S*******l
发帖数: 4637 | 1 Human genome project完成了，人类的遗传编码全部搞出来了。但是为什么却没有带来
曾经希望的革命性进展？困难就在于从genetic到function之间的鸿沟。
生命是个化学现象，就是分子的互相作用。实现生物功能的基本单位之一是蛋白质，其
实就是 nanobots。
蛋白质是一个长肽链，其实就是很多碳氢氧硫磷原子的组合。这个大分子被合成出来，
就在水溶液中自动折叠成一个三维结构，就成为一个能完成特定任务的nanobot。
理论上，如果物理和数学进展足够，我们知道这个蛋白质的序列（也叫一级结构），就
能计算出他自主折叠成的三维结构，也就能立刻洞知它的功能。也就不需要十一共闫宁
那样费牛力去解结构。
这样，生物也就不需要做很多试验来苦苦收集一点一滴的碎片化的数据了。
今天我们已经能很熟练的读取，操控遗传信息，编辑DNA， RNA，能很轻易知道一个蛋
白质的一级结构，和编辑修改这个一级结构，但是，就是因为这个
巨大的知识短缺，依然无法从蛋白质一级结构确定它的三四级结构和功能，生物依然无
法摆
脱实验科学的困境。需要人类自己去做白鼠clinical trial, 也就是当代神农尝百草。
所以，该被嘲笑的不是生物，而是物理和数学的无能。 |
B*******c
发帖数: 5056 | |
S*******l
发帖数: 4637 | 3 切，明显你屁也不懂。
明白的就知道这就是目前困境的根源。
【在 B*******c 的大作中提到】
: 胡鸡巴放屁
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c***l
发帖数: 2490 | 4 理论上讲，自从狄拉克方程开始，化学上的东西理论上都是可以计算出来的。
只是计算量和计算复杂性，就不知道了。 |
c****3
发帖数: 10787 | 5 就是你们这些人，相信世界是线性的，成天缘木求鱼，妄图用数学去解决非线性问题。
说白了这些人追求的，和19世纪最流行的机械论没啥区别，都是教条主义者。
其实啥是非线性，人家早就看明白了，就是搞理论的看不明白
http://baike.baidu.com/view/392135.htm
数学是线性的（人的大脑现在只能想线性），线性是非线性世界的特例，注意，是特例 |
n*l
发帖数: 1126 | 6 一切学科的瓶颈都是因为物理数学进展停滞了，不然算算就知道了 |
S*******l
发帖数: 4637 | 7 做过modeling, 本校超级计算机吭哧吭哧，只能推算一个小分子的可能能量最小构象。
这还是加了诸多边际条件限制。
所以，目前根本做不到这个计算。
【在 c***l 的大作中提到】
: 理论上讲，自从狄拉克方程开始，化学上的东西理论上都是可以计算出来的。
: 只是计算量和计算复杂性，就不知道了。
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s*****r
发帖数: 11545 | |
b*******8
发帖数: 37364 | 9 怎么计算？三体和湍流都不能算，生物比这个复杂一万倍。 |
s*****e
发帖数: 16824 | 10 蛋白质结构应该是个np的问题，现有计算机应该没戏，只有看量子计算机能不能解决
这个问题了。
【在 S*******l 的大作中提到】
: Human genome project完成了，人类的遗传编码全部搞出来了。但是为什么却没有带来
: 曾经希望的革命性进展？困难就在于从genetic到function之间的鸿沟。
: 生命是个化学现象，就是分子的互相作用。实现生物功能的基本单位之一是蛋白质，其
: 实就是 nanobots。
: 蛋白质是一个长肽链，其实就是很多碳氢氧硫磷原子的组合。这个大分子被合成出来，
: 就在水溶液中自动折叠成一个三维结构，就成为一个能完成特定任务的nanobot。
: 理论上，如果物理和数学进展足够，我们知道这个蛋白质的序列（也叫一级结构），就
: 能计算出他自主折叠成的三维结构，也就能立刻洞知它的功能。也就不需要十一共闫宁
: 那样费牛力去解结构。
: 这样，生物也就不需要做很多试验来苦苦收集一点一滴的碎片化的数据了。
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l********e
发帖数: 3986 | 11 非线性问题也是数学概念，为何数学解决是“妄图”？
【在 c****3 的大作中提到】
: 就是你们这些人，相信世界是线性的，成天缘木求鱼，妄图用数学去解决非线性问题。
: 说白了这些人追求的，和19世纪最流行的机械论没啥区别，都是教条主义者。
: 其实啥是非线性，人家早就看明白了，就是搞理论的看不明白
: http://baike.baidu.com/view/392135.htm
: 数学是线性的（人的大脑现在只能想线性），线性是非线性世界的特例，注意，是特例
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b*******8
发帖数: 37364 | 12 进化这个东西在地球这么大的地方无数模拟计算机算了几十亿年出来的优化结果，人类
能短时间算出来？ |
l********e
发帖数: 3986 | 13 这一点一滴的收集数据正是为了理论建模打基础啊。
【在 S*******l 的大作中提到】
: Human genome project完成了，人类的遗传编码全部搞出来了。但是为什么却没有带来
: 曾经希望的革命性进展？困难就在于从genetic到function之间的鸿沟。
: 生命是个化学现象，就是分子的互相作用。实现生物功能的基本单位之一是蛋白质，其
: 实就是 nanobots。
: 蛋白质是一个长肽链，其实就是很多碳氢氧硫磷原子的组合。这个大分子被合成出来，
: 就在水溶液中自动折叠成一个三维结构，就成为一个能完成特定任务的nanobot。
: 理论上，如果物理和数学进展足够，我们知道这个蛋白质的序列（也叫一级结构），就
: 能计算出他自主折叠成的三维结构，也就能立刻洞知它的功能。也就不需要十一共闫宁
: 那样费牛力去解结构。
: 这样，生物也就不需要做很多试验来苦苦收集一点一滴的碎片化的数据了。
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c****3
发帖数: 10787 | 14 这种数学还没发明，现在打着这个旗号的，也不能解决任何问题
【在 l********e 的大作中提到】
: 非线性问题也是数学概念，为何数学解决是“妄图”？
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x********e
发帖数: 35261 | 15 不敢苟同。生物的挑战在于复杂度和随机性。生物体不是神创造的完美机器。很多信息
你可以获得，但你不知道哪些信息有用哪些信息无用，哪些看似无用的信息在特定情况
下变得有用。
说到底还是协同学的问题。
【在 S*******l 的大作中提到】
: Human genome project完成了，人类的遗传编码全部搞出来了。但是为什么却没有带来
: 曾经希望的革命性进展？困难就在于从genetic到function之间的鸿沟。
: 生命是个化学现象，就是分子的互相作用。实现生物功能的基本单位之一是蛋白质，其
: 实就是 nanobots。
: 蛋白质是一个长肽链，其实就是很多碳氢氧硫磷原子的组合。这个大分子被合成出来，
: 就在水溶液中自动折叠成一个三维结构，就成为一个能完成特定任务的nanobot。
: 理论上，如果物理和数学进展足够，我们知道这个蛋白质的序列（也叫一级结构），就
: 能计算出他自主折叠成的三维结构，也就能立刻洞知它的功能。也就不需要十一共闫宁
: 那样费牛力去解结构。
: 这样，生物也就不需要做很多试验来苦苦收集一点一滴的碎片化的数据了。
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x********e
发帖数: 35261 | 16 蛋白结构这东西本身不是特别难，关键要看溶剂。本来就没有唯一解。
象。
【在 S*******l 的大作中提到】
: 做过modeling, 本校超级计算机吭哧吭哧，只能推算一个小分子的可能能量最小构象。
: 这还是加了诸多边际条件限制。
: 所以，目前根本做不到这个计算。
|
b***y
发帖数: 14281 | 17 That's why we need quantum computing.
