtual
reality... 阅读全帖 |
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h*****4
发帖数: 36 | 17 赞技术贴~
话说十年前就有人预测这个要拿诺奖了吧？
我个人认为纯生化做molecular chaperone已经是比较"古老"的学科了，恐怕越往后拿
奖越难？
不过好在这几位都还算年轻 哈哈 估计能坚持很久... |
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S*****3
发帖数: 720 | 18 “中国百篇最具影响优秀国际学术论文” 评选所选论文代表了我国科技论文发展的最
高水平。论文源为前一年被SCI（科学引文索引）收录的中国论文。评选综合考虑发表
论文的期刊水平（影响因子和单篇引用次数）、论文类型、热点论文、论文的合作强度
、参考文献数和论文的完整性等方面。
其中生物类包括：
论文题目: Acute promyelocytic leukemia: from highly fatal to highly
curable
论文作者: Wang, Zhen-Yi; Chen, Zhu
所属机构: 上海交通大学医学院瑞金医院
来源期刊: BLOOD, 2008, 111(5):2505-2515
被引次数: 29
作者简介：
陈竺
卫生部部长，中国科学院院士，博士生导师
白血病系统生物学研究组组长
论文题目: Sorting of small RNAs into Arabidopsis argonaute complexes
is directed by the 5 ' terminal nucleotide
论... 阅读全帖 |
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R***t
发帖数: 14 | 19 代友发帖
～～～
Postdoctoral Research Fellow in Cancer Immunology, Medical University of
South Carolina, Charleston, SC, United States
Postdoctoral position is available in an exciting new laboratory to study
cancer immunology.
My lab is interested in cancer vaccine and innate immunity. My prior work
has been in the area of defining the roles of heat shock protein gp96 in
chaperoning TLRs (Liu et al. Nature Commun, 2010), understanding the roles
of gp96 in regulating hematopoiesis (Liu and Li, Blood 20... 阅读全帖 |
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V***b
发帖数: 3419 | 20 这些蛋白的折叠不需要很多帮助吗？比如chaperone，lectin，folding enzymes...？
另外细胞质里的蛋白都没有二硫键，糖基化吗？
唉，大学课程没学好啊。 |
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b******y
发帖数: 627 | 21 Some proteins do need chaperone for folding and stability and there are
plenty in cytosol, for example, heat shock proteins. Protein surface
disulfide bonds are rare in cytosolic proteins although there are some in
interior of the proteins. 糖基化 is not that common for cytosolic proteins,
either. |
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s****T
发帖数: 100 | 22 Mayer, M. P., Brehmer, D., Gassler, C. S., and Bukau, B. (2001) Hsp70
chaperone machines, Adv Protein Chem 59, 1-44.
请发到w*******[email protected]
非常感谢 |
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b******n
发帖数: 4225 | 23 在细胞中，很有一些别的因子（比如盐浓度，还原剂，蛋白partner或者chaperone）
能帮助稳定蛋白
另外在低温protease也不会那么生猛 |
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s******y
发帖数: 28562 | 24 是的，这个也是一个可能性，比方说蛋白A正好是蛋白B的chaperon |
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f*****n
发帖数: 12752 | 25 万分感谢！
Folding 和 secretion 是瓶颈的意思是说这两个过程所需的endogenous chaperon 或
其他蛋白不够吧？ |
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i***0
发帖数: 160 | 26 Curr Opin Drug Discov Devel. 2009 Sep;12(5):666-81.
Small-molecule modulation of cellular chaperones to treat protein misfolding
disorders.
Sloan LA, Fillmore MC, Churcher I.
Thank you very much!!! |
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i***0
发帖数: 160 | 27 that is what everybody want for misfolded protein diseases. According to my
knowledge, there is no compounds directly boosting proteasome function. But
you should thank me that I found during my digging for the unfolded protein
response and ER stress, the Hsp90 inhibitors induce transcription of
molecular chaperones and enhance proteasome activity. It is always easier to
find an inhibitor targeting an enzyme system, but difficult for activators.
I bet you will be reach, if you find a proteasome ... 阅读全帖 |
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i**y
发帖数: 71 | 28 Many enzymes lose activity upon heat and cannot refold without chaperones.
Lysozyme, alcohol dehydrogenase are among some of the commonly used models.
