d****i
发帖数: 2346 | 1 我们发现化合物A能够上调B，继而下调C。为了验证，KO B以后发现C还是降低。于是推
测A---B---C是一条pathway，但是可能还有一条我们不知道的pathway同时起作用促使A
下调C，也就是不依赖B的pathway。
现在比较迷茫的是，那么多的信号通路里面，怎么找到第二条pathway。实验到这里停
住了。大家给指点一下吧。
非常感谢！ |
T****u
发帖数: 424 | 2 描述非常不清。
1. 我看不出A---B---C是一条pathway
A---->B 上调
A---->C 降低
明显可以没关系。
2.你所谓的上调下调是transcript的呢，还是signaling，如磷酸化 etc
你要找的是A下调C的mechanism而已。
使A
【在 d****i 的大作中提到】
: 我们发现化合物A能够上调B，继而下调C。为了验证，KO B以后发现C还是降低。于是推
: 测A---B---C是一条pathway，但是可能还有一条我们不知道的pathway同时起作用促使A
: 下调C，也就是不依赖B的pathway。
: 现在比较迷茫的是，那么多的信号通路里面，怎么找到第二条pathway。实验到这里停
: 住了。大家给指点一下吧。
: 非常感谢！
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d****i
发帖数: 2346 | 3 感谢您的回复！很抱歉，可能我脑子有点乱。。。。
1) 加入A， B的mRNA增高，C是细胞因子mRNA下降。正在做protein。
2) 敲除B后加入A，C还是下降的，但是比敲除以前高一点。
3）文献已有报道B敲除，C增高。
4）目前初步结论是 A---B增高---C降低。
根据2）的结果推测可能还有不经过B的通路，也就是A经过其他通路调节C，但是不知道
怎么去寻找那条未知的路。 |
d****i
发帖数: 2346 | 4
真诚请教！请指点！谢谢！
【在 T****u 的大作中提到】
: 描述非常不清。
: 1. 我看不出A---B---C是一条pathway
: A---->B 上调
: A---->C 降低
: 明显可以没关系。
: 2.你所谓的上调下调是transcript的呢，还是signaling，如磷酸化 etc
: 你要找的是A下调C的mechanism而已。
:
: 使A
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d****i
发帖数: 2346 | 5
是的，确实是。
【在 T****u 的大作中提到】
: 描述非常不清。
: 1. 我看不出A---B---C是一条pathway
: A---->B 上调
: A---->C 降低
: 明显可以没关系。
: 2.你所谓的上调下调是transcript的呢，还是signaling，如磷酸化 etc
: 你要找的是A下调C的mechanism而已。
:
: 使A
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y****y
发帖数: 123 | 6 C的promoter切段在BKO细胞里做reporter?
工作量略大啊没有特别凶残的phenotype就算了 |
g*****n
发帖数: 250 | 7 B上，C下；B无，C还是下。这不已经表明C不依赖于B吗？怎么推出的A---B---C是一条
pathway？ |
d****i
发帖数: 2346 | 8
B无，C上。这个是已报道的。我的结果是，B无+A，C下。
推测是C有依赖和非依赖B两种。
【在 g*****n 的大作中提到】
: B上，C下；B无，C还是下。这不已经表明C不依赖于B吗？怎么推出的A---B---C是一条
: pathway？
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d****i
发帖数: 2346 | 9
C的promoter不难，但是做了reporter以后呢？只检测报告基因不能说明什么，顶多就
是转录水平调控，但是还是不知道中间分子。
BKO是啥细胞？
【在 y****y 的大作中提到】
: C的promoter切段在BKO细胞里做reporter?
: 工作量略大啊没有特别凶残的phenotype就算了
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y****y
发帖数: 123 | 10 B的KO细胞...
找到序列了就提transcription factor啊
有现成的更好
需要提的话进度怎么也得按年算了 |
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d****i
发帖数: 2346 | 11
非常感谢！这个工作量确实太大了。
可能最多在B的KO细胞里面realtime高通量筛一下。。。。。。array？
【在 y****y 的大作中提到】
: B的KO细胞...