象。
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 11
【在 S*******l 的大作中提到】
: 做过modeling, 本校超级计算机吭哧吭哧，只能推算一个小分子的可能能量最小构象。
: 这还是加了诸多边际条件限制。
: 所以，目前根本做不到这个计算。
|
a**********u
发帖数: 28450 | 18 哥问你，“本校超级计算机”是个啥规模？为啥吭哧吭哧的？
象。
【在 S*******l 的大作中提到】
: 做过modeling, 本校超级计算机吭哧吭哧，只能推算一个小分子的可能能量最小构象。
: 这还是加了诸多边际条件限制。
: 所以，目前根本做不到这个计算。
|
e*******n
发帖数: 2178 | 19 从3级结构也不可能立刻知道功能。这里面有很多原因。
一个很简单的，蛋白质和其他大分子相互作用才能实现功能的，所以蛋白质本身并不能
完全决定自身有何功能。
【在 S*******l 的大作中提到】
: Human genome project完成了，人类的遗传编码全部搞出来了。但是为什么却没有带来
: 曾经希望的革命性进展？困难就在于从genetic到function之间的鸿沟。
: 生命是个化学现象，就是分子的互相作用。实现生物功能的基本单位之一是蛋白质，其
: 实就是 nanobots。
: 蛋白质是一个长肽链，其实就是很多碳氢氧硫磷原子的组合。这个大分子被合成出来，
: 就在水溶液中自动折叠成一个三维结构，就成为一个能完成特定任务的nanobot。
: 理论上，如果物理和数学进展足够，我们知道这个蛋白质的序列（也叫一级结构），就
: 能计算出他自主折叠成的三维结构，也就能立刻洞知它的功能。也就不需要十一共闫宁
: 那样费牛力去解结构。
: 这样，生物也就不需要做很多试验来苦苦收集一点一滴的碎片化的数据了。
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h******k
发帖数: 15372 | 20 最大是UT Austin/TACC的，其次是Purdue的，其他都是小屁屁
【在 a**********u 的大作中提到】
: 哥问你，“本校超级计算机”是个啥规模？为啥吭哧吭哧的？
:
: 象。
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a**********u
发帖数: 28450 | 21 quantum computing是不是互有得成分偏多？我听过一个生物诺奖人作的presentation,
说生物研究还处于原始阶段
【在 b***y 的大作中提到】
: That's why we need quantum computing.
:
: 象。
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 11
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a**********u
发帖数: 28450 | 22 ohio州立呢
【在 h******k 的大作中提到】
: 最大是UT Austin/TACC的，其次是Purdue的，其他都是小屁屁
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V*****2
发帖数: 7930 | 23 感觉就是医生在手术台上弄死了病人，埋怨都是麻醉师的错。 |
j******r
发帖数: 3327 | 24 多体最小能量是著名的物理NP问题。只要涉及NP，意味着房顶没什么用。只能等运气。
象。
【在 S*******l 的大作中提到】
: 做过modeling, 本校超级计算机吭哧吭哧，只能推算一个小分子的可能能量最小构象。
: 这还是加了诸多边际条件限制。
: 所以，目前根本做不到这个计算。
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j******r
发帖数: 3327 | 25 量子计算机解决不了NP问题
【在 s*****e 的大作中提到】
: 蛋白质结构应该是个np的问题，现有计算机应该没戏，只有看量子计算机能不能解决
: 这个问题了。
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a**********u
发帖数: 28450 | 26 群P已经很厉害了，你还整个NP!
【在 j******r 的大作中提到】
: 多体最小能量是著名的物理NP问题。只要涉及NP，意味着房顶没什么用。只能等运气。
:
: 象。
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e*******n
发帖数: 4912 | 27 薛定谔就行了
你算什么生化反应需要用到相对论效应?
【在 c***l 的大作中提到】
: 理论上讲，自从狄拉克方程开始，化学上的东西理论上都是可以计算出来的。
: 只是计算量和计算复杂性，就不知道了。
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c***l
发帖数: 2490 | 28 狄拉克在1929年说：“大部分物理学和整个化学的数学理论所需要的基本物理学定律就
这样完全知道了，困难只是这些定律的应用带来了太复杂的计算，现在还没法解决。”
不是我说的，是狄拉克说的。
【在 e*******n 的大作中提到】
: 薛定谔就行了
: 你算什么生化反应需要用到相对论效应?
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d*******g
发帖数: 8992 | 29 有一定的道理，生物的发展从来都是靠的物理、化学、数学和计算机的发展 |
m**********e
发帖数: 12525 | 30 码农动不动什么都是NP,马勒个巴子你懂个屁,
就蛋白质这点分子数,最小能量算个屁啊,你算过没有啊,肏,这点分子量用
模拟退火,瞬间可得到全局能量最低,即使分子动力学模拟也毫无压力
问题蛋白质根本不是全局能量最低,甚至连平衡态都不是,根本不能用
平衡态的办法来解决
【在 j******r 的大作中提到】
: 多体最小能量是著名的物理NP问题。只要涉及NP，意味着房顶没什么用。只能等运气。
:
: 象。
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n*******4
发帖数: 2285 | 31 氢分子就两个原子, 用量子力学算出的氢分子键能和实验值还有10%的差距。大分子蛋
白纯用量子力学算三维结构没戏。更甭提测不准原理和蝴蝶效应。
【在 S*******l 的大作中提到】
: Human genome project完成了，人类的遗传编码全部搞出来了。但是为什么却没有带来
: 曾经希望的革命性进展？困难就在于从genetic到function之间的鸿沟。
: 生命是个化学现象，就是分子的互相作用。实现生物功能的基本单位之一是蛋白质，其
: 实就是 nanobots。
: 蛋白质是一个长肽链，其实就是很多碳氢氧硫磷原子的组合。这个大分子被合成出来，
: 就在水溶液中自动折叠成一个三维结构，就成为一个能完成特定任务的nanobot。
: 理论上，如果物理和数学进展足够，我们知道这个蛋白质的序列（也叫一级结构），就
: 能计算出他自主折叠成的三维结构，也就能立刻洞知它的功能。也就不需要十一共闫宁
: 那样费牛力去解结构。
: 这样，生物也就不需要做很多试验来苦苦收集一点一滴的碎片化的数据了。
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j******r
发帖数: 3327 | 32 我承认我其实不知道你们的计算和我说的是否一回事。不过你要说算法、数值计算你在
CS面前就班门弄斧了。
如果只有几个零部件。NP不是个事。现在问的是如果是几万、几十万、几百万个部件怎
么办。
启发式如果能够解决NP问题你现在已经不存在。SkyNet早送你上极乐世界享福去了。
【在 m**********e 的大作中提到】
: 码农动不动什么都是NP,马勒个巴子你懂个屁,
: 就蛋白质这点分子数,最小能量算个屁啊,你算过没有啊,肏,这点分子量用
