l**********1
发帖数: 5204 | 1 Now we have GIIRA
pls check,
HTTPS double dot //sourceforge.net/projects/giira/
GIIRA – RNA-Seq Driven Gene Finding Incorporating Ambiguous Reads
Posted on October 16, 2013 By RNA-Seq Blog Administrator
Reply
The reliable identification of genes is a major challenge in genome research
since further analysis depends on the correctness of this initial step.
With high-throughput RNA-Seq data reflecting currently expressed genes, a
particularly meaningful source of information has become commonly av... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 2 倾情奉献下哈
ChIP-seq Tufts Uni online pptx slide lecture:
Pls refere 重点:
Day 4: Analyzing peaks for transcription factor binding site consensus
sequences.
---
Day 1: ChIP techniques, library production, USCS browser tracks
HTTP double dot//sites.tufts.edu/cbi/files/2013/02/ChIP-seq-Methods-Analysis
_pt1.2.ppt
Day 2: QC on reads, Mapping binding site peaks, examining read density maps.
HTTP double dot//sites.tufts.edu/cbi/files/2013/02/ChIP-seq-Methods-and-
Analysis-pt2.31.ppt
Day 3: Analyzing peaks... 阅读全帖 |
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g*********3
发帖数: 177 | 3 有点不同意见，说出来大家讨论下。
1. 如果是error bar太大了，是不是要考虑实验重做。我个人觉得replicates内部Ct在
0.3左右都可以接受，有些人要求严格的在0.1左右，否则就重做了。
2. 现在大家paper里好像也不强调biological replicate了。至少我觉得实验重复几次
才算是可靠的。
3. 如果不是实验系统本身的复杂性，控制好了以下几个因素，CHIP-QPCR的结果应该是
很可靠的：
crosslinking, sonication, Ab/Beads, reverse-crosslinking.
我一般处理CHIP-SEQ/QPCR都有大概10个sample，每个sample的Input(包括Mock 和 IP
的), Mock IP.etc，这些sample的Ct应该要接近甚至一样才算可靠，所以你应该有个标
准，自己的实验是不是很可靠了（这个实验其实用Input做啥normalize的都没有必要了
）。
至于那些error bar太大了，primer是不是可靠的，sample（尤其是input）有没有做过
dilution的standard ... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 4 我做了四个RNA-seq样品，前两个是mRNA-seq，后两个是自己用invitrogen的Ribo-
Minus除去rRNA，期望能得到long ncRNA。样品是学校的Genomic core facility制备的
，一个大概$400多，测序和分析是在collaborator那里做的，目前没要钱，所以还不知
道他家的价钱。
但学校Genomic core facility的报价是：2x75 GA v5 kits：$2060/lane.
去年七月份在new mexico的一个institute做了一个咨询，价格大概是这样的：
Given:
- 2 libraries (you have already used the illumina SIPE kit to make paired
end library)
- Request for mRNA sequencing (PE)
- Sea urchin. genome size is ~850Mbases http://www.scienceonline.org/cgi/content/full/314/5801/941 so... 阅读全帖 |
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j****x
发帖数: 1704 | 5 这个实在太多了，商业软件例如DNASTAR，NextGENe，CLC，Genomatix等等都有比较成
熟的模块，界面也相对友好，价格自然不菲。
免费软件更是层出不穷，PeakSeq，F-Seq，USeq，CisGenome，ChromaSig，ChiPDiff，
MACS，SISSRs，ChIP-Seq Simulator，QuEST，FindPeaks，GLITR，WTD/MSP/MTC，
ERANGE3，都出生名门，还有一堆基于R的代码就不提了，自己去看paper吧。
新手的话，个人推荐CisGenome，功能强大，也不用自己编译调试，或者webserver比如
ChIP-Seq Tool Set（http://havoc.genomecenter.ucdavis.edu/cgi-bin/chipseq.cgi）；
ChIP-Seq Analysis Server（http://ccg.vital-it.ch/chipseq/），在线分析，省心省力。 |
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t*d
发帖数: 1290 | 6 biological replicates 不一定比 technical replicates 更有意义。有些时候我们就
是希望知道technical replicates 的variation。
比如有人想做基因表达普，找差异表达的基因。一般现在第一个问题就是用microarray
还是 RNA-seq。如果目的是找差异表达基因，那么variation between technical
replicates 直接影响到 statistical power。如果同样两份细胞，通过 RNA-seq 流程
做出来（包括建库）的variation 比通过 microarray 流程做出来的variation 大，那
就是用microarray 做更好了。
那种之比较不同 lane 之间的 variation 对生物学家来说，没有什么现实指导意义。
另外，现在不少人认为 RNA-seq 成本已经将下来，和microarray 差不多了。可是这个
成本的下降是通过barcode multiplex 来实现的的。所以要比较 RNA-seq 和
microarray，最好能在同成本的条件下比。 |
