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Biology版 - 最近非常郁闷
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小弟不才,问个问题 pathway 和 mechanism我怀疑一个蛋白是caspase 咋证明?
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话题: pathway话题: 蛋白话题: 通路话题: 修饰话题: 没有
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1 (共1页)
s******y
发帖数: 28562
1
最近不知道是rp用光了还是怎么回事,倒霉的事情一串接着一串,
首先是老板的funding 没有续上,差点弄得我签证出问题被扫地出门赶回中国。
然后最近投一篇文章,连连被主编连看都不看惨的连review 的机会都不给,就直接扔
回我们脸上去。55555555
今天下午的更狠,直接拿我们文章的标题开刀,把我们锯了。
老板叫冤了一整个下午。惨啊。
O******e
发帖数: 4845
2
你本来是可以选择今年秋季就开始新工作的吧
其实说起来这都是小事了。等自己实验室一开张,什么都好了

【在 s******y 的大作中提到】
: 最近不知道是rp用光了还是怎么回事,倒霉的事情一串接着一串,
: 首先是老板的funding 没有续上,差点弄得我签证出问题被扫地出门赶回中国。
: 然后最近投一篇文章,连连被主编连看都不看惨的连review 的机会都不给,就直接扔
: 回我们脸上去。55555555
: 今天下午的更狠,直接拿我们文章的标题开刀,把我们锯了。
: 老板叫冤了一整个下午。惨啊。

h*****t
发帖数: 103
3
应该不是你RP的问题吧,对方哦,我觉得。
s******y
发帖数: 28562
4

不行,将来的系里明确的说过了不行。实在不行宁可让我回国去等着,明年再过来。因
为实在是没有时间重新做budget. 而且当时是有一些特殊情况(budget 限制),在这里
不方便具体说,所以系里实在是没有办法让我提前开始。
我们现在的实验室是依靠着现在的系里给的紧急资金来勉强糊口,到了12月中旬就断
粮了。
我其实非常着急想发掉那片文章,一方面,那个才是我的主项目,不发的话挺对不起老
板的,我去年发那片文章其实是副产品,和老板的funding 没有关系,所以发了也白发
,没有为她申请资金带来太多好处。
另外一方面,也有人在和我们竞争这个项目,但是他们貌似还跟不上我们的进度,但是
再不赶快发的话就不好说了。

【在 O******e 的大作中提到】
: 你本来是可以选择今年秋季就开始新工作的吧
: 其实说起来这都是小事了。等自己实验室一开张,什么都好了

O******e
发帖数: 4845
5
我的意思是说他们给你offer的时候,是你决定明年开始的吧?因为你想完成一些课题?

【在 s******y 的大作中提到】
:
: 不行,将来的系里明确的说过了不行。实在不行宁可让我回国去等着,明年再过来。因
: 为实在是没有时间重新做budget. 而且当时是有一些特殊情况(budget 限制),在这里
: 不方便具体说,所以系里实在是没有办法让我提前开始。
: 我们现在的实验室是依靠着现在的系里给的紧急资金来勉强糊口,到了12月中旬就断
: 粮了。
: 我其实非常着急想发掉那片文章,一方面,那个才是我的主项目,不发的话挺对不起老
: 板的,我去年发那片文章其实是副产品,和老板的funding 没有关系,所以发了也白发
: ,没有为她申请资金带来太多好处。
: 另外一方面,也有人在和我们竞争这个项目,但是他们貌似还跟不上我们的进度,但是

s******y
发帖数: 28562
6
也不完全是吧,因为budget 的问题,其实当时他们就希望我明年开始。
当然我当时也是心甘情愿的选择明年开始,因为我还有几个课题没有做完。

题?

【在 O******e 的大作中提到】
: 我的意思是说他们给你offer的时候,是你决定明年开始的吧?因为你想完成一些课题?
S**********l
发帖数: 3835
7
你还没绿呢?你是典型的alien of extraordinary ability啊

【在 s******y 的大作中提到】
: 最近不知道是rp用光了还是怎么回事,倒霉的事情一串接着一串,
: 首先是老板的funding 没有续上,差点弄得我签证出问题被扫地出门赶回中国。
: 然后最近投一篇文章,连连被主编连看都不看惨的连review 的机会都不给,就直接扔
: 回我们脸上去。55555555
: 今天下午的更狠,直接拿我们文章的标题开刀,把我们锯了。
: 老板叫冤了一整个下午。惨啊。

O******e
发帖数: 4845
8
大不了回国呆几个月好好休息一下。不过对你的绿卡申请可能造成一些麻烦。
我听说未来三年的funding形势会非常糟糕--希望没有那么夸张。

【在 s******y 的大作中提到】
: 也不完全是吧,因为budget 的问题,其实当时他们就希望我明年开始。
: 当然我当时也是心甘情愿的选择明年开始,因为我还有几个课题没有做完。
:
: 题?

p*****m
发帖数: 7030
9
回国找个客座/visiting性质的位置呆一年 挺好的。。

【在 s******y 的大作中提到】
: 最近不知道是rp用光了还是怎么回事,倒霉的事情一串接着一串,
: 首先是老板的funding 没有续上,差点弄得我签证出问题被扫地出门赶回中国。
: 然后最近投一篇文章,连连被主编连看都不看惨的连review 的机会都不给,就直接扔
: 回我们脸上去。55555555
: 今天下午的更狠,直接拿我们文章的标题开刀,把我们锯了。
: 老板叫冤了一整个下午。惨啊。

s******y
发帖数: 28562
10
现在应该不需要回国了。因为老板拿到了系里的一小笔钱,勉强可以支撑我们
到12月底。然后就可以到新工作单位去了(新工作一月份开始)
只是现在都基本上不能买试剂了。加上现在这篇文章眼看要砸手里了,很窝火。

【在 O******e 的大作中提到】
: 大不了回国呆几个月好好休息一下。不过对你的绿卡申请可能造成一些麻烦。
: 我听说未来三年的funding形势会非常糟糕--希望没有那么夸张。

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s******y
发帖数: 28562
11
是还没有绿啊,以前一直没有下心思申请绿卡,因为那个时候不知道要不要归。

【在 S**********l 的大作中提到】
: 你还没绿呢?你是典型的alien of extraordinary ability啊
s******y
发帖数: 28562
12
前几个月我甚至想过要去ache那里洗碗的

【在 p*****m 的大作中提到】
: 回国找个客座/visiting性质的位置呆一年 挺好的。。
O******e
发帖数: 4845
13
那就找个稍微低一点的杂志发了呗。哪怕再小的杂志,也比烂在手里强

【在 s******y 的大作中提到】
: 现在应该不需要回国了。因为老板拿到了系里的一小笔钱,勉强可以支撑我们
: 到12月底。然后就可以到新工作单位去了(新工作一月份开始)
: 只是现在都基本上不能买试剂了。加上现在这篇文章眼看要砸手里了,很窝火。

c********b
发帖数: 363
14
time to relax. anxious will help nothing.

【在 s******y 的大作中提到】
: 最近不知道是rp用光了还是怎么回事,倒霉的事情一串接着一串,
: 首先是老板的funding 没有续上,差点弄得我签证出问题被扫地出门赶回中国。
: 然后最近投一篇文章,连连被主编连看都不看惨的连review 的机会都不给,就直接扔
: 回我们脸上去。55555555
: 今天下午的更狠,直接拿我们文章的标题开刀,把我们锯了。
: 老板叫冤了一整个下午。惨啊。

y******8
发帖数: 1764
15
I know someone started as a research associate for a few months, then began
his faculty job in the same department.

【在 s******y 的大作中提到】
: 最近不知道是rp用光了还是怎么回事,倒霉的事情一串接着一串,
: 首先是老板的funding 没有续上,差点弄得我签证出问题被扫地出门赶回中国。
: 然后最近投一篇文章,连连被主编连看都不看惨的连review 的机会都不给,就直接扔
: 回我们脸上去。55555555
: 今天下午的更狠,直接拿我们文章的标题开刀,把我们锯了。
: 老板叫冤了一整个下午。惨啊。

s******y
发帖数: 28562
16
不甘心啊,
我们觉得这个文章质量很好,从某种意义上来讲比我上一片还好(但不是同一个题材,
所以新意是没有问题的),大致上就是发现了某个领域里有一个被大家忽略了很久的东
西有重要的作用。我们的文章里把它的功能基本上搞清楚了,调控网络也大致定了一个
大概方向。但是现在主编们都异口同声的说我们的文章没有mechanistic insight. 我
晕,一个几乎从来没有人做过的东西,怎么可以第一篇文章就指望我把详细mechanism
全部搞清楚?我把功能都已经搞清楚了,这还不够么?
这种东西发到太低的杂志,未必就讨好。因为主要是特别新而已,要是说具体的分子机
制的话,我们这个文章反而没有,不见得就一定能过reviewer 的关。这种亏我们实验
室别人吃过的,就是一开始他投到一个比较低的杂志去,被骂得狗血淋头天旋地转的回
来了,后来一生气投到了一个很好的杂志去,反而很顺利的被接受了,还被杂志写了篇
mini-review 来表扬其“重要意义”。
而且要是发到太低的杂志还会产生一个大问题,就是以后的follow-up 肯定会比第一篇
的档次更低。这种情况对于小实验室很常见,比方说第一篇发到了JBC或者MBC, 那么你
后面的follow-up 就别想发得比这个高。所以如果第一篇发得太低,后面我们就很难做
了。除非什么大牛实验室把这个题材捡起来接着做,但是这样,后面的文章就基本上没
有我们的份了。

【在 O******e 的大作中提到】
: 那就找个稍微低一点的杂志发了呗。哪怕再小的杂志,也比烂在手里强
D*a
发帖数: 6830
17
找工作的时候rp好是关键!
你老板有没有欧洲的合作者阿,可以来欧洲玩半年阿。
a*********g
发帖数: 8087
18
这不是大牛么,刺激众多小牛来着
s******y
发帖数: 28562
19
你就不要来取笑我了。555555555555

