b*****1
发帖数: 17 | 1 我还是一年级的研究生，做rotation。一直疑惑这个问题。
虽然过去书本上学了不同organism的优劣，但是没做过相关的research还是体会不到。
但是rotation也没那么多机会把各种模式生物都做一下。
1。我个人其实是想做genomics，RNA，gene regulation，还有systems biology这方面
的。我觉得是不是对于希望往genome啊，系统生物学啊，数理模型发展的话，就尽量选
择简单的生物？比如一般的cell line，yeast，最多C elegans？
2。是不是以后的趋势都是做mice呢？如果都是这个趋势，那做什么C elegans，或者
yeast的岂不都要关门了？这也牵扯出一个问题，就是postdoc和phd做的东西差别有多
大呢？比如我phd做C elegans，那么postdoc的时候做mice可以吗？我觉得是可以的，
但是这么多年的模式动物的经验，也不是一天两天就学来的，postdoc老板还是喜欢能
立刻上手干活的。
或者说，比如C elegans（和drosophila）有没有什么unique的优势，是别的生物代替
不了的？
3 |
D*a
发帖数: 6830 | 2 c elegans 出结果快，做lifespan三周一条曲线，敲基因RNAi一喂就行了，所以一般c
elegans的paper都是十条二十好几条lifespan
做老鼠的lifespan一般就是一个KO，交配等model半年多很正常，然后公的一个图母的
一个图，完了。
不过我是做老鼠的
我也很讨厌果蝇飞来飞去，这辈子估计不会碰。。。 |
t****p
发帖数: 1504 | 3 depend on你以后想做什么。你说想往system biology发展，这个念头是否坚定？这条
路基本上走academic的路，确信自己不要industry的退路吗？即便是system biology，
现在mammalian system做得也是如火如荼，不见得非要在原始生物上做吧。
mammalian system是大势所趋一点没错。RNAi发明之后原始生物genetics的优势尽失。
yeast的新开实验室有几家？基本上都在走下坡路。
我是做原始生物的，先酵母后阿米巴虫，敲除固然快，养细胞也简单。但是要找个合适
的抗体那成本很高，很花时间。mammalian system有很多commercial的抗体，拿来就用
。如果去参加哪个专业的会议，基本上自己处在边缘化的位置，人家根本不care你做的
东西。典型的说法是，你做的东西很漂亮啊，可惜mammalian system不太一样。发文章
也要使牛劲才行。
做pathway的，除了少数一些外，基本上mammalian system处在领先的地位。以前都是
原始模式生物先发现，mammalian system跟进验证；现在则有点倒
【在 b*****1 的大作中提到】
: 我还是一年级的研究生，做rotation。一直疑惑这个问题。
: 虽然过去书本上学了不同organism的优劣，但是没做过相关的research还是体会不到。
: 但是rotation也没那么多机会把各种模式生物都做一下。
: 1。我个人其实是想做genomics，RNA，gene regulation，还有systems biology这方面
: 的。我觉得是不是对于希望往genome啊，系统生物学啊，数理模型发展的话，就尽量选
: 择简单的生物？比如一般的cell line，yeast，最多C elegans？
: 2。是不是以后的趋势都是做mice呢？如果都是这个趋势，那做什么C elegans，或者
: yeast的岂不都要关门了？这也牵扯出一个问题，就是postdoc和phd做的东西差别有多
: 大呢？比如我phd做C elegans，那么postdoc的时候做mice可以吗？我觉得是可以的，
: 但是这么多年的模式动物的经验，也不是一天两天就学来的，postdoc老板还是喜欢能
|
p*****m
发帖数: 7030 | 4 欢迎总结啊 不过不能认同你对worm/fly的看法 RNAi在mammal里面in vivo的应用屈指
可数 效果也差 (in vivo)光从提供了一个简单高效的in vivo system这一个好处出发
fly/worm就
不是能被淘汰的 工具方面 mammalian系统抗体是多 可架不住fly/worm随便能弄个GFP
reporter 很多时候压根就不需要抗体
当然mammalian people对yeast/fly/worm有偏见 NIH也有很强的指向性 这都是事实
【在 t****p 的大作中提到】
: depend on你以后想做什么。你说想往system biology发展，这个念头是否坚定？这条
: 路基本上走academic的路，确信自己不要industry的退路吗？即便是system biology，
: 现在mammalian system做得也是如火如荼，不见得非要在原始生物上做吧。
: mammalian system是大势所趋一点没错。RNAi发明之后原始生物genetics的优势尽失。
: yeast的新开实验室有几家？基本上都在走下坡路。
: 我是做原始生物的，先酵母后阿米巴虫，敲除固然快，养细胞也简单。但是要找个合适
: 的抗体那成本很高，很花时间。mammalian system有很多commercial的抗体，拿来就用
: 。如果去参加哪个专业的会议，基本上自己处在边缘化的位置，人家根本不care你做的
: 东西。典型的说法是，你做的东西很漂亮啊，可惜mammalian system不太一样。发文章
: 也要使牛劲才行。
|
x**w
