b*******g
发帖数: 1309 | 1 第二个问题Q-Orbitrap 叫Q-exactive or Q-E
你的理解是对的，C-trap accumulate ion 跟Oribtrap scan ion 可以同时进行的，所
以时间上不累加，长的那个决定总时间。
orbitrap scan time 跟resolution的是正比。就是scan时间越长 ，resolution 越高
。Q-E现在在12Hz下的resolution是17，500，1.5Hz下resolution 是160，000.
Resolution 只跟scan 时间有关。
所以Q-E 最快也要83ms 才能得到一张谱图，最慢667ms一张谱图。
在Orbitrap扫描期间，富集的离子都必须在C-trap里面等着。C-trap accumulation
time 最短10ms以上，可以延长来增加sensitivity (最佳值在250ms左右），但是必须
跟orbitrap的扫描时间匹配。
另外C-trap accumulate ion 跟Oribtrap scan ion 可以同时进行的，所以时间上不累
加，长的那个决定总时间。
如果sensitivi... 阅读全帖 |
|
b*******g
发帖数: 1309 | 2 Q-E就是从 LTQ-orbi 来了，所以布局差不多。本身orbitrap的系统就包括 HCD，C-
trap +orbitrap。作为一个整体来用的话，不用重新设计，这样做制造Q-E最省钱最方
便。肯定比重新设计成Q1+ collision cell+Ctrap+orbi便宜很多。
如果按你说的在Q-E的基础上，再加一个Q2 collision cell的话，加上系统重新设计，
会使得价格很高。而且HCD 跟CID的功能是重合的，没人愿意花钱买个没什么的功能。
另外要maintain 一个新的生产线的话成本很高，如果能合用生产线，成本就下去了。
另外orbitrap scan很慢，orbi scan是比所有步骤里面时间最长的，HCD+C-trap+
injection 总时间还是少于orbi scan 时间，你可以找个文献看看。所以把collision
cell放到前段并不能节省时间提高效率，HCD的位置只是你不习惯而已。功能上一样，
甚至更多。
另外HCD原理使得没法加在正常的QQQ里面，只能放到一个单独的地方，所以只能放到后
面去了。LTQ-orbitrap的HCD 有ETD功能... 阅读全帖 |
|
K******S
发帖数: 10109 | 3 IRMPD比较小众吧? 我还没用过COMMERCIAL的
15 Hz 是30K Resolution的时候,就算是最高的RESOLUTION 450K, 也是 < 1 Hz
以前THERMO的ORBITRAP都是放在仪器的最末段,FUSION把ORBITRAP放在了最前面,所以整
个仪器就变得非常灵活,可以真正做到同时干3样事情,这样DUTY CYCLE就很快.速度快这
一点就有用
我觉得主要的卖点是速度(比以前的ORBITRAP快2-4倍), High Field Orbitrap加上更好
的灵敏度(QE/Fusion上的前端ION TRANSFER效率要高很多) 最新的QqQ 仪器(Quantiva)
的Ion Transfer Tube已经不是一个小孔了,而是一个大裂缝了.坏处就是如果仪器脏的
快,需要更频繁的清理.
resolution?