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G********e
发帖数: 528 | 7 DNA-seq 大家都知道，测序完了不知道做什么
chip-seq，bisulfite-seq 无非就是发现转录因子的一些结合位点，或者不同条件下不
同结合位点，其实说到底也没啥奇怪的，而且太多的secondary效果，经常说不出所以
然。
RNA-seq 用处稍大点，可能能找出来东西
还有啥？
胚胎测序是我见过最有用的了 |
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f*******e
发帖数: 354 | 8 size selection也可以在建库完成后。如果用的是hi seq，1kb也没有什么问题。传统
的用truseq kit建rna seq库，一般是没有必要size selection的，镁离子化学断裂非
常的好。chipseq ip的大小一般会比input大一点，如果是sonication shear的不好的
话，ip下来的片段就可能会大很多，但是mnase digestion好的话的基本pattern不会变
，也就是如果超声shear的好的话确实不需要选择，因为大片段本来就不多。测序时到
flow cell 上cluster的时候也就都丢了，无所谓。
: 你说的很对，recommended的protocol都是size selection。但是我们的
facility坚持
: 认为没必要，他不size selection，测序前library跑的bioanalyzer是个100bp
到1kb的
: 宽峰…
: 怎么说服他做size selection？
: 话说为什么size selection 保真度更高？
: [在 yier... 阅读全帖 |
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n********k
发帖数: 2818 | 9 Hey, folks:
We are planning to perform some ChIP/RNA-Seq as well as miRNA array
analysis some time soon. I was wondering any of you could kind of share
some of your experience in general.
Thanks a lot.
Something like: which services do you use(in house, or company), software,
etc etc. Which protocols, Kits? Pros and Cons, critical steps and tricks...
how many reads do you have, is it enough to cover the genome or enough for
the purpose? replicates? what about mRNA v lncRNA v miRNA, do y... 阅读全帖 |
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e*****t
发帖数: 642 | 10 这个。。。
RNA seq，你送样品去测序不就行了，也不用你自己做。
重要的是随后的bioinfo，一般用bowtie做seq alignment分析。 |
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b*****l
发帖数: 9499 | 11 R 有一些包还不错。
另外我当时做的时候参考了这几篇文章：
QuEST:
Genome-wide analysis of transcription factor binding sites based on ChIP-Seq
data.Nat Methods, 2008, 5, 829-834
Computation for ChIP-seq and RNA-seq studies. Nat Methods, 2009, 6, S22-S32 |
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j*p
发帖数: 411 | 12 1. UCSC genome browser has many ChIP-seq tracks including TFs, Pol2 and
Histone modifications (H3K4me3, H3K27me3, H3K36me3, etc) on different cell
lines(through Encode/Gencode project). You can just active these tracks and
compare with what you have to see if your H3K4me3 data looks normal or not.
2. I suggest you normalize your ChIP-seq signals. For example, your normal
tissue ChIP-seq has total number mappable reads = 10M, your tumor sample has
20M mappable reads, then divide any signal from t... 阅读全帖 |
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w*********n
发帖数: 439 | 13 小弟最近在做chip-seq. 做完了ChIP，准备要送去seq了，才发现我超声的size是这样
的：
请问各位大侠这个size，我还能不能送seq？还是最好重做。 |
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w*********n
发帖数: 439 | 14 小弟最近在做chip-seq. 做完了ChIP，准备要送去seq了，才发现我超声的size是这样
的：
请问各位大侠这个size，我还能不能送seq？还是最好重做。 |
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m********8
发帖数: 157 | 15 RNA-seq can be useful as long as you have proper experiment design... In
your case, if you know conditions for that special structure function and
then you may get some clues about the genetic basis of it combing d'état
fom RNA-seq and comparative DNA seq. good luck! |
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r*****q
发帖数: 216 | 16 本人想创业 做个RNA-seq preprocessing tool 提供一整套在 local machine 上run
的solution. 使用的是标准的Tuxedo suite。 面向没有太多的编程基础的用户 但又由
于工作需要 需要做bioinformatics analysis.