【在 a*********g 的大作中提到】
: 这不是大牛么,刺激众多小牛来着
k**********i
发帖数: 40
20
听了你说的情况,我觉得可以投PNAS,embo j,虽然水平可能高于这两个杂志
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实验做得很沮丧统计学在系统生物学的作用
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s******y
发帖数: 28562
21
现在我们这篇文章大概是这样的:
领域里大家都知道某个蛋白,都知道它在某个通路A里面是关键蛋白,相关文章都灌了
上千篇了。
然后我们发现这个蛋白能被进行某种修饰,奇怪的是修饰完之后就和通路A没有关系了
,而是到大家都没有想到过的通路B去了(通路B本身也的确是一个非常重要的通路,重
要性比A更高一些,但是大家一直没有搞清楚那个通路是怎么工作的)。
然后我们花了很多篇幅证明说这个东西在修饰之后的确是physically located to 通路
B,然后还做了rescue 来证明这个东西对于通路B的功能的确很重要,
现在我们的问题就是,主编觉得我们没有具体说明这个蛋白为什么能在通路B有作用。
但是我觉得,对于一个新发现,有必要要求那么多么?而且最主要的是,可能性太多了
,那个蛋白和很多东西都有关联,不是一年两年就能把机理搞清楚的。这么逼我们搞一
个机理,肯定会逼出一个很糟糕的假说,出错的机会太大。
大家对此怎么想的?有什么建议么?比方说什么比较好的杂志可以发这种没有提出具体
机理的新发现?
s******y
发帖数: 28562
22
嗯,我也许可以考虑一下embo j,PNAS两年前刁难过我们另外一篇文章(reviewer 过
了,主编不让过),让我们心有余悸。

【在 k**********i 的大作中提到】
: 听了你说的情况,我觉得可以投PNAS,embo j,虽然水平可能高于这两个杂志
s********n
发帖数: 2939
23
个人觉得PLoS Biol比较喜欢这种的。

【在 s******y 的大作中提到】
: 现在我们这篇文章大概是这样的:
: 领域里大家都知道某个蛋白,都知道它在某个通路A里面是关键蛋白,相关文章都灌了
: 上千篇了。
: 然后我们发现这个蛋白能被进行某种修饰,奇怪的是修饰完之后就和通路A没有关系了
: ,而是到大家都没有想到过的通路B去了(通路B本身也的确是一个非常重要的通路,重
: 要性比A更高一些,但是大家一直没有搞清楚那个通路是怎么工作的)。
: 然后我们花了很多篇幅证明说这个东西在修饰之后的确是physically located to 通路
: B,然后还做了rescue 来证明这个东西对于通路B的功能的确很重要,
: 现在我们的问题就是,主编觉得我们没有具体说明这个蛋白为什么能在通路B有作用。
: 但是我觉得,对于一个新发现,有必要要求那么多么?而且最主要的是,可能性太多了

k**********i
发帖数: 40
24
y******8
发帖数: 1764
25
Science Signaling, Nature Structure and Molecular Biology, Current Biology
or Genes & Development.
So many you can try. Write a better cover letter and resubmit it.

【在 s******y 的大作中提到】
: 现在我们这篇文章大概是这样的:
: 领域里大家都知道某个蛋白,都知道它在某个通路A里面是关键蛋白,相关文章都灌了
: 上千篇了。
: 然后我们发现这个蛋白能被进行某种修饰,奇怪的是修饰完之后就和通路A没有关系了
: ,而是到大家都没有想到过的通路B去了(通路B本身也的确是一个非常重要的通路,重
: 要性比A更高一些,但是大家一直没有搞清楚那个通路是怎么工作的)。
: 然后我们花了很多篇幅证明说这个东西在修饰之后的确是physically located to 通路
: B,然后还做了rescue 来证明这个东西对于通路B的功能的确很重要,
: 现在我们的问题就是,主编觉得我们没有具体说明这个蛋白为什么能在通路B有作用。
: 但是我觉得,对于一个新发现,有必要要求那么多么?而且最主要的是,可能性太多了

s******y
发帖数: 28562
26
是么?如果他们有发这种文章的先例那就太好了。
不是我们不想做机理,而是觉得一个新东西,头绪都还摸不清,怎么能就逼我们做机理呢?
我唯一有疑问的是,据说他们家的主编动作很慢?是真的么?如果要拖上半年才能下决定的话。。。老板可能不会同意往那里投的。

【在 s********n 的大作中提到】
: 个人觉得PLoS Biol比较喜欢这种的。
D*a
发帖数: 6830
27
你标题是physically located to 这个?
我觉得这个说法好像很没底气的样子。
h****u
发帖数: 480
28

MM 别55555了
Relax and have fun in long weekend!

【在 s******y 的大作中提到】
: 你就不要来取笑我了。555555555555
s******y
发帖数: 28562
29
不是,我们的题目是 A Novel xxx modification of YYY plays an essential role in ZZZ
然后主编说,你们这个文章居然起这个一个题目in the absence of mechanistic insights...
打击得我几乎都爬不起来了。。。

【在 D*a 的大作中提到】
: 你标题是physically located to 这个?
: 我觉得这个说法好像很没底气的样子。

p*****m
发帖数: 7030
30
我很好奇你们怎么证明在pathway B里面"essential"的,可以设想你们可以突变你们这
个protein使得他不能被你们研究的这种修饰方法修饰,然后看到了pathway B related
phenotype,然后呢?你们通过manipulate pathway B上的gene看到了rescue?这个不
能说明这个修饰方法就是通过pathway B起作用的吧 尤其在据你说你们并不知道这个蛋
白和
pathwayB怎么联系上的情况下

【在 s******y 的大作中提到】
: 不是,我们的题目是 A Novel xxx modification of YYY plays an essential role in ZZZ
: 然后主编说,你们这个文章居然起这个一个题目in the absence of mechanistic insights...
: 打击得我几乎都爬不起来了。。。

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g****1
发帖数: 261
31

mechanism
The top notch journals usually want sexy phenotype/story or new mechanisms,
ideally both. function itself can be circumstantial and prone to different
interpretations. If it's hard to get it done in the near future, get it
published asap and move on.

【在 s******y 的大作中提到】
: 不甘心啊,
: 我们觉得这个文章质量很好,从某种意义上来讲比我上一片还好(但不是同一个题材,
: 所以新意是没有问题的),大致上就是发现了某个领域里有一个被大家忽略了很久的东
: 西有重要的作用。我们的文章里把它的功能基本上搞清楚了,调控网络也大致定了一个
: 大概方向。但是现在主编们都异口同声的说我们的文章没有mechanistic insight. 我
: 晕,一个几乎从来没有人做过的东西,怎么可以第一篇文章就指望我把详细mechanism
: 全部搞清楚?我把功能都已经搞清楚了,这还不够么?
: 这种东西发到太低的杂志,未必就讨好。因为主要是特别新而已,要是说具体的分子机
: 制的话,我们这个文章反而没有,不见得就一定能过reviewer 的关。这种亏我们实验
: 室别人吃过的,就是一开始他投到一个比较低的杂志去,被骂得狗血淋头天旋地转的回

D*a
发帖数: 6830
32
那如果投general的那种杂志,有没有可能这个蛋白的功能出了你们领域知道的就少了
?能不能想个办法在规定字数内把调控之后功能从A重新定位到B这个意思表达出来。我
外行看essential role感觉在题目上用得太多了,有没有可能是这个原因。
你说的这篇是题目被鄙视的那篇吧。。。

【在 s******y 的大作中提到】
: 不是,我们的题目是 A Novel xxx modification of YYY plays an essential role in ZZZ
: 然后主编说,你们这个文章居然起这个一个题目in the absence of mechanistic insights...
: 打击得我几乎都爬不起来了。。。

g****1
发帖数: 261
33

in ZZZ
insights...
without more details, reading the title, I expect to see mechanistic
insights in the paper :)

【在 s******y 的大作中提到】
: 不是,我们的题目是 A Novel xxx modification of YYY plays an essential role in ZZZ
: 然后主编说,你们这个文章居然起这个一个题目in the absence of mechanistic insights...
: 打击得我几乎都爬不起来了。。。

s******y
发帖数: 28562
34
我们就是把负责做那个修饰的酶给KO了,然后pathway A 和 B 同时出问题了。
然后我们把修饰好的蛋白扔进去,发现该蛋白和pathway B colocalizes, 而且recue
了pathway B,但是对pathway A就没有这个效果。
其实这个东西对pathway A到底有没有作用我们不太关心(阴性结果不说明就没有关系
)因为针对于那个蛋白和pathway A的文章超过一千篇,所以是一个没有什么意思的方
向,所以我们那个文章里面没有对pathway A下任何结论。
不过对于pathway B的结论应该是没有问题的吧?因为能够很明确的rescue, 而且很明
确的colocalizes.

related

【在 p*****m 的大作中提到】
: 我很好奇你们怎么证明在pathway B里面"essential"的,可以设想你们可以突变你们这
: 个protein使得他不能被你们研究的这种修饰方法修饰,然后看到了pathway B related
: phenotype,然后呢?你们通过manipulate pathway B上的gene看到了rescue?这个不
: 能说明这个修饰方法就是通过pathway B起作用的吧 尤其在据你说你们并不知道这个蛋
: 白和
: pathwayB怎么联系上的情况下

s******y
发帖数: 28562
35
这个蛋白非常重要的,几乎是做细胞的人都知道。所以应该不是这个原因。
但是标题也许是一个问题。因为其中一个主编就拿这个作文章鄙视我了。
55555

【在 D*a 的大作中提到】
: 那如果投general的那种杂志,有没有可能这个蛋白的功能出了你们领域知道的就少了
: ?能不能想个办法在规定字数内把调控之后功能从A重新定位到B这个意思表达出来。我
: 外行看essential role感觉在题目上用得太多了,有没有可能是这个原因。
: 你说的这篇是题目被鄙视的那篇吧。。。

p*****m
发帖数: 7030
36
我的问题就是 你们这个“rescue 了 pathway B”具体做了什么。如果是找了一个path
way B的very downstream readout看了看,这个实验本身不说明你们的蛋白和pathway
B有关系(colocalization只能当side evidence)
打个比方,你们用的那个readout,估计谁也不敢拍胸脯说100% pathway B specific,
甚至有可能involve pathway A,这样就没有太多惊奇了(这个未必不可能,鉴于这个蛋
白的此种修饰对A/B都有用)

【在 s******y 的大作中提到】
: 我们就是把负责做那个修饰的酶给KO了,然后pathway A 和 B 同时出问题了。
: 然后我们把修饰好的蛋白扔进去,发现该蛋白和pathway B colocalizes, 而且recue
: 了pathway B,但是对pathway A就没有这个效果。
: 其实这个东西对pathway A到底有没有作用我们不太关心(阴性结果不说明就没有关系
: )因为针对于那个蛋白和pathway A的文章超过一千篇,所以是一个没有什么意思的方
: 向,所以我们那个文章里面没有对pathway A下任何结论。
: 不过对于pathway B的结论应该是没有问题的吧?因为能够很明确的rescue, 而且很明
: 确的colocalizes.
:
: related

k**********i
发帖数: 40
37
我觉得nature,science对机理的要求比较过分
D*a
发帖数: 6830
38
我看你描述的,感觉你的文章重点在于一个修饰方法把这个蛋白从一个通路弄到另一个
通路,或者说我感觉重点在于修饰对控制蛋白功能的转换的控制,蛋白具体到底在B通
路里面多么essential我感觉倒不是重点。有个什么词表示这种非A即B的转换的?感觉
很熟一样,想不起来。
再就是你上面说的,如果蛋白被修饰之后就跟A没有关系了,那么修饰它的酶敲掉以后
,它的不被修饰的状态还在阿,那么怎么会又影响A通路的呢?

