W*********n
发帖数: 775 | 1 真核生物的基因 （转录出来的是mRNA），打算看一下调控它的转录因子（
transcription factors）,请问是否它的转录因子结合位点一定在转录起始位点上游？
以我的知识我认为：基因转录出来是mRNA, 所以转录酶是RNA聚合酶II，而 RNA聚合酶
II 的转录因子应该是在上游的（不知道这么说是否正确？）。
因为我的目标基因的翻译起始位点在第二个预测的Exon的中部，第一个Exon（500bp）
和第一个Intron（4500bp）比较长， 所以我想知道分析这个基因的转录因子，应该从
第一个Exon之前分析呢，还是应该从翻译起始位点之前分析？
谢谢！ |
W*********n
发帖数: 775 | |
b***2
发帖数: 348 | 3 有问题吧。转录因子和要调控的基因在不在一条染色体上都有得一说吧。
【在 W*********n 的大作中提到】
: 真核生物的基因 （转录出来的是mRNA），打算看一下调控它的转录因子（
: transcription factors）,请问是否它的转录因子结合位点一定在转录起始位点上游？
: 以我的知识我认为：基因转录出来是mRNA, 所以转录酶是RNA聚合酶II，而 RNA聚合酶
: II 的转录因子应该是在上游的（不知道这么说是否正确？）。
: 因为我的目标基因的翻译起始位点在第二个预测的Exon的中部，第一个Exon（500bp）
: 和第一个Intron（4500bp）比较长， 所以我想知道分析这个基因的转录因子，应该从
: 第一个Exon之前分析呢，还是应该从翻译起始位点之前分析？
: 谢谢！
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T****u
发帖数: 424 | 4 of cousre not.
usually there are TF in first intron,and sometimes longrange TF.
【在 W*********n 的大作中提到】
: 真核生物的基因 （转录出来的是mRNA），打算看一下调控它的转录因子（
: transcription factors）,请问是否它的转录因子结合位点一定在转录起始位点上游？
: 以我的知识我认为：基因转录出来是mRNA, 所以转录酶是RNA聚合酶II，而 RNA聚合酶
: II 的转录因子应该是在上游的（不知道这么说是否正确？）。
: 因为我的目标基因的翻译起始位点在第二个预测的Exon的中部，第一个Exon（500bp）
: 和第一个Intron（4500bp）比较长， 所以我想知道分析这个基因的转录因子，应该从
: 第一个Exon之前分析呢，还是应该从翻译起始位点之前分析？
: 谢谢！
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W*********n
发帖数: 775 | 5 这里我说的是基因“转录因子结合位点”。 您不是说转录因子结合到染色体A上，也能
调控染色体B上某基因的转录？
【在 b***2 的大作中提到】
: 有问题吧。转录因子和要调控的基因在不在一条染色体上都有得一说吧。
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l********e
发帖数: 415 | 6 如前面版友所说，很多都在intron，不一定要upstream
一般情况下，看看TSS(transcription start site)前后20-50kb就差不多了。
结合evolutionary conservation和histone marks看。
题外话：
染色体间的转录调控，这个假说的确是存在的，不过好像还没有很充分的证据。
【在 W*********n 的大作中提到】
: 这里我说的是基因“转录因子结合位点”。 您不是说转录因子结合到染色体A上，也能
: 调控染色体B上某基因的转录？
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b***2
发帖数: 348 | 7 哎呀，看了半截就开跑了。不好意思，理解错了。
【在 W*********n 的大作中提到】
: 这里我说的是基因“转录因子结合位点”。 您不是说转录因子结合到染色体A上，也能
: 调控染色体B上某基因的转录？
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W*********n
发帖数: 775 | 8 Thanks a lot! Would you please give some references about it? Thanks.
【在 T****u 的大作中提到】
: of cousre not.
: usually there are TF in first intron,and sometimes longrange TF.