想调查一下有多少人感兴趣 看看市场是不是真的存在。
希望大家能够帮忙. 分享一下你们现在在做 RNA-seq分析时所遇到的最大的问题。
譬如,不熟悉Linux 环境？对RNA-seq analysis 不了解？ 现有的tool 太难用？ 比如
说 Galaxy.
先谢过各位的关注和留言！ |
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m*********D
发帖数: 1727 | 17 哦，我这个是template里就有两种：wt/mutant。PCR后产物一起digestion，指望
mutant变成两条带，从gel上纯化回收seq. 没切的band也从gel上回收后送seq。如果酶
切完全，又没有一条strand是mutant/一条strand是wt的DNA（我想这种DNA酶切不了）
，我就省了好多事呢。结果seq出来，在mutation区间有很多杂峰，就怀疑要么酶切不
完全或一条strand是mutant/一条strand是wt的DNA存在了。
再切一次，不行就只好克隆了。：（。
谢谢！
sanger |
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w*e
发帖数: 740 | 18 以前用的nugen的，这次像富集mRNA,想试一下Clontech的smart-seq v4 这个rna-seq
kit。大家如何？ 拿到full-length cDNA 以后，大家是用nextera还是covaris＋low
input library prep kit （clontech）方法去做最后的library？
谢谢 |
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f******k
发帖数: 856 | 19 我这个问题很奇特，我用Invitrogen的dynabeads做ChIP-seq，最后拉下来的DNA量总是
比较高，做qPCR也没有enrichment，但是用同样的protocol，换回agarose beads，就
很少碰到这种问题。这不合理啊，dynabeads按理说背景要比agarose beads低很多才对
啊？！不知道大家有没有碰到这种情况？我试过好几种洗的方法和试剂，比如最常用的
就是低盐洗一次，高盐洗一次,LiCl洗一次，TE洗两次。也试过用RIPA洗过，也试过大
量延长洗的时间，但是最后elute下来DNA的量还是比较高。
另外，能不能请推荐一个比较好的做转录因子ChIP-seq的盒子或者详细的homemade
protocol？我做的这个转录因子，比较low abundant，可是我的材料是primary tissue
，又没法一次拿到很多的细胞（一次运气好的话可以有50-100million）。看有的文章
说现在10million就可以做转录因子的ChIP-seq了，可是我从来没成功过。现在真是快
被逼死啦。。。。快救救我 ：（ |
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Z******5
发帖数: 435 | 20 最近准备做一个基因的ChIP-seq和RIP-seq，该基因没有相应的ChIP和RIP grade的抗体
，准备用tag来做。
请教HA-和FLAG-哪个好用？
另外，IgG control和Input control的sequence都要做吗？ |
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d***s
发帖数: 1062 | 21 做了一个rna-seq，core给了我们一个excel file。里面有一个很长的list of gene，
每个gene有对应的pvale，logFC，和每个sample的raw read counts以及FPKM。
GSEA是用来分析microarray data，但是网站上说也可以分析RNA-seq data。研究了半
天没搞明白。
1.不知道数据格式怎么转换。
2.不懂GSEA Preranked analysis是什么，这个prerank 是必须的嘛？
3.因为是RNA-seq，怎么选chip platform？
4.怎么让我的list里的gene name对应上MsigDB里的gene name？
求大牛帮忙。先谢谢了。 |
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e*********6
发帖数: 3453 | 22 Chip-seq看上去就是先把蛋白质和DNA绑一起，然后切开，在用抗体把蛋白质沉淀，这
样和蛋白质在一起的DNA就也分离出来了，然后测序，map回reference genome，就可以
知道这种蛋白质唯一genome的什么位置了。我的理解对吗？
通过Chip-seq测histone modification，比如H3K4me3， 就是找一种和modify过的
H3K4me3结合的抗体，做Chip seq然后map会reference genome，就能知道在genome的什
么位置发生了H3K4me3的modification，我的理解正确吗？通过数有多少个被捕捉的DNA
片段，就能知道在一群细胞里，大概有多少发生了这种modification，就是信号的强度
？我的理解对吗？ |
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e*********6
发帖数: 3453 | 23 Chip-seq看上去就是先把蛋白质和DNA绑一起，然后切开，在用抗体把蛋白质沉淀，这
样和蛋白质在一起的DNA就也分离出来了，然后测序，map回reference genome，就可以
知道这种蛋白质唯一genome的什么位置了。我的理解对吗？
通过Chip-seq测histone modification，比如H3K4me3， 就是找一种和modify过的
H3K4me3结合的抗体，做Chip seq然后map会reference genome，就能知道在genome的什
么位置发生了H3K4me3的modification，我的理解正确吗？通过数有多少个被捕捉的DNA
片段，就能知道在一群细胞里，大概有多少发生了这种modification，就是信号的强度