【在 s******y 的大作中提到】
: 这个蛋白非常重要的,几乎是做细胞的人都知道。所以应该不是这个原因。
: 但是标题也许是一个问题。因为其中一个主编就拿这个作文章鄙视我了。
: 55555

s******y
发帖数: 28562
39
在空间上来说,pathway A 和pathway B在细胞里是位于不同地方的,所以readout 肯定是没有问题的。打个比方说,一个在线粒体内,一个在核内(打比方而已,不是真的),所以要把readout 清楚的分开并不是很难的事情。几个不同的主编貌似也没有质疑这一点。
而且,退一步来说,即使最后被发现是通过对pathway A 的作用来间接的影响到pathway B,应该也是一个很有意思的结果啊,因为大家都不知道这个pathway B具体是如何调控的。

path
pathway

【在 p*****m 的大作中提到】
: 我的问题就是 你们这个“rescue 了 pathway B”具体做了什么。如果是找了一个path
: way B的very downstream readout看了看,这个实验本身不说明你们的蛋白和pathway
: B有关系(colocalization只能当side evidence)
: 打个比方,你们用的那个readout,估计谁也不敢拍胸脯说100% pathway B specific,
: 甚至有可能involve pathway A,这样就没有太多惊奇了(这个未必不可能,鉴于这个蛋
: 白的此种修饰对A/B都有用)

s******y
发帖数: 28562
40

这个问题很简单啊,因为那个酶的底物并不仅仅限于那个蛋白。
有可能其他需要被修饰的蛋白和A通路有关吧。但是A通路不是这个文章的重点,
所以我们几乎没有怎么提及它。

【在 D*a 的大作中提到】
: 我看你描述的,感觉你的文章重点在于一个修饰方法把这个蛋白从一个通路弄到另一个
: 通路,或者说我感觉重点在于修饰对控制蛋白功能的转换的控制,蛋白具体到底在B通
: 路里面多么essential我感觉倒不是重点。有个什么词表示这种非A即B的转换的?感觉
: 很熟一样,想不起来。
: 再就是你上面说的,如果蛋白被修饰之后就跟A没有关系了,那么修饰它的酶敲掉以后
: ,它的不被修饰的状态还在阿,那么怎么会又影响A通路的呢?

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请推荐一个画信号传导通路图的软件Sci-Dao Box现在可以直接import就文件了
review过几篇Paper,能放CV里吗?请教一个信号通路的问题
与前实验室关系Hippo和mTOR pathway的看过来
进入Biology版参与讨论
M*****n
发帖数: 16729
41
your title is not sexy enough.
s******y
发帖数: 28562
42
老哥,你帮我起一个好一点的题目吧,555
同时还不能太夸张,免得又被主编拿着大棒子追着打

【在 M*****n 的大作中提到】
: your title is not sexy enough.
k**********i
发帖数: 40
43
我觉得题目可能是原因之一,但应该不是主要原因
s******y
发帖数: 28562
44
我想了想,应该不是主要原因,我们那个题目起得比较大路货是真的,
但是被主编据的主要原因估计还是因为他们嫌我们没有深入挖机理。
我那片文章做得比较广,细胞和tissue数据都有,很仔细的做了rescue assay, 还同时identify 了至少三个upstream regulating mechanisms. 但是就是没有具体的提出为什么那个protein被修饰之后会对 pathway B有作用。

【在 k**********i 的大作中提到】
: 我觉得题目可能是原因之一,但应该不是主要原因
M*****n
发帖数: 16729
45
Increasing the employment rate of YYY in ZZZ via a novel modificaiton of XXX
.
Ask Obama to write you a recommendation for your submission as well as extra
funding for your boss.
s******y
发帖数: 28562
46
牛,的确起得比我们那个大路货好听一些

XXX
extra

【在 M*****n 的大作中提到】
: Increasing the employment rate of YYY in ZZZ via a novel modificaiton of XXX
: .
: Ask Obama to write you a recommendation for your submission as well as extra
: funding for your boss.

D*a
发帖数: 6830
47
我觉得应该是很大一部分原因,主编就看个题目看个abstract,投高档杂志的哪篇不是
很仔细的做了很多很多实验阿。
noval这个词我个人不喜欢,还有play essential role这种词,因为什么都没说。不
noval也不往这种档次的期刊上投阿。

【在 s******y 的大作中提到】
: 我想了想,应该不是主要原因,我们那个题目起得比较大路货是真的,
: 但是被主编据的主要原因估计还是因为他们嫌我们没有深入挖机理。
: 我那片文章做得比较广,细胞和tissue数据都有,很仔细的做了rescue assay, 还同时identify 了至少三个upstream regulating mechanisms. 但是就是没有具体的提出为什么那个protein被修饰之后会对 pathway B有作用。

D*a
发帖数: 6830
48
那如果A通路已经被研究透了,这个修饰到底影响哪几个蛋白也应该都知道了吧。
我看你的叙述觉得你们可以把重心放到这个“双向开关”上。
瞎起个名,xxx modifcation switch 众所周知蛋白 from regulating A通路 to B通路。
众所周知蛋白 某动词 B通路 rather than A 通路 after xxx modification
xxx modified 众所周知蛋白 ...
语法好像不大对,大概这么个意思吧。。。

【在 s******y 的大作中提到】
: 牛,的确起得比我们那个大路货好听一些
:
: XXX
: extra

s******y
发帖数: 28562
49
嗯,我也觉得题目不是特别好,因为很多普通文章也会写这种词的。
但是又一下子不知道该说什么好,因为我们就是研究了它的功能然后觉得它
对于某某essential 啊

【在 D*a 的大作中提到】
: 我觉得应该是很大一部分原因,主编就看个题目看个abstract,投高档杂志的哪篇不是
: 很仔细的做了很多很多实验阿。
: noval这个词我个人不喜欢,还有play essential role这种词,因为什么都没说。不
: noval也不往这种档次的期刊上投阿。

s******y
发帖数: 28562
50
谢谢建议啊,但是我们不想强调这个双向开关。因为我们的文章里其实没有特别详细的
排除该蛋白对pathway A有没有影响。要证明一个东西没有影响要比证明一个东西有影
响难度高很多。因为有影响的话,看到了就是看到了。但是要证明没有影响的话是非常
困难的。
我们文章的新意在于那个蛋白大家以前都不知道它对pathway B竟然是有作用的。
所以我们想要强调这一点,而把pathway A 扔下不管,只在supplemental data 里面说我们“没有看见”它,但是绝口不说一定没有它。

路。

【在 D*a 的大作中提到】
: 那如果A通路已经被研究透了,这个修饰到底影响哪几个蛋白也应该都知道了吧。
: 我看你的叙述觉得你们可以把重心放到这个“双向开关”上。
: 瞎起个名,xxx modifcation switch 众所周知蛋白 from regulating A通路 to B通路。
: 众所周知蛋白 某动词 B通路 rather than A 通路 after xxx modification
: xxx modified 众所周知蛋白 ...
: 语法好像不大对,大概这么个意思吧。。。

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我怀疑一个蛋白是caspase 咋证明?实验做得很沮丧
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k**********i
发帖数: 40
51
我觉得不是编辑认为题目平庸,而是认为题目超出了你们的实验结果。
也就是说要么补实验,要么把题目改小,但是改小后他们也不会接受,因为意义就显得
小了。

【在 s******y 的大作中提到】
: 嗯,我也觉得题目不是特别好,因为很多普通文章也会写这种词的。
: 但是又一下子不知道该说什么好,因为我们就是研究了它的功能然后觉得它
: 对于某某essential 啊

s******y
发帖数: 28562
52
我今天也这么和老板说了类似的话(题目是她定的),然后老板跟我耍赖说
她经常看到CNS有类似的题目,凭什么就抓她不抓别人。
我真是被她打败了。。。

【在 k**********i 的大作中提到】
: 我觉得不是编辑认为题目平庸,而是认为题目超出了你们的实验结果。
: 也就是说要么补实验,要么把题目改小,但是改小后他们也不会接受,因为意义就显得
: 小了。

s****9
发帖数: 932
53
开始想着我老板的好了。虽然有时侯实验犯错误或者进展慢的时候,讲话非常刻薄。写
文章的时候绝对底气失足。一个早晨通常就定稿出炉。近5年内投的杂志没有不被
review的。有时侯reviewer提的意见不合理,老板同样很"刻薄"的把reviewer技术性
击倒。
BSO得意一下。sunnyday不要生气。以前PHD的时候也是个小老板,被欺负死了。

【在 s******y 的大作中提到】
: 老哥,你帮我起一个好一点的题目吧,555
: 同时还不能太夸张,免得又被主编拿着大棒子追着打

s******y
发帖数: 28562
54
我拍了拍脑袋想出了这个标题,你觉得如何?大家觉得呢?
YYY enhances the formation of ZZZ via a xxx-modification dependent multi-
layer regulation mechanism

XXX
extra

【在 M*****n 的大作中提到】
: Increasing the employment rate of YYY in ZZZ via a novel modificaiton of XXX
: .
: Ask Obama to write you a recommendation for your submission as well as extra
: funding for your boss.

k**********i
发帖数: 40
55
其实你老板说的也有道理,
因为好稿源太多,nature,science 有时候太牛气了,其实
我觉得你们的工作投到别的杂志,不用改题目也会被接受。至少不是据稿的理由。

【在 s******y 的大作中提到】
: 我今天也这么和老板说了类似的话(题目是她定的),然后老板跟我耍赖说
: 她经常看到CNS有类似的题目,凭什么就抓她不抓别人。
: 我真是被她打败了。。。

