b****r
发帖数: 17995 | 1 希望一次能genotyping 20-40个snp，也有STR， in del等。我知道有个技术是
autogenomics，不过那个机器贵还要一个标本一块芯片，贵。
似乎有人用multiplex pcr的办法，然后不同位点用不同长度片段和不同荧光，用测序
仪做，大家听过吗。或者还有什么别的技术吗 |
v*******e
发帖数: 11604 | |
b****r
发帖数: 17995 | 3 taqman一管只能做一个snp一个dna，最低的通量啦，没法用。要中通量！ |
a********k
发帖数: 2273 | 4 你们不用luminex？还有mass array也可以。
说实话taqman最容易，我们实验室一天做几百个病人，每个也是你这么多SNP
【在 b****r 的大作中提到】
: 希望一次能genotyping 20-40个snp，也有STR， in del等。我知道有个技术是
: autogenomics，不过那个机器贵还要一个标本一块芯片，贵。
: 似乎有人用multiplex pcr的办法，然后不同位点用不同长度片段和不同荧光，用测序
: 仪做，大家听过吗。或者还有什么别的技术吗
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b****r
发帖数: 17995 | 5 怎么做反应呢？用BioMark之类的？那不然几百个病人+几十个位点手工加不是累死
【在 a********k 的大作中提到】
: 你们不用luminex？还有mass array也可以。
: 说实话taqman最容易，我们实验室一天做几百个病人，每个也是你这么多SNP
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T*G
发帖数: 600 | 6 老大你们那不用 Qxt platform？用bravo automation, nextgen sequencing.
【在 b****r 的大作中提到】
: 怎么做反应呢？用BioMark之类的？那不然几百个病人+几十个位点手工加不是累死
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b****r
发帖数: 17995 | 7 我其实是在帮国内的朋友打听，希望能用比较屌丝的东西，而且批量也不大，这玩意太
杀鸡用牛刀了，taqman来搞几十个位点那也是很不秀气的一笔支出。所以我开始就打听
那种用ABI 的capillary+multiplex PCR的平台，不知道有谁用过没
你们几位请先吃包子，继续有效
【在 T*G 的大作中提到】
: 老大你们那不用 Qxt platform？用bravo automation, nextgen sequencing.
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a********k
发帖数: 2273 | 8 哥，样品照你说的不太多，直接送测序公司呗。MassArray仪器最贵，试剂最便宜。 |
T*G
发帖数: 600 | 9 我们做mcc用阿，就是做satellite SNPs,你的probe设计够好，deletion也应该能run
ABI 看出来。
【在 b****r 的大作中提到】
: 我其实是在帮国内的朋友打听，希望能用比较屌丝的东西，而且批量也不大，这玩意太
: 杀鸡用牛刀了，taqman来搞几十个位点那也是很不秀气的一笔支出。所以我开始就打听
: 那种用ABI 的capillary+multiplex PCR的平台，不知道有谁用过没
: 你们几位请先吃包子，继续有效
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t******k
发帖数: 5617 | 10 如果都是做PCR能不能这样：
合成PCR的引物前面加一组barcode序列，每个标本所有SNP只用一种barcode，然后把所
有sample P出来的东西全部mix以后NGS，在结果里利用barcode把不同标本分开。
【在 b****r 的大作中提到】
: 希望一次能genotyping 20-40个snp，也有STR， in del等。我知道有个技术是
: autogenomics，不过那个机器贵还要一个标本一块芯片，贵。
: 似乎有人用multiplex pcr的办法，然后不同位点用不同长度片段和不同荧光，用测序
: 仪做，大家听过吗。或者还有什么别的技术吗
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n******7
发帖数: 12463 | 11 这不就是amplicon/targeted sequencing吗
基本策略就两类 multiplex PCR 或者probe enrichment
各有优劣了 |
o*****a
发帖数: 2335 | 12 就像楼上说的，基本思路就是那些。
前几天正好Affymetrix的人发来EurekaGenomics LDMA技术（Low Density Marker
Assay），可以给每个样品每种基因型加barcode然后混合在一起测序。现在好像被
Affymetrix收购了。国内找affymetrix应该就行。感觉就是个改良了的多重PCR，不知
道自己实现的难度有多大。
这有个简介
http://oardc.osu.edu/mcic/newsletters/1211_newsletter_images/EG
各个公司的多重PCR应该也实现了类似功能，不知道具体性能如何
【在 b****r 的大作中提到】
: 希望一次能genotyping 20-40个snp，也有STR， in del等。我知道有个技术是
: autogenomics，不过那个机器贵还要一个标本一块芯片，贵。
: 似乎有人用multiplex pcr的办法，然后不同位点用不同长度片段和不同荧光，用测序
: 仪做，大家听过吗。或者还有什么别的技术吗