Orbi
Orbi |
|
y*****s
发帖数: 1047 | 4 哪里可以找到Thermo HCD fragmentation的时间和从collision cell转到orbitrap的时
间？还有collision cell的容量。。。orbitrap扫描时间长短本身并不怎么重要，因为
是同时进行不占用时间
我估计activation/fragmentation>10ms,如果加上离子在collision cell， ctrap 和
orbitrap之间传输时间不超过100ms，collision cell的容量足够收集超过0.5s的
parent ion，那效率还是很不错
To
“一台LTQ-orbitrap 100w,一台Q-E才45w，一台普通的QQQ才30w.只做小分子定性跟定量
的话，买Q-E再加QQQ，更便宜，更实用。”
再便宜，我也没钱买，不用帮thermo推销了。。。 |
|
x**2
发帖数: 255 | 5 Orbitrap是一种mass spectrometer
你的样品可以用Orbitrap分析，也可以用其它的mass spectrometer
KingofMS回帖的意思是：三楼回你帖的人用户名叫Orbitrap，真好玩儿
话说你可以多和KingofMS聊聊，他对mass spectrometer的各种应用非常了解 |
|
y*****s
发帖数: 1047 | 6 损失大部分是难免的，只考虑离子产生的总时间里有多少比例可以到最后一级, 这能叫
duty cycle吗
QqQ是流水线，出了Q1进q2,出了q2进Q3
QTof出了collision cell只有一个脉冲时间里的进到Tof，完了再进下一个脉冲的，脉
冲之间的间隔应该比脉冲本身占的比重多不少吧
Linear Trap 一段时间打开进离子，然后扫描，完了再打开进离子，不知道扫描时间和
收集离子时间哪个占的比重大
Orbitrap 只看过thermo的一些广告，似乎是 c trap 打开进离子，然后一个脉冲送到
orbitrap扫描，然后c trap再打开收集离子。不知道c trap 收集离子的时间，脉冲时
间和orbitrap扫描时间的长短都是多少。当然前面还有一个Q或者linear trap |
|
y*****s
发帖数: 1047 | 7 我不是说他的collision cell坑爹而是说放的位置很别扭
没看到说可以加个ETD在HCD的后面啊
也许是他的工艺或者成本控制还有问题吧
我想要是有第二家公司可以卖q orbitrap，肯定不会把collision cell这么摆
他这个布局基本和linear trap orbitrap一样，
可是他现在的LTQ Orbitrap 有两个linear trap，可以减少离子损失
就算这所谓HCD一定要放到ctrap边上也应该让用户选择是一个普通的collision cell在
Q后面还是一个HCD加ETD在c-trap边上 |
|
b*******g
发帖数: 1309 | 8 Orbitrap 的维护比FTICR 简单很多，因为Orbitrap不用液氦跟液氮，就跟普通的MS一
样维护
其他仪器的reliability跟厂家有关，但是orbitratp只有thermo有，没得选择
仪器的reliability 也是仪器dependent
一般来说新仪器刚出来bug 多多，等几年bug fix了的话，会比较稳定。但是更新的仪
器就出来了，performance就跟不上了。 |
|
K******S
发帖数: 10109 | 9 ETD sensitivity/efficiency比CID低是肯定的
CID在ION TRAP里还是最快的
FUSION叫TRIBRID是你可以同时做3件事情.我觉得如何利用这个优势更重要.比如在
ORBITRAP做MS1或者HCD的时候别让ION TRAP闲着.
CID FRAGMENT的时候是M/Z FOCUS的,意味着如果PEPTIDE上的修饰容易掉的话,就不会有
很好的BACKBONE FRAGMENTS (因为修饰掉了M/Z就变了), ETD可以解决这个. 但现在有
HCD了,是QUADRUPOLE FRAGMENTATION (修饰掉了还可以继续FRAGMENTATION),对修饰的
PEPTIDE效果也不错.
尤其FUSION的速度太快了,15HZ ORBITRAP, 20HZ ION TRAP. 那这个当QE使唤有些大材
小用了. |
|
s*****5
发帖数: 52 | 10 我们lab比较幸运刚好拿到一笔钱买fusion.
