D***a
发帖数: 516 | 1 好像大家都在盯着图3和图4.如果图3图4能造假，图1和图2也有可能是啊。如果能从图1
图2上否定NgAgo，那就是彻底否定。如果图1和图2是真的，NgAgo还是有想像余地的。 | f*******e
发帖数: 3433 | 2 好像图1，2，3是学生做的，能重复。图4是韩做的不能重复
图1
【在 D***a 的大作中提到】
: 好像大家都在盯着图3和图4.如果图3图4能造假，图1和图2也有可能是啊。如果能从图1
: 图2上否定NgAgo，那就是彻底否定。如果图1和图2是真的，NgAgo还是有想像余地的。
| c********n
发帖数: 225 | 3 【记录历史】谁重复验证了NgAgo？
特别记录 2016.10.18
信息来源：
- 知识分子 （饶毅，鲁白，谢宇 主编）
link：
http://wemedia.ifeng.com/282574491824201/wemedia.shtml
原文编者 内文提要
- 面对质疑的韩春雨
- 韩春雨NgAgo论文可重复性争议考验科学界
Key points
1. 韩春雨的采访记录
- 自称两次重复，“我的实验没问题”
- 声明自己的重复试验只用一周就完成了
- 拒绝自己的实验室公开做重复实验
- 由于实验室穷，所以实验记录不完全
- 拒绝公布他知道的重复成功实验室的信息
- 认为其他实验室重复失败是由于他们的细胞都被污染了
- 认为只是“重复率低” 而不是不可重复
- 认为 第三方立即介入调查，将是“最大危机”
- 声明，大约20天左右，会有重要进展
2. 知识分子在和许多科研人员联系过之后，公布了一些失败的实例信息
其中一则实例，特别记录
据报导
Dr John van der Oost {注 2014自然杂志TgAgo文章通讯作者} 实验室
在体外尝试用NgAgo切割（DNA）片段和质粒，无法重复韩春雨发表的数据
原文引用
- 10月6日，荷兰瓦赫宁恩大学的微生物学家约翰·范德欧斯特（John van der Oost
）称，到目前为止没能再现韩春雨论文结果。
-10月6日，当《知识分子》进一步询问范德欧斯特关于NgAgo的实验进展时，他说：到
目前为止，我们无法再现NgAgo蛋白的活性。在第二天的回复中，他补充说，他的实验
室还没有放弃NgAgo，仍然在试图利用NgAgo在体外切割（DNA）片段和质粒，但是，“
到目前为止，我们无法重复刊发的数据”。
注：
1. 在 “13中国科学人”实名公布失败的NgAgo重复验证结果之后， 【知识分子】对韩
春雨的电话以及面对面采访
- 电话采访 原文引用
“当天晚上10时47分，中青在线率先报道了北京大学教授魏文胜等12名学者实名公开他
们没能“重复”出韩春雨的实验，其实验方法“让人怀疑”的消息。
15分钟后，在与《知识分子》的电话连线中，韩春雨表示不希望公布重复出他NgAgo实
验结果的实验室。他表示，“学校（指河北科技大学，编者注）跟我一样，是明确知道
哪几家（实验室）做出来了，和实验室都有接触”，“我不会说出他们的名字，但过一
阵你会知道”。他补充说，“担心他们受到媒体骚扰”，“我不能让人家当挡箭牌”。”
- 面对面采访 原文引用
“自称两次重复，“我的实验没问题””
“。。。转而继续强调：第一，实验是可重复的，只是重复率低；第二要通过实验去找
到重复率低的原因；第三，NgAgo目前遇到的困境与相关背景研究少，与Cas9作为基因
编辑工具前已有较为充分的研究不同。”
“。。。他拒绝自己的实验室公开做重复实验，对于这种“自证清白”的做法，韩春雨
认为“这个事如果去做的话就是一个有罪推论的事情”。他说，“我实验室本来很小，
推进就很慢，这样就会干扰我实验室的正常运作。（这件事）有更好的办法可以解决。
我希望找出确凿的（细胞）污染源，这样的话别人也能做出来。””
2. 原文引用
"《知识分子》了解到，包括北京大学教授魏文胜在内的多个科学家已经在汇总各自实
验室测试NgAgo的实验数据，将在近期向《自然·生物技术》（Nature Biotechnology
）提交联名文章，反映无法重复或再现韩春雨实验结果的情况。此举或将推动学术期刊
方面启动相关调查。"
3. 原文引用
"韩春雨多次强调“大约20天左右”会有重要进展，我们拭目以待。"
4. 原文引用
“如果是假阳性，连编辑基因组这件事都不能做，我肯定撤稿，如果有部分假阳性，我
申请更正。这都是正常的，我发现实验中有问题，我就去更正，这在科学中也经常发生
。”韩春雨说。 | c********n
发帖数: 225 | 4 【记录历史】谁重复验证了NgAgo？
实例记录 - 第三类信息， 第二例
第三类“重复” 验证实验信息：实名，科研杂志发布
− 在科研杂志上实名发表的关于重复、验证NgAgo基因组编辑功能的文
章
− 需有具体实验设计流程描述，实验材料来源信息，实验数据及分析
− 需有citation link
- 需包含发布时间
- 需注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述：
- 发布方：Burgess， Cheng， et al
- 发布时间：2016年11月15日
- 发布平台：Protein & Cell
- 发布方国家：二十家中外实验室， 18所科研院校
- 发布方城市：美国及中国
- 发布方研究机构：
1.National Human Genome Research Institute, NIHBethesdaUSA
2.Division of Hematology in Department of MedicineJohns Hopkins University
School of MedicineBaltimoreUSA
3.Stem Cell Program in the Institute for Cell EngineeringJohns Hopkins
University School of MedicineBaltimoreUSA
4.Center for Vision Research, Eye HospitalWenzhou Medical
UniversityWenzhouChina
5.Stem Cell and Functional Genomics Laboratory, School of Life SciencesSun
Yat-sen UniversityGuangzhouChina
6.HIT Center of Life SciencesHarbin Institute of TechnologyHarbinChina
7.Department of Molecular, Cell and Developmental BiologyUniversity of
California Los AngelesLos AngelesUSA
8.Institute of Biochemistry and Cell Biology, Shanghai Institutes for
Biological SciencesChinese Academy of SciencesShanghaiChina