发帖数: 112 | 5 good idea。。。
搞得我也想谗和一把。。。
不如你开个帖子召集下人马讨论讨论。。。
【在 t****p 的大作中提到】
: depend on你以后想做什么。你说想往system biology发展，这个念头是否坚定？这条
: 路基本上走academic的路，确信自己不要industry的退路吗？即便是system biology，
: 现在mammalian system做得也是如火如荼，不见得非要在原始生物上做吧。
: mammalian system是大势所趋一点没错。RNAi发明之后原始生物genetics的优势尽失。
: yeast的新开实验室有几家？基本上都在走下坡路。
: 我是做原始生物的，先酵母后阿米巴虫，敲除固然快，养细胞也简单。但是要找个合适
: 的抗体那成本很高，很花时间。mammalian system有很多commercial的抗体，拿来就用
: 。如果去参加哪个专业的会议，基本上自己处在边缘化的位置，人家根本不care你做的
: 东西。典型的说法是，你做的东西很漂亮啊，可惜mammalian system不太一样。发文章
: 也要使牛劲才行。
|
s********x
发帖数: 472 | 6 The RNAi in C elegans shows a lot of non-specific effec-and it can not be
controled spatially, and there is no way to knock-out gene, transgene tech
almost always express too much because of multiple copy, and it is also most
of time unstable.
mouse is very slow and quite risky.
Recently, genome wide RNAi in fly is well established, you can K-down any
gene in any fly tissue, recently two RNAi screen papers just published in
Cell and there would be more. There are projects tagging every fly gene
【在 D*a 的大作中提到】
: c elegans 出结果快，做lifespan三周一条曲线，敲基因RNAi一喂就行了，所以一般c
: elegans的paper都是十条二十好几条lifespan
: 做老鼠的lifespan一般就是一个KO，交配等model半年多很正常，然后公的一个图母的
: 一个图，完了。
: 不过我是做老鼠的
: 我也很讨厌果蝇飞来飞去，这辈子估计不会碰。。。
|
p*****m
发帖数: 7030 | 7 fly RNAi也有off target effect啊，这个哪里都有 mammalian system也有
worm虽然没办法KO 但是你架不住人家mutant多啊 mutant+cell specific rescue在线虫
里是通用配置 基本可以替代老鼠的cKO了都 当然出发点不一样
相对来说反而是fly RNAi的efficacy好像还有点问题 至少在neuron里看起来efficacy就
很差 不知道是hpRNA设计的问题还是RNAi machinery整个就弱
most
with
【在 s********x 的大作中提到】
: The RNAi in C elegans shows a lot of non-specific effec-and it can not be
: controled spatially, and there is no way to knock-out gene, transgene tech
: almost always express too much because of multiple copy, and it is also most
: of time unstable.
: mouse is very slow and quite risky.
: Recently, genome wide RNAi in fly is well established, you can K-down any
: gene in any fly tissue, recently two RNAi screen papers just published in
: Cell and there would be more. There are projects tagging every fly gene
|
a***e
发帖数: 1010 | 8 the biggest problem of studying model organism is that: if you can't find a
faculty position, it is very hard to go to industry. |
p*****m
发帖数: 7030 | 9 that's so true...不过问题也不一定在我们
a
【在 a***e 的大作中提到】
: the biggest problem of studying model organism is that: if you can't find a
: faculty position, it is very hard to go to industry.
|
b****T
发帖数: 134 | 10 哪个老板牛就做哪个.