都检测到倒是不大可能，因为前面离子化效率是个很大的瓶颈，之前听说只有<30%的肽
能被离子化。还有个问题就是我们用的是Data dependent scan， 过于low abundant的
肽还是没机会被检测到，特别是对复杂的样品。MS2如果用Orbitrap scan(30K),
resolution可能不是个问题, 但是orbitrap的sensitivity相对于ion trap是个短板，
scan speed也是个短板。
搜索工具的话，个人感觉SEQUEST的确对高电荷的肽不友好，但是用MSGF+会多一些。您
说的这个倒是提醒了我是不是应该把scan charge设成+2-+4，也许这样结果会好一些。
比较小白的问一下，您说的这个Hz vs time的plot用什么工具能做呢？
.(
( |
|
k****o
发帖数: 728 | 11 如果你的peptide比较长，以至于产生很多+3--+5甚至更高的fragment ions，那么无论
对于ETD还是CID，在OT里做high resolution的MS2都更有利。而ETD是有利于high
charge state，long peptide的fragmentation。所以，如果你的样品确实有很多long
peptide的话（你去raw data file，average一段MS1的data就有底了），用OT scan
MS2会让搜索效果更好。你搜索时记得把fragment ions的error window舍得很窄，这样
才起到high resolution的效果。比如10 or 20ppm，或者0.01 m/z，取决于你具体的
accuracy。你可以试试MS2用15000 resolution with 20 ppm error window。
关于省时间的问题。诚然IT确实比OT省时间，如果你用老一代的LTQ Orbitrap，这个确
实是个大concern。但技术在进步，Orbitrap Fusion已经在设计上提供了比过去快得多
的ion transmi... 阅读全帖 |
|
b*******g
发帖数: 1309 | 12 再讲ion trap
单纯讲 trapping efficiency已经能够超过90%，就是进入trap 能被trap住的效率
但是必须要讲的是 ion trap capacity，因为space charge effect，所以trap 能够
trap的离子数是有限制的。 一般LTQ比普通 ion trap 高20倍。
所以仪器对于进入trap的离子数量是控制的，如果离子的最高值达到了，再多的离子也
不能被检测到。这样就会造成你说的离子的损失
另外整个trap+detection 需要的时间是100ms level，所以在两个cycle 之间损失的离
子也要考虑到。
另外讲orbitrap，orbitrap也是trap，所以space charge effect 也是存在的，所以一
次进入orbi的离子不能超过限度，多余的离子是要浪费的。
另外C-trap就是一个存储离子的功能 ，做完HCD or ETD后，离子要到C-trap里先集合
一下，让后进入orbi做检测，本身的trap efficiency是很高的。唯一要考虑的是造成
的duty cycle的延长。 |
|
y*****s
发帖数: 1047 | 13 你的描述是做MS而不是MS/MS的情况
Thermo 为啥把collision cell和Q分居c trap两侧，做MS/MS这不是坑爹吗？
1:parent ions从Q选出来穿过c trap 进到collision cell, 2:在里面激发，打碎。
3:碎片从collision cell出来回到c trap
4:从c trap出来进到orbitrap
5: orbitrap 收集数据
5可以和其他步骤同时进行
duty cycle取决于 时间1 和 时间2+3＋4的比例，怎么看都是反刍加便秘。。。
2， 3 和 4 的时间有多长呢？ |
|
b*******g
发帖数: 1309 | 14 一个orbitrap 可以买两台 Qtrap了吧
lz 还是应该上Q-TOF 比较靠谱
定性定量都能兼顾到，当然有钱还是直接上Orbitrap |
|
p**i
发帖数: 3525 | 15 MRC PROTEIN PHOSPHORYLATION UNIT
COLLEGE OF LIFE SCIENCES
UNIVERSITY OF DUNDEE, SCOTLAND
POSTDOCTORAL FELLOWSHIP
An MRC Postdoctoral Fellowship (Career Development Fellow) is available
to work with Professor Carol MacKintosh and Dr Nick Morrice in the area of
proteomic data handling. The position will involve data mining of LC-MS data
(generated on our two LTQ-orbitrap mass spectrometry systems) of
complex proteomes and phosphoproteomes isolated by both protein-protein
affinity chromatography an |
|
a**y
发帖数: 464 | 16 Several postdoc positions are available in the Ai lab at UC Riverside http://ailab.ucr.edu. The expertise of our lab is on protein engineering and fluorescent redox probes. Recently, our lab has explored new areas, including the biology and toxicology of oxidative stress, imaging of brain activities, and protein/peptide enzyme inhibitors. We are looking for postdoctoral fellows with the following expertise:
1. LC-MS/MS based proteomics. We have access to a most advanced Orbitrap
Fusion Trib... 阅读全帖 |
|
s**********8
发帖数: 25265 | 17 来自主题: Mississippi版 - 等狼兄奔 倒是 伊的fticr 搞不错 不过 现在也搞不过orbitrap |
|
l****y
发帖数: 398 | 18 only if a chinese company starts to mass produce orbitraps. :P |
|
p*****1
发帖数: 330 | 19 Orbitrap 用MAXQUANT分析， ABI 5600 采用另外的软件。其实分析软件大致差不多，
重要的是仪器。 |
|
l****y
发帖数: 398 | 20 In an orbitrap, 100fmol peptide usually give a normalized counts of 10^7 -
10^8. The noise is around 10^4 -10^5. |
|
g*********3
发帖数: 177 | 21 原来这么多人关心这个问题 呵呵。
其实某位说的ZNF的想法,我读了一篇paper,已经有类似的人做了,但是发的paper貌似很
一般.