？我的理解对吗？ |
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c*********r
发帖数: 1312 | 24 赞分享！
我们实验室之前没多做过ChIP-seq，但是现在有全面倒向ATAC-seq的趋势，bulk ATAC-
seq在做，single cell的也在开发。看来我们需要仔细研究一些Shirley的观点和数据
，再分析一下我们的approach是否真的合适。多谢！ |
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C*********m
发帖数: 213 | 25 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: CrystalAtom (水晶阿土木), 信区: Biology
标 题: 这里有做CHIP-Seq的兄弟么
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jun 1 14:40:31 2015, 美东)
我有个蛋白，平时都在核外，某个条件下跑到核内成为（疑似）转录因子。有两个组以
前做过转录活性，但是文章比较老了。我们自己也做过EMSA，看到和DNA的结合，也有
核内核外成像定位的数据。但关键是不能确定是否真的是转录因子。现在的数据也就够
个JBC之流的杂志。和两个实验室试图合作做Chip-Seq，但是对方都不卖力，迄今没有
进展，很失望。请问版上有哪位大哥大姐可以做这方面的实验，短期内能出一些数据，
可以合作写文章。
有兴趣的请私信联系。 |
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A*****s
发帖数: 13748 | 26 肯定不是4K吧
肯定不是读取吧？
手上两张卡，
一个Seq=10.20/512K=1.708
另一个Seq=Seq9.300/512K=2.713
应该选哪个？
是不是都差不多？ |
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l*****c
发帖数: 17 | 27 你的描述太少，
（1）1000多个RNA-Seq reads，有些难以想象，RNA-seq都是以M来计算的啊，是1000M
Reads？
（2）是测序的有参考基因组序列的，比如human还是完全新的？有很多软件完成不同的
任务，比如abyss,soapdenovo,velvet,cufflinks,scripture等等。 |
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M*****n
发帖数: 16729 | 28 if you outsource the job, you only need submit total RNA.
bioinfo can be done with a charge too. good thing about RNA-seq is that you
only need sample RNA and money to get a lot of data. |
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s******s
发帖数: 13035 | 29 啥叫学next gen seq? 你想造机器，学做library还是做分析。
做分析是想做algorithm还是分析具体seq? |
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M*****n
发帖数: 16729 | 30 用CLC作RNA=seq是不是一个专门的module?
俺们有CLC不过是做genome分析的，要作RNA-seq是不是还要买这个功能？ |
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s******s
发帖数: 13035 | 31 你这个问题太搞了，都说了mRNA-seq了，还指望啥ncRNA?
seq本身无所谓啥都行，关键你library怎么做而已 |
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t*d
发帖数: 1290 | 32 看了几篇文献，没搞懂他们的technical replicates 是怎么定义的。
引用比较多的那篇“Marioni JC, Mason CE, Mane SM, Stephens M, Gilad Y: RNA-
seq: an assessment of technical reproducibility and comparison with gene
expression arrays. Genome Res 2008, 18:1509-1517.”他们的technical
replicates 是把构建好的短片段放在不同lanes，然后比较不同lane 出来的读数。
因为RNA-seq 很大一部分工作在如何构建最后测序的短片段库，而且这个建库的过程相
当繁琐，可能会带来很多的variation。我觉得更严格的technical replicates 应该从
RNA 抽提开始。比如，一份细胞分两管，分别进行建库和测序，然后再比较读数，看看
varation 有多大。
那位同学能不能推荐几篇比较这种更严格的 technical replicates 的文章？多谢了先！ |
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r*********y
发帖数: 124 | 33 最近刚刚有这个想法，我们实验室刚买二代high seq,有好的方法从果蝇脑袋分离获得
单个活的神经元细胞。想做的单个或几个细胞RNA seq.大家说说可能性多大。 |
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f*******a
发帖数: 671 | 34 希望有这方面经验的人介绍一下各自用的产品。
我做很小量细胞（2000个）的RNA-seq看differential expression.
