d*****8
发帖数: 29 | 1 用果蝇做model， 我找到一个transcriptional repressor在stem cell中有non－
autonomous effect， 在人里面报道过这个转录因子能抑制很多cytokines表达。 现在
我想用Chipseq找它在干细胞中的targets。 在果蝇里还没有报道过这个因子的已知的
binding region，只知道它的consensus elements跟人的是保守的。人里面已知的
targets可能在果蝇里不保守。 如果这种情况想做Chipseq，要怎么找一个control
binding region。跟我们合作的一个实验室说没有control region也能做但是风险很大
。非常感谢！！！！ |
s******s
发帖数: 13035 | 2 从果蝇里面取干细胞然后chip? 听上去很牛
【在 d*****8 的大作中提到】
: 用果蝇做model， 我找到一个transcriptional repressor在stem cell中有non－
: autonomous effect， 在人里面报道过这个转录因子能抑制很多cytokines表达。 现在
: 我想用Chipseq找它在干细胞中的targets。 在果蝇里还没有报道过这个因子的已知的
: binding region，只知道它的consensus elements跟人的是保守的。人里面已知的
: targets可能在果蝇里不保守。 如果这种情况想做Chipseq，要怎么找一个control
: binding region。跟我们合作的一个实验室说没有control region也能做但是风险很大
: 。非常感谢！！！！
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d*****8
发帖数: 29 | 3 现在没control很难开始。 我们在干细胞里表达GFP， 然后可以用FACS sorting 出GFP
＋ cell。 但是这个population 总会有点污染。而且做Chip 的material 估计不够，
所以我们打算用组织做。
【在 s******s 的大作中提到】
: 从果蝇里面取干细胞然后chip? 听上去很牛
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k*****n
发帖数: 323 | 4 看你能搞到多少细胞了，多的话，做个test chip， barcode，加到别人的lane里seq，
结果好就大规模做 |
h***u
发帖数: 90 | 5 有没有可能先敲除然后用microarray 或RNA-seq确定target gene. 没做过果蝇, 不知
道难度有多大.不过话说你已经知道表型了, 应该作了敲除吧. 拿到target gene 以后
可以在其附近找motif作为可能的control binding region.
sort的细胞如果能到几十K, 也是可以做ChIP的, 当然要看这个TF binding的强弱了.
可以试试这个kit
http://www.activemotif.com/catalog/868.html
【在 d*****8 的大作中提到】
: 用果蝇做model， 我找到一个transcriptional repressor在stem cell中有non－
: autonomous effect， 在人里面报道过这个转录因子能抑制很多cytokines表达。 现在
: 我想用Chipseq找它在干细胞中的targets。 在果蝇里还没有报道过这个因子的已知的
: binding region，只知道它的consensus elements跟人的是保守的。人里面已知的
: targets可能在果蝇里不保守。 如果这种情况想做Chipseq，要怎么找一个control
: binding region。跟我们合作的一个实验室说没有control region也能做但是风险很大
: 。非常感谢！！！！
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d*****8
发帖数: 29 | 6 谢谢你的建议， 我们有knockout的line，有想过在干细胞中做RNAi和overexpression
的然后sorting做RNAseq，但是老板说可能结果不是很特异，所以sample现在还放着没
做。主要是干细胞太少，做sorting还会损失一些。这个TF的binding应该很强，我们有
做BAC的GFP－tag看到核内有很强的信号。现在想可能还是要RNAseq入手先找可能的
target做control。
【在 h***u 的大作中提到】
: 有没有可能先敲除然后用microarray 或RNA-seq确定target gene. 没做过果蝇, 不知
: 道难度有多大.不过话说你已经知道表型了, 应该作了敲除吧. 拿到target gene 以后
: 可以在其附近找motif作为可能的control binding region.
: sort的细胞如果能到几十K, 也是可以做ChIP的, 当然要看这个TF binding的强弱了.