: 模拟退火,瞬间可得到全局能量最低,即使分子动力学模拟也毫无压力
: 问题蛋白质根本不是全局能量最低,甚至连平衡态都不是,根本不能用
: 平衡态的办法来解决
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m**********e
发帖数: 12525 | 33 所以不懂就少说几句
无论DNA还是蛋白质,分子量就这么一点,如果只考虑DNA或者蛋白质处在平衡态,
用模拟退火算法用一台普通单机超级计算机,全局极小可以在几秒钟之内得到
如果你用分子动力学从头算法模拟,全局极小也可以在数小时内得到
无论理论还是技术根本不是问题
妈的,问题是蛋白质的folding不是热平衡态,究竟这个动力学过程怎么样,谁都不知道,
你叽歪个NP个鸟鸟
【在 j******r 的大作中提到】
: 我承认我其实不知道你们的计算和我说的是否一回事。不过你要说算法、数值计算你在
: CS面前就班门弄斧了。
: 如果只有几个零部件。NP不是个事。现在问的是如果是几万、几十万、几百万个部件怎
: 么办。
: 启发式如果能够解决NP问题你现在已经不存在。SkyNet早送你上极乐世界享福去了。
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x********e
发帖数: 35261 | 34 丫就是个装逼货，走哪个楼里都要扯几句np
【在 m**********e 的大作中提到】
: 所以不懂就少说几句
: 无论DNA还是蛋白质,分子量就这么一点,如果只考虑DNA或者蛋白质处在平衡态,
: 用模拟退火算法用一台普通单机超级计算机,全局极小可以在几秒钟之内得到
: 如果你用分子动力学从头算法模拟,全局极小也可以在数小时内得到
: 无论理论还是技术根本不是问题
: 妈的,问题是蛋白质的folding不是热平衡态,究竟这个动力学过程怎么样,谁都不知道,
: 你叽歪个NP个鸟鸟
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j******r
发帖数: 3327 | 35 我读过几句。这个不是热平衡态是不是因为不是“最低能级”。所以老在变（找最低能
级）。
这就是NP的精妙。大自然解决不了NP问题（也是在不断搜索/计算）。如果有一个自然
过程能解NP问题。NP对人类就不是问题。把所有NP问题map到哪个自然过程就可以了。
我说的如果“这么一点”数手指头可能都能数出来。如果蛋白质有几万、几十万、几百
万个氨基酸怎么办？
【在 m**********e 的大作中提到】
: 所以不懂就少说几句
: 无论DNA还是蛋白质,分子量就这么一点,如果只考虑DNA或者蛋白质处在平衡态,
: 用模拟退火算法用一台普通单机超级计算机,全局极小可以在几秒钟之内得到
: 如果你用分子动力学从头算法模拟,全局极小也可以在数小时内得到
: 无论理论还是技术根本不是问题
: 妈的,问题是蛋白质的folding不是热平衡态,究竟这个动力学过程怎么样,谁都不知道,
: 你叽歪个NP个鸟鸟
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m**********e
发帖数: 12525 | 36 放屁
氨基酸链folding后config屈指可数,肏,根本不是NP问题
【在 j******r 的大作中提到】
: 我读过几句。这个不是热平衡态是不是因为不是“最低能级”。所以老在变（找最低能
: 级）。
: 这就是NP的精妙。大自然解决不了NP问题（也是在不断搜索/计算）。如果有一个自然
: 过程能解NP问题。NP对人类就不是问题。把所有NP问题map到哪个自然过程就可以了。
: 我说的如果“这么一点”数手指头可能都能数出来。如果蛋白质有几万、几十万、几百
: 万个氨基酸怎么办？
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m**********e
发帖数: 12525 | 37 现在知道的是,这个DNA链对应那个氨基酸链
但是为什么那个氨基酸链会这样folding成为那个特定功能的蛋白质
一句话,这不是计算问题,是动力学问题
知道吗?是动力学问题,我们不知道的,是动力学,不是算力 |
n*******4
发帖数: 2285 | 38 你这种几秒钟完成的计算用的是简化过的原子之间的作用模型。蛋白质成千上万个原子
, 用简化过的模型去算, 差之毫厘, 结果会失之千里。
【在 m**********e 的大作中提到】
: 所以不懂就少说几句
: 无论DNA还是蛋白质,分子量就这么一点,如果只考虑DNA或者蛋白质处在平衡态,
: 用模拟退火算法用一台普通单机超级计算机,全局极小可以在几秒钟之内得到
: 如果你用分子动力学从头算法模拟,全局极小也可以在数小时内得到
: 无论理论还是技术根本不是问题
: 妈的,问题是蛋白质的folding不是热平衡态,究竟这个动力学过程怎么样,谁都不知道,
: 你叽歪个NP个鸟鸟
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c****3
发帖数: 10787 | 39 你一个做IT的，怎么基本道理都想不明白。
假如某个华为屌丝设计的手机，某天落到技术落后的汪星人手里，汪星人比人类落后，
才开始用数学理解世界的阶段，认为这个世界万物都是按照数学规律运行的。
华为屌丝手机，里面的所有东西，对这个汪星人都是数学不可解的非线性问题。包括华
为屌丝根据自己喜好设计的UI界面。汪星人想破脑子，也找不到办法用数学描述这个手
机里面的东西。
【在 j******r 的大作中提到】
: 我读过几句。这个不是热平衡态是不是因为不是“最低能级”。所以老在变（找最低能
: 级）。
: 这就是NP的精妙。大自然解决不了NP问题（也是在不断搜索/计算）。如果有一个自然
: 过程能解NP问题。NP对人类就不是问题。把所有NP问题map到哪个自然过程就可以了。
: 我说的如果“这么一点”数手指头可能都能数出来。如果蛋白质有几万、几十万、几百
: 万个氨基酸怎么办？
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x********e
发帖数: 35261 | 40 蛋白质折叠主要还是按domain。local折叠结构就是几秒钟的事。最讨厌的是
unstructured domain和不存在功能的hinge domain
【在 n*******4 的大作中提到】
: 你这种几秒钟完成的计算用的是简化过的原子之间的作用模型。蛋白质成千上万个原子
: , 用简化过的模型去算, 差之毫厘, 结果会失之千里。
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j******r
发帖数: 3327 | 41 我的数学都是体育老师教的。实在不明白你的非线性指的是什么？感觉就是汪星人能做
的就是线性的。不能做的就是非线性的。
【在 c****3 的大作中提到】
: 你一个做IT的，怎么基本道理都想不明白。
: 假如某个华为屌丝设计的手机，某天落到技术落后的汪星人手里，汪星人比人类落后，
: 才开始用数学理解世界的阶段，认为这个世界万物都是按照数学规律运行的。
: 华为屌丝手机，里面的所有东西，对这个汪星人都是数学不可解的非线性问题。包括华
: 为屌丝根据自己喜好设计的UI界面。汪星人想破脑子，也找不到办法用数学描述这个手
: 机里面的东西。
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j******r
发帖数: 3327 | 42 他们的问题在于不知道哪些简化。就知道有了一个（简化）的工具就觉得很简单。然后
拼命往里面塞东西看掉什么出来。和搞“大数据”、“深度学习”那帮人一样。
【在 n*******4 的大作中提到】
: 你这种几秒钟完成的计算用的是简化过的原子之间的作用模型。蛋白质成千上万个原子
: , 用简化过的模型去算, 差之毫厘, 结果会失之千里。
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c****3
发帖数: 10787 | 43 这么简单，比如说我做UI，OK键在Cancel键的左边，另一个人做UI，OK键在Cancel键的
右边，为啥这样，因为一个是Windows的设计，一个是Mac的设计。
