t*d
发帖数: 1290 | 1 看了几篇文献，没搞懂他们的technical replicates 是怎么定义的。
引用比较多的那篇“Marioni JC, Mason CE, Mane SM, Stephens M, Gilad Y: RNA-
seq: an assessment of technical reproducibility and comparison with gene
expression arrays. Genome Res 2008, 18:1509-1517.”他们的technical
replicates 是把构建好的短片段放在不同lanes，然后比较不同lane 出来的读数。
因为RNA-seq 很大一部分工作在如何构建最后测序的短片段库，而且这个建库的过程相
当繁琐，可能会带来很多的variation。我觉得更严格的technical replicates 应该从
RNA 抽提开始。比如，一份细胞分两管，分别进行建库和测序，然后再比较读数，看看
varation 有多大。
那位同学能不能推荐几篇比较这种更严格的 technical replicates 的文章？多谢了先！ |
p******n
发帖数: 874 | 2 I think your technique replicates make more sense. |
j****x
发帖数: 1704 | 3 成本，成本，还是成本
实验部分中最花钱的就是建库，测序成本其实相对很低尤其是有了barcode，按照你的
设想做出来的technique replicates，人家不如直接做biological replicates了，不
是更有意义？ |
m***T
发帖数: 11058 | 4 因为在每个环节上都有出问题的可能性，所以文章里和你提到的都是可行的，但针对的
环节不同而已。文章中更侧重的是sequencing本身这个部分，你所说的则是sample
prep过程以及sequencing，但如果出问题不容易确定原因在哪个环节。所以如果有钱烧，最好是都做，即sample prep也做technical replicates，然后到sequencing时，对上面的两者分别再做technical replicates。不过据我的经验，technical replicate现在已经意义不太大了，有这钱还不如多做几个biological replicate。 |
M*****k
发帖数: 1556 | 5 RNAseq比array在理论和实践上都强几条大街 |
t*d
发帖数: 1290 | 6 biological replicates 不一定比 technical replicates 更有意义。有些时候我们就
是希望知道technical replicates 的variation。
比如有人想做基因表达普，找差异表达的基因。一般现在第一个问题就是用microarray
还是 RNA-seq。如果目的是找差异表达基因，那么variation between technical
replicates 直接影响到 statistical power。如果同样两份细胞，通过 RNA-seq 流程
做出来（包括建库）的variation 比通过 microarray 流程做出来的variation 大，那
就是用microarray 做更好了。
那种之比较不同 lane 之间的 variation 对生物学家来说，没有什么现实指导意义。
另外，现在不少人认为 RNA-seq 成本已经将下来，和microarray 差不多了。可是这个
成本的下降是通过barcode multiplex 来实现的的。所以要比较 RNA-seq 和
microarray，最好能在同成本的条件下比。
【在 j****x 的大作中提到】
: 成本，成本，还是成本
: 实验部分中最花钱的就是建库，测序成本其实相对很低尤其是有了barcode，按照你的
: 设想做出来的technique replicates，人家不如直接做biological replicates了，不
: 是更有意义？
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t*d
发帖数: 1290 | 7 当我要在 RNA-SEQ 和 microarray 之间做一个选择是，这个technical replicates 的
指标还是很重要的。
烧，最好是都做，即sample prep也做technical replicates，然后到sequencing时，
对上面的两者分别再做technical replicates。不过据我的经验，technical
replicate现在已经意义不太大了，有这钱还不如多做几个biological replicate。
【在 m***T 的大作中提到】
: 因为在每个环节上都有出问题的可能性，所以文章里和你提到的都是可行的，但针对的
: 环节不同而已。文章中更侧重的是sequencing本身这个部分，你所说的则是sample
: prep过程以及sequencing，但如果出问题不容易确定原因在哪个环节。所以如果有钱烧，最好是都做，即sample prep也做technical replicates，然后到sequencing时，对上面的两者分别再做technical replicates。不过据我的经验，technical replicate现在已经意义不太大了，有这钱还不如多做几个biological replicate。
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t*d
发帖数: 1290 | 8 但是在价钱上和操作复杂性上也比 microarray 超出几条街啊。
【在 M*****k 的大作中提到】
: RNAseq比array在理论和实践上都强几条大街
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e****e
发帖数: 3450 | 9 我觉得应该重做ＰＣＲ吧
先！
【在 t*d 的大作中提到】
: 看了几篇文献，没搞懂他们的technical replicates 是怎么定义的。
: 引用比较多的那篇“Marioni JC, Mason CE, Mane SM, Stephens M, Gilad Y: RNA-
: seq: an assessment of technical reproducibility and comparison with gene
: expression arrays. Genome Res 2008, 18:1509-1517.”他们的technical
: replicates 是把构建好的短片段放在不同lanes，然后比较不同lane 出来的读数。
: 因为RNA-seq 很大一部分工作在如何构建最后测序的短片段库，而且这个建库的过程相
: 当繁琐，可能会带来很多的variation。我觉得更严格的technical replicates 应该从
: RNA 抽提开始。比如，一份细胞分两管，分别进行建库和测序，然后再比较读数，看看
: varation 有多大。
: 那位同学能不能推荐几篇比较这种更严格的 technical replicates 的文章？多谢了先！
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