I*****y
发帖数: 6402
56
nature 锯的? 可能是看到你上一篇发到s家现在吃醋了,所以编辑部都不给你过。不
过好事多磨啊,good luck。
希望n的编辑对我好一点,我没给过他们醋

【在 s******y 的大作中提到】
: 最近不知道是rp用光了还是怎么回事,倒霉的事情一串接着一串,
: 首先是老板的funding 没有续上,差点弄得我签证出问题被扫地出门赶回中国。
: 然后最近投一篇文章,连连被主编连看都不看惨的连review 的机会都不给,就直接扔
: 回我们脸上去。55555555
: 今天下午的更狠,直接拿我们文章的标题开刀,把我们锯了。
: 老板叫冤了一整个下午。惨啊。

D*a
发帖数: 6830
57
那就把rather than去了?
那你觉得那个蛋白在A里面是怎么管用的?它修饰完了之后还有可能在A里面管用么?我
觉得如果能差不多确定这个和不确定这个,paper确实是差不少。关键是你要是后来一
堆实验确定它真的不在A里面了,你也不能发篇paper说xx is not involved in A、、
、这就亏了。
要不就说xxx modified 蛋白 as a novel regulator in B?(也novel了,鄙视自己。
。。)
我觉得题目除了用“新”“关键”这样的词,并没有真正说你做的结果。
怎么个关键法?b通路的功能是什么?你一开始题目里面那个ZZZ是具体细胞生理
phenotype(增殖,死亡,分化,etc)还是通路B?
如果你要留这个题目,那么abstract和cover letter里面就得使劲强调你们这个发现是
史无前例令人发指的新,把目光吸引到第一次发现蛋白在B里面的功能上来,而不是蛋
白如何去调控B通路。

说我们“没有看见”它,但是绝口不说一定没有它。

【在 s******y 的大作中提到】
: 谢谢建议啊,但是我们不想强调这个双向开关。因为我们的文章里其实没有特别详细的
: 排除该蛋白对pathway A有没有影响。要证明一个东西没有影响要比证明一个东西有影
: 响难度高很多。因为有影响的话,看到了就是看到了。但是要证明没有影响的话是非常
: 困难的。
: 我们文章的新意在于那个蛋白大家以前都不知道它对pathway B竟然是有作用的。
: 所以我们想要强调这一点,而把pathway A 扔下不管,只在supplemental data 里面说我们“没有看见”它,但是绝口不说一定没有它。
:
: 路。

k**********i
发帖数: 40
58
非常佩服你老板。
非常同意”小老板,被欺负死了“

【在 s****9 的大作中提到】
: 开始想着我老板的好了。虽然有时侯实验犯错误或者进展慢的时候,讲话非常刻薄。写
: 文章的时候绝对底气失足。一个早晨通常就定稿出炉。近5年内投的杂志没有不被
: review的。有时侯reviewer提的意见不合理,老板同样很"刻薄"的把reviewer技术性
: 击倒。
: BSO得意一下。sunnyday不要生气。以前PHD的时候也是个小老板,被欺负死了。

D*a
发帖数: 6830
59
multilayer regulation mechanism是啥?我不做细胞的不懂阿

【在 s******y 的大作中提到】
: 我拍了拍脑袋想出了这个标题,你觉得如何?大家觉得呢?
: YYY enhances the formation of ZZZ via a xxx-modification dependent multi-
: layer regulation mechanism
:
: XXX
: extra

s******y
发帖数: 28562
60
你说的很有道理,我们现在需要的就是“使劲强调你们这个发现是史无前例令人发指的
新,把目光吸引到第一次发现蛋白在B里面的功能上来,而不是蛋白如何去调控B通路。”
但是我们一下子还想不出该怎么写这个标题。
你看看这个怎么样?
A novel modification of YYY enhance formation of ZZZ and is
regulated by XXX-dependent mechanismw

那就把rather than去了?
那你觉得那个蛋白在A里面是怎么管用的?它修饰完了之后还有可能在A里面管用么?我
觉得如果能差不多确定这个和不确定这个,paper确实是差不少。关键是你要是后来一
堆实验确定它真的不在A里面了,你也不能发篇paper说xx is not involved in A、、
、这就亏了。
要不就说xxx modified 蛋白 as a novel regulator in B?(也novel了,鄙视自己。
。。)
我觉得题目除了用“新”“关键”这样的词,并没有真正说你做的结果。
怎么个关键法?b通路的功能是什么?你一开始题目里面那个ZZZ是具体细胞生理
phenotype(增殖,死亡,分化,etc)还是通路B?
如果你要留这个题目,那么abstract和cover letter里面就得使劲强调你们这个发现是
史无前例令人发指的新,把目光吸引到第一次发现蛋白在B里面的功能上来,而不是蛋
白如何去调控B通路。

【在 D*a 的大作中提到】
: 那就把rather than去了?
: 那你觉得那个蛋白在A里面是怎么管用的?它修饰完了之后还有可能在A里面管用么?我
: 觉得如果能差不多确定这个和不确定这个,paper确实是差不少。关键是你要是后来一
: 堆实验确定它真的不在A里面了,你也不能发篇paper说xx is not involved in A、、
: 、这就亏了。
: 要不就说xxx modified 蛋白 as a novel regulator in B?(也novel了,鄙视自己。
: 。。)
: 我觉得题目除了用“新”“关键”这样的词,并没有真正说你做的结果。
: 怎么个关键法?b通路的功能是什么?你一开始题目里面那个ZZZ是具体细胞生理
: phenotype(增殖,死亡,分化,etc)还是通路B?

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s******y
发帖数: 28562
61
就是“多层次的调节机理”啊

【在 D*a 的大作中提到】
: multilayer regulation mechanism是啥?我不做细胞的不懂阿
D*a
发帖数: 6830
62
有“单层次”的调节机理么?感觉放在题目上让这个“多层次的调节机理”显得是文章
的主要结论之一。是么?
我先睡了。。。说不定半夜梦见。。。

【在 s******y 的大作中提到】
: 就是“多层次的调节机理”啊
s******y
发帖数: 28562
63
啊呀,忘了你在法国了。
赶快去睡吧

【在 D*a 的大作中提到】
: 有“单层次”的调节机理么?感觉放在题目上让这个“多层次的调节机理”显得是文章
: 的主要结论之一。是么?
: 我先睡了。。。说不定半夜梦见。。。

s********n
发帖数: 2939
64
我好像看过, 但不确定。据说很慢,如果及的话就不要投了。

理呢?
决定的话。。。老板可能不会同意往那里投的。

【在 s******y 的大作中提到】
: 是么?如果他们有发这种文章的先例那就太好了。
: 不是我们不想做机理,而是觉得一个新东西,头绪都还摸不清,怎么能就逼我们做机理呢?
: 我唯一有疑问的是,据说他们家的主编动作很慢?是真的么?如果要拖上半年才能下决定的话。。。老板可能不会同意往那里投的。

s******y
发帖数: 28562
65
比较急,因为似乎有人在追着做。//哭
本来是一个大家都没有想到的方向的,但是技术上并不难做。但是因为我们是小实验室,人少,机器不好,所以动作慢,一直作了三年多才作完。但是一旦有大实验室想追着做我们就完了。
但如果仅仅是review 慢但是主编动作不慢的话那倒无所谓,因为发表的时候
从送审日期还是能看出哪个组在先的。怕就怕他们如果是主编慢,把我们耽误上两个月然后告诉我们不打算送审的话,就会气死我了。

【在 s********n 的大作中提到】
: 我好像看过, 但不确定。据说很慢,如果及的话就不要投了。
:
: 理呢?
: 决定的话。。。老板可能不会同意往那里投的。

n******t
发帖数: 1281
66
都要做faculty的人了还555555555555555555555555555555555
学生只能666666666666666666了

【在 s******y 的大作中提到】
: 这个蛋白非常重要的,几乎是做细胞的人都知道。所以应该不是这个原因。
: 但是标题也许是一个问题。因为其中一个主编就拿这个作文章鄙视我了。
: 55555

s******y
发帖数: 28562
67
他们其实还可以777777777777777啊。

【在 n******t 的大作中提到】
: 都要做faculty的人了还555555555555555555555555555555555
: 学生只能666666666666666666了

S**********l
发帖数: 3835
68
学生都是ppppp,ccccc,kkkkk,

【在 s******y 的大作中提到】
: 他们其实还可以777777777777777啊。
R*9
发帖数: 15
69
Recruiment of yfg to pathway B through xxx modification
xxx modification of yfp reveals a novel switch mechanism between pathway A
and B
s********n
发帖数: 2939
70
这个真得请有经验人士出来说说了,我也挺感兴趣到底为什么PLoS Biol这么慢?还有
就是pre-evaluation有用吗?

室,人少,机器不好,所以动作慢,一直作了三年多才作完。但是一旦有大实验室想追
着做我们就完了。
月然后告诉我们不打算送审的话,就会气死我了。

【在 s******y 的大作中提到】
: 比较急,因为似乎有人在追着做。//哭
: 本来是一个大家都没有想到的方向的,但是技术上并不难做。但是因为我们是小实验室,人少,机器不好,所以动作慢,一直作了三年多才作完。但是一旦有大实验室想追着做我们就完了。
: 但如果仅仅是review 慢但是主编动作不慢的话那倒无所谓,因为发表的时候
: 从送审日期还是能看出哪个组在先的。怕就怕他们如果是主编慢,把我们耽误上两个月然后告诉我们不打算送审的话,就会气死我了。

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s******y
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嗯,我也很有兴趣知道。
在我们的经验里,给N, S 发presubmission inquiry 是没有用的,因为他们肯定会
回答说不看见稿子就没有办法做决定。
但是有些杂志(such as Dev Cell),如果回答说感兴趣,那么发过去之后就几乎肯定会
送出去审