这就是非线性问题，你能找到什么数学规律，描述我为啥这么设计。反正这么设计能工
作就行了。
你因为知道人类IT所有历史，知道这么设计的原因。对一个啥也不知道，技术落后，而
且数学工具和人类也不同的汪星人，所有都和天书一样
【在 j******r 的大作中提到】
: 我的数学都是体育老师教的。实在不明白你的非线性指的是什么？感觉就是汪星人能做
: 的就是线性的。不能做的就是非线性的。
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j******r
发帖数: 3327 | 44 你这个数学上早有讨论。在图灵神教里，世间万物包括设计都是可以编码，都是可以计
算的。为什么设计者只知道一种设计不知道可以放另一边才是一个问题。
【在 c****3 的大作中提到】
: 这么简单，比如说我做UI，OK键在Cancel键的左边，另一个人做UI，OK键在Cancel键的
: 右边，为啥这样，因为一个是Windows的设计，一个是Mac的设计。
: 这就是非线性问题，你能找到什么数学规律，描述我为啥这么设计。反正这么设计能工
: 作就行了。
: 你因为知道人类IT所有历史，知道这么设计的原因。对一个啥也不知道，技术落后，而
: 且数学工具和人类也不同的汪星人，所有都和天书一样
|
c****3
发帖数: 10787 | 45 这是你自己愿意相信，其实没多少人相信这些。
我前面已经贴了非线性定义的wiki，人家对这个世界是什么看的很清楚
【在 j******r 的大作中提到】
: 你这个数学上早有讨论。在图灵神教里，世间万物包括设计都是可以编码，都是可以计
: 算的。为什么设计者只知道一种设计不知道可以放另一边才是一个问题。
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n*******4
发帖数: 2285 | 46 蛋白质折叠肯定是各个domain先local折叠，然后象串在一起的多个子分子（domain）
相互作用再次折叠。问题就在于多个domain再次折叠时相互作用十分复杂。比如范德华
尔斯力和水的极性都有很好很精确的计算模型吗？以前超级计算机一个蛋白要算几个月
到一年，结果也不一定对。
【在 x********e 的大作中提到】
: 蛋白质折叠主要还是按domain。local折叠结构就是几秒钟的事。最讨厌的是
: unstructured domain和不存在功能的hinge domain
|
x********e
发帖数: 35261 | 47 多个domain的蛋白大部分情况下都不止一个结构，还有什么好算的
【在 n*******4 的大作中提到】
: 蛋白质折叠肯定是各个domain先local折叠，然后象串在一起的多个子分子（domain）
: 相互作用再次折叠。问题就在于多个domain再次折叠时相互作用十分复杂。比如范德华
: 尔斯力和水的极性都有很好很精确的计算模型吗？以前超级计算机一个蛋白要算几个月
: 到一年，结果也不一定对。
|
T*******v
发帖数: 581 | 48 千老不少啊
【在 x********e 的大作中提到】
: 多个domain的蛋白大部分情况下都不止一个结构，还有什么好算的
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x****6
发帖数: 4339 | 49 我同意你目前还没有能够很好解决生物学问题的数学，但是我想它应该是存在的，就像
物理为很多数学分支的诞生产生诱导作用，生物将来也有这个可能。
生物在分子网络和生理的层次上的本质是一个非平衡的动态系统，物理里的统计力学其
实能够提供比叫好的框架，可以非平衡太的统计力学在物理也是前沿。
【在 c****3 的大作中提到】
: 你一个做IT的，怎么基本道理都想不明白。
: 假如某个华为屌丝设计的手机，某天落到技术落后的汪星人手里，汪星人比人类落后，
: 才开始用数学理解世界的阶段，认为这个世界万物都是按照数学规律运行的。
: 华为屌丝手机，里面的所有东西，对这个汪星人都是数学不可解的非线性问题。包括华
: 为屌丝根据自己喜好设计的UI界面。汪星人想破脑子，也找不到办法用数学描述这个手
: 机里面的东西。
|
n*******4
发帖数: 2285 | 50 很多重要的蛋白就是在多个稳定结构之间来回转换来实现功能的。算可以算有哪几种稳
定结构， 和如何装换的， 比如和别的什么蛋白或分子结合。多domain和多蛋白结合实
际是一回事。就是很难算。
【在 x********e 的大作中提到】
: 多个domain的蛋白大部分情况下都不止一个结构，还有什么好算的
|
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x****6
发帖数: 4339 | 51 生命的复杂其实还不止表现在单个分子层面。有多个蛋白/大分子构成的网络系统一般
生成emergent property。生命最奇妙的部分往往在这里出现。
【在 n*******4 的大作中提到】
: 很多重要的蛋白就是在多个稳定结构之间来回转换来实现功能的。算可以算有哪几种稳
: 定结构， 和如何装换的， 比如和别的什么蛋白或分子结合。多domain和多蛋白结合实
: 际是一回事。就是很难算。
|
x********e
发帖数: 35261 | 52 这就不叫稳定结构了。不同构象依赖的是不同的溶剂/binding factor，不是蛋白本身
的问题。你怎么计算？
【在 n*******4 的大作中提到】
: 很多重要的蛋白就是在多个稳定结构之间来回转换来实现功能的。算可以算有哪几种稳
: 定结构， 和如何装换的， 比如和别的什么蛋白或分子结合。多domain和多蛋白结合实
: 际是一回事。就是很难算。
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p********e
发帖数: 6030 | 53 说了半天，还是搞生物的无能啊，搞了半天那就是盲人摸象啥几把也不懂啊。
【在 S*******l 的大作中提到】
: Human genome project完成了，人类的遗传编码全部搞出来了。但是为什么却没有带来
: 曾经希望的革命性进展？困难就在于从genetic到function之间的鸿沟。
: 生命是个化学现象，就是分子的互相作用。实现生物功能的基本单位之一是蛋白质，其
: 实就是 nanobots。
: 蛋白质是一个长肽链，其实就是很多碳氢氧硫磷原子的组合。这个大分子被合成出来，
: 就在水溶液中自动折叠成一个三维结构，就成为一个能完成特定任务的nanobot。
: 理论上，如果物理和数学进展足够，我们知道这个蛋白质的序列（也叫一级结构），就
: 能计算出他自主折叠成的三维结构，也就能立刻洞知它的功能。也就不需要十一共闫宁
: 那样费牛力去解结构。
: 这样，生物也就不需要做很多试验来苦苦收集一点一滴的碎片化的数据了。
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n*******4
发帖数: 2285 | 54 蛋白结合一个binding factor，构型发生变化，这和同一个蛋白里不同domain彼此
binding折叠是一回事。后者能算，前者就能算。溶剂也类似。我的论点是这些计算纯
从量子力学出发几乎不可能算出来的，能算出来的是特例。从实测出来的蛋白或domain
的三维结构出发，做一定推演，半经验方法还是可行的。
【在 x********e 的大作中提到】
: 这就不叫稳定结构了。不同构象依赖的是不同的溶剂/binding factor，不是蛋白本身
: 的问题。你怎么计算？
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m**********e
发帖数: 12525 | 55 分子动力学模拟理论上不满足各态历经
算出来的结果,理论上不一定正确
当然,现在几乎所有商业计算软件都是分子动力学模拟,你们学生物的反正也不懂这个,
丫也不会告诉你们各态历经的麻烦
所以,即使你用量子力学考虑了全部细节,数学上,结果也很可能是错的
domain
【在 n*******4 的大作中提到】
: 蛋白结合一个binding factor，构型发生变化，这和同一个蛋白里不同domain彼此
