l*****i
发帖数: 1163 | 1 想在human iPS里面研究某个转录因子的结合的Promoter，由于没有好用的抗体，需要
加Tag来做Chip-Seq。请问加什么样的Tag会比较好？多谢 |
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j***x
发帖数: 1469 | 2 我使用的是 topHat 和cufflinks 处理。 参考文献是 ：
nature protocols VOL.7 NO.3 | 2012
：Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq
experiments with TopHat and Cufflinks。
最后CummeRbund需要 R 环境，我安装了， 结果调用gfortran的时候找不到一个文件夹
， 我安装了gfortran，最新版。
错误信息如下：
[jokex@localhost download]$ R
/usr/lib64/R/bin/exec/R: error while loading shared libraries: libgfortran.
so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
[jokex@localhost download]$ su --
Password:
[root@localhost download]# R
/usr... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 4 LZ please go to
//www.vanderbiltresearch.org/resource/view/id/823
bottom
Associated File (1)
Service_Price_Listing_GSR_Microarrays.xlsx - Added on January 17, 2012
click above XLS file link icon.
//array.mc.vanderbilt.edu/
for RNA-Seq assembly pls go to
//www.microarray.jhmi.edu/Analysis/cost.cgi
more pls refer
//www.microarray.jhmi.edu/links.cgi
those stuff pls click one by one. |
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A*******e
发帖数: 284 | 5 现在有RNA seq的data， 有一个比较好的reference genome sequence. 请问现在有什
么比较好的工具能快速的分析该数据， 要求map 然后定量分析。 硬件： 8GB 内存的
linux。 多谢。 |
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s*******h
发帖数: 23 | 6 做了一回RNA-seq，但是在差异表达的Tag中有很多都没有找到相应的基因，这个常见吗
？是不是跟选择的reference genome有关？如果有关，该选择那个？
谢谢大牛指教！ |
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p*****p
发帖数: 61 | 7 不是很明白你的问题：
你的差异表达分析是对什么最差异分析（差异表达的Tag）？
对于组装很完善的大鼠大基因组，要注意的是不要把那些短的CONTIG一起全部做
REFERENCE，可能会给MAPPING带来问题--比如很多CONTIG和主要染色体有序列高度相似
的地方，会导致最后这些地方没有MAPPING报告。具体没有做到过大鼠，猜测可能有这
样的问题。
至于后面的差异分析，我的理解是，如果你提供了基因的注释（ANNOTATION）要基于
MAP到一定的基因特征（EXON，ISOFORM，GENE）上的READS的分析。那么你用哪个版本
的注释比较会影响你说到的有很多对不到基因上（你用的那个注释的版本和你关注比较
的基因不完全的一样）。
要是用泪水CUFFLINKS类似的工具不提供基因组注释而组装的ISOFROM 或者GENE的分析
，如果发现差异表达的ISOFORM或者基因不在作者感兴趣的基因序列里，只能说明这些
工具从RNA-SEQ数据发现了新的基因了。
不知道是不是猜对你的问题。 |
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a****d
发帖数: 1919 | 8 Alex Meissner 有几篇文章介绍微量细胞deep seq的方法，查看一下或许有帮助 |
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k*****n
发帖数: 323 | 9 看你能搞到多少细胞了，多的话，做个test chip， barcode，加到别人的lane里seq，
结果好就大规模做 |
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h***u
发帖数: 90 | 10 有没有可能先敲除然后用microarray 或RNA-seq确定target gene. 没做过果蝇, 不知
道难度有多大.不过话说你已经知道表型了, 应该作了敲除吧. 拿到target gene 以后
可以在其附近找motif作为可能的control binding region.
sort的细胞如果能到几十K, 也是可以做ChIP的, 当然要看这个TF binding的强弱了.
可以试试这个kit
http://www.activemotif.com/catalog/868.html |
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k*****n
发帖数: 323 | 11 看你能搞到多少细胞了，多的话，做个test chip， barcode，加到别人的lane里seq，
结果好就大规模做 |
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h***u
发帖数: 90 | 12 有没有可能先敲除然后用microarray 或RNA-seq确定target gene. 没做过果蝇, 不知
道难度有多大.不过话说你已经知道表型了, 应该作了敲除吧. 拿到target gene 以后
可以在其附近找motif作为可能的control binding region.
sort的细胞如果能到几十K, 也是可以做ChIP的, 当然要看这个TF binding的强弱了.
可以试试这个kit
http://www.activemotif.com/catalog/868.html |
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m******5
发帖数: 1383 | 13 楼主问题解决了么？i'm also doing chip seq without control region so I would
really appreciate it a lot if you share with me your solution. |
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j**W
发帖数: 89 | 14 想做RNA Seq,但是听说数据分析需专业人士. 求指点. 多谢! |
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t**k
发帖数: 139 | 15 GEO http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/.