【在 s********n 的大作中提到】
: 这个真得请有经验人士出来说说了,我也挺感兴趣到底为什么PLoS Biol这么慢?还有
: 就是pre-evaluation有用吗?
:
: 室,人少,机器不好,所以动作慢,一直作了三年多才作完。但是一旦有大实验室想追
: 着做我们就完了。
: 月然后告诉我们不打算送审的话,就会气死我了。

j*****d
发帖数: 787
72
PlosOne不是那个最神奇的杂志么
你还是忘不掉传统老杂志啊
你解释不清楚B
可信度就很低
他们就有可能不买账的

★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器

【在 s******y 的大作中提到】
: 现在我们这篇文章大概是这样的:
: 领域里大家都知道某个蛋白,都知道它在某个通路A里面是关键蛋白,相关文章都灌了
: 上千篇了。
: 然后我们发现这个蛋白能被进行某种修饰,奇怪的是修饰完之后就和通路A没有关系了
: ,而是到大家都没有想到过的通路B去了(通路B本身也的确是一个非常重要的通路,重
: 要性比A更高一些,但是大家一直没有搞清楚那个通路是怎么工作的)。
: 然后我们花了很多篇幅证明说这个东西在修饰之后的确是physically located to 通路
: B,然后还做了rescue 来证明这个东西对于通路B的功能的确很重要,
: 现在我们的问题就是,主编觉得我们没有具体说明这个蛋白为什么能在通路B有作用。
: 但是我觉得,对于一个新发现,有必要要求那么多么?而且最主要的是,可能性太多了

s******y
发帖数: 28562
73
不至于发到那里吧。而且在我们的经验看来,发到那里有时候有反作用。
我们去年有一个数据因为老鼠系的原因觉得数据不好看,所以懒得去传统杂志
fight,就直接发到PLoS ONE 去了,
结果就因为这个,在申请资金的时候居然被拿出来被说事了,老板恨不得把那片文章从
PLoSONE 里抠出来。


【在 j*****d 的大作中提到】
: PlosOne不是那个最神奇的杂志么
: 你还是忘不掉传统老杂志啊
: 你解释不清楚B
: 可信度就很低
: 他们就有可能不买账的
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器

s********n
发帖数: 2939
74
那Nature还瞎鼓励啥劲啊?GTA里强调了一通presubmission inquiry。

【在 s******y 的大作中提到】
: 嗯,我也很有兴趣知道。
: 在我们的经验里,给N, S 发presubmission inquiry 是没有用的,因为他们肯定会
: 回答说不看见稿子就没有办法做决定。
: 但是有些杂志(such as Dev Cell),如果回答说感兴趣,那么发过去之后就几乎肯定会
: 送出去审

G******O
发帖数: 189
75
Editor推荐投子刊了吗?要不试试Nat Commun?
在 sunnyday (艳阳天) 的大作中提到: 】
d***y
发帖数: 8536
76
道理是这样,可是投在职就是人算不如天算。自己觉得非常不错的东西,别人就是觉得
不咋地,就是不给机会。这就是人生啊

mechanism

【在 s******y 的大作中提到】
: 不甘心啊,
: 我们觉得这个文章质量很好,从某种意义上来讲比我上一片还好(但不是同一个题材,
: 所以新意是没有问题的),大致上就是发现了某个领域里有一个被大家忽略了很久的东
: 西有重要的作用。我们的文章里把它的功能基本上搞清楚了,调控网络也大致定了一个
: 大概方向。但是现在主编们都异口同声的说我们的文章没有mechanistic insight. 我
: 晕,一个几乎从来没有人做过的东西,怎么可以第一篇文章就指望我把详细mechanism
: 全部搞清楚?我把功能都已经搞清楚了,这还不够么?
: 这种东西发到太低的杂志,未必就讨好。因为主要是特别新而已,要是说具体的分子机
: 制的话,我们这个文章反而没有,不见得就一定能过reviewer 的关。这种亏我们实验
: 室别人吃过的,就是一开始他投到一个比较低的杂志去,被骂得狗血淋头天旋地转的回

i*****g
发帖数: 11893
77
我们就是把负责做那个修饰的酶给KO了,然后pathway A 和 B 同时出问题了。
然后我们把修饰好的蛋白扔进去,发现该蛋白和pathway B colocalizes, 而且recue
了pathway B,但是对pathway A就没有这个效果。
其实这个东西对pathway A到底有没有作用我们不太关心(阴性结果不说明就没有关系
)因为针对于那个蛋白和pathway A的文章超过一千篇,所以是一个没有什么意思的方
向,所以我们那个文章里面没有对pathway A下任何结论。
不过对于pathway B的结论应该是没有问题的吧?因为能够很明确的rescue, 而且很明
确的colocalizes.
批注:全部症结在此,这个叫Involved,确实没有mechanistic,
所谓mechanistic,就是A蛋白作用B蛋白,B蛋白作用C蛋白,C蛋白是公认的教科书功能
,无需多说。这就是我们这个时代的研究路数。
比如说,C是myosin,解释了宏观肌肉收缩,B是myosin kinase,A是某蛋白,能在某个
场景(Ca influx etc etc)on/off B,这个就可以了,叫做Mechanistc
你们早就应该做个A蛋白的mass spectr,捞几个B pathway的蛋白,做一些coIP,
knockdown,,,,,
现在来不及了
G******O
发帖数: 189
78
边投边做,反正任何好杂志都要死去活来的来一遍。

【在 i*****g 的大作中提到】
: 我们就是把负责做那个修饰的酶给KO了,然后pathway A 和 B 同时出问题了。
: 然后我们把修饰好的蛋白扔进去,发现该蛋白和pathway B colocalizes, 而且recue
: 了pathway B,但是对pathway A就没有这个效果。
: 其实这个东西对pathway A到底有没有作用我们不太关心(阴性结果不说明就没有关系
: )因为针对于那个蛋白和pathway A的文章超过一千篇,所以是一个没有什么意思的方
: 向,所以我们那个文章里面没有对pathway A下任何结论。
: 不过对于pathway B的结论应该是没有问题的吧?因为能够很明确的rescue, 而且很明
: 确的colocalizes.
: 批注:全部症结在此,这个叫Involved,确实没有mechanistic,
: 所谓mechanistic,就是A蛋白作用B蛋白,B蛋白作用C蛋白,C蛋白是公认的教科书功能

j*****d
发帖数: 787
79

我下午刚看到一个拿到Ap position的白女七年的时间横竖灌了个neuron。发好杂志的
确对找Ap有帮助,但时间又那么瘆人,也许她还积累了很多别的原始数据,旁人看不出来

★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器

【在 G******O 的大作中提到】
: 边投边做,反正任何好杂志都要死去活来的来一遍。
j*****d
发帖数: 787
80
这就是技术成熟的系统发现了新东西往往得了便宜还卖乖。一些新的领域,技术上没跟
上,总是很吃亏,要补这个补那个。投杂志也是sell and buy啊

★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器

【在 d***y 的大作中提到】
: 道理是这样,可是投在职就是人算不如天算。自己觉得非常不错的东西,别人就是觉得
: 不咋地,就是不给机会。这就是人生啊
:
: mechanism

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请教一个信号通路的问题我怀疑一个蛋白是caspase 咋证明?
Hippo和mTOR pathway的看过来请教关于蛋白发生ubiquitin降解
蛋白表达的database ?求推荐免费软件用于下述分析
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G******O
发帖数: 189
81
这年头,门槛越来越高了,发低的对有些人也没用阿,只好憋着。

出来

【在 j*****d 的大作中提到】
: 哎
: 我下午刚看到一个拿到Ap position的白女七年的时间横竖灌了个neuron。发好杂志的
: 确对找Ap有帮助,但时间又那么瘆人,也许她还积累了很多别的原始数据,旁人看不出来
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器

w******y
发帖数: 4871
82
投我老板的杂志吧,他是主编:)。

【在 s******y 的大作中提到】
: 最近不知道是rp用光了还是怎么回事,倒霉的事情一串接着一串,
: 首先是老板的funding 没有续上,差点弄得我签证出问题被扫地出门赶回中国。
: 然后最近投一篇文章,连连被主编连看都不看惨的连review 的机会都不给,就直接扔
: 回我们脸上去。55555555
: 今天下午的更狠,直接拿我们文章的标题开刀,把我们锯了。
: 老板叫冤了一整个下午。惨啊。

w******y
发帖数: 4871
83
不要这么吓唬人啊:)。我还准备在三年内拿到一个K08呢:)。

【在 O******e 的大作中提到】
: 大不了回国呆几个月好好休息一下。不过对你的绿卡申请可能造成一些麻烦。
: 我听说未来三年的funding形势会非常糟糕--希望没有那么夸张。

j****x
发帖数: 1704
84
说的不厚道一点,你老板这次最终要是散伙了,对你来说没准却是好事。。。

【在 s******y 的大作中提到】
: 最近不知道是rp用光了还是怎么回事,倒霉的事情一串接着一串,
: 首先是老板的funding 没有续上,差点弄得我签证出问题被扫地出门赶回中国。
: 然后最近投一篇文章,连连被主编连看都不看惨的连review 的机会都不给,就直接扔
: 回我们脸上去。55555555
: 今天下午的更狠,直接拿我们文章的标题开刀,把我们锯了。
: 老板叫冤了一整个下午。惨啊。

e****a
发帖数: 449
85
你的文章做得已经不错了,据是因为关系不到,就是个游戏而已, 自己找到工作就好啦.
。 换个杂志看看吧,或者找有关系的人给他挂个名再投。 不过我有点担心你以后做了
老板,投文章拿funding的关系问题。能不能找找一些牛牛的老中关系呢 以后合作发文章. 最好尽早
和国内也搞些联系吧,国内现在也很不错。
s******y
发帖数: 28562
86
你们老板是什么杂志的?如果不方便公开讲的话偷偷的跟我讲吧。哈哈哈

【在 w******y 的大作中提到】
: 投我老板的杂志吧,他是主编:)。
s******y
发帖数: 28562
87
你说得很有道理。我们那片文章确实没有所谓的mechanistic insight,
这个我们也知道。只不过一开始我们以为我们做的东西非常新,而且在组织里面
找到了直接证据,所以以为很重要。相比之下,那个发了上千篇文章,以及超过50篇
CNS的pathway A, 其实就是在培养的细胞里面最明显而已,在组织里很难找到支持证据
,以至已经有人开始质疑那个pathway A在动物体内到底有没有用。
所以我们觉得我们找到的那个蛋白对pathway B的关系可能才是真正在体内有作用的关
系。在此前提之下,我们天真的认为,那些什么mechanistic insight 是follow-up 的
文章做得。
不过,真的要找mechanistic insight 其实也不是不可以,就是看要花多少时间的问题
了。

所谓mechanistic,就是A蛋白作用B蛋白,B蛋白作用C蛋白,C蛋白是公认的教科书功能
,无需多说。这就是我们这个时代的研究路数。
比如说,C是myosin,解释了宏观肌肉收缩,B是myosin kinase,A是某蛋白,能在某个
场景(Ca influx etc etc)on/off B,这个就可以了,叫做Mechanistc
你们早就应该做个A蛋白的mass spectr,捞几个B pathway的蛋白,做一些coIP,
knockdown,,,,,
现在来不及了

【在 i*****g 的大作中提到】
: 我们就是把负责做那个修饰的酶给KO了,然后pathway A 和 B 同时出问题了。
: 然后我们把修饰好的蛋白扔进去,发现该蛋白和pathway B colocalizes, 而且recue
: 了pathway B,但是对pathway A就没有这个效果。
: 其实这个东西对pathway A到底有没有作用我们不太关心(阴性结果不说明就没有关系
: )因为针对于那个蛋白和pathway A的文章超过一千篇,所以是一个没有什么意思的方
: 向,所以我们那个文章里面没有对pathway A下任何结论。
: 不过对于pathway B的结论应该是没有问题的吧?因为能够很明确的rescue, 而且很明
: 确的colocalizes.
: 批注:全部症结在此,这个叫Involved,确实没有mechanistic,
: 所谓mechanistic,就是A蛋白作用B蛋白,B蛋白作用C蛋白,C蛋白是公认的教科书功能

s******y
发帖数: 28562
88
好你个大头鬼!
一点都不好!
以后我还指望着从她那里偷个老鼠什么的呢。她要是散伙了我找谁要老鼠?