至于MS的问题，昨天和老板讨论了下，fisher orbitrap 貌似能检测到<0.1pmol吧。
其实把多个copy转到chromosome里面去是个好方法，但是这个在动物身上就不好做了吧。
听完各位描述，顿时觉得phd得延期是必然吧。。。（或者毕业no publication） |
|
K******S
发帖数: 10109 | 22 LOL, orbitrap
SDS.
elutions |
|
|
t******t
发帖数: 3045 | 24 mass spec 很好
走到哪都能看到ltq和orbitrap
hplc一般般， 没法跟waters agilent比 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 25 当代的生物蛋白质谱学 理科本科毕业 或社会学 经济学 本科毕业的借助wiki and
google
都可以看懂>85%的内容 吧
Lamond AI et a. and Mann M. (2012)
Advancing cell biology through proteomics in space and time (PROSPECTS).
Mol Cell Proteomics. 11: O112.017731.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22311636
pp3 left column bottom to right column top
Fourier transform algorithm, the Orbitrap ELITE achieves fourfold
higher resolution at the same transient length. This enables
efficient top-down operation in a chromatographic time
scale, as well as... 阅读全帖 |
|
f*****u
发帖数: 501 | 26 山东大学国家糖工程技术研究中心招聘
山东大学（济南）-中心校区
山东大学国家糖工程技术研究中心于2007年由国家科技部批准立项，2011年通过科
技部验收，正式成立。该中心是中国唯一的国家级糖技术研发平台，主要致力于糖化学
、糖生物学、糖结构的研究和糖生物转化及其应用等，特别是在糖药物、糖疫苗和糖与
疾病关系的研究方面，近年来获得多个重大项目的资助并取得重要进展。
该中心现有专用AVANCE 600核磁共振波谱仪、LTQ Orbitrap高分辨液质联用仪、气
质联用仪等大型精密仪器，为科研工作提供了一个先进的技术平台。该中心资金雄厚，
近年来除了得到山东大学等的大力支持外，还主持和参与多个国家“973”项目、国家
“十一五”科技支撑计划、国家“重大新药创制”科技专项计划、国家杰出青年基金及
国家自然科学基金等科研课题；2012年7月国家863计划“糖工程关键技术与重大产品开
发主题项目”在该中心正式启动，这标志着我国糖工程研究迈上了一个新的台阶。
因学科建设和团队发展需要，山东大学国家糖工程技术研究中心面向海外招聘高端科研
人才，招聘基本信息如下：
学科：分子生物学/免... 阅读全帖 |
|
s******a
发帖数: 252 | 27 Thanks to and KingofMS and blueswing.
