y******e
发帖数: 277 | 1 手上有1000多个RNA-Seq reads，75bp，请问用啥软件把它们连起来？以前没有做过。
谢谢大家建议！=）
找到Cufflinks可以做，不过好像要Unix系统。请问有没有windows底下就能用的？多谢
啦！ | l*****c
发帖数: 17 | 2 你的描述太少，
（1）1000多个RNA-Seq reads，有些难以想象，RNA-seq都是以M来计算的啊，是1000M
Reads？
（2）是测序的有参考基因组序列的，比如human还是完全新的？有很多软件完成不同的
任务，比如abyss,soapdenovo,velvet,cufflinks,scripture等等。 | s*********x
发帖数: 1923 | 3 typo? 1000 reads is nothing. According to my experience, you need to have
more than 10 Million reads. | y******e
发帖数: 277 | 4 谢谢楼上两位大侠！ =）
不好意思，顶楼没有说清楚 >_<
是有2G多的reads，75bp each。没有参考的genes，不过是和果蝇相近的
fly。之前手动检查了一些同源基因，和果蝇的蛋白序列基本一样，cDNA有很多
synonymous substitutions。
我的想法是，先把所有的reads当成新的序列做assembly，之后再用blast against果蝇的基因做annotation。因为不太清楚直接用75bp RNA-seq reads match果蝇的transcripts 成不。。。
没有经验，多谢大家帮忙啦！ |
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