I measured heat inactivation of trehalase when I was in college, also very
easy. |
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s******y
发帖数: 28562 | 29 很抱歉我是在研究生院的时候做那些事情的了。后来搬了好几次家之后，
不知道怎么的很多质粒都找不到了。
另外，Actin 在E.coli 中表达后一般都是没有活性的（因为actin折叠需要
一些特殊的chaperon)。
等我有空的时候可能会试试一些新方法，如果能做出来会让你知道的。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 30 De rien.
plus this one:
Shioda N et al. (2012)
Expression of a Truncated Form of the Endoplasmic Reticulum Chaperone
Protein, σ1 Receptor, Promotes Mitochondrial Energy Depletion and Apoptosis
JBC 287: 23318-31.
Abstract
The σ1 receptor (σ(1)R) regulates endoplasmic reticulum (ER)/mitochondrial
interorganellar Ca(2+) mobilization through the inositol 1,4,5-
trisphosphate receptor (IP(3)R). Here, we observed that expression of a
novel splice variant of σ(1)R, termed short form σ(1)R (σ(1)SR), has... 阅读全帖 |
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b******n
发帖数: 4225 | 31 有没有取一些柱介质跟2X loading buffer混合之后跑电泳
如果在柱介质中看到大量目的蛋白，说明你的蛋白可能堵在柱子里面了
elution buffer需要添加高浓度蛋白变性剂才能elute下来
40kd的小带可能是molecular chaperone DnaJ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 32 Tube:
HTTP: //www.ascb.org/2012AM/lindquist2012.html
Hsp90 chaperone sculpting evolutionary change:
A quantitative genetic and proteomic view
Presented by: Susan L. Lindquist Massachusetts Institute of Technology
Whitehead
Institute for Biomedical Research/HHMI
more,
HTTP: //www.ascb.org/index.php?option=com_content&view=article&id=962&Itemid
=305 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 33 Conti:
plus
Li G et al. (2011).
HDAC6 α-tubulin deacetylase: a potential therapeutic target in
neurodegenerative diseases.
J Neurol Sci. 304: 1-8.
HTTP: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21377170
and
Mitra G et al. (2007).
Chaperone-mediated inhibition of tubulin self-assembly.
Proteins. 67: 112-20.
HTTP: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17243182 |
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b******n
发帖数: 4225 | 34 70kD band might be DnaK
it's very normal to copurify the molecular chaperone when you try to purify
those overexpressed fusion proteins
to remove DnaK, you can add 5 mM ATP and 5 mM Mg2+ into lysate and incubate
for 20 min at room temperature prior to purification (i.e., before loading
onto the affinity column) |
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b******n
发帖数: 4225 | 35 我想到的两个解释
1）你的蛋白切掉GST之后本身aggregate或者形成oligomer
2）看你的GST是怎么切的，如果是in column digestion，有可能是molecular
chaperone
bind到你的蛋白上了。检测的办法是不用thrombin消化，先直接elute下来，跑电泳看
是不是有量比较大的杂带存在。
NaCl, |
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a********g
发帖数: 558 | 36 我很同意你的观点，就是切掉GST 就不稳定了，当我浓缩的时候还会沉淀，不切GST的
时候可以浓缩的非常浓也没问题。
我是用的pGEX-６P-１plasmid， in column digestion 用的Precission protease，从
GE healthcare买的。
如果直接Elution GST fusion protein的话，确实有杂带。
那我怎么才能把molecular chaperone去掉呢？本人医学背景对这方面不太在行，多谢
指教。 |
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o**4
发帖数: 35028 | 37 代表性科研论文:
1. Song Y. and Lu B. Notch signaling modulator Numb's interaction with α-
Adaptin regulates endocytosis of Notch pathway components and cell fate
determination of neural stem cells. Journal of Biological Chemistry 2012,
287(21):17716-28.
2. Song Y. and Lu B. Regulation of cell growth by Notch signaling and its
differential requirement in normal vs. tumor-forming stem cells in
Drosophila. Genes & Development, 2011, 25(24):2644-2658.
3. Ouyang Y.*, Song Y.* and Lu B. p53 restrains ectopic... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 38 GST-A.B co-expression pls let IPTG and the cultures were maintained at 4°C
for 48-72 h then do that induction
reference:
PMID 23525091
Production of soluble eukaryotic recombinant proteins in E. coli is favoured
in early log-phase cultures induced at low temperature. (2012).
Springerplus. 2:89.
