s******s
发帖数: 13035 | 1 这个现在发展到什么程度了？比如能够定量全蛋白组了？
还是一次只能定量几百？几千的蛋白？ |
e*r
发帖数: 103 | |
K******S
发帖数: 10109 | 3 no one can handle the whole proteome. several thousands of proteins are kind
of routine for most established proteomics labs.
【在 s******s 的大作中提到】
: 这个现在发展到什么程度了？比如能够定量全蛋白组了？
: 还是一次只能定量几百？几千的蛋白？
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x**y
发帖数: 46 | 4 同问.我也想试试SILAC,就是不知合不合用? 那位熟悉的请说说.
【在 s******s 的大作中提到】
: 这个现在发展到什么程度了？比如能够定量全蛋白组了？
: 还是一次只能定量几百？几千的蛋白？
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s******s
发帖数: 13035 | 5 good to know.
btw, 这个啥成本？我知道普通的MS-Maldi-tof也不到100刀一个。
这个加上特殊media，control啥的，价格和seq比高多少？（比如seq是$1k)
kind
【在 K******S 的大作中提到】
: no one can handle the whole proteome. several thousands of proteins are kind
: of routine for most established proteomics labs.
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c********d
发帖数: 118 | 6 最近才做了一次
数据很多，但他们的software还不够完善，有些最后的data和rough spectrum peak不
能match
不知道是我们学校center的技术问题，还是通病
【在 x**y 的大作中提到】
: 同问.我也想试试SILAC,就是不知合不合用? 那位熟悉的请说说.
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X******n
发帖数: 914 | 7 我也感觉数据分析是个大问题，感觉要很有经验的人才可以。 |
p*****1
发帖数: 330 | 8 rough spectrum 是mass spectrum 吗？ 怎么不吻合？
【在 c********d 的大作中提到】
: 最近才做了一次
: 数据很多，但他们的software还不够完善，有些最后的data和rough spectrum peak不
: 能match
: 不知道是我们学校center的技术问题，还是通病
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p*****1
发帖数: 330 | 9 做LC-MS/MS, 一次可以鉴定数百甚至上千个蛋白，MALDI-TOF，100刀似乎太贵了
【在 s******s 的大作中提到】
: good to know.
: btw, 这个啥成本？我知道普通的MS-Maldi-tof也不到100刀一个。
: 这个加上特殊media，control啥的，价格和seq比高多少？（比如seq是$1k)
:
: kind
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c********d
发帖数: 118 | 10 我用了 light, medium, heavy三种 K/R标记细胞中的蛋白
药物处理以后检测磷酸化蛋白的变化水平
有一些磷酸化peptide的ratio比如heavy:light=15
但是，当仔细看这个peptide的mass spectrum时，他们的峰面积or峰高的差别只有4,5
倍的样子。
【在 p*****1 的大作中提到】
: rough spectrum 是mass spectrum 吗？ 怎么不吻合？
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K******S
发帖数: 10109 | 11 如果是COST RECOVERY的CORE LAB做，差不多。人员SALARY，仪器SERVICE CONTRACT,什
么的全算上
【在 p*****1 的大作中提到】
: 做LC-MS/MS, 一次可以鉴定数百甚至上千个蛋白，MALDI-TOF，100刀似乎太贵了
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K******S
发帖数: 10109 | 12 现在做SILAC基本上都是用MAXQUANT分析，网上有免费的FORUM，在欧洲的话还可以去参
加他们的TRAINING CLASS.我觉得比较成熟了
【在 X******n 的大作中提到】
: 我也感觉数据分析是个大问题，感觉要很有经验的人才可以。
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c******m
发帖数: 884 | 13 SILAC一个5000刀
【在 s******s 的大作中提到】
: good to know.
: btw, 这个啥成本？我知道普通的MS-Maldi-tof也不到100刀一个。
: 这个加上特殊media，control啥的，价格和seq比高多少？（比如seq是$1k)
:
: kind
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s******s
发帖数: 13035 | 14 为啥这么贵？成本出在哪里啊？同位素medium没那么贵吧
【在 c******m 的大作中提到】
: SILAC一个5000刀
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p*****1
发帖数: 330 | 15 mass spectrometry 不能定量。
5
【在 c********d 的大作中提到】
: 我用了 light, medium, heavy三种 K/R标记细胞中的蛋白
: 药物处理以后检测磷酸化蛋白的变化水平
: 有一些磷酸化peptide的ratio比如heavy:light=15
: 但是，当仔细看这个peptide的mass spectrum时，他们的峰面积or峰高的差别只有4,5
: 倍的样子。
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p*****1
发帖数: 330 | 16 Orbitrap 用MAXQUANT分析， ABI 5600 采用另外的软件。其实分析软件大致差不多，
重要的是仪器。
【在 K******S 的大作中提到】
: 现在做SILAC基本上都是用MAXQUANT分析，网上有免费的FORUM，在欧洲的话还可以去参
: 加他们的TRAINING CLASS.我觉得比较成熟了
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K******S
发帖数: 10109 | 17 of course it can with labeling, label free is also possible for same peptide
across samples. you can't compare different peptides though.
【在 p*****1 的大作中提到】
: mass spectrometry 不能定量。
:
: 5
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K******S
发帖数: 10109 | 18 that's why I don't trust any software for important data. Manually
extracting peak areas is still the most reliable way to go. I will guess the
settings in the software can be adjusted a little bit. (anything related to
threshold or peak intensity) I had similar experience when I was in
graduate school. The overall trend match for most of the cases, however I
can always find some difference in either the exact intensity or the ratio.
5
【在 c********d 的大作中提到】
: 我用了 light, medium, heavy三种 K/R标记细胞中的蛋白
: 药物处理以后检测磷酸化蛋白的变化水平
: 有一些磷酸化peptide的ratio比如heavy:light=15
: 但是，当仔细看这个peptide的mass spectrum时，他们的峰面积or峰高的差别只有4,5
: 倍的样子。
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p*****1
发帖数: 330 | 19 mass spectrometry 通常只能做相对定量, 峰面积增加2倍，并不表明浓度增加两倍。
peptide
【在 K******S 的大作中提到】
: of course it can with labeling, label free is also possible for same peptide
: across samples. you can't compare different peptides though.
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K******S
发帖数: 10109 | 20 then what are absolute quantitation, stable isotopic labeling and MRM doing
in both industry and academia?
【在 p*****1 的大作中提到】
: mass spectrometry 通常只能做相对定量, 峰面积增加2倍，并不表明浓度增加两倍。
:
: peptide
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