蛋白结构预测求助！ - Biology版 - 未名存档

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Biology版 - 蛋白结构预测求助！

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m****e 发帖数: 489	1 因为最近在关注慢粒患者对酪氨酸激酶抑制剂耐药的研究，是关于ABL基因的几个不同剪接体或是突变体的蛋白结构预测(共有11个)，做这个预测是想先从理论上分析一下有无引起耐药的可能。因为是刚接触这方面，所以我想是蛋白二级还是三级结构发生了变化。想请这方面的专家帮忙解决一下，网上有没有好用的软件可以做这方面的分析的？非常感谢。
T****u 发帖数: 424	2 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12154025 check gate keeper /DFG motif etc 【在 m****e 的大作中提到】 : 因为最近在关注慢粒患者对酪氨酸激酶抑制剂耐药的研究，是关于ABL基因的几个不同 : 剪接体或是突变体的蛋白结构预测(共有11个)，做这个预测是想先从理论上分析一下有 : 无引起耐药的可能。因为是刚接触这方面，所以我想是蛋白二级还是三级结构发生了 : 变化。想请这方面的专家帮忙解决一下，网上有没有好用的软件可以做这方面的分析的 : ？非常感谢。
m****e 发帖数: 489	3 谢谢。有没有软件可以分析一下结构变化么？【在 T****u 的大作中提到】 : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12154025 : check gate keeper /DFG motif etc
p*****u 发帖数: 191	4 你是说像NAMD或者GROMACS这样的软件吗
l**********1 发帖数: 5204	5 CHARMm cited from 2010 PSU one PhD dissertation: PDF link, https://etda.libraries.psu.edu/paper/10601/6356 or Verkhivker GM. (2012). Simulating molecular mechanisms of the MDM2-mediated regulatory interactions PLoS One.7: e40897. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22815859 or The following environment variables are related to these packages and should be set accordingly: CHARMMEXEC CHARMM executable CHARMMDATA CHARMM data files AMBERHOME Amber installation directory SANDEREXEC Amber sander executable LEAPEXEC Amber tLeap executable MODELLEREXEC Modeller executable PSIPREDDIR PSIPRED installation directory PDBDIR Directory with local copy of PDB http://blue11.bch.msu.edu/mmtsb/Installation more pls go to PPTx slide file: http://lms.chem.tamu.edu/mm.pdf or http://www.lbpa.ens-cachan.fr/version-francaise/equipes/plate-f

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