想做faculty，就找能做faculty的老板，要么就找好进industry方向的老板。 |
|
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O******e
发帖数: 4845 | 11 纯基础的，做什么的都不容易进公司。
a
【在 a***e 的大作中提到】
: the biggest problem of studying model organism is that: if you can't find a
: faculty position, it is very hard to go to industry.
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C*******e
发帖数: 4348 | 12 虽然我不是做果蝇的
但我觉得果蝇还蛮可爱的
小小的，就不像苍蝇那么恶心了
【在 b*****1 的大作中提到】
: 我还是一年级的研究生，做rotation。一直疑惑这个问题。
: 虽然过去书本上学了不同organism的优劣，但是没做过相关的research还是体会不到。
: 但是rotation也没那么多机会把各种模式生物都做一下。
: 1。我个人其实是想做genomics，RNA，gene regulation，还有systems biology这方面
: 的。我觉得是不是对于希望往genome啊，系统生物学啊，数理模型发展的话，就尽量选
: 择简单的生物？比如一般的cell line，yeast，最多C elegans？
: 2。是不是以后的趋势都是做mice呢？如果都是这个趋势，那做什么C elegans，或者
: yeast的岂不都要关门了？这也牵扯出一个问题，就是postdoc和phd做的东西差别有多
: 大呢？比如我phd做C elegans，那么postdoc的时候做mice可以吗？我觉得是可以的，
: 但是这么多年的模式动物的经验，也不是一天两天就学来的，postdoc老板还是喜欢能
|
l******u
发帖数: 936 | 13 有些老板的课题既可以进公司又可以做faculty, 而且这样的研究方向往往好申请经费.
【在 b****T 的大作中提到】
: 哪个老板牛就做哪个.
: 想做faculty，就找能做faculty的老板，要么就找好进industry方向的老板。
|
c**n
发帖数: 73 | 14
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
most
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
These two are no longer true.
Check out these two papers
Single-copy insertion of transgenes in Caenorhabditis elegans
Christian Fr?kj?r-Jensen1,2, M Wayne Davis1, Christopher E Hopkins1, Blake J
Newman1, Jason M Thummel1, S?ren-Peter Olesen2, Morten Grunnet2,3 & Erik M
Jorgensen1
Targeted gene deletions in C. elegans using transposon excision
Christian F
【在 s********x 的大作中提到】
: The RNAi in C elegans shows a lot of non-specific effec-and it can not be
: controled spatially, and there is no way to knock-out gene, transgene tech
: almost always express too much because of multiple copy, and it is also most
: of time unstable.
: mouse is very slow and quite risky.
: Recently, genome wide RNAi in fly is well established, you can K-down any
: gene in any fly tissue, recently two RNAi screen papers just published in
: Cell and there would be more. There are projects tagging every fly gene
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G*****m
发帖数: 198 | |
t****p
发帖数: 1504 | 16 我主要是觉得做yeast等原始生物没有前途。worm/fly还可以再撑一些时间。
磷酸化的抗体不是弄GFP能搞定的。如果要整整个pathway，每个strain都弄个GFP
reporter也相当麻烦。
至于in vivo的实验，现在比较通行的做法是在cell line里面先搞清楚了，然后做个老
鼠啥的验证。这种情况下worm/fly的优势也比较有限。
发
GFP
【在 p*****m 的大作中提到】
: 欢迎总结啊 不过不能认同你对worm/fly的看法 RNAi在mammal里面in vivo的应用屈指
: 可数 效果也差 (in vivo)光从提供了一个简单高效的in vivo system这一个好处出发
: fly/worm就
: 不是能被淘汰的 工具方面 mammalian系统抗体是多 可架不住fly/worm随便能弄个GFP
: reporter 很多时候压根就不需要抗体
: 当然mammalian people对yeast/fly/worm有偏见 NIH也有很强的指向性 这都是事实
|
t****p
发帖数: 1504 | 17 这些large screening的进展很激动人心啊！
我做阿米巴虫现在。其实从模式生物的角度来说也蛮好的，研究趋化反应和多细胞生物
的生成。就是没有几个牛人跟做果蝇的那帮有魄力，建各种大规模的库。现在每个小组
都各自为政，小打小闹，满失望的。
most
with
【在 s********x 的大作中提到】
: The RNAi in C elegans shows a lot of non-specific effec-and it can not be
: controled spatially, and there is no way to knock-out gene, transgene tech
: almost always express too much because of multiple copy, and it is also most
: of time unstable.
