T*****n
发帖数: 274 | 1 本人是microRNA的门外汉，以下想法纯属非常immature。
我的gene of interest在RNA水平受到调控，如果可以排除transcription
的因素（by promoter activity, polII recruitment, ect..)，
是否可以猜测有microRNA在起作用？可以的话，是否有in silico的方法
去推测哪种microRNA可能involved，还是只能用candidate approach
的实验方法一一检验？简言之，是否可以由target gene去寻找对应的microRNA?
欢迎讨论，谢谢指教！ | D****g
发帖数: 275 | 2 I have the same question, too. Any suggestion? | h********n
发帖数: 4079 | 3 是否可以由target gene去寻找对应的microRNA?----可以, 不过会找出很多miRNA | T*****n
发帖数: 274 | 4 可否展开说说？
其实这个问题有两层意思：
其一，是否可以从biology的角度去推测一个基因的表达是否受microRNA调控；
其二才是操作的层面，如何去找相应的microRNA。是否就是用target gene
mRNA去blast microRNA database? 就算会找到很多miRNA，只要能缩小
candidate pool, 也算是有效的strategy。
【在 h********n 的大作中提到】
: 是否可以由target gene去寻找对应的microRNA?----可以, 不过会找出很多miRNA
| c********r
发帖数: 1125 | 5 上次跟oliver hobert聊天，（做线虫的，发现了线虫里面几个比较重要的microrna 调
控神经元的不对称发育）。
他自己认为，软件算法预测microrna基本是扯淡的，难度太大，太不准确。
在线虫里面最早的microrna发现是靠正向遗传筛选发现的，在高等动物／细胞里实现有
点困难。。。
至于从某个基因出发找可能调控的microrna。
（1）生物信息预测：当然可能都是错的，需要实验验证。
（2）有商业化的micro-array，你可以ko/kd你那个基因然然后比较跟野生型哪些
microrna上调下调了。。。虽然我觉得也很不靠谱，但是有一些大文章就是这么干的。 | s******s
发帖数: 13035 | 6 用LNA pull down target mRNA然后size select miRNA测序？
【在 h********n 的大作中提到】
: 是否可以由target gene去寻找对应的microRNA?----可以, 不过会找出很多miRNA
| T*****n
发帖数: 274 | 7 谢谢。不过您说的第二点似乎是用来找microRNA的调节基因才对啊。
逻辑上不是反过来了么？难道target gene也会反作用于miRNA？
【在 c********r 的大作中提到】
: 上次跟oliver hobert聊天，（做线虫的，发现了线虫里面几个比较重要的microrna 调
: 控神经元的不对称发育）。
: 他自己认为，软件算法预测microrna基本是扯淡的，难度太大，太不准确。
: 在线虫里面最早的microrna发现是靠正向遗传筛选发现的，在高等动物／细胞里实现有
: 点困难。。。
: 至于从某个基因出发找可能调控的microrna。
: （1）生物信息预测：当然可能都是错的，需要实验验证。
: （2）有商业化的micro-array，你可以ko/kd你那个基因然然后比较跟野生型哪些
: microrna上调下调了。。。虽然我觉得也很不靠谱，但是有一些大文章就是这么干的。
| h********n
发帖数: 4079 | 8 做个几年miRNA的工作, 现在不做, 说说我的看法吧.
你的第一个问题,"是否可以从biology的角度去推测一个基因的表达是否受microRNA调
控", 我觉得这个问题一一不大. 多数基因都会或多或少的受到miRNA的调控, 但是这
一个调控不是universal的, 而是tissue specific, 或者说跟某个生理/病理过程相关.
比如某个基因在肺上皮细胞受miR-X调节, 而在大肠上皮里主要受miR-Y调节.
另一个问题是尺度的问题. 对某个基因来说, 如果确定在某种细胞里受miR-X调节, 这
个量有多大, 是微调还是大尺度调节. 这个问题可能是现在miRNA领域很多人都认识到
却不愿意面对的.
你的第二个问题, 用那些网上软件去预测, 比如TargetScan, 可以得到一大堆
candidate. 同时再看看这些miRNA在这个组织或者疾病的profile, 挑出一些candidate
做functional assay. 不要被别人的发现所限制.
比如当时我们投文章(miR-xxx is an oncomiR in lung cancer)的时候发现一个大牛刚
刚发了一篇同样miR-xxx suppress breast cancer metastasis的文章. 跟我们有啥关
系? 没啥关系. Simply stick to your data.
【在 T*****n 的大作中提到】
: 可否展开说说？
: 其实这个问题有两层意思：
: 其一，是否可以从biology的角度去推测一个基因的表达是否受microRNA调控；
: 其二才是操作的层面，如何去找相应的microRNA。是否就是用target gene
: mRNA去blast microRNA database? 就算会找到很多miRNA，只要能缩小
: candidate pool, 也算是有效的strategy。
| s******s
发帖数: 13035 | 9 没做过miRNA，瞎说两句。
感觉其实这玩意儿就是一大堆mRNA和一大堆miRNA混在一起，除了少部分（也许我错了）
mRNA被target去某些特别的地方，其他的就是random混杂。考虑到miRNA允许错配，这种
调节过程其实是一个基因被N个miRNA调控，N个基因被同一miRNA调控的复杂网络，很多
调控并不一定有生物学的意义，只是off target, 再说还有epigenetics的effect
关.
candidate
【在 h********n 的大作中提到】
: 做个几年miRNA的工作, 现在不做, 说说我的看法吧.