维护上那种机器省心一些？
我们用过FTICR 和 Orbitrap。 FTICR老出问题，维护上麻烦的多。 |
|
|
L****r
发帖数: 333 | 29 如果你想知道这些碎片是什么 （通常我们说的定性），你得用UPLC/HPLC-TOFMS或者
UPLC/HPLC-Orbitrap，如果有FTICR更好，这样你就能得到他们的isotopic mass （通
常我们称作精确分子量）, 注意，离子峰里面有很多是multiple-charge,你得去分析他
们， 为什么用柱子，前面的已经提到过，防止离子抑制，就是说，很多不同种类的中
性分子一道出来，在离子化的时候，有些离子被抑制掉了，这样你就得不到他们的峰，
用HPLC，他们就会一个一个地离子化，大大降低他们被抑制的可能。
然后定量，使用UPLC/HPLC-TRIPLEQUAD MS， 使用MRM，即用他们的碎片定量，一旦确
定是什么PEPTIDE，碎片就很容易得出，即使两个PEPTIDES有相同的分子量，不同结构
和相同的RETENTION TIME， 该仪器也能准确地定量他们。 |
|
w********3
发帖数: 39 | 30 你这个是很typical 的peptide mapping. 你去找个facility 都可以给你做，用
multiple enzyme digest,光用trypsin是不够的，还要Glu-c, Asp-N啥的。然后基本能
做到99-100%的recovery.当然你得有纯化的蛋白，大概需要10ug.还有质谱得是lc
coupled with orbitrap 或者qtof. FT-ICR应该不行，扫描速度太慢。
LC- |
|
s*****5
发帖数: 52 | 31 嗯，谢谢建议。我目前只熟悉orbitrap，实验室还有Triple Quad,但是没用过，得开始
学习了。。。 |
|
s*****5
发帖数: 52 | 32 测量精确到1,2ppm?这个是啥仪器？我们orbitrap搜库mass tolerance 20ppm,如果用
10ppm的话spectra就会少很多，从分布上来看median也要5ppm呢。
真正重要的东西的确biologist和做MS的不care，做MRM做targeted 验证才是王道。
但是2%和5%对precision/accuracy真的有很明显的影响。。。至少我做出的结果是这样
。。。所以我觉得publication的严谨性是个问题吧。很多paper都号称找到5000+的蛋
白，但是到底是怎么样得到的，是不是严谨，这可能会造成误导吧。不过可能我的思维
还是太钻牛角尖了
，2 |
|
K******S
发帖数: 10109 | 33 orbitrap calibrate好了，加上LOCK MASS,
有的组喜欢做score board的东西，象你说的5000个蛋白这种。2%和5%的区别是什么？
少找了200个蛋白对整个试验不会有影响的，全是的有后续的验证，或者生物学上的意
义。现在这种work flow已经很成熟了，是个LAB就可以作出来。
FDR怎么会对定量的precision/accuracy有影响呢，试验的设计和用的方法更重要。这
行里有句话是“JUNK IN, JUNK OUT",反过来说就是类似真金不怕火炼，真正的东西最
后无论你如何分析数据都会显露出来，那些在FRINGE附近的东西反正也是摸能两可的，
要不丢掉，要不就合成标准品验证。
还是那句话，如果后续试验可以验证你的结论，或者支持你结论的MS/MS没问题，没有
必要纠结整个data set的FDR是2%还是5%. |
|
s*****5
发帖数: 52 | 34 前辈说的precison/accuracy指的应该是LC-MS定量方法的吧，FDR不会影响这个，特定
到每一个肽或者蛋白也不会有太大影响。而且，不好的spectrum variation都比较大，
一般会被排除。
但是，我觉得FDR会影响整体数据的precision/accuracy.这升高的3%FDR，意味着整个
的score cutoff提高了很多，多的不只是200个蛋白，还有上千的肽和可能上万的PSM.