: binding折叠是一回事。后者能算，前者就能算。溶剂也类似。我的论点是这些计算纯
: 从量子力学出发几乎不可能算出来的，能算出来的是特例。从实测出来的蛋白或domain
: 的三维结构出发，做一定推演，半经验方法还是可行的。
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x********e
发帖数: 35261 | 56 binding factor提供氢键导致构象改变。1+1=2不是1=2。你设定一种溶剂，当然就可以
算出一个结果。但实际细胞并不是单一溶剂，所以根本就没有固定构象。
domain
【在 n*******4 的大作中提到】
: 蛋白结合一个binding factor，构型发生变化，这和同一个蛋白里不同domain彼此
: binding折叠是一回事。后者能算，前者就能算。溶剂也类似。我的论点是这些计算纯
: 从量子力学出发几乎不可能算出来的，能算出来的是特例。从实测出来的蛋白或domain
: 的三维结构出发，做一定推演，半经验方法还是可行的。
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x****6
发帖数: 4339 | 57 按你和么说过，所有解出来的结构都是废品，因为跟在体的构型不一样。一一工燕宁哭
晕在厕所。
【在 x********e 的大作中提到】
: binding factor提供氢键导致构象改变。1+1=2不是1=2。你设定一种溶剂，当然就可以
: 算出一个结果。但实际细胞并不是单一溶剂，所以根本就没有固定构象。
:
: domain
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x********e
发帖数: 35261 | 58 我们之前说的是多domain大分子。解单一domain怎么会是废品呢？
【在 x****6 的大作中提到】
: 按你和么说过，所有解出来的结构都是废品，因为跟在体的构型不一样。一一工燕宁哭
: 晕在厕所。
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c****3
发帖数: 10787 | 59 这玩意人类现在没有发明，你也不能叫它数学。
生物是有规律的，只是没有找到如何解决。但是未来解决这个问题的工具，谁知道是什
么，你也不能把所有未来的工具都叫做数学。
【在 x****6 的大作中提到】
: 我同意你目前还没有能够很好解决生物学问题的数学，但是我想它应该是存在的，就像
: 物理为很多数学分支的诞生产生诱导作用，生物将来也有这个可能。
: 生物在分子网络和生理的层次上的本质是一个非平衡的动态系统，物理里的统计力学其
: 实能够提供比叫好的框架，可以非平衡太的统计力学在物理也是前沿。
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x****6
发帖数: 4339 | 60 很多结构都不是单一domain的。比如现在越来越流行的cryoEM,都是瞄准大型蛋白复合
物。比如一一工号称最牛工作的剪接体。
你怎么说？
【在 x********e 的大作中提到】
: 我们之前说的是多domain大分子。解单一domain怎么会是废品呢？
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n*******4
发帖数: 2285 | 61 几百个氨基酸的组合可能性是超级天文数字， 而现在发现的蛋白就是几十万种。能在
常温水中形成稳定结构（不一定唯一）是蛋白质的重要特性。无稳定结构，就难于产生
稳定功能， 会被进化淘汰。但近年是发现一些多肽无稳定结构，但有生物功能，不过
这是特例。
【在 x********e 的大作中提到】
: binding factor提供氢键导致构象改变。1+1=2不是1=2。你设定一种溶剂，当然就可以
: 算出一个结果。但实际细胞并不是单一溶剂，所以根本就没有固定构象。
:
: domain
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n*******4
发帖数: 2285 | 62 我前面说过，两个最最简单的氢原子结合成氢分子， 其共价键键能用量子力学都算不
准确（10%误差，多年前学结构化学课时的结论，不知近年是否有提高。） 拿来算成千
上万个原子的大分子蛋白，其准确性完全值得怀疑。蛋白折叠是个动态过程，结果往往
是局域能量最小，而不是全局最小。全局最小没有可实现的途径，这就是你说的--分子
动力学模拟理论上不满足各态历经。
PS.本人当年是学物理的。
【在 m**********e 的大作中提到】
: 分子动力学模拟理论上不满足各态历经
: 算出来的结果,理论上不一定正确
: 当然,现在几乎所有商业计算软件都是分子动力学模拟,你们学生物的反正也不懂这个,
: 丫也不会告诉你们各态历经的麻烦
: 所以,即使你用量子力学考虑了全部细节,数学上,结果也很可能是错的
:
: domain
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m**********e
发帖数: 12525 | 63 满足各态历经的全局极小算法多得是,当然分子动力学模拟除外,
你不懂而已
【在 n*******4 的大作中提到】
: 我前面说过，两个最最简单的氢原子结合成氢分子， 其共价键键能用量子力学都算不
: 准确（10%误差，多年前学结构化学课时的结论，不知近年是否有提高。） 拿来算成千
: 上万个原子的大分子蛋白，其准确性完全值得怀疑。蛋白折叠是个动态过程，结果往往
: 是局域能量最小，而不是全局最小。全局最小没有可实现的途径，这就是你说的--分子
: 动力学模拟理论上不满足各态历经。
: PS.本人当年是学物理的。
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n*******4
发帖数: 2285 | 64 生物上的自然算法就根本不需要各态历经的。 只要有一个局域的能量梯度的感应加反
馈机制就行。
【在 m**********e 的大作中提到】
: 满足各态历经的全局极小算法多得是,当然分子动力学模拟除外,
: 你不懂而已
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m**********e
发帖数: 12525 | 65 你妈的,不满足各态历经的算法是错误的
各态历经指的是算法得到的结果是否符合实验
【在 n*******4 的大作中提到】
: 生物上的自然算法就根本不需要各态历经的。 只要有一个局域的能量梯度的感应加反
: 馈机制就行。
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n*******4
发帖数: 2285 | 66 那我问你遗传算法是各态历经的嘛？生物上天天在用。
【在 m**********e 的大作中提到】
: 你妈的,不满足各态历经的算法是错误的
: 各态历经指的是算法得到的结果是否符合实验
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x********e
发帖数: 35261 | 67 最简单的例子，unstructured domain，比如tau protein
【在 n*******4 的大作中提到】
: 几百个氨基酸的组合可能性是超级天文数字， 而现在发现的蛋白就是几十万种。能在
: 常温水中形成稳定结构（不一定唯一）是蛋白质的重要特性。无稳定结构，就难于产生
: 稳定功能， 会被进化淘汰。但近年是发现一些多肽无稳定结构，但有生物功能，不过
: 这是特例。
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r******y
发帖数: 3838 | 68 你的大脑线性都不如，只会在一个点上转。
【在 c****3 的大作中提到】
: 就是你们这些人，相信世界是线性的，成天缘木求鱼，妄图用数学去解决非线性问题。
: 说白了这些人追求的，和19世纪最流行的机械论没啥区别，都是教条主义者。
: 其实啥是非线性，人家早就看明白了，就是搞理论的看不明白
: http://baike.baidu.com/view/392135.htm