: 你的第一个问题,"是否可以从biology的角度去推测一个基因的表达是否受microRNA调
: 控", 我觉得这个问题一一不大. 多数基因都会或多或少的受到miRNA的调控, 但是这
: 一个调控不是universal的, 而是tissue specific, 或者说跟某个生理/病理过程相关.
: 比如某个基因在肺上皮细胞受miR-X调节, 而在大肠上皮里主要受miR-Y调节.
: 另一个问题是尺度的问题. 对某个基因来说, 如果确定在某种细胞里受miR-X调节, 这
: 个量有多大, 是微调还是大尺度调节. 这个问题可能是现在miRNA领域很多人都认识到
: 却不愿意面对的.
: 你的第二个问题, 用那些网上软件去预测, 比如TargetScan, 可以得到一大堆
: candidate. 同时再看看这些miRNA在这个组织或者疾病的profile, 挑出一些candidate
| s*******n
发帖数: 37 | 10 First question is relatively easy. You can knock down Dicer to see it has
any effect on your genes. For 2nd question, you can look at which part of 3'
utr is conserved, and use target-scan to narrow down and test one by one.
another way i'm thinking of, but haven't seen anybody done it.Darnell a few
years ago had a nature paper using an IP method to pull down the Ago/mRNA/
miRNA complex. In theory, one can adopt this method and to determine which
miRNA associate with the target mRNA. Just my 2 cents. | | | B******w
发帖数: 1040 | 11 SPT!!
关.
candidate
【在 h********n 的大作中提到】
: 做个几年miRNA的工作, 现在不做, 说说我的看法吧.
: 你的第一个问题,"是否可以从biology的角度去推测一个基因的表达是否受microRNA调
: 控", 我觉得这个问题一一不大. 多数基因都会或多或少的受到miRNA的调控, 但是这
: 一个调控不是universal的, 而是tissue specific, 或者说跟某个生理/病理过程相关.
: 比如某个基因在肺上皮细胞受miR-X调节, 而在大肠上皮里主要受miR-Y调节.
: 另一个问题是尺度的问题. 对某个基因来说, 如果确定在某种细胞里受miR-X调节, 这
: 个量有多大, 是微调还是大尺度调节. 这个问题可能是现在miRNA领域很多人都认识到
: 却不愿意面对的.
: 你的第二个问题, 用那些网上软件去预测, 比如TargetScan, 可以得到一大堆
: candidate. 同时再看看这些miRNA在这个组织或者疾病的profile, 挑出一些candidate
| h********n
发帖数: 4079 | 12 我跟你的"感觉"正好相反. 我觉得细胞里一切过程都是highly regulated, 很少有
random的过程, 错误的过程也会被纠正/删除.
到mRNA--miRNA里, 我觉得也是highly regulated, 只不过我们不了解罢了.
纯粹是感觉.
了）
这种
【在 s******s 的大作中提到】
: 没做过miRNA，瞎说两句。
: 感觉其实这玩意儿就是一大堆mRNA和一大堆miRNA混在一起，除了少部分（也许我错了）
: mRNA被target去某些特别的地方，其他的就是random混杂。考虑到miRNA允许错配，这种
: 调节过程其实是一个基因被N个miRNA调控，N个基因被同一miRNA调控的复杂网络，很多
: 调控并不一定有生物学的意义，只是off target, 再说还有epigenetics的effect
:
: 关.
: candidate
| s******r
发帖数: 2876 | 13 我也有些不同的感觉，
生命都是well buffered，能够tolerate很多不同的内外条件，
所以调控是存在的，但是不是非常精确可控的。
我跟你的"感觉"正好相反. 我觉得细胞里一切过程都是highly regulated, 很少有
random的过程, 错误的过程也会被纠正/删除.
到mRNA--miRNA里, 我觉得也是highly regulated, 只不过我们不了解罢了.
纯粹是感觉.
了）
这种
【在 h********n 的大作中提到】
: 我跟你的"感觉"正好相反. 我觉得细胞里一切过程都是highly regulated, 很少有
: random的过程, 错误的过程也会被纠正/删除.
: 到mRNA--miRNA里, 我觉得也是highly regulated, 只不过我们不了解罢了.
: 纯粹是感觉.
:
: 了）
: 这种
| T*****n
发帖数: 274 | 14 谢谢，大受教宜。我的目标基因正是非常specific的表达在一个特定lineage
的特定发育阶段，其表达在RNA水平上受到调控，这也正是我猜测可能有microRNA
参与其中的原因。接下来准备去找找这个组织的miRNA profiling数据，还有
用你给的网站predict几个miRNA试试看。
关.
candidate
【在 h********n 的大作中提到】
: 做个几年miRNA的工作, 现在不做, 说说我的看法吧.