: 可以试试这个kit
: http://www.activemotif.com/catalog/868.html
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d*****8
发帖数: 29 | 7 能拿到10k左右的细胞。这个应该不会花太多钱，估计值得一试。谢谢啦！！！
【在 k*****n 的大作中提到】
: 看你能搞到多少细胞了，多的话，做个test chip， barcode，加到别人的lane里seq，
: 结果好就大规模做
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d*****8
发帖数: 29 | 8 用果蝇做model， 我找到一个transcriptional repressor在stem cell中有non－
autonomous effect， 在人里面报道过这个转录因子能抑制很多cytokines表达。 现在
我想用Chipseq找它在干细胞中的targets。 在果蝇里还没有报道过这个因子的已知的
binding region，只知道它的consensus elements跟人的是保守的。人里面已知的
targets可能在果蝇里不保守。 如果这种情况想做Chipseq，要怎么找一个control
binding region。跟我们合作的一个实验室说没有control region也能做但是风险很大
。非常感谢！！！！ |
s******s
发帖数: 13035 | 9 从果蝇里面取干细胞然后chip? 听上去很牛
【在 d*****8 的大作中提到】
: 用果蝇做model， 我找到一个transcriptional repressor在stem cell中有non－
: autonomous effect， 在人里面报道过这个转录因子能抑制很多cytokines表达。 现在
: 我想用Chipseq找它在干细胞中的targets。 在果蝇里还没有报道过这个因子的已知的
: binding region，只知道它的consensus elements跟人的是保守的。人里面已知的
: targets可能在果蝇里不保守。 如果这种情况想做Chipseq，要怎么找一个control
: binding region。跟我们合作的一个实验室说没有control region也能做但是风险很大
: 。非常感谢！！！！
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d*****8
发帖数: 29 | 10 现在没control很难开始。 我们在干细胞里表达GFP， 然后可以用FACS sorting 出GFP
＋ cell。 但是这个population 总会有点污染。而且做Chip 的material 估计不够，
所以我们打算用组织做。
【在 s******s 的大作中提到】
: 从果蝇里面取干细胞然后chip? 听上去很牛
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k*****n
发帖数: 323 | 11 看你能搞到多少细胞了，多的话，做个test chip， barcode，加到别人的lane里seq，
结果好就大规模做 |
h***u
发帖数: 90 | 12 有没有可能先敲除然后用microarray 或RNA-seq确定target gene. 没做过果蝇, 不知
道难度有多大.不过话说你已经知道表型了, 应该作了敲除吧. 拿到target gene 以后
可以在其附近找motif作为可能的control binding region.
sort的细胞如果能到几十K, 也是可以做ChIP的, 当然要看这个TF binding的强弱了.
可以试试这个kit
http://www.activemotif.com/catalog/868.html
【在 d*****8 的大作中提到】
: 用果蝇做model， 我找到一个transcriptional repressor在stem cell中有non－
: autonomous effect， 在人里面报道过这个转录因子能抑制很多cytokines表达。 现在
: 我想用Chipseq找它在干细胞中的targets。 在果蝇里还没有报道过这个因子的已知的
: binding region，只知道它的consensus elements跟人的是保守的。人里面已知的
: targets可能在果蝇里不保守。 如果这种情况想做Chipseq，要怎么找一个control
: binding region。跟我们合作的一个实验室说没有control region也能做但是风险很大
: 。非常感谢！！！！
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d*****8
发帖数: 29 | 13 谢谢你的建议， 我们有knockout的line，有想过在干细胞中做RNAi和overexpression
的然后sorting做RNAseq，但是老板说可能结果不是很特异，所以sample现在还放着没
做。主要是干细胞太少，做sorting还会损失一些。这个TF的binding应该很强，我们有
做BAC的GFP－tag看到核内有很强的信号。现在想可能还是要RNAseq入手先找可能的
target做control。
【在 h***u 的大作中提到】
: 有没有可能先敲除然后用microarray 或RNA-seq确定target gene. 没做过果蝇, 不知
: 道难度有多大.不过话说你已经知道表型了, 应该作了敲除吧. 拿到target gene 以后
: 可以在其附近找motif作为可能的control binding region.
: sort的细胞如果能到几十K, 也是可以做ChIP的, 当然要看这个TF binding的强弱了.
: 可以试试这个kit
: http://www.activemotif.com/catalog/868.html
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d*****8
发帖数: 29 | 14 能拿到10k左右的细胞。这个应该不会花太多钱，估计值得一试。谢谢啦！！！
【在 k*****n 的大作中提到】
: 看你能搞到多少细胞了，多的话，做个test chip， barcode，加到别人的lane里seq，
: 结果好就大规模做
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m******5
发帖数: 1383 | 15 楼主问题解决了么？i'm also doing chip seq without control region so I would
really appreciate it a lot if you share with me your solution.
【在 d*****8 的大作中提到】
: 用果蝇做model， 我找到一个transcriptional repressor在stem cell中有non－
: autonomous effect， 在人里面报道过这个转录因子能抑制很多cytokines表达。 现在
: 我想用Chipseq找它在干细胞中的targets。 在果蝇里还没有报道过这个因子的已知的
: binding region，只知道它的consensus elements跟人的是保守的。人里面已知的
: targets可能在果蝇里不保守。 如果这种情况想做Chipseq，要怎么找一个control
: binding region。跟我们合作的一个实验室说没有control region也能做但是风险很大
: 。非常感谢！！！！
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