ENCODE has a lot of chip-seq data too. I think some of them are not at GEO.
google ENCODE (for human), mouse ENCODE (for mouse) or modENCODE (for fly,
worm). |
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s******a
发帖数: 134 | 16 What is the best way to analyze published CHIP-seq data (deposit in GEO)?
What software would be easy for a non-bioinformatics major?
Many thanks!!!!! |
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l**********1
发帖数: 5204 | 17 RE LZ:
pls go to bleow three web links
then by key word: for searching your wanted hits,
HTTP: //liulab.dfci.harvard.edu/software.htm
HTTP: //www.stanford.edu/group/wonglab/software.html
HTTP: /www.chenglilab.org/software |
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P*********y
发帖数: 41 | 18 We have no problem to do microarray and RNA-seq with LCM tissue. There are
also a lot of reports regarding this. But couldn't find a literature or
protocol on whole-genome bisulphite sequencing using LCM tissues. |
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P*********y
发帖数: 41 | 19 We have no problem to do microarray and RNA-seq with LCM tissue. There are
also a lot of reports regarding this. But couldn't find a literature or
protocol on whole-genome bisulphite sequencing using LCM tissues. |
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s******r
发帖数: 2876 | 20 能不能分享一下LCM tissue做microarray和RNA-seq的protocol? |
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w*********n
发帖数: 439 | 21 huaxin 大侠， 你确定后面的大拖尾不会影响seq？ |
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w*********n
发帖数: 439 | 22 huaxin 大侠， 你确定后面的大拖尾不会影响seq？ |
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c*********t
发帖数: 340 | 23 想请问一下现在做ChIP-seq differential enrichment analysis一般都是用什么样的
pipeline啊，非常感谢能回答的牛牛们：） |
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t*d
发帖数: 1290 | 24 Nat Protoc. 2011 Dec 15;7(1):45-61. doi: 10.1038/nprot.2011.420.
A computational pipeline for comparative ChIP-seq analyses.
Bardet AF, He Q, Zeitlinger J, Stark A. |
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i*****i
发帖数: 154 | 25 我们想做的是LncRNA的差异表达，本来打算用array来做的，比起传统的array，LncRNA
的array还是很贵的。但是我们觉得RNA-Seq能够得到更多的信息，而且作Multiplexing
的话，一个lane可以做4-6个sample。
不过刚入门，或者说还没有入门，没有经验。
我们用Core的service。
他们提供两种flow cell，一种是8个lane的Hi-Seq2000，每条lane能得到180M的reads/
Clusters。如果是pair end的话，当然还是180M的clusters，但是reads就加倍了。另
外一种是HiSeq2500，2-lane的flow cell，rapid mode，大概能出300M的reads/
clusters, PE cluster不变，reads加倍，当然价钱也比较贵，但是turnaround time很
快。
就传统的8个lane的Hi-Seq2000而言，一个sample大概能拿到40-50M的数据（cluster）
，pair end测序的话，大概80M左右（两次测序算两个reads，但是他们来源
于一个clu... 阅读全帖 |
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f*****h
发帖数: 228 | 26 大家好，我有一些RNA-seq的数据，是bacteria的，所以没有alternative-splicing这
些东西，是single-ended，不是strand-specific，现在我用cufflinks找了一些
transcript，我先在想知道这些所谓“transcript”中某一段的expression level，应
该用什么方法计算呢？谢了 |
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u*******1
发帖数: 4 | 27 准备做small RNA seq。
看了NEB的protocol， 跟illumina的protocol，有些不一样。比如1.）连5‘adapter之
前，就先让RT primer 跟3’adapter hybrid。2.）推荐XPbeads 纯化而不是PAGE跑胶
纯化。
个人感觉NEB的方法更好一些，RT primer 跟3’adapter hybrid看起来更合理。
XPbeads 纯化操作起来也更容易一些。
现在手里有illumina的kit，不知道可不可以用NEB的方法做。
本人菜鸟，请班上有经验的大侠给的建议！
不甚感激！ |
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p******h
发帖数: 163 | 28 一篇chip-seq的paper，dataset可以下载到（.bed or .bedgraph format）。用什么工
具可以呈现出那种whole genome的peak 图，就是看这个蛋白在基因组哪个地方分布的
多。或者需要怎么处理一下下载到的dataset才能看？ |
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f*******a
发帖数: 671 | 31 Tru-seq的input是0.1~10ug, 我的RNA不够. |
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x*****d
发帖数: 704 | 32 Nugen Ovation RNA seq system完全可以。很多core在用，效果不错。我可以把我用的
core PM给你。 |
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h***a
发帖数: 312 | 33 RNA seq 和传统的MICROARRAY有哪些优势啊？谢谢 |
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n******7
发帖数: 12463 | 34 micro-array因为probe的亲和性不可比，所以荧光强度只有相对意义，只能一个gene自
己比
不知道是我在那里看到的，还是我自己先入为主了，一直觉得RNA-seq可以测量到绝对
表达值，RPKM/FPKM在各个gene间是可比的
但是仔细一想，一个mrna各个区域能被sequenced的几率都不一样，各个gene间也有有
些说不清楚的差异吧？这样用RPKM来比较不同gene表达还是有些问题的吧 |
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H****N
发帖数: 997 | 35 RNA-seq gives better approximations than microarrays for relative gene
expression levels. |
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a***e
发帖数: 1010 | 36 theoretically, microarray has problems in probe specificity, hybrid
efficiency, and dynamic range etc.
