h****g
发帖数: 439 | 1 比较两组（对照组和实验组，每组5个标本）的基因表达，realtime pcr，然后用ct来
计算相对表达量。 问题是，计算delta delta CT时，delta CT calibrator用哪个？是
用对照组中的一个标本的，还是用对照组delta CT的平均值呢？ |
U********S
发帖数: 1896 | 2 delta CT 应该是测试基因和内参照比如housekeeping基因的Ct值之差，delta delta
CT 才是两组delta CT 之间的差异。具体计算和误差传递方法到ABI网站上找user
bulletin#2然后依样画葫芦就是了。画的时候要注意bulletin里举例用的是同一个样本
作5次所以是先把Ct值作平均后再计算delta CT的，实际应用时不同样本应该每个单独
计算delta CT 。 |
h****g
发帖数: 439 | 3 您的意思是，从对照组随便挑一个样本的delta ct做为 calibrator delta CT 吗？ 也
就是从对照组随便挑一个样本的表达量为“1”，而不是把对照组的全部样本合起来为
“1”。
【在 U********S 的大作中提到】
: delta CT 应该是测试基因和内参照比如housekeeping基因的Ct值之差，delta delta
: CT 才是两组delta CT 之间的差异。具体计算和误差传递方法到ABI网站上找user
: bulletin#2然后依样画葫芦就是了。画的时候要注意bulletin里举例用的是同一个样本
: 作5次所以是先把Ct值作平均后再计算delta CT的，实际应用时不同样本应该每个单独
: 计算delta CT 。
|
U********S
发帖数: 1896 | 4 不是。
你另外需要一个housekeeping基因比如GAPDH，actin, 18s等等，这样每个样本有两个Ct值，一个是测试基因比如A另一个是housekeeping基因B，delta ct是同个样本A和B基因之间差值。由多个样本的话需要计算delta ct的平均值作为这一组的结果，同样方法计算得到另外一组的delta ct。两组delta ct的差值叫delta delta ct，代表实验组和对照组之间的差异，用公式2^(-delta delta ct)可以得到差异的倍数。多个样本之间的delta ct误差计算以及如何传递两组的误差到最后的倍数误差请参考user bulletin#2。
【在 h****g 的大作中提到】
: 您的意思是，从对照组随便挑一个样本的delta ct做为 calibrator delta CT 吗？ 也
: 就是从对照组随便挑一个样本的表达量为“1”，而不是把对照组的全部样本合起来为
: “1”。
|
h****g
发帖数: 439 | 5 我知道怎么计算delta delta CT， 只是不知道同一组要不要合起来一起算。
如果用两组的平均值算，最后得到一个区间。是不是只要实验组的最小数比对照组的最
大数大，两组就有显著意义差别？
个Ct值，一个是测试基因比如A另一个是housekeeping基因B，delta ct是同个样本A和B
基因之间差值。由多个样本的话需要计算delta ct的平均值作为这一组的结果，同样方
法计算得到另外一组的delta ct。两组delta ct的差值叫delta delta ct，代表实验组
和对照组之间的差异，用公式2^(-delta delta ct)可以得到差异的倍数。多个样本之
间的delta ct误差计算以及如何传递两组的误差到最后的倍数误差请参考user
bulletin#2。
【在 U********S 的大作中提到】
: 不是。
: 你另外需要一个housekeeping基因比如GAPDH，actin, 18s等等，这样每个样本有两个Ct值，一个是测试基因比如A另一个是housekeeping基因B，delta ct是同个样本A和B基因之间差值。由多个样本的话需要计算delta ct的平均值作为这一组的结果，同样方法计算得到另外一组的delta ct。两组delta ct的差值叫delta delta ct，代表实验组和对照组之间的差异，用公式2^(-delta delta ct)可以得到差异的倍数。多个样本之间的delta ct误差计算以及如何传递两组的误差到最后的倍数误差请参考user bulletin#2。
|
s**f
发帖数: 365 | 6 两组normalized的数据（delta delta Ct values）的比较。
用t-test就好了。
和B
【在 h****g 的大作中提到】
: 我知道怎么计算delta delta CT， 只是不知道同一组要不要合起来一起算。
: 如果用两组的平均值算，最后得到一个区间。是不是只要实验组的最小数比对照组的最
: 大数大，两组就有显著意义差别？
:
: 个Ct值，一个是测试基因比如A另一个是housekeeping基因B，delta ct是同个样本A和B
: 基因之间差值。由多个样本的话需要计算delta ct的平均值作为这一组的结果，同样方
: 法计算得到另外一组的delta ct。两组delta ct的差值叫delta delta ct，代表实验组
: 和对照组之间的差异，用公式2^(-delta delta ct)可以得到差异的倍数。多个样本之
: 间的delta ct误差计算以及如何传递两组的误差到最后的倍数误差请参考user
: bulletin#2。
|