: 你的第一个问题,"是否可以从biology的角度去推测一个基因的表达是否受microRNA调
: 控", 我觉得这个问题一一不大. 多数基因都会或多或少的受到miRNA的调控, 但是这
: 一个调控不是universal的, 而是tissue specific, 或者说跟某个生理/病理过程相关.
: 比如某个基因在肺上皮细胞受miR-X调节, 而在大肠上皮里主要受miR-Y调节.
: 另一个问题是尺度的问题. 对某个基因来说, 如果确定在某种细胞里受miR-X调节, 这
: 个量有多大, 是微调还是大尺度调节. 这个问题可能是现在miRNA领域很多人都认识到
: 却不愿意面对的.
: 你的第二个问题, 用那些网上软件去预测, 比如TargetScan, 可以得到一大堆
: candidate. 同时再看看这些miRNA在这个组织或者疾病的profile, 挑出一些candidate
| T*****n
发帖数: 274 | 15 good idea. 不过在primary cell里面做knock down有点难度，tissue-specific
的Dicer KO细胞系已经有人做了，或许我可以找他们要点细胞试试看。
3'
few
【在 s*******n 的大作中提到】
: First question is relatively easy. You can knock down Dicer to see it has
: any effect on your genes. For 2nd question, you can look at which part of 3'
: utr is conserved, and use target-scan to narrow down and test one by one.
: another way i'm thinking of, but haven't seen anybody done it.Darnell a few
: years ago had a nature paper using an IP method to pull down the Ago/mRNA/
: miRNA complex. In theory, one can adopt this method and to determine which
: miRNA associate with the target mRNA. Just my 2 cents.
| h********n
发帖数: 4079 | 16 过去觉得miRNA以translational suppression为主, 现在觉得miRNA induced mRNA
degradation也很重要.
【在 T*****n 的大作中提到】
: 谢谢，大受教宜。我的目标基因正是非常specific的表达在一个特定lineage
: 的特定发育阶段，其表达在RNA水平上受到调控，这也正是我猜测可能有microRNA
: 参与其中的原因。接下来准备去找找这个组织的miRNA profiling数据，还有
: 用你给的网站predict几个miRNA试试看。
:
: 关.
: candidate
| n******7
发帖数: 12463 | 17 3utr软件预测+negative correlation 可以大致筛选出可能作用的miRNA | j****x
发帖数: 1704 | 18 不仅仅是“也很重要”，实际上是主要的作用方式，translational suppression反而
是次要的方式
【在 h********n 的大作中提到】
: 过去觉得miRNA以translational suppression为主, 现在觉得miRNA induced mRNA
: degradation也很重要.
| h********n
发帖数: 4079 | 19 我也觉得是主要的方式, 但还有很多人不同意. 所以我的statement比较保守.
当时我们的miRNA文章里面关于target gene部分基本都是realtime PCR解决问题.
【在 j****x 的大作中提到】
: 不仅仅是“也很重要”，实际上是主要的作用方式，translational suppression反而
: 是次要的方式
| j****x
发帖数: 1704 | 20 一开始是有很多人不认同，可能还是受最初miRNA发现时的第一印象的影响比较深吧。
后来几组genome wide analysis出来之后，现在基本都认同了。对做实验的人而言，绝
对是好事情，qPCR省多少事情啊，呵呵
【在 h********n 的大作中提到】
: 我也觉得是主要的方式, 但还有很多人不同意. 所以我的statement比较保守.
: 当时我们的miRNA文章里面关于target gene部分基本都是realtime PCR解决问题.
| C**S
发帖数: 522 | 21 为什么miRNA没有siRNA那样基因特异？
关.
candidate
【在 h********n 的大作中提到】
: 做个几年miRNA的工作, 现在不做, 说说我的看法吧.
: 你的第一个问题,"是否可以从biology的角度去推测一个基因的表达是否受microRNA调
: 控", 我觉得这个问题一一不大. 多数基因都会或多或少的受到miRNA的调控, 但是这
: 一个调控不是universal的, 而是tissue specific, 或者说跟某个生理/病理过程相关.
: 比如某个基因在肺上皮细胞受miR-X调节, 而在大肠上皮里主要受miR-Y调节.
: 另一个问题是尺度的问题. 对某个基因来说, 如果确定在某种细胞里受miR-X调节, 这
: 个量有多大, 是微调还是大尺度调节. 这个问题可能是现在miRNA领域很多人都认识到
: 却不愿意面对的.
: 你的第二个问题, 用那些网上软件去预测, 比如TargetScan, 可以得到一大堆
: candidate. 同时再看看这些miRNA在这个组织或者疾病的profile, 挑出一些candidate
| h********n
发帖数: 4079 | 22 可以这样考虑, 如果想siRNA那样, 那可能需要几千或者上万个miRNA.
每个miRNA都可以有多个target, 在不同的时候不同细胞选一些调节, 挺有效率的系统.
【在 C**S 的大作中提到】
: 为什么miRNA没有siRNA那样基因特异？
:
: 关.
: candidate
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