: 数学是线性的（人的大脑现在只能想线性），线性是非线性世界的特例，注意，是特例
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T*******e
发帖数: 249 | 69 谁告诉你数学是线性的？又是谁告诉你我们相信世界是线性的了？真是无知无畏张嘴就
来。
【在 c****3 的大作中提到】
: 就是你们这些人，相信世界是线性的，成天缘木求鱼，妄图用数学去解决非线性问题。
: 说白了这些人追求的，和19世纪最流行的机械论没啥区别，都是教条主义者。
: 其实啥是非线性，人家早就看明白了，就是搞理论的看不明白
: http://baike.baidu.com/view/392135.htm
: 数学是线性的（人的大脑现在只能想线性），线性是非线性世界的特例，注意，是特例
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T*******x
发帖数: 8565 | 70 有道理。
【在 S*******l 的大作中提到】
: Human genome project完成了，人类的遗传编码全部搞出来了。但是为什么却没有带来
: 曾经希望的革命性进展？困难就在于从genetic到function之间的鸿沟。
: 生命是个化学现象，就是分子的互相作用。实现生物功能的基本单位之一是蛋白质，其
: 实就是 nanobots。
: 蛋白质是一个长肽链，其实就是很多碳氢氧硫磷原子的组合。这个大分子被合成出来，
: 就在水溶液中自动折叠成一个三维结构，就成为一个能完成特定任务的nanobot。
: 理论上，如果物理和数学进展足够，我们知道这个蛋白质的序列（也叫一级结构），就
: 能计算出他自主折叠成的三维结构，也就能立刻洞知它的功能。也就不需要十一共闫宁
: 那样费牛力去解结构。
: 这样，生物也就不需要做很多试验来苦苦收集一点一滴的碎片化的数据了。
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j**u
发帖数: 1325 | |
m*****u
发帖数: 1727 | 72 文科生？牛顿力学机械决定论的梗还在背？
知道什么是薛定尔方程么？知道波函数么？知道什么是波粒二象性么？知道几率么？以
为什么都能计算？太可笑了
【在 S*******l 的大作中提到】
: Human genome project完成了，人类的遗传编码全部搞出来了。但是为什么却没有带来
: 曾经希望的革命性进展？困难就在于从genetic到function之间的鸿沟。
: 生命是个化学现象，就是分子的互相作用。实现生物功能的基本单位之一是蛋白质，其
: 实就是 nanobots。
: 蛋白质是一个长肽链，其实就是很多碳氢氧硫磷原子的组合。这个大分子被合成出来，
: 就在水溶液中自动折叠成一个三维结构，就成为一个能完成特定任务的nanobot。
: 理论上，如果物理和数学进展足够，我们知道这个蛋白质的序列（也叫一级结构），就
: 能计算出他自主折叠成的三维结构，也就能立刻洞知它的功能。也就不需要十一共闫宁
: 那样费牛力去解结构。
: 这样，生物也就不需要做很多试验来苦苦收集一点一滴的碎片化的数据了。
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b****e
发帖数: 906 | 73 这是何方神圣？现在的量子化学计算还不能解决两个氢分子的问题还是去死吧。FCI
【在 n*******4 的大作中提到】
: 氢分子就两个原子, 用量子力学算出的氢分子键能和实验值还有10%的差距。大分子蛋
: 白纯用量子力学算三维结构没戏。更甭提测不准原理和蝴蝶效应。
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m*k
发帖数: 245 | 74 分子动力学无压力？最快的计算机模拟几十个氨基酸的小蛋白也就模拟到毫秒级吧，几
百个氨基酸的大蛋白质分子还是没戏
氨基酸的小
【在 m**********e 的大作中提到】
: 码农动不动什么都是NP,马勒个巴子你懂个屁,
: 就蛋白质这点分子数,最小能量算个屁啊,你算过没有啊,肏,这点分子量用
: 模拟退火,瞬间可得到全局能量最低,即使分子动力学模拟也毫无压力
: 问题蛋白质根本不是全局能量最低,甚至连平衡态都不是,根本不能用
: 平衡态的办法来解决
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s**********e
发帖数: 33562 | 75 如果数学物理什么东西都给你算好了，那还要生物学家干啥？呵呵。
【在 S*******l 的大作中提到】
: Human genome project完成了，人类的遗传编码全部搞出来了。但是为什么却没有带来
: 曾经希望的革命性进展？困难就在于从genetic到function之间的鸿沟。
: 生命是个化学现象，就是分子的互相作用。实现生物功能的基本单位之一是蛋白质，其
: 实就是 nanobots。
: 蛋白质是一个长肽链，其实就是很多碳氢氧硫磷原子的组合。这个大分子被合成出来，
: 就在水溶液中自动折叠成一个三维结构，就成为一个能完成特定任务的nanobot。
: 理论上，如果物理和数学进展足够，我们知道这个蛋白质的序列（也叫一级结构），就
: 能计算出他自主折叠成的三维结构，也就能立刻洞知它的功能。也就不需要十一共闫宁
: 那样费牛力去解结构。
: 这样，生物也就不需要做很多试验来苦苦收集一点一滴的碎片化的数据了。
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s*****t
发帖数: 142 | 76 赞同
：Human genome project完成了，人类的遗传编码全部搞出来了。但是为什么却没有带
来曾经希望的革命性进展？困难就在于从genetic到function之间的鸿沟。
：生命是个化学现象，就是分子的互相作用。实现生物功能的基本单位之一是蛋白质，
其实就是 nanobots。
：蛋白质是一个长肽链，其实就是很多碳氢氧硫磷原子的组合。这个大分子被合成出来
，就在水溶液中自动折叠成一个三维结构，就成为一个能完成特定任务的nanobot。
：理论上，如果物理和数学进展足够，我们知道这个蛋白质的序列（也叫一级结构），
就能计算出他自主折叠成的三维结构，也就能立刻洞知它的功能。也就不需要十一共闫
宁那样费牛力去解结构。
：这样，生物也就不需要做很多试验来苦苦收集一点一滴的碎片化的数据了。
：今天我们已经能很熟练的读取，操控遗传信息，编辑DNA， RNA，能很轻易知道一个蛋
：白质的一级结构，和编辑修改这个一级结构，但是，就是因为这个
：巨大的知识短缺，依然无法从蛋白质一级结构确定它的三四级结构和功能，生物依然
无法摆
：脱实验科学的困境。需要人类自己去做白鼠clinical trial, 也就是当代神农尝百草。
：所以，该被嘲笑的不是生物，而是物理和数学的无能。
【在 S*******l 的大作中提到】
: 做过modeling, 本校超级计算机吭哧吭哧，只能推算一个小分子的可能能量最小构象。
: 这还是加了诸多边际条件限制。
: 所以，目前根本做不到这个计算。
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E****a
发帖数: 3088 | |
n*******4
发帖数: 2285 | 78 http://ocw.mit.edu/courses/chemistry/5-73-introductory-quantum-
能给出合理作用势能曲线的VB模型算出来氢分子共价键键能是5.2eV, 实验值是4.75eV
， 差9.5%。
就是这个VB模型拿来算其它复杂分子都嫌太复杂，不实用， 别说拿来算蛋白质了。
“However, despite the benefits
of a VB approach, the exponential amount of time one must invest to
do these calculations means that they will never be practical for
molecules most people are interested in.”