【在 j****x 的大作中提到】
: 说的不厚道一点,你老板这次最终要是散伙了,对你来说没准却是好事。。。
b*******e
发帖数: 288
89
moonlighting function?
以前读到一篇文章,讲得是pyruvate carboxylase的没有催化功能的一端对酵母的
alcohol oxidase的组装和运输起很大的作用。印象超级深刻啊。
觉得可能很多现在不好解释的现象以后都可以另辟蹊径来解释。

【在 s******y 的大作中提到】
: 现在我们这篇文章大概是这样的:
: 领域里大家都知道某个蛋白,都知道它在某个通路A里面是关键蛋白,相关文章都灌了
: 上千篇了。
: 然后我们发现这个蛋白能被进行某种修饰,奇怪的是修饰完之后就和通路A没有关系了
: ,而是到大家都没有想到过的通路B去了(通路B本身也的确是一个非常重要的通路,重
: 要性比A更高一些,但是大家一直没有搞清楚那个通路是怎么工作的)。
: 然后我们花了很多篇幅证明说这个东西在修饰之后的确是physically located to 通路
: B,然后还做了rescue 来证明这个东西对于通路B的功能的确很重要,
: 现在我们的问题就是,主编觉得我们没有具体说明这个蛋白为什么能在通路B有作用。
: 但是我觉得,对于一个新发现,有必要要求那么多么?而且最主要的是,可能性太多了

i*****g
发帖数: 11893
90
colocalization 是弱证, pathway B变化,仍然是弱证明,不一定是直接作用证据。
唉,今天和一些80后同事出去吃饭,我和他们说,诺,就这个火锅店,人头挤挤,可以
赚多少钱呢。北美那群奴隶博士后,一辈子说不定不如人家老板3年赚的钱多。
还有tg的一些政府部门(用国内的话说:事业编制),一个本科的公务猿人均收入和福
利,就是这里无根无后台的wsn PhD回去,都未必有那么多收入。呵呵,呵呵,人家还
是朝8晚3上班,午修练练英语瑜伽,睡睡觉的过日子
呵呵,可怜的生物wsn们,就是回国,也不可能进入这种 ‘事业编制’的。
sunny你做那个AP,说不定还不如tg一个 北上广深的 科长处长年收入高。。。。 :
)))

【在 s******y 的大作中提到】
: 你说得很有道理。我们那片文章确实没有所谓的mechanistic insight,
: 这个我们也知道。只不过一开始我们以为我们做的东西非常新,而且在组织里面
: 找到了直接证据,所以以为很重要。相比之下,那个发了上千篇文章,以及超过50篇
: CNS的pathway A, 其实就是在培养的细胞里面最明显而已,在组织里很难找到支持证据
: ,以至已经有人开始质疑那个pathway A在动物体内到底有没有用。
: 所以我们觉得我们找到的那个蛋白对pathway B的关系可能才是真正在体内有作用的关
: 系。在此前提之下,我们天真的认为,那些什么mechanistic insight 是follow-up 的
: 文章做得。
: 不过,真的要找mechanistic insight 其实也不是不可以,就是看要花多少时间的问题
: 了。

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实验做得很沮丧统计学在系统生物学的作用
基础研究一点都不能少请大家推荐几个mapping的软件
转载:三板斧——王晓东科研思路简评请教回国问题,谢谢
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a******g
发帖数: 938
91
我来个浪漫一点的题目吧:love is conditional --- involvement of 众所周知蛋白
in 某个重要功能/通路 requires novel modification by 啥啥修饰
听起来有没有sexy一点? 哈哈
a******g
发帖数: 938
92
恩 又想了一下 novel应该放在前面 应该是 love is conditional --- novel
involvement of 众所周知蛋白 in 某个重要功能/通路 requires modification by 啥
啥修饰
恩 自己觉得很sexy 哈
B*****e
发帖数: 1005
93
科研就是个小黑社会,没关系,别人就压着你。
我们做得在同领域里比很多文章都好,可NS就不要,谁叫咱们不是大牛人呢。
本行当有几个大牛,那个文章一个菜啊,常在NS上灌,数据又少,新颖性就更别说了。

【在 s******y 的大作中提到】
: 你说得很有道理。我们那片文章确实没有所谓的mechanistic insight,
: 这个我们也知道。只不过一开始我们以为我们做的东西非常新,而且在组织里面
: 找到了直接证据,所以以为很重要。相比之下,那个发了上千篇文章,以及超过50篇
: CNS的pathway A, 其实就是在培养的细胞里面最明显而已,在组织里很难找到支持证据
: ,以至已经有人开始质疑那个pathway A在动物体内到底有没有用。
: 所以我们觉得我们找到的那个蛋白对pathway B的关系可能才是真正在体内有作用的关
: 系。在此前提之下,我们天真的认为,那些什么mechanistic insight 是follow-up 的
: 文章做得。
: 不过,真的要找mechanistic insight 其实也不是不可以,就是看要花多少时间的问题
: 了。

w******y
发帖数: 4871
94
过敏和免疫的。
你的文章肯定都是打算投高积分的。
我的mentor也在和我说最好搞个老鼠模型做translational research,但是我就只想临
床收病例然后做点分子遗传的东西。

【在 s******y 的大作中提到】
: 你们老板是什么杂志的?如果不方便公开讲的话偷偷的跟我讲吧。哈哈哈
j*****d
发帖数: 787
95
就收集病例啊,对你是不是太easy了
玩老鼠吧,你老板说的没错

★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器

【在 w******y 的大作中提到】
: 过敏和免疫的。
: 你的文章肯定都是打算投高积分的。
: 我的mentor也在和我说最好搞个老鼠模型做translational research,但是我就只想临
: 床收病例然后做点分子遗传的东西。

O******e
发帖数: 4845
96
没有机制,还是别在CNS上浪费时间了。N or C子刊找一个来试试吧。PLoS系列的也行。

【在 s******y 的大作中提到】
: 你们老板是什么杂志的?如果不方便公开讲的话偷偷的跟我讲吧。哈哈哈
s******y
发帖数: 28562
97
啊。。。那就挂不上边了:(
至少目前还挂不上边,因为目前还仅仅是做基础的。不过将来肯定是挂得上的,
pathway B有一个后继follow-up 就是和免疫有关的。
看来我要不就咬咬牙把"mechanistic insight" 给做了得了。
因为看来大家对这个的意见都挺统一的,那就是不做这个就不够说服力,那么我就豁出
去了做一做吧。

【在 w******y 的大作中提到】
: 过敏和免疫的。
: 你的文章肯定都是打算投高积分的。
: 我的mentor也在和我说最好搞个老鼠模型做translational research,但是我就只想临
: 床收病例然后做点分子遗传的东西。

s******y
发帖数: 28562
98
PLoS 不就是听说特别慢么?如果太慢的话,的确会成问题。

行。

【在 O******e 的大作中提到】
: 没有机制,还是别在CNS上浪费时间了。N or C子刊找一个来试试吧。PLoS系列的也行。
z*******o
发帖数: 1794
99
楼主,心向祖国,扔cell research吧。
别打我
s******y
发帖数: 28562
100
的确是moonlighting function, 因为该蛋白上有几个domain 在理论上是可以和
pathway B上的一些东西起作用的,但是因为该蛋白从一发现开始就是和pathway A 挂
钩的,所以大家根本没有想到过它对pathway B有作用。以前有人做过这个蛋白的
mutation study的,也是使得 A, B 同时出问题,但是当时大家都觉得可能是间接的副
作用,从来没有想过其实这个蛋白对pathway B有作用。

【在 b*******e 的大作中提到】
: moonlighting function?
: 以前读到一篇文章,讲得是pyruvate carboxylase的没有催化功能的一端对酵母的
: alcohol oxidase的组装和运输起很大的作用。印象超级深刻啊。
: 觉得可能很多现在不好解释的现象以后都可以另辟蹊径来解释。

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包子请教一个基因expression变化的问题请推荐一个画信号传导通路图的软件
signal pathwayreview过几篇Paper,能放CV里吗?
小弟不才,问个问题 pathway 和 mechanism与前实验室关系
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j****x
发帖数: 1704
101
一锅都端走,data/idea/mice/能拿的全部都拿走。你老板要是真散伙了,这些必然都
会给出去的,就看你是不是接的住了,我真见过这种事情,最后连学生都转过去了
你单独给我个包子吧,看我这替你着想的份上 :-)

【在 s******y 的大作中提到】
: 好你个大头鬼!
: 一点都不好!
: 以后我还指望着从她那里偷个老鼠什么的呢。她要是散伙了我找谁要老鼠?

f*******7
发帖数: 1019
102
说不定你可以用这些要做的mechanistic insight写个R01

【在 s******y 的大作中提到】
: 啊。。。那就挂不上边了:(
: 至少目前还挂不上边,因为目前还仅仅是做基础的。不过将来肯定是挂得上的,
: pathway B有一个后继follow-up 就是和免疫有关的。
: 看来我要不就咬咬牙把"mechanistic insight" 给做了得了。
: 因为看来大家对这个的意见都挺统一的,那就是不做这个就不够说服力,那么我就豁出
: 去了做一做吧。

s******y
发帖数: 28562
103
从来没有人报道过那个蛋白和pathway B有关,我在没有相关文章发表的情况下去申请
,是肯定拿不到funding的。
其实相关数据我曾经拿过去去申请过两次AHA的奖学金,每次被批说我胡说八道。
我现在得仔细想想,挑一个最重要的mechanistic insight做出来尽快把这个文章发了。