9.State Key Laboratory of Stem cell and Reproductive Biology, Institute of
ZoologyChinese Academy of SciencesBeijingChina
10.College of Chemical Biology and BiotechnologyPeking University Shenzhen
Graduate SchoolShenzhenChina
11.PKU BIOPICBeijingChina
12.BIOPIC, ICG, CLS, and School of Life SciencesPeking
UniversityBeijingChina
13.Center for Comparative Biomedicine, Institute of Systems
BiomedicineShanghai Jiao Tong UniversityShanghaiChina
14.Institute of BiophysicsChinese Academy of SciencesBeijingChina
15.Institute of Molecular MedicinePeking UniversityBeijingChina
16.College of EngineeringPeking UniversityBeijingChina
17.Laboratory of Disease Models in Non-Human Primates, Institute of
NeuroscienceShanghai Chinese Academy of SciencesShanghaiChina
18.College of Life SciencesPeking UniversityBeijingChina
- 实验室PI：多家，见文章
- NgAgo的来源：见文章
- 应用验证实验结果: 见文章
- 应用验证实验详细信息：见文章
- 实验数据发表状态：Peer reviewed publication
Link
https://link.springer.com/article/10.1007/s13238-016-0343-9
- 实验数据发表的科研杂志：Protein & Cell
编者注：
1. 这篇PC文章包含大量实验数据，对于NgAgo NBT文章的重复性，有较全面的覆盖：
NBT NgAgo 文章中的数据：
- Fig 1,2,3a/b, 4, 5, supplementary fig4 以及其他相关supplementary fig 中的
相关结果， failed to replicate
- Fig 3c, 是否和NgAgo的自身功能相关，存有较大疑问
至此，NgAgo NBT文章中所有数据及结论，都存在可疑性
2. Argonaute （Ago）protein family plays a central role in RNA silencing
processes （RNAi）
3. Function of TtAgo was described as “DNA-guided DNA interference” in
2014；（这篇PC文章成功验证了TtAgo in vitro的功能）
4. The TtAgo paper has “inspired” the creation of the 2016 NgAgo
NBT article | c********n
发帖数: 225 | 5 http://www.mitbbs.com/article0/Biology/32051025_0.html
2016.10.25
关于韩春雨NBT论文重复性的问题
【记录历史】需要记录一下：
1 沈啸老师没有原始数据，也无法重复验证NgAgo基因编辑实验
- 沈老师对于NBT论文中的数据和结论就没有发言权了
- 这样情况下，还是否应当在文章作者list上？
- 这样情况下，还是否应当在专利拥有者list上？
2. NBT文章的fig 4， fig 5 是没有人能重复出来的
- 这两个图支持 NgAgo in vivo gene editing acitivity
- 按作者贡献，是韩春雨做的实验
- 原始数据应当韩春雨拥有
3. 有没有人能够重复出来 NgAgo 的in vitro DNA nick、DSB activity？
- NBT文章的fig 1， fig 3a，b，supplementary fig 1， supplementary fig 2
- 按 文章贡献，应当是高峰做的实验
- 原始数据高峰应当拥有
- 高峰有没有自己重复过这些实验呢？
4. 有没有人能够重复出来 NgAgo 的in vivo cleavage activity？
- NBT文章的fig 3c,3d
- 按 文章贡献，应当是 F.J. and Y.W.做的实验
- 原始数据F.J. and Y.W.应当拥有
- 这个实验用western 测GFP表达量，但是没有sequence level 的数据，
如果没有Fig 3a和3b的支持，单独拿出来无法支持 in vivo DNA cleavage activity
5. 有没有人能够重复出来 NgAgo 在mammalian cell 里结合 5’p ssDNA？
- NBT文章的fig 2
- 按文章贡献，是谁做的实验？
- 原始数据谁有呢？
- 注：Fig 2d 是 “One Guide Faithful”原理， 按作者贡献，应当是韩春雨和沈啸
6. 有没有人能够复出来 NgAgo nuclear localization/DNA binding？
- NBT文章 supplementary fig 4
- 按文章贡献，是谁做的实验？
- 原始数据谁有呢？
注：DSB 和 nuclear localization/DNA binding 是 NgAgo 可以作为gene editor的必
要条件
- 这两个必要条件，有没有人能够重复出来呢？
编者注 2016.11.19，
目前网络或科研杂志上发表的数据显示
韩春雨NBT NgAgo 文章中全部数据及结论，都有可疑性 | P****R
发帖数: 22479 | 6
【在 c********n 的大作中提到】
: http://www.mitbbs.com/article0/Biology/32051025_0.html
: 2016.10.25
: 关于韩春雨NBT论文重复性的问题
: 【记录历史】需要记录一下：
: 1 沈啸老师没有原始数据，也无法重复验证NgAgo基因编辑实验
: - 沈老师对于NBT论文中的数据和结论就没有发言权了
: - 这样情况下，还是否应当在文章作者list上？
: - 这样情况下，还是否应当在专利拥有者list上？
: 2. NBT文章的fig 4， fig 5 是没有人能重复出来的
: - 这两个图支持 NgAgo in vivo gene editing acitivity
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