f****h
发帖数: 41 | 1 Dear all,
I would like to synthesize a bacteria gene in a codon-optimized version for
the expression in mouse neurons.
Can anyone share some experience regarding this service from different
companies, like IDT, DNA2.0,
GenScript? Thank you! |
f****h
发帖数: 41 | 2 难道没有人用过吗？
谢谢。
for
【在 f****h 的大作中提到】
: Dear all,
: I would like to synthesize a bacteria gene in a codon-optimized version for
: the expression in mouse neurons.
: Can anyone share some experience regarding this service from different
: companies, like IDT, DNA2.0,
: GenScript? Thank you!
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s********n
发帖数: 2939 | 3 我们用Genscript的，个人感觉还不错。DNA2.0也很好，但要贵一些。 |
w******n
发帖数: 168 | 4 dna2.0不错 有点小贵
其实长度不大 可以自己弄。。。。。。
idt反正上次和成一个160的highly repeat没有弄出来
for
【在 f****h 的大作中提到】
: Dear all,
: I would like to synthesize a bacteria gene in a codon-optimized version for
: the expression in mouse neurons.
: Can anyone share some experience regarding this service from different
: companies, like IDT, DNA2.0,
: GenScript? Thank you!
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h**********r
发帖数: 671 | 5 好奇怎么自己弄？设计一堆primer吗？效率怎么样？
LZ要是想咨询一下GenScript，我可以给你一点线索，我在他家合成过，也和客户代表
稍微认识（非广告贴，可以站内我）。 |
j****x
发帖数: 1704 | 6 推荐Geneart,他们的序列密码子优化分析（软件）绝对是最好的。好像去年刚被
Invirogen收购，价格可以谈。 |
s******s
发帖数: 13035 | 7 r短的话就是一堆单链互相anneal了。我十几年前做过，300bp的合成10段60几
的单链，然后组合起来变性复性。长的话就要clone了，国内很多这种公司
【在 h**********r 的大作中提到】
: 好奇怎么自己弄？设计一堆primer吗？效率怎么样？
: LZ要是想咨询一下GenScript，我可以给你一点线索，我在他家合成过，也和客户代表
: 稍微认识（非广告贴，可以站内我）。
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s********n
发帖数: 2939 | 8 说不上最好吧，虽然我们也用他们公司的。没有比较Genscript和DNA2.0，但从周围的
风评而言，DNA2.0稍好一点，但就是贵一些。Genscript是华人公司，估计他们的gene
synthesis业务都是在中国做的。
【在 j****x 的大作中提到】
: 推荐Geneart,他们的序列密码子优化分析（软件）绝对是最好的。好像去年刚被
: Invirogen收购，价格可以谈。
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f****h
发帖数: 41 | 9 我联系了DNA2.0和Geneart，我的gene是850bp，DNA2.0要$700，Geneart 要$400多. 怎
么差这么多？如果DNA2.0
贵这么多，还有很多生意，那他们是不是最好的？这是第一次，以后要更多，所以想找
个好点的公司。
gene
【在 s********n 的大作中提到】
: 说不上最好吧，虽然我们也用他们公司的。没有比较Genscript和DNA2.0，但从周围的
: 风评而言，DNA2.0稍好一点，但就是贵一些。Genscript是华人公司，估计他们的gene
: synthesis业务都是在中国做的。
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j****x
发帖数: 1704 | 10 单纯基因合成的话，能有什么好坏之分？拿到的是测序验证后的质粒，你在哪家做出来
的都是同一个序列。
如果涉及密码子/序列优化的话，就体现各家的功力了。Geneart和DNA2.0算是最好的代
表吧，区别是DNA2.0软件可以免费下载自己做优化，而geneart软件是自己内部使用不
公开的。孰优孰劣这个很难讲，case by case，但是个人经验geneart考虑的更全面一
点。同样的AA序列两家优化出来的nt效果应该差别不大，当然也要看运气和RP，这个差
别就太大了。。。