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W*********n
发帖数: 775 | 9 谢谢！
您说的“ 一般情况下，看看TSS(transcription start site)前后20-50kb就差不多了
。转录起始位点后面的20-50k处，可能包括基因的所有intron 和Exon了，如果在这些
序列中发现转录因子结合位点，也可以认为它们参与了该基因的转录？
我最转录这块了解不多，现在对一个基因的转录调控比较感兴趣，所以想查查看看那些
转录因子调控它。希望专业人士给与指导。
【在 l********e 的大作中提到】
: 如前面版友所说，很多都在intron，不一定要upstream
: 一般情况下，看看TSS(transcription start site)前后20-50kb就差不多了。
: 结合evolutionary conservation和histone marks看。
: 题外话：
: 染色体间的转录调控，这个假说的确是存在的，不过好像还没有很充分的证据。
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W*********n
发帖数: 775 | 10 谢谢阿。是我原文表述有问题，漏掉“结合位点”了，后来看了你的回文我赶紧修改了。
【在 b***2 的大作中提到】
: 哎呀，看了半截就开跑了。不好意思，理解错了。
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t*****z
发帖数: 1598 | 11 首先，transcription factor指的是蛋白质，不是DNA序列。我想你说的是
transcription factor binding site (TFBS)。
TFBS哪里都可能有，对于一个基因有影响的，通常可以分成两类：增强子（enhancer）
和启动子（promoter），两者的区别是：启动子必须在转录起始位点（TSS）附近，而
增强子的调控作用和它到TSS的距离无关（当然，越远越弱，但不是远了就没作用）。
启动子包含了核心启动子和周边的一些其他TFBS，一般你只要从TSS上数1000bp，下数
500bp，就算基本上肯定包括整个启动子了。
增强子么，上游很远都有可能，甚至在内含子里和下游都有可能。
一般认为编码序列不包含转录调控原件。但是也未必，好像最近有一篇文章说到某个序
列既编码又调控。不过一般而言，编码序列可以无视。 |
t*****z
发帖数: 1598 | 12 启动子和增强子的生信预测是很不靠谱的，仅供参考。你可以用Jaspar、MEME之类的网
站试着分析你的基因附近有那些结合位点。不过不必太当真。 |
W*********n
发帖数: 775 | 13 谢谢！很有参考价值。
【在 t*****z 的大作中提到】
: 首先，transcription factor指的是蛋白质，不是DNA序列。我想你说的是
: transcription factor binding site (TFBS)。
: TFBS哪里都可能有，对于一个基因有影响的，通常可以分成两类：增强子（enhancer）
: 和启动子（promoter），两者的区别是：启动子必须在转录起始位点（TSS）附近，而
: 增强子的调控作用和它到TSS的距离无关（当然，越远越弱，但不是远了就没作用）。
: 启动子包含了核心启动子和周边的一些其他TFBS，一般你只要从TSS上数1000bp，下数
: 500bp，就算基本上肯定包括整个启动子了。
: 增强子么，上游很远都有可能，甚至在内含子里和下游都有可能。
: 一般认为编码序列不包含转录调控原件。但是也未必，好像最近有一篇文章说到某个序
: 列既编码又调控。不过一般而言，编码序列可以无视。
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S***A
发帖数: 133 | 14 nod.
保险起见，转录起始位点向上1.5kb足够了。
增强子与距离和方向无关，因为结合它的蛋白可以直接结合转录因子，也就是说可以把
DNA折回来。
【在 t*****z 的大作中提到】
: 首先，transcription factor指的是蛋白质，不是DNA序列。我想你说的是
: transcription factor binding site (TFBS)。
: TFBS哪里都可能有，对于一个基因有影响的，通常可以分成两类：增强子（enhancer）
: 和启动子（promoter），两者的区别是：启动子必须在转录起始位点（TSS）附近，而
: 增强子的调控作用和它到TSS的距离无关（当然，越远越弱，但不是远了就没作用）。
: 启动子包含了核心启动子和周边的一些其他TFBS，一般你只要从TSS上数1000bp，下数
: 500bp，就算基本上肯定包括整个启动子了。
: 增强子么，上游很远都有可能，甚至在内含子里和下游都有可能。
: 一般认为编码序列不包含转录调控原件。但是也未必，好像最近有一篇文章说到某个序
: 列既编码又调控。不过一般而言，编码序列可以无视。
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W*********n
发帖数: 775 | 15 谢谢！
【在 S***A 的大作中提到】
: nod.
: 保险起见，转录起始位点向上1.5kb足够了。
: 增强子与距离和方向无关，因为结合它的蛋白可以直接结合转录因子，也就是说可以把
: DNA折回来。
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