f******g
发帖数: 1003 | 1 实验室一个博士做了几张基因芯片，我们实验室买的安捷伦的机器，自己做的。
老板让我来分析，我以前分析过基因芯片的数据，用的dChip。
现请教大家，有哪些免费的软件能分析吗？ |
t*d
发帖数: 1290 | 2 Depend on what you need.
for differentially expressed genes, ttest in Excel is good enough.
Or SAM has a Excel version.
【在 f******g 的大作中提到】
: 实验室一个博士做了几张基因芯片，我们实验室买的安捷伦的机器，自己做的。
: 老板让我来分析，我以前分析过基因芯片的数据，用的dChip。
: 现请教大家，有哪些免费的软件能分析吗？
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X***n
发帖数: 366 | |
s********8
发帖数: 619 | |
f******g
发帖数: 1003 | |
f******g
发帖数: 1003 | 6 请问大家，还有没有其他好用的免费的软件来分析安捷伦基因芯片数据？ |
f******g
发帖数: 1003 | 7 请问大家，还有没有其他好用的免费的软件来分析安捷伦基因芯片数据？ |
l**********1
发帖数: 5204 | 8 De novo assembly by Trinity
http://trinityrnaseq.sourceforge.net/
References:
a, PMID 23331995
BMC Genomics. 14:41. (2013).
De novo transcriptome characterization of Vitis vinifera cv. Corvina unveils
varietal diversity.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23331995
or PMID 21572440
Nat Biotechnol. 29:644-52. (2011).
Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference
genome.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21572440
or PMID 22965124
Nucleic Acids Res. 40:10084-97. (2012).
A comprehensive comparison of RNA-Seq-based transcriptome analysis from
reads to differential gene expression and cross-comparison with microarrays:
a case study in Saccharomyces cerevisiae.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22965124
original post from mitbbs older post:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31569333.html
4th or 5th floor
发信人: cellcreator (cellcreator), 信区: Biology
标 题: Re: 简单介绍 Bioinformatics Tools for NGS 分析
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Sep 12 02:24:54 2011, 美东)
我们领域做过的牛人也用过Trinity。听有经验的人都说de novo耗内存，Trinity说需
要1G RAM per 1M ~76 base Illumina paired reads。还好我做的transcriptome大概
12M 左右的reads，现在在准备装一个小型的工作站，先用16G 内存试一试看够不够。
有机会也去试试BGI的，BGI现在连着几期都在Nature上做广告了，知名度也在提升啊。
希望他家的东西也不错。^_^
【在 f******g 的大作中提到】
: 请问大家，还有没有其他好用的免费的软件来分析安捷伦基因芯片数据？
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f******g
发帖数: 1003 | 9 谢谢，
试试。
看到国内的不少东西开始做的很专业，挺高兴的。
unveils
【在 l**********1 的大作中提到】
: De novo assembly by Trinity
: http://trinityrnaseq.sourceforge.net/
: References:
: a, PMID 23331995
: BMC Genomics. 14:41. (2013).
: De novo transcriptome characterization of Vitis vinifera cv. Corvina unveils
: varietal diversity.
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23331995
: or PMID 21572440
: Nat Biotechnol. 29:644-52. (2011).
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l**********1
发帖数: 5204 | 10 Sure, matrix also plan to return to cn soon...
http://nkaa.org/other-news/98-jobs.html
【在 f******g 的大作中提到】
: 谢谢，
: 试试。
: 看到国内的不少东西开始做的很专业，挺高兴的。
:
: unveils
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B****m
发帖数: 63 | 11 老兄，看问题不仔细。
楼主问的是基因芯片（microarray）的数据分析。
我觉得跟deep-sequencing相比，microarray的数据质量差多了。microarray分析简单
些，用bioconductor就行。我用过affimatrix的芯片，很多probe set 根本没有注释，
不知道对应的啥基因。
【在 l**********1 的大作中提到】
: De novo assembly by Trinity
: http://trinityrnaseq.sourceforge.net/
: References:
: a, PMID 23331995
: BMC Genomics. 14:41. (2013).
: De novo transcriptome characterization of Vitis vinifera cv. Corvina unveils
: varietal diversity.
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23331995
: or PMID 21572440
: Nat Biotechnol. 29:644-52. (2011).