: mouse is very slow and quite risky.
: Recently, genome wide RNAi in fly is well established, you can K-down any
: gene in any fly tissue, recently two RNAi screen papers just published in
: Cell and there would be more. There are projects tagging every fly gene
|
t****p
发帖数: 1504 | 18 这点说得很对。
a
【在 a***e 的大作中提到】
: the biggest problem of studying model organism is that: if you can't find a
: faculty position, it is very hard to go to industry.
|
t****p
发帖数: 1504 | 19 呵呵，斑马鱼现在的支持力度加大，有一个原因是它有一条脊椎。
【在 G*****m 的大作中提到】
: 呵呵，强烈支持做斑马鱼！
|
p*****m
发帖数: 7030 | 20 FLY/WORM搞一个reporter gfp实在是太容易了 比弄个抗体只怕还快 被修饰的蛋白的抗
体到是个问题
intracellular的signaling pathway，有了cell culture+RNAi 确实可以绕过fly/worm
了 但是那些global的还需要fly worm啊
【在 t****p 的大作中提到】
: 我主要是觉得做yeast等原始生物没有前途。worm/fly还可以再撑一些时间。
: 磷酸化的抗体不是弄GFP能搞定的。如果要整整个pathway，每个strain都弄个GFP
: reporter也相当麻烦。
: 至于in vivo的实验，现在比较通行的做法是在cell line里面先搞清楚了，然后做个老
: 鼠啥的验证。这种情况下worm/fly的优势也比较有限。
:
: 发
: GFP
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a****k
发帖数: 1130 | 21 同意，那些global的研究还是worm和fly做起来比较方便比较快
我觉得大家的讨论有一点孤立，为什么不能用worm/fly的screen做出发现，然后再move
到mammalian system里进行具体而细致的研究呢。每个模式动物都各有利弊，能够结合
起来不是最好吗
worm
【在 p*****m 的大作中提到】
: FLY/WORM搞一个reporter gfp实在是太容易了 比弄个抗体只怕还快 被修饰的蛋白的抗
: 体到是个问题
: intracellular的signaling pathway，有了cell culture+RNAi 确实可以绕过fly/worm
: 了 但是那些global的还需要fly worm啊
|
b*****1
发帖数: 17 | 22 这句话我就不太懂啊。
problem of studying model organism？ 所有做model organism的人都找不到industry吗？那做什么容易找到呢？human cell line吗？。.
另外，mammalian也算是model organism吧？
麻烦赐教
a
【在 a***e 的大作中提到】
: the biggest problem of studying model organism is that: if you can't find a
: faculty position, it is very hard to go to industry.
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b*****1
发帖数: 17 | 23 其实我的兴趣比较在于：genome research，或者epigenetics，但比较偏向用
microarray+large data analysis这样的研究。。就是很纯的科学研究吧。
一方面是对这些东西比较有兴趣（我觉得genome的研究还是很有前途吧?因为现在对
genome的认识还非常少）另外一方面，是比较希望有quantitative science方面的训练
，以后也是希望可以做多学科交叉的那样的方向吧。
而这样的research，（用quantitative手段的），肯定要放在比较简单的systems里面
做吧？比如yeast，最多C elegans，有放到老鼠里去做的吗？（个人愚见，拍砖）因为
感觉这种genome的研究本身就是和model关系不大的吧。
然后一定要偏向医学研究，都做到老鼠水平才能在industry有个退路吗？比如我做
genome，对那些sequencing的东西比较内行，是不是也可以在industry找到工作呢？
谢谢
【在 t****p 的大作中提到】
: 我主要是觉得做yeast等原始生物没有前途。worm/fly还可以再撑一些时间。
: 磷酸化的抗体不是弄GFP能搞定的。如果要整整个pathway，每个strain都弄个GFP
: reporter也相当麻烦。
: 至于in vivo的实验，现在比较通行的做法是在cell line里面先搞清楚了，然后做个老
: 鼠啥的验证。这种情况下worm/fly的优势也比较有限。
:
: 发
: GFP
|
b*****1
发帖数: 17 | 24 还有一个问题就是
做human cell line和yeast有什么区别？