拿你的数据吧。
【在 b****e 的大作中提到】
: 这是何方神圣？现在的量子化学计算还不能解决两个氢分子的问题还是去死吧。FCI
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h***n
发帖数: 1600 | |
m******3
发帖数: 296 | 80 怪XX领域有什么用？做生物的是人，做数学和物理的就不是人？还是说那些做生物的人
如果当初做物理就能解决了这些问题？
明明卖的是茶叶蛋，非要去操卖白粉的心。 |
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b****e
发帖数: 906 | 81 ab initio, 不要用模型
75eV
【在 n*******4 的大作中提到】
: http://ocw.mit.edu/courses/chemistry/5-73-introductory-quantum-
: 能给出合理作用势能曲线的VB模型算出来氢分子共价键键能是5.2eV, 实验值是4.75eV
: ， 差9.5%。
: 就是这个VB模型拿来算其它复杂分子都嫌太复杂，不实用， 别说拿来算蛋白质了。
: “However, despite the benefits
: of a VB approach, the exponential amount of time one must invest to
: do these calculations means that they will never be practical for
: molecules most people are interested in.”
: 拿你的数据吧。
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x****6
发帖数: 4339 | 82 或者行业出的伟人主要是物理家训练出身，比如发现DNA双螺旋选结构的华生克里克，
还有薛定谔这个物理学家，也到生物里打了一瓶酱油，于是成了生物学伟人，因为他写
了一本书what is life?
其实生物还是有伟人的，但不是严格的科学家定义，像达尔文、华莱士，还有左逼们喜
闻乐见的灵长类动物学家简古朵。这一路叫做博物学家（naturalists）。他们的伟大
在于在人类和大自然之间建立美好的联系并通过对大自然的观察来认识人性，本质上是
文科。
【在 h***n 的大作中提到】
: 关键还是这个行业不像物理学没有出什么伟人
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m**********e
发帖数: 12525 | 83 你自己算过没有啊?
你说的是模型的问题,不是算力的问题,虽然结果不对,但是至于算力,都是一秒钟
解决.
分子动力学模拟的问题是可调参数太多,而且谁也不知道该取哪个值,比如你计算
溶液中情况,这van der waals参数怎么取?他妈的谁都不知道,只能瞎搞,瞎搞的话
分子量少没问题,总可以凑成一样的,分子量一大就完蛋了,要凑的太多
75eV
【在 n*******4 的大作中提到】
: http://ocw.mit.edu/courses/chemistry/5-73-introductory-quantum-
: 能给出合理作用势能曲线的VB模型算出来氢分子共价键键能是5.2eV, 实验值是4.75eV
: ， 差9.5%。
: 就是这个VB模型拿来算其它复杂分子都嫌太复杂，不实用， 别说拿来算蛋白质了。
: “However, despite the benefits
: of a VB approach, the exponential amount of time one must invest to
: do these calculations means that they will never be practical for
: molecules most people are interested in.”
: 拿你的数据吧。
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n*******4
发帖数: 2285 | 84 这你和我观点就基本一致了。当年修结构化学课时算过的。
【在 m**********e 的大作中提到】
: 你自己算过没有啊?
: 你说的是模型的问题,不是算力的问题,虽然结果不对,但是至于算力,都是一秒钟
: 解决.
: 分子动力学模拟的问题是可调参数太多,而且谁也不知道该取哪个值,比如你计算
: 溶液中情况,这van der waals参数怎么取?他妈的谁都不知道,只能瞎搞,瞎搞的话
: 分子量少没问题,总可以凑成一样的,分子量一大就完蛋了,要凑的太多
:
: 75eV
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D*******o
发帖数: 3229 | 85 原来学生物的要知道这么深奥的数学。可笑我一个学流体力学的井底之蛙，读书时还总
给生物系的妹妹们辅导微积分啥的，难怪一个都没泡成。 |
s*****j
发帖数: 6435 | 86 曾经有个生物系的姐姐问我: 你知道哥得巴赫猜想吧?
我说知道呀.
她说, 哥得巴赫猜想 是 1+1=2, 那么在二进制里, 1+1 =10, 是不是哥得巴赫猜想就
不成立了?
【在 D*******o 的大作中提到】
: 原来学生物的要知道这么深奥的数学。可笑我一个学流体力学的井底之蛙，读书时还总
: 给生物系的妹妹们辅导微积分啥的，难怪一个都没泡成。
|
i*******n
发帖数: 13 | 87 google 'hydrogen molecule' + 'QED'
https://www.researchgate.net/publication/263785158_The_H2_Molec
QED_and_Varying_Constants
75eV
【在 n*******4 的大作中提到】
: http://ocw.mit.edu/courses/chemistry/5-73-introductory-quantum-
: 能给出合理作用势能曲线的VB模型算出来氢分子共价键键能是5.2eV, 实验值是4.75eV
: ， 差9.5%。
: 就是这个VB模型拿来算其它复杂分子都嫌太复杂，不实用， 别说拿来算蛋白质了。
: “However, despite the benefits
: of a VB approach, the exponential amount of time one must invest to
: do these calculations means that they will never be practical for
: molecules most people are interested in.”
: 拿你的数据吧。
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b****e
发帖数: 906 | 88 这么简单的东西根本就没法子发文章。运行一个gamess就可以了。你倒是很好心给他找
东西。
【在 i*******n 的大作中提到】
: google 'hydrogen molecule' + 'QED'
: https://www.researchgate.net/publication/263785158_The_H2_Molec
: QED_and_Varying_Constants
:
: 75eV
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c***l
发帖数: 2490 | 89 所以做哥德巴赫猜想的“民间数学家”很多。
【在 s*****j 的大作中提到】
: 曾经有个生物系的姐姐问我: 你知道哥得巴赫猜想吧?
: 我说知道呀.
: 她说, 哥得巴赫猜想 是 1+1=2, 那么在二进制里, 1+1 =10, 是不是哥得巴赫猜想就
: 不成立了?
