A*******e 发帖数: 284 | 1 请问诸位,RNA-SEQ结果该用什么软件分析,五千万个reads左右,需要什么样的运行平
台和硬件配置? 我是做bench的,粗通bioinfo,NGS刚刚开始接触,请各位多指点。 |
z*********8 发帖数: 1203 | 2 现在很多人用CLC workbench station.口杯不错,就是要钱的! |
s*********x 发帖数: 1923 | 3 use tophat to map, and cufflinks to call rpkm on gene expression. |
t*d 发帖数: 1290 | 4 现在是个带 8G 内存的台式机都可以跑。没有什么难的。
如果要跑的快,可以买个带更多 CPU,更高内存的机器。 |
S**********l 发帖数: 3835 | 5 这个在笔记本上跑一下就行了。
【在 A*******e 的大作中提到】 : 请问诸位,RNA-SEQ结果该用什么软件分析,五千万个reads左右,需要什么样的运行平 : 台和硬件配置? 我是做bench的,粗通bioinfo,NGS刚刚开始接触,请各位多指点。
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A*******e 发帖数: 284 | 6 真的吗? 如此则有指望了,我的电脑刚升级过,4G的内存看样也能勉强。 测得结果还
没有回来,想自己也找点练练,从GEO下载了SRA file练手,这个下载后转换了一堆
fastq,下一步我就不知道怎么办了,要从零开始了 |
S*****s 发帖数: 287 | 7 这么贵的实验都做了,你老板肯定愿意出钱买台新电脑分析数据。告诉他情况然后要求
买一台牛的!
【在 A*******e 的大作中提到】 : 真的吗? 如此则有指望了,我的电脑刚升级过,4G的内存看样也能勉强。 测得结果还 : 没有回来,想自己也找点练练,从GEO下载了SRA file练手,这个下载后转换了一堆 : fastq,下一步我就不知道怎么办了,要从零开始了
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d***y 发帖数: 8536 | 8 比对软件有。也有免费得软件包。我们用python作为主程序来算的。你去论坛之类的地
方泡一泡。对硬件要求较高。看看学校啊能接CS系的服务器算一下。 |
s**2 发帖数: 1287 | 9 请教下这用什么软件在什么操作系统下?谢谢
【在 S**********l 的大作中提到】 : 这个在笔记本上跑一下就行了。
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s**2 发帖数: 1287 | 10 您是指 Genomics Workbench 还是 Main Workbench?谢谢
【在 z*********8 的大作中提到】 : 现在很多人用CLC workbench station.口杯不错,就是要钱的!
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M*****n 发帖数: 16729 | 11 用CLC作RNA=seq是不是一个专门的module?
俺们有CLC不过是做genome分析的,要作RNA-seq是不是还要买这个功能?
【在 z*********8 的大作中提到】 : 现在很多人用CLC workbench station.口杯不错,就是要钱的!
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b****n 发帖数: 110 | 12 可以试试google trinity,只要会用几个程序就可以用了。
我现在做ChIPseq,也是NGS,不过一般都连到学校cluster上面处理数据。 |
A*******e 发帖数: 284 | 13 说来话长, 实验室的烂事最令人心烦。你真是高看我老板了,他是从来不原意在我的
实验上花什么钱的,这是为另外一个博厚的实验做的。一贯他碰到自己搞不定的事情就
会找上我,这不已经暗示让我分析了。我想着只要以后在这行混,肯定要用到这些,还
不如现在趁这个机会学学以后好少求人。所以还请多指点,熬过这阵子,以后就好过多了
【在 S*****s 的大作中提到】 : 这么贵的实验都做了,你老板肯定愿意出钱买台新电脑分析数据。告诉他情况然后要求 : 买一台牛的!
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z*********8 发帖数: 1203 | 14 我自己没有用过,看到别人用过,clc genomic workbench station. 我自己大概看了
下网站,好像可以有免费30天的试用,就是不知道是不是同样功能的。 |
S*****s 发帖数: 287 | 15 你这个想法蛮好。我也觉得刚开始的时候多做一点对自己有好处。反正年轻的时候有的
是时间,多学一门手艺将来指不定能用上。一般做这个实验的 core facility 会有相
关的软件免费提供,建议你和他们的 director 联系一下让他推荐一个软件给你,运气
好的话说不定他们还会提供相关的培训。我没做这个实验,不过我们学校的 core 可以
做,我参加过他们的 seminar。我印象里面这个实验的数据分析可以在 Linux 下完成
,如果你的电脑连 Linux 都运行不了那还是建议你让博后和老板申请一台电脑的好。
多了
【在 A*******e 的大作中提到】 : 说来话长, 实验室的烂事最令人心烦。你真是高看我老板了,他是从来不原意在我的 : 实验上花什么钱的,这是为另外一个博厚的实验做的。一贯他碰到自己搞不定的事情就 : 会找上我,这不已经暗示让我分析了。我想着只要以后在这行混,肯定要用到这些,还 : 不如现在趁这个机会学学以后好少求人。所以还请多指点,熬过这阵子,以后就好过多了
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e****e 发帖数: 3450 | 16 how many cores does your laptop have?
for fastx and bowtie, 50M reads is barely OK, if you do tophat, it's not
enough...
【在 A*******e 的大作中提到】 : 真的吗? 如此则有指望了,我的电脑刚升级过,4G的内存看样也能勉强。 测得结果还 : 没有回来,想自己也找点练练,从GEO下载了SRA file练手,这个下载后转换了一堆 : fastq,下一步我就不知道怎么办了,要从零开始了
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e****e 发帖数: 3450 | 17 right, better use ubuntu or unix in mac.
things like galaxy is not powerful enough to handle 50M reads.
【在 S*****s 的大作中提到】 : 你这个想法蛮好。我也觉得刚开始的时候多做一点对自己有好处。反正年轻的时候有的 : 是时间,多学一门手艺将来指不定能用上。一般做这个实验的 core facility 会有相 : 关的软件免费提供,建议你和他们的 director 联系一下让他推荐一个软件给你,运气 : 好的话说不定他们还会提供相关的培训。我没做这个实验,不过我们学校的 core 可以 : 做,我参加过他们的 seminar。我印象里面这个实验的数据分析可以在 Linux 下完成 : ,如果你的电脑连 Linux 都运行不了那还是建议你让博后和老板申请一台电脑的好。 : : 多了
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y******e 发帖数: 277 | |
A*******e 发帖数: 284 | 19 去年在我的万般要求下,老板配了一台linux,配置还算可以。我这里的facility 还没
有做到这块,等他们出马那也要到猴年马月。现在看来我的硬件配置勉强吧,打算刚开
始学的时候把总reads数人工减少,等学会了再折腾大的 |