我感觉都是细胞吧。难度差不多吧？
这还是回到刚才那个问题。有前辈说做model organism难找到position，那做什么呢？
随便找个Hela Cell Line来做？（cell line不算model organism吧？）。。
【在 b*****1 的大作中提到】
: 其实我的兴趣比较在于：genome research，或者epigenetics，但比较偏向用
: microarray+large data analysis这样的研究。。就是很纯的科学研究吧。
: 一方面是对这些东西比较有兴趣（我觉得genome的研究还是很有前途吧?因为现在对
: genome的认识还非常少）另外一方面，是比较希望有quantitative science方面的训练
: ，以后也是希望可以做多学科交叉的那样的方向吧。
: 而这样的research，（用quantitative手段的），肯定要放在比较简单的systems里面
: 做吧？比如yeast，最多C elegans，有放到老鼠里去做的吗？（个人愚见，拍砖）因为
: 感觉这种genome的研究本身就是和model关系不大的吧。
: 然后一定要偏向医学研究，都做到老鼠水平才能在industry有个退路吗？比如我做
: genome，对那些sequencing的东西比较内行，是不是也可以在industry找到工作呢？
|
O******e
发帖数: 4845 | 25 阿米巴虫领域其实蛮小的，模式生物的功能还是比不上其它的重要吧
【在 t****p 的大作中提到】
: 这些large screening的进展很激动人心啊！
: 我做阿米巴虫现在。其实从模式生物的角度来说也蛮好的，研究趋化反应和多细胞生物
: 的生成。就是没有几个牛人跟做果蝇的那帮有魄力，建各种大规模的库。现在每个小组
: 都各自为政，小打小闹，满失望的。
:
: most
: with
|
z*******o
发帖数: 1794 | 26 这个话题我喜欢，愿意听大家的意见，呵呵。
Yeast之类做起来是挺爽的，速度嗖嗖的，但拿钱和出路问题真是不乐观啊。 |
z*******o
发帖数: 1794 | 27 这个话题我喜欢，愿意听大家的意见，呵呵。
Yeast之类做起来是挺爽的，速度嗖嗖的，但拿钱和出路问题真是不乐观啊。 |
t****p
发帖数: 1504 | 28 genome research和epigenetics，一个是病人样本的研究，一个是干细胞方面的研究，
我知道的这两类研究比起做yeast的人只会多不会少。
【在 b*****1 的大作中提到】
: 其实我的兴趣比较在于：genome research，或者epigenetics，但比较偏向用
: microarray+large data analysis这样的研究。。就是很纯的科学研究吧。
: 一方面是对这些东西比较有兴趣（我觉得genome的研究还是很有前途吧?因为现在对
: genome的认识还非常少）另外一方面，是比较希望有quantitative science方面的训练
: ，以后也是希望可以做多学科交叉的那样的方向吧。
: 而这样的research，（用quantitative手段的），肯定要放在比较简单的systems里面
: 做吧？比如yeast，最多C elegans，有放到老鼠里去做的吗？（个人愚见，拍砖）因为
: 感觉这种genome的研究本身就是和model关系不大的吧。
: 然后一定要偏向医学研究，都做到老鼠水平才能在industry有个退路吗？比如我做
: genome，对那些sequencing的东西比较内行，是不是也可以在industry找到工作呢？
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l******u
发帖数: 936 | 29 epigenetics 也有很多病人样本的研究, epigenetics 现在在cancer research 也是非常
热门的方向.
【在 t****p 的大作中提到】
: genome research和epigenetics，一个是病人样本的研究，一个是干细胞方面的研究，
: 我知道的这两类研究比起做yeast的人只会多不会少。
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e*n
发帖数: 1511 | 30 公司其实也在招systems biology得人
【在 t****p 的大作中提到】
: depend on你以后想做什么。你说想往system biology发展，这个念头是否坚定？这条
: 路基本上走academic的路，确信自己不要industry的退路吗？即便是system biology，
: 现在mammalian system做得也是如火如荼，不见得非要在原始生物上做吧。
: mammalian system是大势所趋一点没错。RNAi发明之后原始生物genetics的优势尽失。
: yeast的新开实验室有几家？基本上都在走下坡路。
: 我是做原始生物的，先酵母后阿米巴虫，敲除固然快，养细胞也简单。但是要找个合适
: 的抗体那成本很高，很花时间。mammalian system有很多commercial的抗体，拿来就用
: 。如果去参加哪个专业的会议，基本上自己处在边缘化的位置，人家根本不care你做的
: 东西。典型的说法是，你做的东西很漂亮啊，可惜mammalian system不太一样。发文章
: 也要使牛劲才行。
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e*n
发帖数: 1511 | 31 现在基本上趋势是模式生物和老鼠的组team up.
