Q**********r
发帖数: 214 | 1 比如说我有一个DNA的混合物，里面含DNA A和DNA B
我想知道A和B的比例，于是用2nd generation sequencing得到1百万个序列
其中60万个A，40万个B,于是我判断原混合物中A:B=6:4
可以吗？ |
j****x
发帖数: 1704 | 2 你问的这个例子用不上NGS，虽然显然可以这么用，呵呵。当然，还需要满足一些基本
假设
【在 Q**********r 的大作中提到】
: 比如说我有一个DNA的混合物，里面含DNA A和DNA B
: 我想知道A和B的比例，于是用2nd generation sequencing得到1百万个序列
: 其中60万个A，40万个B,于是我判断原混合物中A:B=6:4
: 可以吗？
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f**********e
发帖数: 1994 | 3 如果 A 和 B 有很多序列相似性的话 ，你就歇菜了。
【在 Q**********r 的大作中提到】
: 比如说我有一个DNA的混合物，里面含DNA A和DNA B
: 我想知道A和B的比例，于是用2nd generation sequencing得到1百万个序列
: 其中60万个A，40万个B,于是我判断原混合物中A:B=6:4
: 可以吗？
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Q**********r
发帖数: 214 | 4 为什么？
A和B是相同长度的短片断,几十bp，很相象但有几个bp差异
【在 f**********e 的大作中提到】
: 如果 A 和 B 有很多序列相似性的话 ，你就歇菜了。
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m***c
发帖数: 177 | 5 you case is the simplest one. NGS can deal with much more complicated
situations. |
f**********e
发帖数: 1994 | 6 几十个 BP 拿神马 NGS 搞啊。我还以为是两个 genomes 勒。如果是两个类似的
genomes
会有一堆相同的片段，你就土了。
【在 Q**********r 的大作中提到】
: 为什么？
: A和B是相同长度的短片断,几十bp，很相象但有几个bp差异
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p*****m
发帖数: 7030 | 7 这么用没什么吧 挺正常也很常用的。。NGS这么用比把这些混合物分别连克隆测序要便宜
举个例子，现在做zinc finger nuclease做mutation的很多人就这么验证ZFN到底work
了没有。
【在 f**********e 的大作中提到】
: 几十个 BP 拿神马 NGS 搞啊。我还以为是两个 genomes 勒。如果是两个类似的
: genomes
: 会有一堆相同的片段，你就土了。
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a********k
发帖数: 2273 | 8 只有两种的话直接就跑PAGE不就行了么,用qPCR仪的melting curve也行啊。。。反正他
也就看个比例。用NGS？分别克隆测序？牛刀杀鸡也不至于这么傻吧
便宜
work
【在 p*****m 的大作中提到】
: 这么用没什么吧 挺正常也很常用的。。NGS这么用比把这些混合物分别连克隆测序要便宜
: 举个例子，现在做zinc finger nuclease做mutation的很多人就这么验证ZFN到底work
: 了没有。
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p*****m
发帖数: 7030 | 9 呵呵 来了个fish person。。你看最近有篇fish ZFN就是用的NGS，有几篇cell line
ZFN也是。还是很方便的啊，而且超级便宜其实，一个pool可能测序100快都不到吧，因
为可以mix几个pool一起
page看不出来point mutation吧，qPCR怎么看？好像也看不出point mutation吧
【在 a********k 的大作中提到】
: 只有两种的话直接就跑PAGE不就行了么,用qPCR仪的melting curve也行啊。。。反正他
: 也就看个比例。用NGS？分别克隆测序？牛刀杀鸡也不至于这么傻吧
:
: 便宜
: work
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a********k
发帖数: 2273 | 10 PAGE用denature的，可以看SNP，以前做mapping的人用SNP做marker就是这么跑的
现在的qPCR仪都有HRM功能，也可以看SNP
【在 p*****m 的大作中提到】
: 呵呵 来了个fish person。。你看最近有篇fish ZFN就是用的NGS，有几篇cell line
: ZFN也是。还是很方便的啊，而且超级便宜其实，一个pool可能测序100快都不到吧，因
: 为可以mix几个pool一起
: page看不出来point mutation吧，qPCR怎么看？好像也看不出point mutation吧
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a********k
发帖数: 2273 | 11 现在illumina搞了个BT的update对bar code报错防止大家pool samples。。。真恶心
至少我们这里的几个lab被搞了
【在 p*****m 的大作中提到】
: 呵呵 来了个fish person。。你看最近有篇fish ZFN就是用的NGS，有几篇cell line
: ZFN也是。还是很方便的啊，而且超级便宜其实，一个pool可能测序100快都不到吧，因
: 为可以mix几个pool一起
: page看不出来point mutation吧，qPCR怎么看？好像也看不出point mutation吧
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e*******e
发帖数: 1837 | 12 展开说说这个?
【在 a********k 的大作中提到】
: 现在illumina搞了个BT的update对bar code报错防止大家pool samples。。。真恶心
: 至少我们这里的几个lab被搞了
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p*****m
发帖数: 7030 | 13 啊？这个太狠了吧？
【在 a********k 的大作中提到】
: 现在illumina搞了个BT的update对bar code报错防止大家pool samples。。。真恶心
: 至少我们这里的几个lab被搞了
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a********k
发帖数: 2273 | 14 也不是专门针对barcode的
只是大多数人用的barcode都有一致序列，新的update碰到ACTG比例明显不对的时候就
报错而已
【在 e*******e 的大作中提到】
: 展开说说这个?
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t*d
发帖数: 1290 | 15 sounds impossible.
【在 a********k 的大作中提到】
: 也不是专门针对barcode的
: 只是大多数人用的barcode都有一致序列，新的update碰到ACTG比例明显不对的时候就
: 报错而已
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