【在 f*******7 的大作中提到】
: 说不定你可以用这些要做的mechanistic insight写个R01
s******y
发帖数: 28562
104
我坦率的说,真的接不起。
所以我宁愿她好好的呆着,等我什么时候想起要老鼠了再找她要,这样更好。
你这么乌鸦嘴,包子什么什么的,不给。

【在 j****x 的大作中提到】
: 一锅都端走,data/idea/mice/能拿的全部都拿走。你老板要是真散伙了,这些必然都
: 会给出去的,就看你是不是接的住了,我真见过这种事情,最后连学生都转过去了
: 你单独给我个包子吧,看我这替你着想的份上 :-)

j****x
发帖数: 1704
105
话说以德报怨是攒rp的最佳手段啊,何况我这前面还说了,真是为了你才不厚道的这么
说的,结果你还这么吝啬,唉。。。
算啦,我近期也要攒rp,就不和你纠结了。。。

【在 s******y 的大作中提到】
: 我坦率的说,真的接不起。
: 所以我宁愿她好好的呆着,等我什么时候想起要老鼠了再找她要,这样更好。
: 你这么乌鸦嘴,包子什么什么的,不给。

f*******7
发帖数: 1019
106
这年头中小型实验室的日子就是难过啊。 要是2012 Republicans 来了一个clean
sweep那就更惨了。

【在 s******y 的大作中提到】
: 我坦率的说,真的接不起。
: 所以我宁愿她好好的呆着,等我什么时候想起要老鼠了再找她要,这样更好。
: 你这么乌鸦嘴,包子什么什么的,不给。

s******y
发帖数: 28562
107
倒。。。好吧。等会我给你发两个包子。

【在 j****x 的大作中提到】
: 话说以德报怨是攒rp的最佳手段啊,何况我这前面还说了,真是为了你才不厚道的这么
: 说的,结果你还这么吝啬,唉。。。
: 算啦,我近期也要攒rp,就不和你纠结了。。。

s******y
发帖数: 28562
108
说到这个mechanistic insight,
昨晚我痛定思痛的想了一下,我大概可以做这几个方面:
1。提供该蛋白和pathway B具体某个蛋白的作用证据,这个我其实很粗的做过一些初
步试验,那个蛋白在被修饰之后貌似增强了pathway B里面一个重要成分的活性。当然
这个实验很粗糙,所以这个数据就没有包含到投才出去的文章去。
我可以好好想想,找一个比较好的assay 来证明一下。这个应该不是特别难做,就是会
费点时间。因为相关蛋白的提取和assay很花时间.
但这个如果做出来的话,应该算是比较直接的证据了吧?
2。提供证据说明为什么那个蛋白被修饰之前不能和pathway B 作用,修饰之后就可以
了。比分说是否修饰之后就对pathway A affinity 低了,对pathway B affinity 高了。
但是这个可能会比较复杂,因为pathway A, B 虽然细胞内定位有区别,但是有好几个
公用的蛋白成分,而且都是很大的complex, 还涉及膜什么的,不太可能用简单的co-IP.
我想对于这篇文章,这个大概是可以先搁着不做的吧?

【在 f*******7 的大作中提到】
: 这年头中小型实验室的日子就是难过啊。 要是2012 Republicans 来了一个clean
: sweep那就更惨了。

D*a
发帖数: 6830
109
喜欢这个。

【在 R*9 的大作中提到】
: Recruiment of yfg to pathway B through xxx modification
: xxx modification of yfp reveals a novel switch mechanism between pathway A
: and B

s******y
发帖数: 28562
110

这个不好,因为没有反应出我们做的功能测试。
这个标题还不错,但是我们这篇文章其实并没有强调"switching",因为我们不想
花一大堆没有什么用的数据去证实那个蛋白被修饰后和pathway A真的没有关了
(验证阴性结果远远比验证阳性结果困难)
改成这样如何?
XXX modification renders a novel function of yfp in pathway B

【在 D*a 的大作中提到】
: 喜欢这个。
相关主题
与前实验室关系Hippo和mTOR pathway的看过来
Sci-Dao Box现在可以直接import就文件了蛋白表达的database ?
请教一个信号通路的问题我怀疑一个蛋白是caspase 咋证明?
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D*a
发帖数: 6830
111
额。。。你那个标题也没有反应出功能测试阿。
pathway B
这样呢。
一个问题,那个zzz formation跟 pathway A有关么,如果没关系的话,我觉得对一个
general的journal,zzz formation比 pathway B更大众化些。不过这个也许是因为我
不懂细胞领域的缘故。
s******y
发帖数: 28562
112

这个貌似不错
zzz formation 就是pathway B的直接后果,和pathway A 是没有关系的(因为细胞内
定位差得有点远)

【在 D*a 的大作中提到】
: 额。。。你那个标题也没有反应出功能测试阿。
: pathway B
: 这样呢。
: 一个问题,那个zzz formation跟 pathway A有关么,如果没关系的话,我觉得对一个
: general的journal,zzz formation比 pathway B更大众化些。不过这个也许是因为我
: 不懂细胞领域的缘故。

s******y
发帖数: 28562
113
呵呵,很性感,就是好像有点不够严肃。
不知道主编看了会不会不高兴

【在 a******g 的大作中提到】
: 恩 又想了一下 novel应该放在前面 应该是 love is conditional --- novel
: involvement of 众所周知蛋白 in 某个重要功能/通路 requires modification by 啥
: 啥修饰
: 恩 自己觉得很sexy 哈

O******e
发帖数: 4845
114
这种标题是给preview or review papers的

【在 s******y 的大作中提到】
: 呵呵,很性感,就是好像有点不够严肃。
: 不知道主编看了会不会不高兴

s******y
发帖数: 28562
115
看私信

【在 D*a 的大作中提到】
: 额。。。你那个标题也没有反应出功能测试阿。
: pathway B
: 这样呢。
: 一个问题,那个zzz formation跟 pathway A有关么,如果没关系的话,我觉得对一个
: general的journal,zzz formation比 pathway B更大众化些。不过这个也许是因为我
: 不懂细胞领域的缘故。

h****6
发帖数: 229
116

in ZZZ
insights...

【在 s******y 的大作中提到】
: 不是,我们的题目是 A Novel xxx modification of YYY plays an essential role in ZZZ
: 然后主编说,你们这个文章居然起这个一个题目in the absence of mechanistic insights...
: 打击得我几乎都爬不起来了。。。

j*****d
发帖数: 787
117
她老板还在上升期,换个学校也容易活下来。你的建议太不靠谱,虽然心思是好的。

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【在 j****x 的大作中提到】
: 一锅都端走,data/idea/mice/能拿的全部都拿走。你老板要是真散伙了,这些必然都
: 会给出去的,就看你是不是接的住了,我真见过这种事情,最后连学生都转过去了
: 你单独给我个包子吧,看我这替你着想的份上 :-)

i*****g
发帖数: 11893
118
看了看,原来pathwayA & pathwayB 的根部,或者说Y 型的分支的根部 是你的蛋白作
用的地方,也可能是个complex
找一些抗体,做个简单的coIP, 或者做TAP+MS (按照我的经验,一次3xflag
affinity purification也可以的,只要对照好,MS好。TAP损失很多,细胞量不够,
complex弱,都做不动的)。还有mutant protein co-IP,这些都不用废话说的。。。
。。。。。
另外要提醒,在signal pathway里面,蛋白之间都是touch-off的形式,捞不到stable
complex。
GST fusion去捞complex,特别是膜泡蛋白,非常脏,出来无数的东西。
f**u
发帖数: 346
119
看了半天我觉得你说的前后有矛盾的地方。
如果pathway A向你说得已经被灌了上千篇文章了,而且有几十篇CNS,
你又说pathway B比A更重要,那么我很难相信你说的大家一直没搞明白B怎么工作。
如果我孤陋寡闻,真有一个这么重要的B怎么调控之前一点也不知道,
你们找到它的第一个regulator无论如何一定会是CNS,
不需要机理,只要把这个现象确定就可以了。
所以我猜更可能的情况是,你们发现了pathway B的一个新的regulator,
只是这个regulator是一个大家之前怎么也想不到的一个。
但是恕我直言,现在只identify一个重要pathway的regulator而没有机理不可能CNS。
我有一阵子曾经追踪过Wnt pathway,最近还时不时有新的regulator被报道,
但是文章大多都发在中游的杂志上,上CNS的都是机理做得比较透的。
也许有点打击你,但如果是这种情况,主编的意见不是针对你们,是有他的道理的。

【在 s******y 的大作中提到】
: 现在我们这篇文章大概是这样的:
: 领域里大家都知道某个蛋白,都知道它在某个通路A里面是关键蛋白,相关文章都灌了
: 上千篇了。
: 然后我们发现这个蛋白能被进行某种修饰,奇怪的是修饰完之后就和通路A没有关系了
: ,而是到大家都没有想到过的通路B去了(通路B本身也的确是一个非常重要的通路,重
: 要性比A更高一些,但是大家一直没有搞清楚那个通路是怎么工作的)。
: 然后我们花了很多篇幅证明说这个东西在修饰之后的确是physically located to 通路
: B,然后还做了rescue 来证明这个东西对于通路B的功能的确很重要,
: 现在我们的问题就是,主编觉得我们没有具体说明这个蛋白为什么能在通路B有作用。
: 但是我觉得,对于一个新发现,有必要要求那么多么?而且最主要的是,可能性太多了

s******y
发帖数: 28562
120
呵呵, 你很厉害啊,被你说中了。
的确是,pathway B里面的上游下游的因子已经有一大堆被figure out了,
网络也建得差不多了,但是好像还差一个关键因子来激活一个关键蛋白K。
我们做的这个蛋白Y恰恰有几个domain, 理论上对那个关键蛋白K有激活作用。
但是大家都没有想到这个蛋白Y和这个通道B居然有关系,所以从来没有去分析它。
我们三年前发现这个问题的时候,老板的第一个反应就是我可能搞错了,所以
我们花了很多的精力去证明它们的确功能上相关,但是一个直接结果就是没有时间去做机理了(因为我们是小实验室,没有人手)
如果只是把蛋白Y那几个domain 弄出来在体外测的话,是几乎肯定可以激活那个蛋白K的(因为有人用过很多version 的那个家族的domain,都毫无例外的对那个蛋白K有作用) 。所以当时我们觉得这个机理也太简单了,还用得着去做么?但是现在看起来,好像他们不肯放过我们,那么我们现在的选择就只有两条,一个就是花点时间把这个机理给做了(这个比较费时,因为要提几个很难搞脾气很不好的蛋白,但是思路上很straight-forward). 另外一个就是先不管了,把这个发现先报道了,然后再跟着做机理。
你说的那个有关wnt pathway 的regulator, 大概发到了什么杂志上?
另,这个蛋白Y当年被发现和pathway A有关系的时候,是直接灌CNS的,而且还
连灌了好几篇,从功能发现到机理研究一连灌了好几篇那种。所以我们多少是有
点心态不平衡,觉得说当年他们也没做机理啊怎么也发了那么多CNS,。现在想想我们的心态有点不太好,首先他们在做pathway A的时候是20年前,那个时候没有那么多好做的kit, assay,也不像现在那样已经有太多的研究把protein Y的domain
都搞清楚了。这么比较对前辈们不公平。