在老鼠里map到一个基因，如果没有已知功能，就拿到zebra fish里面去做KO.
【在 b*****1 的大作中提到】
: 我还是一年级的研究生，做rotation。一直疑惑这个问题。
: 虽然过去书本上学了不同organism的优劣，但是没做过相关的research还是体会不到。
: 但是rotation也没那么多机会把各种模式生物都做一下。
: 1。我个人其实是想做genomics，RNA，gene regulation，还有systems biology这方面
: 的。我觉得是不是对于希望往genome啊，系统生物学啊，数理模型发展的话，就尽量选
: 择简单的生物？比如一般的cell line，yeast，最多C elegans？
: 2。是不是以后的趋势都是做mice呢？如果都是这个趋势，那做什么C elegans，或者
: yeast的岂不都要关门了？这也牵扯出一个问题，就是postdoc和phd做的东西差别有多
: 大呢？比如我phd做C elegans，那么postdoc的时候做mice可以吗？我觉得是可以的，
: 但是这么多年的模式动物的经验，也不是一天两天就学来的，postdoc老板还是喜欢能
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D*a
发帖数: 6830 | 32 in vitro的也很受in vivo的鄙视的。。。
当然比较好听的说法是you know，it's different
【在 b*****1 的大作中提到】
: 还有一个问题就是
: 做human cell line和yeast有什么区别？
: 我感觉都是细胞吧。难度差不多吧？
: 这还是回到刚才那个问题。有前辈说做model organism难找到position，那做什么呢？
: 随便找个Hela Cell Line来做？（cell line不算model organism吧？）。。
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D*a
发帖数: 6830 | |
n********k
发帖数: 2818 | 34 all are good choice with potentials but u have to find ur own niche and
bridge things together later on...People
with mathematical mind, who also knows biology WELL will surely prevail in
the future...the prime days for
those who are very good with math but don't know much about biology are gone
...the opposite is less true
but happening too...As well, it also depends on how ambitious you are...
whether you just want to be trendy
follower or want to be a pioneer...unless u are one of those and/o
【在 b*****1 的大作中提到】
: 我还是一年级的研究生，做rotation。一直疑惑这个问题。
: 虽然过去书本上学了不同organism的优劣，但是没做过相关的research还是体会不到。
: 但是rotation也没那么多机会把各种模式生物都做一下。
: 1。我个人其实是想做genomics，RNA，gene regulation，还有systems biology这方面
: 的。我觉得是不是对于希望往genome啊，系统生物学啊，数理模型发展的话，就尽量选
: 择简单的生物？比如一般的cell line，yeast，最多C elegans？
: 2。是不是以后的趋势都是做mice呢？如果都是这个趋势，那做什么C elegans，或者
: yeast的岂不都要关门了？这也牵扯出一个问题，就是postdoc和phd做的东西差别有多
: 大呢？比如我phd做C elegans，那么postdoc的时候做mice可以吗？我觉得是可以的，
: 但是这么多年的模式动物的经验，也不是一天两天就学来的，postdoc老板还是喜欢能
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d****0
发帖数: 335 | 35 sh*t, I thought you are dating a model and make her to orgasm. |
T**********1
发帖数: 2406 | 36 NIH funded. what if NIH stops funding or completely dispears? Are you realy
adding value and conrtributing to the improvement of people's lives? who in
the world will be willing to pay you for your expertise? these are the
questions you need to ask youself before you continue to put you best years
in whatever you are doing.
If these research have dubious value to society, such large scale funding/
spending will end, sooner or later.