FINDINGS:
A high yield of active soluble proteins was obtained by combining early-log
phase cultures and low temperatures for protein induction. When IPTG was
added at OD600 = 0.1 and cultures... 阅读全帖 |
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s********n
发帖数: 2939 | 39 只是猜测：你这种情况可能像ls有人提到的，形成A-B active complex比较复杂，或者
不稳定，易形成aggregation。可以试试，
1）in vitro reconstitution, 用很低的浓度做试验（ug/ml）；A和B在高盐浓度下的
稳定性如何？如果稳定的话，你可以试试在高盐（1 M even higher）条件下做混合，
高盐可能可以降低non-specific interaction形成aggregation的几率；
2）in vivo，你可以试试用weak promoters表达你的蛋白（Aw+Bw, Aw+Bm, Am+Bw; w,
weak, m, medium），lower temperature，coexpress chaparones。
不过个人更倾向于试in vitro的方法，in vivo的local concentration太高了即使在
low expression的条件下。
BTW: Chaperone的plasmid可以买Takara (Clontech)和Agilent (Stratagene). |
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s********n
发帖数: 2939 | 40 你试试Agilent的ActicExpress (DE3) cell，这是用Gentamicin作为selection maker
，chaperone是来源于psychrophiles。
至于in vitro constitution，你也可以试试low temperature，low concentration
and high salt，low T可以减少aggregation的几率。检测最优当然是活性，不然就是
native gel/SEC/DLS。
codon |
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x**2
发帖数: 255 | 41 这种情况我倒没有遇到过，但是如果共表达chaperone是不是有可能改善？ |
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c********r
发帖数: 1125 | 42 跑胶间隙，神棍预测一把：
概率高的：
leptin （Friedman/colman)
nuclear receptor (jensen/chambon/evans)
这两组里面都有岁数很大的哥们了，再不给要死了就不好给了。
概率中等的：
chaperone
motor protein
miRNA(毕竟RNAi 刚给过）
神经领域（节律，触觉...)，好多年没给了..
概率小的
longevity
SNAREs
autophagy
PALM/STORM/STED |
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s**********t
发帖数: 680 | 44 H1B 快要用完了，单位不支持博后办EB1B，准备NIW和EB1A一起办。现在想尽快攒点审
稿经历。请好心人帮忙推荐一些相关的审稿机会。
Research Areas: mainly cancer biology, specifically including cancer stem
cell, the role of autophagy in the onset and progress of cancers, the role
of molecular chaperon in carcinogenesis, ras-related oncogenic pathways,
prostate cancer, breast cancer and salivary gland cancer. I have clinical
training and experience so I can review clinically related manuscripts.
I've reviewed many manuscripts on behalf of my PhD mentor and p... 阅读全帖 |
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x********e
发帖数: 35261 | 45 我不觉得蛋白和RNA结构可以类比成发动机
发动机造好了就不会散架，可生物大分子是处于一种非常不稳定的动态平衡。温度，盐
浓度，chaperones，crowding factors，都会影响kinetics |
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x********e
发帖数: 35261 | 46 另外，我觉得晶体结构有时候是有误导，或者说片面的。就说双螺旋吧，只有在原核生
物里是线性的。在真核生物in vivo的情况下，大部分时候DNA都是有histone
chaperone包裹着。双螺旋反应不了高级结构 |
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l********8
发帖数: 197 | 47 不晓得热点欸，不过以前实验室做chaperone，应该是“曾经的热点”了吧。。。。 |
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i***l
发帖数: 1656 | 48 1.一般生物的课题都有上下文，你相关的文献怎么写的？
2.看和什么比较，和水比，PBS 肯定更Physiological；和In Vivo比，肯定比不过；
Ph值和Osmolality是差不多的，但是具体到离子浓度，其他东西比如Chaperon有没有
ATP有多少之类的，会差很多。 |
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w***r
发帖数: 709 | 49 扯淡一样的故事，关键是不是圈中人，我是捂裆派的。
Science. 2015 Jan 2;347(6217):83-6. doi: 10.1126/science.1258857.
Aging. Lysosomal signaling molecules regulate longevity in Caenorhabditis
elegans.
Folick A1, Oakley HD2, Yu Y2, Armstrong EH3, Kumari M4, Sanor L5, Moore DD6,
Ortlund EA3, Zechner R4, Wang MC7.
Author information
Abstract
Lysosomes are crucial cellular organelles for human health that function in
digestion and recycling of extracellular and intracellular macromolecules.
We describe a signaling role for ly... 阅读全帖 |
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l****0
发帖数: 84 | 50 Chaperone-mediated specificity in Ras and Rap signaling.
Crit Rev Biochem Mol Biol. 2015;50(3):194-202. doi: 10.3109/10409238.2014.
989308. Epub 2014 Dec 9.Azoulay-Alfaguter I1, Strazza M, Mor A.
Thanks a lot. |
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