以前我都用Qiagen,但是发现Nugen Prelude™ Direct Lysis Module这个产品很
方便,所以希望有经验的人给点意见。
另外，Nugen Ovation RNA-Seq kit VII这个KIT有人用过吗，怎么样？
还有哪家RNA扩增的Kit比较好？谢谢！ |
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i*****i
发帖数: 154 | 35 IgG是可以pull down下来DNA的，甚至大部分时候和目的抗体pull down的DNA差不多 4-
5ng左右。
我们实验室的protocol很固定，所以我们觉得一个input可以用来分析所有的CHIP-seq
数据。有时候不同人用不同的protocol，或者用的细胞数量不一样，都会影响
sonication的效率，和片段大小，这样对input稍有影响，不过应该不是问题。
ChIP本来重复性就差，同一个人做相同的实验，seq结果能overlap 80%就相当好了。 |
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m*p
发帖数: 226 | 36 Hi my friends, I did a bunch RNA Seq and got the data (relative expression
level, splicing isoform, etc). Can you send me (j*****[email protected]) the
links of free software to analyze RNA seq data or microarray data? Thanks,
Map |
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f*******a
发帖数: 671 | 37 我打算做RNA-seq,但是我这批samples的RNA量在20~100ng之间.这种情况下用什么扩增
方法比较好?
Nugen的Ovation RNA seq system怎么样?
Clontech SMARTer Technology呢? 有人用过吗?
谢谢? |
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t**l
发帖数: 109 | 38 Raw data sets have been submitted to the Gene Expression Omnibus data- base
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ and are available under the acces- sion GSE38379. R was used to compute statistics and generate plots.
比如这个。
新手不太会，我们LAB也没人会chip-seq. 我想看看他们的raw data,去了NCBI，搞了半
天也没结果，下载了一个什么sra的文档，mac也打不开。请问有没有user friendly的
软件可以查阅他们的data。还有就是如果用别人的chip-seq做MOTIF discovery
analysis, 这合适吗？
新手求教。谢谢。 |
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d****7
发帖数: 109 | 39 你既然用mac的话，就好办（虽然linux更好）
如果只想看别人chip-seq中的motif，只要把他们的peak calling结果下载下来就行，
就是个BED file，很小。然后从bed file提取dna sequence，这个步骤很多地方都能做
（UCSC table, galaxy, cistrome 什么的好多），提取了sequence后，上传到MEME
chip或者RSAT这种网站，直接就出结果。也可以在你自己的mac上安装Weeder或者HOMER
之类的软件自己找motif
要是想找其他人的raw data，然后和自己的chip seq比较，最好从头做。
下个sratoolkit(这个有pre-compiled mac version)，然后下载.sra文件，用
sratoolkit里的dump-fastq把它转换成fastq文件，然后做mapping，用bowtie很快。
然后peak calling。
以上这些步骤不用很搞的计算机配置，用比较新的macbook pro就能全跑下来，
你想要user-friendly的软件？ 很可惜，在bioiformatics... 阅读全帖 |
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b*****y
发帖数: 196 | 40 RNA-Seq这种转录组分析能否对比两个不同物种的基因表达水平？比如两个低等生物，
种属关系很近，但是一种有特殊器官，另一种没有，是否可以通过RNA-Seq对比分析，
进而鉴定出特异的基因？有没有类似的文章？谢谢大牛。 |
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a******k
发帖数: 1190 | 41 I've seen that paper. My impression is that Cufflink remains the only one
that can do reference-based transcript assembly. Please correct me if I am
wrong.
Some tools like Augustus are originally designed to identify transcript(gene
models) without RNA-seq data. They now can use RNA-seq data, but
interesting is that the performance does not increase a lot with more
information. Most of the other tools do de-novo transcript reconstruction.