至于价格，每家都是可以谈的。当初做预实验缺少病人样本，我就设计了50条人工序列
，做序列合成以及点突变。geneart报价200/条，然后去genescript询价，人家说我们
按照geneart的报价给你打五折。然后我把这个报价传给了geneart，这边立即就match
了，二话没说。因为geneart离得近送货快一点所以就没什么可犹豫的了。DNA2.0也一
样的，所以要想省钱就得和几个公司周旋一下。genescript基本应该算是大公司里面最
便宜的，拿他们的出价去侃价还是比较靠谱的。
总之，不涉及序列优化单纯gene合成的话，genescript是首选，速度快价格好，而且现
在终端放在国内，客观上也算为国家创作GDP了。需要密码子优化自己又不是很在行的
话，geneart和DNA2.0都行，哪家便宜上哪家吧，个人推荐前者，因为软件NB，大牛推
荐的。
【在 f****h 的大作中提到】
: 我联系了DNA2.0和Geneart，我的gene是850bp，DNA2.0要$700，Geneart 要$400多. 怎
: 么差这么多？如果DNA2.0
: 贵这么多，还有很多生意，那他们是不是最好的？这是第一次，以后要更多，所以想找
: 个好点的公司。
:
: gene
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j****x
发帖数: 1704 | 11 所谓“最好”当然是我自己的感觉，通过自己比较两种软件得出的看法，当然算法归算
法，实际效果怎么样这个不敢说，不过认识一个业内的老家伙，他们做序列优化差不多
有上千例，从他们的结果看，仅有少数个例差距显著，大部分没什么差别，geneart还
略好。
对自己有信心的话，拿DNA2.0的软件自己设计序列然后找genescript合成，应该是很好
的组合
gene
【在 s********n 的大作中提到】
: 说不上最好吧，虽然我们也用他们公司的。没有比较Genscript和DNA2.0，但从周围的
: 风评而言，DNA2.0稍好一点，但就是贵一些。Genscript是华人公司，估计他们的gene
: synthesis业务都是在中国做的。
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s********n
发帖数: 2939 | 12 据我所知DNA2.0网上可以下载的软件只是一般通用，他们自己有另一套优化软件专门用
来优化客户的序列，不然估计没有人找他们优化合成基因了。这个见仁见智了。
【在 j****x 的大作中提到】
: 所谓“最好”当然是我自己的感觉，通过自己比较两种软件得出的看法，当然算法归算
: 法，实际效果怎么样这个不敢说，不过认识一个业内的老家伙，他们做序列优化差不多
: 有上千例，从他们的结果看，仅有少数个例差距显著，大部分没什么差别，geneart还
: 略好。
: 对自己有信心的话，拿DNA2.0的软件自己设计序列然后找genescript合成，应该是很好
: 的组合
:
: gene
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s********n
发帖数: 2939 | 13 如果你考虑的是表达成功率，而且以后要做很多（>$50k），你可以随机挑几个基因分
别送给2-3个公司看看效果如何，有些实验室就是这样做的。
【在 f****h 的大作中提到】
: 我联系了DNA2.0和Geneart，我的gene是850bp，DNA2.0要$700，Geneart 要$400多. 怎
: 么差这么多？如果DNA2.0
: 贵这么多，还有很多生意，那他们是不是最好的？这是第一次，以后要更多，所以想找
: 个好点的公司。
:
: gene
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h**********r
发帖数: 671 | 14 说实话，很多时候基因表达不表达和codon bias关系不大，不过把这个排除了当然更爽
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j****x
发帖数: 1704 | 15 请问你这是据哪里的所知？因为我问过熟人，说用的就是一个东西，但是你自己能不能
用的好就是另一回事了。我还专门让他们帮我做了个demo，和我自己做出来的基本差不
多。当然客服可能会和你说他们有什么秘密软件一般人我不告诉他，那就另说了。
DNA2.0在原核上据说是最好的，不过在真核上，个人受经验人士推荐更倾向geneart
【在 s********n 的大作中提到】
: 据我所知DNA2.0网上可以下载的软件只是一般通用，他们自己有另一套优化软件专门用
: 来优化客户的序列，不然估计没有人找他们优化合成基因了。这个见仁见智了。
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s********n
发帖数: 2939 | 16 我也是听DNA2.0内部的人说的，他们有一套自己用的系统用来优化客户的基因。不过我
们也没有用他们的，只是听周围的人说而已。
【在 j****x 的大作中提到】
: 请问你这是据哪里的所知？因为我问过熟人，说用的就是一个东西，但是你自己能不能
: 用的好就是另一回事了。我还专门让他们帮我做了个demo，和我自己做出来的基本差不
: 多。当然客服可能会和你说他们有什么秘密软件一般人我不告诉他，那就另说了。
: DNA2.0在原核上据说是最好的，不过在真核上，个人受经验人士推荐更倾向geneart
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