ChIPseq做出来的binding target 在knockdown时的RNAseq和Microarray中都没变化 - Biology版 - 未名存档

本页内容为未名空间相应帖子的节选和存档，一周内的贴子最多显示50字，超过一周显示500字访问原贴

Biology版 - ChIPseq做出来的binding target 在knockdown时的RNAseq和Microarray中都没变化

相关主题
● 求上海生物信息工作机会
● 被坑惨了，看看我这还做得下去吗？
● knockdown efficiency 为何microarray和qPCR测出来不同？
● 求助：请牛人指点 Chip－Seq ！！！
● 杂志选择
● 再问个chip-seq的问题
● 我对Co-IP很confused
● knockdown效率只有50%，适合做RNAseq吗？
● affymatrix递简历
● 用RNAseq比较转录组找基因，还有必要做qPCR吗？

相关话题的讨论汇总
话题: microarray话题: rnaseq话题: knockdown话题: chipseq话题: binding

进入Biology版参与讨论

1

(共1页)

z********o 发帖数: 137	1 苦命人，严重怀疑课题方向存在问题，但是还是不得不做呀！knockdown之后RNAseq ，microarray结果都非常flat。后来老板非要上了ChIPseq，结果也是不太理想。自己不会分析，分析的人就说有几个peaks很强，挑出来了，但是这几个target在RNAseq和 microarray里根本就没变化或者没被测到。懂的朋友能解释一下吗？我老板从来不来实验室，跟别说做实验。估计文献都只看个标题，最多摘要。而且还是那种给他一颗沙，他能意淫出一座金矿的人。我这个课题根据就是，人家两百多页的专利上一堆microarray结果，列了个表说我现在做的这个东西跟一种cancer的预后不良有关。实际上写这个专利的大牛实验室发了无数文章中从来没有提及这个蛋白。我老板就东扯西拉，找了个人帮他做了些初始数据申请了一个州内的grant。那些初始数据很不严谨的，其中一张WT图怎么看怎么像造假，没有内参，我做出来的跟此有很大出入。感觉就是故意把想要的结果调强，不想要的调弱。我进了实验室后，就没听说我老板还能跟他这位“朋友”取得联系，email人家根本就不理，打电话也不接。还唆使我跟人家发email，也是石沉大海。非常奇怪就是了！唉！每次测序回来，虽然结果很差，但是老板总是能非常兴奋，搞一堆文章的link发给我，都没什么关系的。分析的人也是会please他吧！我也不懂，反正人家能这样那样把GESA或者GO term的结果搞出老板想看到的。接下来我这个包子就苦逼了。早就想走了，但是现在自身情况又不适合离开，还得硬着头皮熬几个月。
h*****5 发帖数: 9	2 What is the knockdown efficiency in RNA and protein level?
R****n 发帖数: 708	3 sounds like a MD to me. :-)
z*******a 发帖数: 175	4 换PI，至少

1

(共1页)

进入Biology版参与讨论

相关主题
● 用RNAseq比较转录组找基因，还有必要做qPCR吗？
● 学术贴：关于microarray analysis样品，统计意义和实际上，哪种方法更好？
● 基因芯片数据分析求助
● truth about RNAseq vs Microarray
● 请教一个microarray基因选出多少合适的问题
● 看表达差异，该用Microarray，RNA-Seq还是DGE？
● 有做过转录因子knockdown后用Microarray看target gene的吗？
● 请教HOMER/findPeaks方法和MACS和MUltiScale的差别大吗？
● 请问一般ChIPseq应该有多少peaks？
● transcription factor binding site missing

相关话题的讨论汇总
话题: microarray话题: rnaseq话题: knockdown话题: chipseq话题: binding