【在 b*****1 的大作中提到】
: 我还是一年级的研究生，做rotation。一直疑惑这个问题。
: 虽然过去书本上学了不同organism的优劣，但是没做过相关的research还是体会不到。
: 但是rotation也没那么多机会把各种模式生物都做一下。
: 1。我个人其实是想做genomics，RNA，gene regulation，还有systems biology这方面
: 的。我觉得是不是对于希望往genome啊，系统生物学啊，数理模型发展的话，就尽量选
: 择简单的生物？比如一般的cell line，yeast，最多C elegans？
: 2。是不是以后的趋势都是做mice呢？如果都是这个趋势，那做什么C elegans，或者
: yeast的岂不都要关门了？这也牵扯出一个问题，就是postdoc和phd做的东西差别有多
: 大呢？比如我phd做C elegans，那么postdoc的时候做mice可以吗？我觉得是可以的，
: 但是这么多年的模式动物的经验，也不是一天两天就学来的，postdoc老板还是喜欢能
|
s******s
发帖数: 13035 | 37 埃米巴的好处是做knockout比较容易，而且可以多细胞发育fruitbody,
做发育的这个最简单了
【在 O******e 的大作中提到】
: 阿米巴虫领域其实蛮小的，模式生物的功能还是比不上其它的重要吧
|
s******s
发帖数: 13035 | 38 这样的也有一些。不过要求老板比较多钱，毕竟老鼠果蝇一起搞花费不少。
move
【在 a****k 的大作中提到】
: 同意，那些global的研究还是worm和fly做起来比较方便比较快
: 我觉得大家的讨论有一点孤立，为什么不能用worm/fly的screen做出发现，然后再move
: 到mammalian system里进行具体而细致的研究呢。每个模式动物都各有利弊，能够结合
: 起来不是最好吗
:
: worm
|
s******s
发帖数: 13035 | 39 fly的问题是搞knockout相对于transgene太太麻烦了
worm
【在 p*****m 的大作中提到】
: FLY/WORM搞一个reporter gfp实在是太容易了 比弄个抗体只怕还快 被修饰的蛋白的抗
: 体到是个问题
: intracellular的signaling pathway，有了cell culture+RNAi 确实可以绕过fly/worm
: 了 但是那些global的还需要fly worm啊
|
p*****m
发帖数: 7030 | 40 这个是 但是这一点什么物种都成立
fly的问题是搞knockout相对于transgene太太麻烦了
worm
【在 s******s 的大作中提到】
: fly的问题是搞knockout相对于transgene太太麻烦了
:
: worm
|
|
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l******n
发帖数: 105 | 41 总结得精彩啊！
现在有了RNAi，是不是直接研究非模式生物更有意义？比如直接研究蛇，猪，马，牛，
羊，熊猫？
【在 t****p 的大作中提到】
: depend on你以后想做什么。你说想往system biology发展，这个念头是否坚定？这条
: 路基本上走academic的路，确信自己不要industry的退路吗？即便是system biology，
: 现在mammalian system做得也是如火如荼，不见得非要在原始生物上做吧。
: mammalian system是大势所趋一点没错。RNAi发明之后原始生物genetics的优势尽失。
: yeast的新开实验室有几家？基本上都在走下坡路。
: 我是做原始生物的，先酵母后阿米巴虫，敲除固然快，养细胞也简单。但是要找个合适
: 的抗体那成本很高，很花时间。mammalian system有很多commercial的抗体，拿来就用
: 。如果去参加哪个专业的会议，基本上自己处在边缘化的位置，人家根本不care你做的
: 东西。典型的说法是，你做的东西很漂亮啊，可惜mammalian system不太一样。发文章
: 也要使牛劲才行。
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l******u
发帖数: 936 | 42 在开始做各种物种之前
首先要明白研究模式生物是为了什么? 为什么某些被选作模式生物, 而有些不是?
为什么原来很热的"爪蟾", 现在做的人越来越少?
【在 l******n 的大作中提到】
: 总结得精彩啊！
: 现在有了RNAi，是不是直接研究非模式生物更有意义？比如直接研究蛇，猪，马，牛，
: 羊，熊猫？
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p*****m
发帖数: 7030 | 43 对的 再加上现在起transgenic技术和genome sequencing的普及 以后one question
for one species不是梦想 哈哈
【在 l******n 的大作中提到】
: 总结得精彩啊！
: 现在有了RNAi，是不是直接研究非模式生物更有意义？比如直接研究蛇，猪，马，牛，
: 羊，熊猫？
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f**u
发帖数: 346 | 44 果蝇可以在基因组上做markerless的点突变，比如去掉一个磷酸化位点之类的，
这样基因组里除了你需要的突变外没有其他任何突变，
虽然很烦琐，但如果你真需要做还是可以做的，其他的模式还有能做的吗？
【在 p*****m 的大作中提到】
: 这个是 但是这一点什么物种都成立
:
: fly的问题是搞knockout相对于transgene太太麻烦了
: worm
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z*******o
发帖数: 1794 | 45 re
但这样需要PI有很大的能力和强有力的funding支持，见过某大牛Yeast，fly，plant，
mouse和cell line通吃，就研究某超级保守的protein在这些organism中的function。
这才是真的做science啊。
【在 e*n 的大作中提到】
: 现在基本上趋势是模式生物和老鼠的组team up.