SLIDE seems another unique tool that do transcript abunda... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 42 RE:
>is that Cufflink remains the only one
Yes, if by overlap graph mode, Cufflinks is the only one,
but now we have 'Traph' which by splicing graph mode,
it was used minimum-cost network flows princeple..
details pls check,
Tomescu AI et al., (2013).
A Novel Combinatorial Method for Estimating
Transcript Expression with RNA-Seq:
Bounding the Number of Paths
Abstract. RNA-Seq technology o ers new high-throughput ways for transcript
identi cation and quanti cation based on short reads, and has ... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 43 Sorry,
now pls check this one,
one historic review about almost soft what used in RNA-seq de novo assembly
task..
its slide PPTX file link, (n.b. already converted to PDF format)
HTTP double dot//www.cs.helsinki.fi/u/tomescu/traph/TKRM-HITSEQ.pdf
or attached Table here,
>
发信人: aablackk (black), 信区: Biology
标 题: Re: 如何处理RNA-Seq
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jan 5 02:03:36 2014, 美东)
omitted
Most of the other tools do de-novo transcript reconstruction. SLIDE seems
another unique tool that do transcript abu... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 44 RNA-seq SGS (Next Generation Sequencing 2.0) might be already older protocol
, (n.b. likes celluar Phone 3G service)
pls refer TGS(Next Generation Sequencing 3.0)and RNA-seq SGS hybrid protocol
new paper (n.b. likes cell phone 3.5 G service )
Au KF at al., (2013).
Characterization of the human ESC transcriptome by hybrid sequencing.
Proc Natl Acad Sci U S A. 110: E4821-30.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24282307 |
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d****7
发帖数: 109 | 45 用UCSC genome browser
BED文件也得看是什么bed文件，如果是peak calling出来的bed文件，很小，直接上传
就行，但是如果是mapped reads的话，没法上传也没法看
如果是mapped reads的话，一般用bedtools把它转成bedGraph，再用bedGraphTobigWig
转成bigwig(转成bigwig的好处是loading快，只load当前窗口区域的data，而不是整个
file)，如果测序比较深的话，bigwig也比较大，我们的chip-seq出来的bigwig一般都
好几百MB，没法上传，给自己机子架一个ftp或者http，把链接贴上去就行
fasta或者fastq应该是map之前的raw reads，对与chip-seq来说，看的事map之后的
signal track。想看raw reads的quality，有好多软件，fastqc是比较受欢迎还比较傻
瓜的一个，R里面好像也有一些能读raw reads的package
cisgenome可以，而且支持windows，还有图形界面，不过如果只是想看看track的话，
IG... 阅读全帖 |
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G***G
发帖数: 16778 | 46 where can I download some RNA-seq fastq read files?
I am looking for a disease/cancer RNA-seq data to learn. |
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a*******g
发帖数: 33 | 47 大家好，我最近在做RNA seq。样品来自于激光剪切老鼠组织，RIN只有6左右，量也不
多，用了150ng total RNA.True seq V3建的library，qPCR显示library量够多。用
highseq 2500测了，在highthrough output条件下，4个样品在一个lane里，结果每个
样品只得到了10-15M 2X100bp，远低于预计的30M。core facility说他们也不知道原因
。请问大家有什么经验可以分享吗？另外，有没好的测序服务中心推荐呢？ |
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I*******h
发帖数: 99 | 48 RNA-Seq does not need exome enrichment and can detect RNA level. What is the
disadvantage of RNA-seq compared to whole exome sequence? |
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i*********0
发帖数: 915 | 49 我的RNA seq是用Hiseq2000做的，single read mode，然后read的长度是50bp。
这样得到的data能做alternative splicing分析么？
如果不行，什么样参数的RNA-seq数据才能做一个比较可靠的分析？
谢谢！ |
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a*******g
发帖数: 33 | 50 新手刚接触chip seq, 请教大家一个试验设计问题。试验目的是找出老鼠肺CLUB上皮
细胞中某核受体的基因结合位点。因为老板不喜欢细胞系，所以要用primary cell.
从老鼠肺中分离足够多高纯度的club细胞也比较困难。
实验室有ccsp cre 该核受体FLOXED老鼠。能否通过比较这种老鼠和
WT老鼠全肺中的chip seq信号来推断该核受体在club细胞中的基因结合位点？谢谢 |
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