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f******g
发帖数: 1003 | 12 我看了几天bioconductor， 没有弄太明白，感觉界面不易懂，而且也没有一个详细的
傻瓜式的protocol，可以让大家跟着做。
我还是决定用dChip了，虽然功能不是很强，但是对我够用了。
这个数据是为修稿准备的，主要看老板如何解释了。
【在 B****m 的大作中提到】
: 老兄，看问题不仔细。
: 楼主问的是基因芯片（microarray）的数据分析。
: 我觉得跟deep-sequencing相比，microarray的数据质量差多了。microarray分析简单
: 些，用bioconductor就行。我用过affimatrix的芯片，很多probe set 根本没有注释，
: 不知道对应的啥基因。
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a***y
发帖数: 19743 | 13 RNAseq分析还在探索中吧。至少Microarray的分析已经很robust了。当然内在技术缺陷
是比较难客服的。
【在 B****m 的大作中提到】
: 老兄，看问题不仔细。
: 楼主问的是基因芯片（microarray）的数据分析。
: 我觉得跟deep-sequencing相比，microarray的数据质量差多了。microarray分析简单
: 些，用bioconductor就行。我用过affimatrix的芯片，很多probe set 根本没有注释，
: 不知道对应的啥基因。
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a***y
发帖数: 19743 | 14 这个是入门比较难。不过dChip现在还有人用么？
【在 f******g 的大作中提到】
: 我看了几天bioconductor， 没有弄太明白，感觉界面不易懂，而且也没有一个详细的
: 傻瓜式的protocol，可以让大家跟着做。
: 我还是决定用dChip了，虽然功能不是很强，但是对我够用了。
: 这个数据是为修稿准备的，主要看老板如何解释了。
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f******g
发帖数: 1003 | 15 不知道还有没有人在用，但是dchip一直在更新。
【在 a***y 的大作中提到】
: 这个是入门比较难。不过dChip现在还有人用么？
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l**********1
发帖数: 5204 | 16 'dChip' 的对应 R version 不能对应WIN7 悲剧鸟
if from next 2014 May WINXP 悲剧鸟 2 from microsoft suspended WINXP back up
service then Byebye 'dChip' ?
explain:
'dChip' should run in R code mode but
but
>
Install R. This interface does not work with the latest R. Please install R
2.3.1 or R 1.6.2 instead. At the “Select Components” dialog you may only
select “main files”. Start R through “Start/Programs/R” to confirm R is
installed properly; later on dChip will automatically start R. For R-COM to
run properly, you may need to restart the computer after installing R to add
registry key of R path to Windows.
https://sites.google.com/site/dchipsoft/introduction-to-dchip/interface-with
-the-r-software
and
R 1.6.2 for Windows
This directory contains a binary distribution of R-1.6.2 to run on Windows
95, 98, ME, NT4.0, 2000 and XP on Intel/clone chips.
http://cran.us.r-project.org/bin/windows/base/old/1.6.2/
even alternatively
R-2.3.1 for Windows
This directory contains a binary distribution of R-2.3.1 to run on Windows
95, 98, ME, NT4.0, 2000 and XP on Intel/clone chips.
http://cran.us.r-project.org/bin/windows/base/old/2.3.1/
References
https://sites.google.com/site/dchipsoft/downloading-dchip-software
http://www.hsph.harvard.edu/cli/complab/dchip/
http://www.stanford.edu/group/wonglab/software.html
Summary:
'dChip' updated version from Harvard Cheng Li lab which can be interfaced
with R either can run in WIN7 or WIN8 unless 'dChip' will be excluded from
2015Y on WINDOWS OS.
【在 f******g 的大作中提到】
: 不知道还有没有人在用，但是dchip一直在更新。
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l**********1
发帖数: 5204 | 17 Bedutils
NGSUtils is a suite of software tools for working with next-generation
sequencing datasets. Staring in 2009, we (Liu Lab @ Indiana University
School of Medicine) starting working with next-generation sequencing data.
We initially started doing custom coding for each project in a one-off
manner. It quickly became apparent that this was an inefficient manner to
work, so we started assembling smaller utilities that could be adapted into
larger, more complicated, workflows. We have used them for Illumia, SOLiD
and 454 sequencing data. We have used them for DNA and RNA resequcing, ChIP-
Seq, CLIP-Seq, and targeted resequencing (Agilent exome capture and PCR
targeting). These tools are also used heavily in our in-house DNA and RNA
mapping pipelines.
These tools have of great use within our lab group, and so we are happy to
make them available to the greater community.
NGSUtils is made up of 50+ programs, mainly written in Python. These are
separated into modules based on the type of file that is to be analyzed.
There are four modules:
http://seqanswers.com/wiki/Software/list
http://seqanswers.com/wiki/Bedutils
Requirements
Requires
Mac OSX or Linux operating system (tested on RHEL5 and RHEL6)
Python 2.6+ (including development packages)
virtualenv
Make
Note: for RHEL5, it is recommended that you add the EPEL repository to your
yum configuration and install the python26 and python26-virtualenv packages.
This will let NGSUtils use the proper version of Python without disrupting
any system utilities.
http://ngsutils.org/installation/
http://ngsutils.org/
PS: LZ baozis ten please? if above package worked it for your ongoing
project.
【在 f******g 的大作中提到】
: 我看了几天bioconductor， 没有弄太明白，感觉界面不易懂，而且也没有一个详细的
: 傻瓜式的protocol，可以让大家跟着做。
: 我还是决定用dChip了，虽然功能不是很强，但是对我够用了。
: 这个数据是为修稿准备的，主要看老板如何解释了。
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