: 在老鼠里map到一个基因，如果没有已知功能，就拿到zebra fish里面去做KO.
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a***e
发帖数: 1010 | 46 for an individual in that lab, most of the time, he is still working on
one of them.
The PI himself is more like a CEO here.
【在 z*******o 的大作中提到】
: re
: 但这样需要PI有很大的能力和强有力的funding支持，见过某大牛Yeast，fly，plant，
: mouse和cell line通吃，就研究某超级保守的protein在这些organism中的function。
: 这才是真的做science啊。
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a***e
发帖数: 1010 | 47 (1) for any model organism, you can try homologous recombination to mutate
anything you want.
(2) for model organism like yeast, worm, fly, the best part of them is
genetics. You can do "unbiased" genetic screen to identity anything change
a defined phenotype.
【在 f**u 的大作中提到】
: 果蝇可以在基因组上做markerless的点突变，比如去掉一个磷酸化位点之类的，
: 这样基因组里除了你需要的突变外没有其他任何突变，
: 虽然很烦琐，但如果你真需要做还是可以做的，其他的模式还有能做的吗？
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p*****m
发帖数: 7030 | 48 这个在老鼠里比果蝇里快 真的 呵呵
【在 f**u 的大作中提到】
: 果蝇可以在基因组上做markerless的点突变，比如去掉一个磷酸化位点之类的，
: 这样基因组里除了你需要的突变外没有其他任何突变，
: 虽然很烦琐，但如果你真需要做还是可以做的，其他的模式还有能做的吗？
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l******n
发帖数: 105 | 49 要是能实现就太好了！
【在 p*****m 的大作中提到】
: 对的 再加上现在起transgenic技术和genome sequencing的普及 以后one question
: for one species不是梦想 哈哈
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s********x
发帖数: 472 | 50 They are actually similar, mouse grows too slow.
in fly you need to screen in vivo, that also time consuming.
【在 p*****m 的大作中提到】
: 这个在老鼠里比果蝇里快 真的 呵呵
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d*****k
发帖数: 54 | 51 那像我这种搞细菌signal path way的是不是更没啥前途？博后是不是要考虑换换方向
？ |
y***i
发帖数: 11639 | 52 你转化工应该比别人容易吧？没经历，只是猜测。
【在 d*****k 的大作中提到】
: 那像我这种搞细菌signal path way的是不是更没啥前途？博后是不是要考虑换换方向
: ？
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X***n
发帖数: 366 | 53 我觉得凡事别想太全，不要大而无当。
简单的系统有利于focus生命活动的本质问题，这些问题要放在高等动物以有利于人类
的生命健康。所以yeast,worm,mouse都是需要的，前提是你真的想研究一些生命活动的
本质问题，而不是赶时髦玩。要精深，而不是博泛。
【在 b*****1 的大作中提到】
: 我还是一年级的研究生，做rotation。一直疑惑这个问题。
: 虽然过去书本上学了不同organism的优劣，但是没做过相关的research还是体会不到。
: 但是rotation也没那么多机会把各种模式生物都做一下。
: 1。我个人其实是想做genomics，RNA，gene regulation，还有systems biology这方面
: 的。我觉得是不是对于希望往genome啊，系统生物学啊，数理模型发展的话，就尽量选
: 择简单的生物？比如一般的cell line，yeast，最多C elegans？
: 2。是不是以后的趋势都是做mice呢？如果都是这个趋势，那做什么C elegans，或者
: yeast的岂不都要关门了？这也牵扯出一个问题，就是postdoc和phd做的东西差别有多
: 大呢？比如我phd做C elegans，那么postdoc的时候做mice可以吗？我觉得是可以的，
: 但是这么多年的模式动物的经验，也不是一天两天就学来的，postdoc老板还是喜欢能
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