D**F
发帖数: 54 | 1 最近用PCR鉴定 loxp小鼠
在flox区域两侧设计引物， 理论上WT 产物较短，floxed产物较长
但奇怪的是，要么只看到长的产物，要么只看到短的产物，从来没有见到过同时有长短
两条带
根据交配后代的结果显然那些只看到 长产物的小鼠中是有 loxp +/- 杂合体的
有人遇到过这种情况吗？
感觉是floxed allele在PCR中抑制了WT的扩增
但为什么会造成这种抑制实在想不明白 |
n***w
发帖数: 2405 | 2 Is it expressing Cre? I sometimes get that too if it is a Cre expressor. |
D**F
发帖数: 54 | 3 没有cre，只是loxp
【在 n***w 的大作中提到】
: Is it expressing Cre? I sometimes get that too if it is a Cre expressor.
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f*******n
发帖数: 141 | 4 理论上产物各有多长？会不会是长链跟短链退火结合到一起，跑胶长度跟纯合长链差不
多？跑胶跑长一点，杂合与纯合应该会有差别。引物设计可能不够好。 |
l********e
发帖数: 415 | 5 PCR有bias很常见的。
想trouble shooting的话，把序列全贴出来大家看看。
【在 D**F 的大作中提到】
: 最近用PCR鉴定 loxp小鼠
: 在flox区域两侧设计引物， 理论上WT 产物较短，floxed产物较长
: 但奇怪的是，要么只看到长的产物，要么只看到短的产物，从来没有见到过同时有长短
: 两条带
: 根据交配后代的结果显然那些只看到 长产物的小鼠中是有 loxp +/- 杂合体的
: 有人遇到过这种情况吗？
: 感觉是floxed allele在PCR中抑制了WT的扩增
: 但为什么会造成这种抑制实在想不明白
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l*********y
发帖数: 12 | 6 How many pups have you screened? What are the genotypes of the parents? If
the gene is X chromosome linked you will be able to see only one band in
male pups, either wt or floxed, depending on the genotypes of the parental
animals. So first check if your gene is located on X chromosome, and screen
more female pups.
Good luck!
【在 D**F 的大作中提到】
: 最近用PCR鉴定 loxp小鼠
: 在flox区域两侧设计引物， 理论上WT 产物较短，floxed产物较长
: 但奇怪的是，要么只看到长的产物，要么只看到短的产物，从来没有见到过同时有长短
: 两条带
: 根据交配后代的结果显然那些只看到 长产物的小鼠中是有 loxp +/- 杂合体的
: 有人遇到过这种情况吗？
: 感觉是floxed allele在PCR中抑制了WT的扩增
: 但为什么会造成这种抑制实在想不明白
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