RNA-seq is much better if your sequencing is deep enough. |
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l*******i
发帖数: 153 | 37 请问版里做bioinfo的牛人：
RNA-seq数据做QC时通用的标准是怎样的？因课题需要，我们在重新分析GEO里的一批数
据，用FastQC评估该批数据，发现几乎所有read后半部分的score偏低（见下图）。像
这种情况，应该怎样处理比较合理？
1）Filter by quality: quality cut-off设定为20，90%，结果一半左右的reads会被
扔掉。而文章中宣称其可保留85%以上的read。是我这种filter设定参数有问题吗？一
般的标准是怎样的？
2）Trim：把每个read后30碱基去掉。这样做可行否？理由是什么？
3）针对这种情况，更合理、准确的的方法是什么？
谢谢！ |
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m******t
发帖数: 109 | 38 最近在作 CHIP SEQ。 INPUT 和 CHIP 的DNA 做LIBRARY 前检查，只有大片断，没有几
百BP的。可在IP前跑的胶上，大部分 是３００－７００BP的。 可能是提纯DNA的过程
中丢失了。 用的是MILLIPORE的CHIP KIT。请教大家的意见。多谢。 |
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l*****i
发帖数: 1163 | 39 请问有人用过3xFlag做CHIP－Seq么？可以给个Protocol么（未经许可，不会传阅）？
多谢 |
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M********r
发帖数: 142 | 40 pls refer http://www.nature.com/ncb/journal/v15/n4/full/ncb2702.html?WT.ec_id=NCB-201304
most important is ab.
Yi Zhang used F7452 sigma. nobody won't trust yi zhang ..
ChIP-seq sample preparation.
For Kdm2b ChIP, Kdm2b Flag-tag knock-in mESCs were fixed with 2 mM
ethylene glycol bis(succinimidylsuccinate) (Thermo Scientific) for 1 h
, followed by 10 min in 1% formaldehyde and 5 min in 0.125
;M glycine to sequence the reaction. Cells were lysed in 1% SDS, 10 ... 阅读全帖 |
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z********o
发帖数: 428 | 41 老板让用RNA-Seq 的data。我是转行到Bioinformatics的，生物小白。有没有人能给推
荐一下该看哪些资料，用哪个算法？如何入手，入门？
谢谢大家 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 43 Pls check,
i) Trapnell C et al., (2012).
Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments
with TopHat and Cufflinks.
Nat Protoc 7: 562–578.
ii) Li H et al., (2009).
The sequence alignment/Map format and SAMtools.
Bioinformatics 25: 2078–2079.
plus
Weikard R et al., (2013).
Identification of novel transcripts and noncoding RNAs in bovine skin by
deep next generation sequencing.
BMC Genomics. 14: 789. [Epub ahead of print]
>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24225384
c... 阅读全帖 |
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m******5
发帖数: 1383 | 44 只是想挖几个现有的发表过的Chip-Seq 看几个TFs对GOI的调控
请问新手上路用哪个broswer好？
galaxy怎么样？ |
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d***s
发帖数: 1062 | 45
ucsc genome browser只能看peak，不能比较分析。
galaxy不了解，是个分析平台。
从geo上下载chip-seq的data files。上传到genome browser里my data下的customer
tracks里。
customer tracks里有对上传文件格式的要求。可以上传多个文件，同时查看。
上传完以后，你就可以搜索并查看你感兴趣的locus的TF binding peaks了。 |
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z*******a
发帖数: 175 | 46 感觉绝大部分文章里的 ChIP - seq data是垃圾
大侠们怎么看？ |
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x*****d
发帖数: 704 | 47 目前还不行，代替不了的原因一个是cost，一个是turn-around time。而且用RNA-Seq
的结果分析DE，本身就有很多争议。 |
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G***G
发帖数: 16778 | 48 anyone familiar with 3p-seq?
can you explain a little bit about its principle?
thanks. |
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z****q
发帖数: 18 | 49 做RNA-seq有3’bias，这种结果可以被接受吗 |
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m******5
发帖数: 1383 | 50 请教一下，在没有per existing known binding motif的情况下，怎么做quantity
control for chip seq? |
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