【在 f**u 的大作中提到】
: 看了半天我觉得你说的前后有矛盾的地方。
: 如果pathway A向你说得已经被灌了上千篇文章了,而且有几十篇CNS,
: 你又说pathway B比A更重要,那么我很难相信你说的大家一直没搞明白B怎么工作。
: 如果我孤陋寡闻,真有一个这么重要的B怎么调控之前一点也不知道,
: 你们找到它的第一个regulator无论如何一定会是CNS,
: 不需要机理,只要把这个现象确定就可以了。
: 所以我猜更可能的情况是,你们发现了pathway B的一个新的regulator,
: 只是这个regulator是一个大家之前怎么也想不到的一个。
: 但是恕我直言,现在只identify一个重要pathway的regulator而没有机理不可能CNS。
: 我有一阵子曾经追踪过Wnt pathway,最近还时不时有新的regulator被报道,

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请教关于蛋白发生ubiquitin降解基础研究一点都不能少
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f*******7
发帖数: 1019
121
20年前clone一个基因都可以上n/s呢

做机理了(因为我们是小实验室,没有人手)
K的(因为有人用过很多version 的那个家族的domain,都毫无例外的对那个蛋白K有作
用) 。所以当时我们觉得这个机理也太简单了,还用得着去做么?但是现在看起来,
好像他们不肯放过我们,那么我们现在的选择就只有两条,一个就是花点时间把这个机
理给做了(这个比较费时,因为要提几个很难搞脾气很不好的蛋白,但是思路上很
straight-forward). 另外一个就是先不管了,把这个发现先报道了,然后再跟着做机
理。

【在 s******y 的大作中提到】
: 呵呵, 你很厉害啊,被你说中了。
: 的确是,pathway B里面的上游下游的因子已经有一大堆被figure out了,
: 网络也建得差不多了,但是好像还差一个关键因子来激活一个关键蛋白K。
: 我们做的这个蛋白Y恰恰有几个domain, 理论上对那个关键蛋白K有激活作用。
: 但是大家都没有想到这个蛋白Y和这个通道B居然有关系,所以从来没有去分析它。
: 我们三年前发现这个问题的时候,老板的第一个反应就是我可能搞错了,所以
: 我们花了很多的精力去证明它们的确功能上相关,但是一个直接结果就是没有时间去做机理了(因为我们是小实验室,没有人手)
: 如果只是把蛋白Y那几个domain 弄出来在体外测的话,是几乎肯定可以激活那个蛋白K的(因为有人用过很多version 的那个家族的domain,都毫无例外的对那个蛋白K有作用) 。所以当时我们觉得这个机理也太简单了,还用得着去做么?但是现在看起来,好像他们不肯放过我们,那么我们现在的选择就只有两条,一个就是花点时间把这个机理给做了(这个比较费时,因为要提几个很难搞脾气很不好的蛋白,但是思路上很straight-forward). 另外一个就是先不管了,把这个发现先报道了,然后再跟着做机理。
: 你说的那个有关wnt pathway 的regulator, 大概发到了什么杂志上?
: 另,这个蛋白Y当年被发现和pathway A有关系的时候,是直接灌CNS的,而且还

f**u
发帖数: 346
122
呵呵,20年前是关键词呀。现在形式不一样了。
Wnt regulator具体的我记不清了,很久以前花了点时间查了查文献而已。
我建议你去找一片最近的Wnt的review,找一个里面有pathway cartoon的,
或者是把已知的regulator列的比较清楚地,
然后把里面提到的regulator一个一个去搜一搜,看最早的那一片做了什么发在哪里。
如果有些最近几年才发现的regulator,你就应该有个概念做成什么样能发什么杂志了。
搜review的时候也可以搜搜review低等动物的,因为很多regulator是从低等动物发现
的。
另外你也可以看看hedgehog pathway,JAK/STAT pathway或者其他pathway的regulator,
如果我没记错的话最近几年有不少的新regulator被报道出来。

做机理了(因为我们是小实验室,没有人手)
K的(因为有人用过很多version 的那个家族的domain,都毫无例外的对那个蛋白K有作
用) 。所以当时我们觉得这个机理也太简单了,还用得着去做么?但是现在看起来,
好像他们不肯放过我们,那么

【在 s******y 的大作中提到】
: 呵呵, 你很厉害啊,被你说中了。
: 的确是,pathway B里面的上游下游的因子已经有一大堆被figure out了,
: 网络也建得差不多了,但是好像还差一个关键因子来激活一个关键蛋白K。
: 我们做的这个蛋白Y恰恰有几个domain, 理论上对那个关键蛋白K有激活作用。
: 但是大家都没有想到这个蛋白Y和这个通道B居然有关系,所以从来没有去分析它。
: 我们三年前发现这个问题的时候,老板的第一个反应就是我可能搞错了,所以
: 我们花了很多的精力去证明它们的确功能上相关,但是一个直接结果就是没有时间去做机理了(因为我们是小实验室,没有人手)
: 如果只是把蛋白Y那几个domain 弄出来在体外测的话,是几乎肯定可以激活那个蛋白K的(因为有人用过很多version 的那个家族的domain,都毫无例外的对那个蛋白K有作用) 。所以当时我们觉得这个机理也太简单了,还用得着去做么?但是现在看起来,好像他们不肯放过我们,那么我们现在的选择就只有两条,一个就是花点时间把这个机理给做了(这个比较费时,因为要提几个很难搞脾气很不好的蛋白,但是思路上很straight-forward). 另外一个就是先不管了,把这个发现先报道了,然后再跟着做机理。
: 你说的那个有关wnt pathway 的regulator, 大概发到了什么杂志上?
: 另,这个蛋白Y当年被发现和pathway A有关系的时候,是直接灌CNS的,而且还

m*******r
发帖数: 7495
123
一万多点击
围观姐姐你郁闷的人真多啊
这不是为顺利开始AP之路攒rp吗,此楼有高人,我这种打酱油也就只会说句good luck
了~

【在 s******y 的大作中提到】
: 最近不知道是rp用光了还是怎么回事,倒霉的事情一串接着一串,
: 首先是老板的funding 没有续上,差点弄得我签证出问题被扫地出门赶回中国。
: 然后最近投一篇文章,连连被主编连看都不看惨的连review 的机会都不给,就直接扔
: 回我们脸上去。55555555
: 今天下午的更狠,直接拿我们文章的标题开刀,把我们锯了。
: 老板叫冤了一整个下午。惨啊。

h**********8
发帖数: 650
124
哎呀老兄,我们不会做的是同一个东西吧?
!!!

【在 s******y 的大作中提到】
: 现在我们这篇文章大概是这样的:
: 领域里大家都知道某个蛋白,都知道它在某个通路A里面是关键蛋白,相关文章都灌了
: 上千篇了。
: 然后我们发现这个蛋白能被进行某种修饰,奇怪的是修饰完之后就和通路A没有关系了
: ,而是到大家都没有想到过的通路B去了(通路B本身也的确是一个非常重要的通路,重
: 要性比A更高一些,但是大家一直没有搞清楚那个通路是怎么工作的)。
: 然后我们花了很多篇幅证明说这个东西在修饰之后的确是physically located to 通路
: B,然后还做了rescue 来证明这个东西对于通路B的功能的确很重要,
: 现在我们的问题就是,主编觉得我们没有具体说明这个蛋白为什么能在通路B有作用。
: 但是我觉得,对于一个新发现,有必要要求那么多么?而且最主要的是,可能性太多了

f********n
发帖数: 6465
125
我的第一篇文章和你非常类似。结果我花了1年时间补数据,结果导致延期毕业。
也是发现一种新现象,编辑非要我说明是什么机理,问题是可能性非常多,而且和我文
章的
主要目的相关性不大。我花了1年时间补充设计实验,想验证其中某一种可能性,结果
试验证明,这种可能性是不对的。然后我再次投了这一个杂志,又被要求补充一个小实
验,然后就被
接受了。

【在 s******y 的大作中提到】
: 现在我们这篇文章大概是这样的:
: 领域里大家都知道某个蛋白,都知道它在某个通路A里面是关键蛋白,相关文章都灌了
: 上千篇了。
: 然后我们发现这个蛋白能被进行某种修饰,奇怪的是修饰完之后就和通路A没有关系了
: ,而是到大家都没有想到过的通路B去了(通路B本身也的确是一个非常重要的通路,重
: 要性比A更高一些,但是大家一直没有搞清楚那个通路是怎么工作的)。
: 然后我们花了很多篇幅证明说这个东西在修饰之后的确是physically located to 通路
: B,然后还做了rescue 来证明这个东西对于通路B的功能的确很重要,
: 现在我们的问题就是,主编觉得我们没有具体说明这个蛋白为什么能在通路B有作用。
: 但是我觉得,对于一个新发现,有必要要求那么多么?而且最主要的是,可能性太多了

s******y
发帖数: 28562
126
你别吓我

【在 h**********8 的大作中提到】
: 哎呀老兄,我们不会做的是同一个东西吧?
: !!!

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统计学在系统生物学的作用与前实验室关系
请大家推荐几个mapping的软件Sci-Dao Box现在可以直接import就文件了
请教回国问题,谢谢请教一个信号通路的问题
包子请教一个基因expression变化的问题Hippo和mTOR pathway的看过来
signal pathway蛋白表达的database ?
小弟不才,问个问题 pathway 和 mechanism我怀疑一个蛋白是caspase 咋证明?
请推荐一个画信号传导通路图的软件请教关于蛋白发生ubiquitin降解
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话题: pathway话题: 蛋白话题: 通路话题: 修饰话题: 没有