3%的protein FDR的提升几乎等同于多加了>10% 的PSM，假设一个run有8w个spectrum,
包含进来的质量不好的PSM可能大几千。我们现在定量是base on Peak AUC, 所以这些
低质量的spectrum对整体的定量都会有影响。假设我们spike in了几十个蛋白在背景样
品里，那么这个population的precision可以用coefficient of variation from
median来表示，accuracy用deviation of median from true ratio来表示的话， 这些
低质量的PSM肯定会导致整体数据q... 阅读全帖 |
|
s*****5
发帖数: 52 | 35 嗯，谢谢建议。我目前只熟悉orbitrap，实验室还有Triple Quad,但是没用过，得开始
学习了。。。 |
|
s*****5
发帖数: 52 | 36 测量精确到1,2ppm?这个是啥仪器？我们orbitrap搜库mass tolerance 20ppm,如果用
10ppm的话spectra就会少很多，从分布上来看median也要5ppm呢。
真正重要的东西的确biologist和做MS的不care，做MRM做targeted 验证才是王道。
但是2%和5%对precision/accuracy真的有很明显的影响。。。至少我做出的结果是这样
。。。所以我觉得publication的严谨性是个问题吧。很多paper都号称找到5000+的蛋
白，但是到底是怎么样得到的，是不是严谨，这可能会造成误导吧。不过可能我的思维
还是太钻牛角尖了
，2 |
|
K******S
发帖数: 10109 | 37 orbitrap calibrate好了，加上LOCK MASS,
有的组喜欢做score board的东西，象你说的5000个蛋白这种。2%和5%的区别是什么？
少找了200个蛋白对整个试验不会有影响的，全是的有后续的验证，或者生物学上的意
义。现在这种work flow已经很成熟了，是个LAB就可以作出来。
FDR怎么会对定量的precision/accuracy有影响呢，试验的设计和用的方法更重要。这
行里有句话是“JUNK IN, JUNK OUT",反过来说就是类似真金不怕火炼，真正的东西最
后无论你如何分析数据都会显露出来，那些在FRINGE附近的东西反正也是摸能两可的，
要不丢掉，要不就合成标准品验证。
还是那句话，如果后续试验可以验证你的结论，或者支持你结论的MS/MS没问题，没有
必要纠结整个data set的FDR是2%还是5%. |
|
s*****5
发帖数: 52 | 38 前辈说的precison/accuracy指的应该是LC-MS定量方法的吧，FDR不会影响这个，特定
到每一个肽或者蛋白也不会有太大影响。而且，不好的spectrum variation都比较大，
一般会被排除。
但是，我觉得FDR会影响整体数据的precision/accuracy.这升高的3%FDR，意味着整个
的score cutoff提高了很多，多的不只是200个蛋白，还有上千的肽和可能上万的PSM.
3%的protein FDR的提升几乎等同于多加了>10% 的PSM，假设一个run有8w个spectrum,
包含进来的质量不好的PSM可能大几千。我们现在定量是base on Peak AUC, 所以这些
低质量的spectrum对整体的定量都会有影响。假设我们spike in了几十个蛋白在背景样
品里，那么这个population的precision可以用coefficient of variation from
median来表示，accuracy用deviation of median from true ratio来表示的话， 这些
低质量的PSM肯定会导致整体数据q... 阅读全帖 |
|
s*****5
发帖数: 52 | 39 问版上做质谱的行家，有重复过Josh coon几年前发表的那个ETD/CID decision tree的
方法吗?就是用ETD碎裂高电荷低M/Z的precursor,其他的用CID. 我最近在Orbitrap
Fusion上试图重复，发现ETD使CID的scan数也减少了很多，最后还不如只用CID。只用
ETD得到的蛋白数比CID少非常多，觉得可能是反应时间设的过长,但是设的短谱图质量
看起来很低。顺便求问如何优化ETD的参数及注意事项等，谢谢！ |
|
y*****i
发帖数: 23 | 40 建议使用HCD，一级二级均是Orbitrap高精度扫描。
对磷酸化样品好处更多。
你可以自己比较看看。 |
|
s*****5
发帖数: 52 | 41 我们试过，Fusion最多可以达到40个MS2. 我看到Mol Cell Proteomics刚出来一篇data
independent acquisition on Orbitrap.感觉做的也蛮好的，不过个人感觉这个跟
SWATH还是不好横向比吧。
Fusion |
|
r*****m
发帖数: 3619 | 42 是的，但是业内对 Orbitrap 的理念和设计的评价都是非常高的 |
|
K******S
发帖数: 10109 | 43 好多人作DIA认为就用一个通用的方法分析所有的样品就行,其实DIA的方法一样需要优
化.