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m*****t
发帖数: 16663 | 90 看似无章随机，根本就是因为你没有找到真正的限制条件而已。
生物体的产生，本来就是细胞的分裂分化复制，这个过程，必须有严格的规律的，你不
知道那些信息有用，并不代表别人也不知道，这个判断有用信息的能力，就是人科研能
力和智力的差别。
【在 x********e 的大作中提到】
: 不敢苟同。生物的挑战在于复杂度和随机性。生物体不是神创造的完美机器。很多信息
: 你可以获得，但你不知道哪些信息有用哪些信息无用，哪些看似无用的信息在特定情况
: 下变得有用。
: 说到底还是协同学的问题。
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m*****t
发帖数: 16663 | 91 她的逻辑一直是混乱的。
照她这个说法，生物研究一直都在尽人事听天命了，因为反正也是要变的，至于变成啥
样，反正也不知道。
而事实上，生物体是有序的，这说明这所有的变化都一定在遵循某些规律的，去揭示和
利用这个，就是研究的意义。
【在 x****6 的大作中提到】
: 按你和么说过，所有解出来的结构都是废品，因为跟在体的构型不一样。一一工燕宁哭
: 晕在厕所。
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m*****t
发帖数: 16663 | 92 有没有研究这些无稳定结构的多肽，在功能上有啥共性吗？
这种不稳定，一定要有益于它的功能，才会被进化保存吧。
【在 n*******4 的大作中提到】
: 几百个氨基酸的组合可能性是超级天文数字， 而现在发现的蛋白就是几十万种。能在
: 常温水中形成稳定结构（不一定唯一）是蛋白质的重要特性。无稳定结构，就难于产生
: 稳定功能， 会被进化淘汰。但近年是发现一些多肽无稳定结构，但有生物功能，不过
: 这是特例。
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n*******4
发帖数: 2285 | 93 不错, QED 计算出来氢分子键能比直接上薛定谔方程近似解出来的精确多了, QED的确
很强大。问题是差10%的薛定锷解法都被认为是太复杂, 不适用于高级分子, QED解法就
更复杂了, 能拿来算蛋白质结构吗? 我们讨论的就是你了掌握底层物理规律, 能用它推
导出高级的生物结构吗? 计算复杂性是重要指标。
【在 i*******n 的大作中提到】
: google 'hydrogen molecule' + 'QED'
: https://www.researchgate.net/publication/263785158_The_H2_Molec
: QED_and_Varying_Constants
:
: 75eV
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s*****t
发帖数: 987 | 94
那是不是得上量子计算
【在 n*******4 的大作中提到】
: 不错, QED 计算出来氢分子键能比直接上薛定谔方程近似解出来的精确多了, QED的确
: 很强大。问题是差10%的薛定锷解法都被认为是太复杂, 不适用于高级分子, QED解法就
: 更复杂了, 能拿来算蛋白质结构吗? 我们讨论的就是你了掌握底层物理规律, 能用它推
: 导出高级的生物结构吗? 计算复杂性是重要指标。
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x****6
发帖数: 4339 | 95 很好奇，你说你不是搞生物的，为什么发这么多关于生物的帖子？
而且也并不是马工们那些奚落生物。让我们这些火坑专业的千老们受宠若惊啊！
【在 m*****t 的大作中提到】
: 有没有研究这些无稳定结构的多肽，在功能上有啥共性吗？
: 这种不稳定，一定要有益于它的功能，才会被进化保存吧。
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b****e
发帖数: 906 | 96 QED是计算方法？能够科普一下？谢谢
【在 n*******4 的大作中提到】
: 不错, QED 计算出来氢分子键能比直接上薛定谔方程近似解出来的精确多了, QED的确
: 很强大。问题是差10%的薛定锷解法都被认为是太复杂, 不适用于高级分子, QED解法就
: 更复杂了, 能拿来算蛋白质结构吗? 我们讨论的就是你了掌握底层物理规律, 能用它推
: 导出高级的生物结构吗? 计算复杂性是重要指标。
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b****e
发帖数: 906 | 97 要注意你说理论和实验值差10%，这么大的差距不需要用到修正量为1/137的精细常数，
只要薛定谔方程足够精确求解就可以了。那么薛定谔方程的精确求解只需要它所有的能
量项都保留到足够精确就可以。gamess的默认能量cutoff精度为10^(-7)，我相信这个
精度足够让理论和实验值差在10%以内。
【在 n*******4 的大作中提到】
: 不错, QED 计算出来氢分子键能比直接上薛定谔方程近似解出来的精确多了, QED的确
: 很强大。问题是差10%的薛定锷解法都被认为是太复杂, 不适用于高级分子, QED解法就
: 更复杂了, 能拿来算蛋白质结构吗? 我们讨论的就是你了掌握底层物理规律, 能用它推
: 导出高级的生物结构吗? 计算复杂性是重要指标。
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b****e
发帖数: 906 | 98 你说的是平均场的东西，你引用的是教本科生的教材，你要讨论的东西是最前沿的问题
，你说有可能用你引用的东西来说明你想讨论的问题吗？知识结构太老化或者学的物理
太基础。
75eV
【在 n*******4 的大作中提到】
: http://ocw.mit.edu/courses/chemistry/5-73-introductory-quantum-
: 能给出合理作用势能曲线的VB模型算出来氢分子共价键键能是5.2eV, 实验值是4.75eV
: ， 差9.5%。
: 就是这个VB模型拿来算其它复杂分子都嫌太复杂，不实用， 别说拿来算蛋白质了。
: “However, despite the benefits
: of a VB approach, the exponential amount of time one must invest to
: do these calculations means that they will never be practical for
: molecules most people are interested in.”
: 拿你的数据吧。
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n*******4
发帖数: 2285 | 99 就两个最简单的氢原子结合成共价键，用薛定谔方程也没有解析解，展开来无穷多项。
只能近似求解。你要拿来算大分子，一定得用简化的模型，不可能几万个原子核和电子
间相互作用都用QED来解， 根本没法算的。结构化学都嫌误差10%的薛定谔方程解法太
复杂，结构生物学会觉得QED更好用？
【在 b****e 的大作中提到】
: 你说的是平均场的东西，你引用的是教本科生的教材，你要讨论的东西是最前沿的问题
: ，你说有可能用你引用的东西来说明你想讨论的问题吗？知识结构太老化或者学的物理
: 太基础。
:
: 75eV
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k********4
发帖数: 858 | 100 生物的瓶颈其实是物理停滞了
物理的瓶颈其实是数学停滞了
数学的瓶颈其实是哲学停滞了
哲学的瓶颈其实是神学停滞了
神学的瓶颈其实是玄学停滞了
玄学的瓶颈其实是生物停滞了 |
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h********0
发帖数: 12056 | 101 其实是计算机的问题，分子动力学算不了大的东西，模拟时间也很多。
【在 S*******l 的大作中提到】
: Human genome project完成了，人类的遗传编码全部搞出来了。但是为什么却没有带来
: 曾经希望的革命性进展？困难就在于从genetic到function之间的鸿沟。
: 生命是个化学现象，就是分子的互相作用。实现生物功能的基本单位之一是蛋白质，其
: 实就是 nanobots。
: 蛋白质是一个长肽链，其实就是很多碳氢氧硫磷原子的组合。这个大分子被合成出来，
: 就在水溶液中自动折叠成一个三维结构，就成为一个能完成特定任务的nanobot。
: 理论上，如果物理和数学进展足够，我们知道这个蛋白质的序列（也叫一级结构），就
: 能计算出他自主折叠成的三维结构，也就能立刻洞知它的功能。也就不需要十一共闫宁
: 那样费牛力去解结构。
: 这样，生物也就不需要做很多试验来苦苦收集一点一滴的碎片化的数据了。
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b****e
发帖数: 906 | 102 首先，你说的是氢分子都算不动，我表示诧异。量子化学算不动大分子那是是人都知道
的事情。其次，我想问一下你知道full configuration interaction(FCI)吗？实在不
明白你在说什么。
【在 n*******4 的大作中提到】
: 就两个最简单的氢原子结合成共价键，用薛定谔方程也没有解析解，展开来无穷多项。
: 只能近似求解。你要拿来算大分子，一定得用简化的模型，不可能几万个原子核和电子
: 间相互作用都用QED来解， 根本没法算的。结构化学都嫌误差10%的薛定谔方程解法太
: 复杂，结构生物学会觉得QED更好用？
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