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b****r
发帖数: 17995 | 13 当然可以这么做
不过NGS 做这么一点点genotyping还是有点用牛刀吧，除非真的可以标本量很大
【在 t******k 的大作中提到】
: 如果都是做PCR能不能这样：
: 合成PCR的引物前面加一组barcode序列，每个标本所有SNP只用一种barcode，然后把所
: 有sample P出来的东西全部mix以后NGS，在结果里利用barcode把不同标本分开。
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b****r
发帖数: 17995 | 14 一个患者测个10多个序，一个月几百个患者，那不是一点点钱啊。还有个问题就是
Sanger的自动识别能力比较差，自动化程度不够
【在 a********k 的大作中提到】
: 哥，样品照你说的不太多，直接送测序公司呗。MassArray仪器最贵，试剂最便宜。
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b****r
发帖数: 17995 | 15 看了下，步骤好多啊，必须得专门买他们这个大仪器，不知道猴年马月能收回成本。。。
【在 o*****a 的大作中提到】
: 就像楼上说的，基本思路就是那些。
: 前几天正好Affymetrix的人发来EurekaGenomics LDMA技术（Low Density Marker
: Assay），可以给每个样品每种基因型加barcode然后混合在一起测序。现在好像被
: Affymetrix收购了。国内找affymetrix应该就行。感觉就是个改良了的多重PCR，不知
: 道自己实现的难度有多大。
: 这有个简介
: http://oardc.osu.edu/mcic/newsletters/1211_newsletter_images/EG
: 各个公司的多重PCR应该也实现了类似功能，不知道具体性能如何
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s******r
发帖数: 1245 | 16 如果对时间要求不高的，能一周一批做甚至一个月一批的肯定NGS最便宜，平均下来一
个病人几块钱的成本，benchtop的NGS又不是什么高大上的东西，这种通量正好
【在 b****r 的大作中提到】
: 一个患者测个10多个序，一个月几百个患者，那不是一点点钱啊。还有个问题就是
: Sanger的自动识别能力比较差，自动化程度不够
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b****r
发帖数: 17995 | 17 不太可能做到一个标本几美元吧，一个患者做几个位点？能达到什么样的覆盖深度？
【在 s******r 的大作中提到】
: 如果对时间要求不高的，能一周一批做甚至一个月一批的肯定NGS最便宜，平均下来一
: 个病人几块钱的成本，benchtop的NGS又不是什么高大上的东西，这种通量正好
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s******r
发帖数: 1245 | 18 一个位点几块钱
amplicon不用考虑coverage，随便一个位点都是上千上万的，跑一个run本身不贵的可
能就1-2千，library prep那步成本差异比较大看用土豪还是钓丝做法
【在 b****r 的大作中提到】
: 不太可能做到一个标本几美元吧，一个患者做几个位点？能达到什么样的覆盖深度？
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v********g
发帖数: 25 | |
o*****a
发帖数: 2335 | 20 没看到要买专有仪器啊，就是用他们的试剂扩增建库拿去测序
。。
【在 b****r 的大作中提到】
: 看了下，步骤好多啊，必须得专门买他们这个大仪器，不知道猴年马月能收回成本。。。
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b****r
发帖数: 17995 | 21 还是不能这么说吧，打个比方用最屌丝的PGM, 小芯片314， 一个run才30M data，如果
200个标本50个位点，要分成一万份，每个bp平均也就10个coverage，会有大量漏掉的
，根本没法用吧。
另外就是你说的library prep了，这个贵得很啊，有什么最屌丝的做法的SOP吗？
【在 s******r 的大作中提到】
: 一个位点几块钱
: amplicon不用考虑coverage，随便一个位点都是上千上万的，跑一个run本身不贵的可
: 能就1-2千，library prep那步成本差异比较大看用土豪还是钓丝做法
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s******r
发帖数: 1245 | 22 ion torrent的机器没什么人用了，都是用的illumina，miseq一个run出10-20m的reads
，5G的data，芯片本身也就一千多块，一万个位点做一个pool理论可行但保险点的还是
要上大机器，或者拆成几份跑
amplicon的library prep说到底就是个PCR
【在 b****r 的大作中提到】
: 还是不能这么说吧，打个比方用最屌丝的PGM, 小芯片314， 一个run才30M data，如果
: 200个标本50个位点，要分成一万份，每个bp平均也就10个coverage，会有大量漏掉的
: ，根本没法用吧。
: 另外就是你说的library prep了，这个贵得很啊，有什么最屌丝的做法的SOP吗？
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