SWATH一般用比较宽的Isolation Window, 25 Th左右, Thermo管他们家的DIA叫Psmart,
一般用窄的Isolation Window, 5-10 Th. Isolation Window越宽,灵敏度和肽段的坚定
就越差,但是可以很快地覆盖整个Mass Range. 窄的Isolation Window可以增加灵敏度
和坚定的成功率,但需要很多的Scan才能覆盖整个Mass Range. 定量的时候用AUC比用
Intensity要好,要得到好的AUC的话需要至少7-10个Data Points覆盖真个LC PEAK. 所
以实际上DIA要根据LC PEAK WIDTH, Mass Range和DIA Isolation Window, Duty Cycle
Time什么的作优化. Fusion的速度肯定会有很大的帮助,而且High Field Orbitrap会
在肽段鉴定的时候有帮助(因为现在DIA大多数时候是和Spectral Library Match,不是... 阅读全帖 |
|
K******S
发帖数: 10109 | 44 我以为thermo不会在LTQ-ORBITRAP系列上下太多的功夫了，价钱上比fusion便宜不了多
少，比它便宜的QE多好用啊。 灵敏度还要看前面的ion optics和后面的detector.
对thermo的仪器很容易识别，用s-lens的肯定比用skimmer的灵敏度高，呵呵
【dete2012 (whoami2012) 的大作中提到: 】
do
one
is |
|
k****o
发帖数: 728 | 45 首先，ETD的optimized reaction time是proportional to 1/z2。ETD有利于high
charge state(CS>=+3)。不知道你的peptide大都是多少CS。对于tryptic peptides，
基本都是+2-+3，所以大多CID比ETD效果好。而现在越来越多地用到其他酶解的peptide
比如Lys-C, Glu-C等产生long peptide，那ETD的优势就很明显了。
Fusion用的软件比前几代仪器在data-dependent MS2的设计上有很多优化。你可以针对
不同的CS设定适合各自的CID或ETD（包括ETD的reaction time)。比如+2只用CID，+3和
+4的用both CID and ETD。高于+4的只用ETD。ETD对+3CS可以用60ms，+4就是60 * (3/
4)2= 34ms。其他对于>+3 CS的ETD time以此类推。
最后，不知道你对于MS2是用IT检测（低resolution)还是Orbitrap FT检测（high
resolution)。后者有利于看清long peptid... 阅读全帖 |
|
k****o
发帖数: 728 | 46 ion trap是analyzer（你可以拿它和TOF, Orbitrap等比）,而MALDI与ESI是soft
ionization。他们是质谱技术不同的两大块。
trap |
|
k****o
发帖数: 728 | 47 不要追求多MS2。如果你只ID到+2,+3的peptide，那原因就在于MS2的resolution低了。
大的peptide（大多+4以上）需要用15,000 resolution Orbitrap扫MS2。
尤其是如果你的酶是Lys-C一类single amino acid residue cleavage的，那主要就
digest出large peptide了。而large peptide对于protein ID的命中率也高于small
peptide。 |
|
k****o
发帖数: 728 | 48 Fusion在method方面确实很smart和灵活，很赞。QE没用过，只看过界面，确实和LTQ
Orbitrap系列不同。搞不清Thermo在软件设计上的concept是啥。按说应该越一致越好。 |
|
k****o
发帖数: 728 | 49 How about speed? OFusion can take many more MS2 scans compared to previous
LTQ Orbitrap series. Not sure about the speed for QE, no experience with QE
. |
|