: 找到序列了就提transcription factor啊
: 有现成的更好
: 需要提的话进度怎么也得按年算了
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y****y
发帖数: 123 | 12 能走高通量的话用reporter的细胞做个siRNA array就可以了吧 |
d****i
发帖数: 2346 | 13
非常感谢您的帮助！array估计老板不乐意做，老板的意思是实验到这里就结束了，可
以发文章了。但是我特别想找到那个旁路，唉。。。。
【在 y****y 的大作中提到】
: 能走高通量的话用reporter的细胞做个siRNA array就可以了吧
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d****i
发帖数: 2346 | 14 非常感谢楼上回复的各位！目前看来我只能再看看文献然后在有限范围盲目的筛一下，
实在筛不到就算了。我一直好奇，那些文章怎么样把两个本来领域很远的分子拉在一起
的。 |
T****u
发帖数: 424 | 15 1. candidate based
主要是看文献猜
2.要找新东西基本还是screen.
if B是NF-KB的话，
取决于C降低有多重要，如果是TNF, IL1/6这种。
也许机理还是有意思的。
现在可以做siRNA，shRNA/KO screen.这种都是很大的工作量。且off-target占了90%.
所以没有老板的财力支持还是不要做。
靠猜的有1。瞎猜，或者2.是否有可能的transcription factor.看看USCS Genome
browser里面上游的序列。
一句话，还是看有多值得做，投入相应的efforts and resource.
Good luck.
【在 d****i 的大作中提到】
: 非常感谢楼上回复的各位！目前看来我只能再看看文献然后在有限范围盲目的筛一下，
: 实在筛不到就算了。我一直好奇，那些文章怎么样把两个本来领域很远的分子拉在一起
: 的。
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d****i
发帖数: 2346 | 16
受教了！非常感谢！
【在 T****u 的大作中提到】
: 1. candidate based
: 主要是看文献猜
: 2.要找新东西基本还是screen.
: if B是NF-KB的话，
: 取决于C降低有多重要，如果是TNF, IL1/6这种。
: 也许机理还是有意思的。
: 现在可以做siRNA，shRNA/KO screen.这种都是很大的工作量。且off-target占了90%.
: 所以没有老板的财力支持还是不要做。
: 靠猜的有1。瞎猜，或者2.是否有可能的transcription factor.看看USCS Genome
: browser里面上游的序列。
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t*****2
发帖数: 213 | 17 楼主应该敲出A，再用B 做rescue，看C的变化。
你说敲b再加a，c只上调一点点，那就说明没有直接关系。
而且是不是直接的靶基因有那么重要吗？做的话工作量不小啊，楼主可以先做个chip-
qpcr看看再说。 |
d****i
发帖数: 2346 | 18
A是化合物， compound。
【在 t*****2 的大作中提到】
: 楼主应该敲出A，再用B 做rescue，看C的变化。
: 你说敲b再加a，c只上调一点点，那就说明没有直接关系。
: 而且是不是直接的靶基因有那么重要吗？做的话工作量不小啊，楼主可以先做个chip-
: qpcr看看再说。
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b*********1
发帖数: 1054 | 19 其实最重要的是，A 的直接靶点不清楚，不管是B 上还是C下。找到化合物的直接靶点
，才可以把这个故事讲清楚。你可以设计该化合物的分子探针，钓出它的直接结合蛋白
， 然后鉴定此蛋白， 确定作用蛋白。
使A
【在 d****i 的大作中提到】
: 我们发现化合物A能够上调B，继而下调C。为了验证，KO B以后发现C还是降低。于是推
: 测A---B---C是一条pathway，但是可能还有一条我们不知道的pathway同时起作用促使A
: 下调C，也就是不依赖B的pathway。
: 现在比较迷茫的是，那么多的信号通路里面，怎么找到第二条pathway。实验到这里停
: 住了。大家给指点一下吧。
: 非常感谢！
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d****i
发帖数: 2346 | 20
A的receptor是知道的。然后就只知道中间经过B调控了C。其余未知。
【在 b*********1 的大作中提到】
: 其实最重要的是，A 的直接靶点不清楚，不管是B 上还是C下。找到化合物的直接靶点
: ，才可以把这个故事讲清楚。你可以设计该化合物的分子探针，钓出它的直接结合蛋白
: ， 然后鉴定此蛋白， 确定作用蛋白。
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: 使A
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