t**l
发帖数: 109 | 1 现在看paper,发现MS那么火。学生物的，不太懂MS。这个技术到底容不容易，好操作吗
？是不是想做一个，就做一个，就好像做western 一样，做个试试，看看出不出结果那
种。
IP出来的那么多partner, MS是怎么分析出来的这些蛋白成分的。有多真？MS能自己监
督自己做吗？还是必须找人做。 |
o**4
发帖数: 35028 | 2 都是找MS core facility做的吧，
自己做的很少见，也没必要吧
【在 t**l 的大作中提到】
: 现在看paper,发现MS那么火。学生物的，不太懂MS。这个技术到底容不容易，好操作吗
: ？是不是想做一个，就做一个，就好像做western 一样，做个试试，看看出不出结果那
: 种。
: IP出来的那么多partner, MS是怎么分析出来的这些蛋白成分的。有多真？MS能自己监
: 督自己做吗？还是必须找人做。
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j******n
发帖数: 941 | 3
简单的说质谱是用来检测是哪个蛋白的。因为蛋白质胰酶裂解后会产生特定的片段，在
辅助电离后可被生物质谱鉴定，我们称为肽指纹图谱，简单的说就是特异的几组肽段分
子量，然后通过相关数
据库搜索可以得知是哪个蛋白。
对质谱鉴定技术来说是非常好可靠的，但是对你结果是否可靠则很难说，IP的条件，会
不会受到污染等直接决定了蛋白来源的可靠性。
具体到IP-MS是否好做，那要根据很多因素判断：蛋白结合强弱、质谱精度等等。通常
你能考染看到的条带鉴定起来都没问题，看不到的MS估计也没辙。
至于MS能否自己监督，任何仪器都多多少少离不开人的操作，机器自动化程度只是决定
效率而已。通常没有质谱的实验室也不会自己去搭建，一般学校都有相关core可以做
【在 t**l 的大作中提到】
: 现在看paper,发现MS那么火。学生物的，不太懂MS。这个技术到底容不容易，好操作吗
: ？是不是想做一个，就做一个，就好像做western 一样，做个试试，看看出不出结果那
: 种。
: IP出来的那么多partner, MS是怎么分析出来的这些蛋白成分的。有多真？MS能自己监
: 督自己做吗？还是必须找人做。
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o**4
发帖数: 35028 | 4 Silac能不能提高质谱检测蛋白的灵敏度呢？
【在 j******n 的大作中提到】
:
: 简单的说质谱是用来检测是哪个蛋白的。因为蛋白质胰酶裂解后会产生特定的片段，在
: 辅助电离后可被生物质谱鉴定，我们称为肽指纹图谱，简单的说就是特异的几组肽段分
: 子量，然后通过相关数
: 据库搜索可以得知是哪个蛋白。
: 对质谱鉴定技术来说是非常好可靠的，但是对你结果是否可靠则很难说，IP的条件，会
: 不会受到污染等直接决定了蛋白来源的可靠性。
: 具体到IP-MS是否好做，那要根据很多因素判断：蛋白结合强弱、质谱精度等等。通常
: 你能考染看到的条带鉴定起来都没问题，看不到的MS估计也没辙。
: 至于MS能否自己监督，任何仪器都多多少少离不开人的操作，机器自动化程度只是决定
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j******n
发帖数: 941 | 5
silac, icat, DIGE都是些质谱之前的内标技术 一般只是为了实验更加有效率、可靠
质谱精度还得看质谱本身 有些质谱可能可以用于飞克级蛋白检测 有些可能纳克
【在 o**4 的大作中提到】
: Silac能不能提高质谱检测蛋白的灵敏度呢？
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j****x
发帖数: 1704 | 6 SILAC内标提供的是相对定量的信息，和检测灵敏度无关
【在 o**4 的大作中提到】
: Silac能不能提高质谱检测蛋白的灵敏度呢？
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a*****n
发帖数: 2835 | 7 刚好有一个问题，搭车问一下。
请问是不是只要有一个质谱峰就能根据分子量预测出来一个肽断，即使这个蛋白本身不
存在？我这里的core facility一般都是搜索已知的蛋白质数据库，如果数据库里面没
有的话估计就出不来结果了。
有没有一种程序，根据精确的质谱数据模拟出来相应的肽断？
【在 j******n 的大作中提到】
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: silac, icat, DIGE都是些质谱之前的内标技术 一般只是为了实验更加有效率、可靠
: 质谱精度还得看质谱本身 有些质谱可能可以用于飞克级蛋白检测 有些可能纳克
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y****y
发帖数: 123 | 8 我也搭车问一下一般都怎么固定抗体?
还是不固定直接用酸性tris溶出来? |
j******n
发帖数: 941 | 9
肽特征指纹图谱（一级质谱）根据质核比只能推测出氨基酸的组成，不能推测出具体位
置信息
这就是为啥肽特征指纹图谱检索必须有足够的肽段信息，然后通过互相交叉组合才能确
定出蛋白来
如果是串联质谱、二级质谱， 比如TOF/TOF可以确定出具体肽段的具体序列来
但是因为蛋白质的肽段可以有好多好多段，彼此还有交叉重叠，有的肽段还不能被水解
到足够小而电离，所以用串联质谱来测序太耗时耗力了，而且几乎不能做序列到全覆盖
【在 a*****n 的大作中提到】
: 刚好有一个问题，搭车问一下。
: 请问是不是只要有一个质谱峰就能根据分子量预测出来一个肽断，即使这个蛋白本身不
: 存在？我这里的core facility一般都是搜索已知的蛋白质数据库，如果数据库里面没
: 有的话估计就出不来结果了。
: 有没有一种程序，根据精确的质谱数据模拟出来相应的肽断？
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j******n
发帖数: 941 | 10
Pierce有direct IP试剂盒，让抗体先和Protein A(G)共价结合后再做IP 即省抗体又避
免elution里面的抗体干扰
【在 y****y 的大作中提到】
: 我也搭车问一下一般都怎么固定抗体?
: 还是不固定直接用酸性tris溶出来?
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y****y
发帖数: 123 | 11 我是用的dynabeads
只降pH的话什么都溶不出来好发愁 |
b****u
发帖数: 2771 | 12 最好固定一下，不然洗脱的抗体干扰 ＭＳ
很多cross linking 的试剂和protocol
最好自己优化一下 loading and block 条件.
【在 y****y 的大作中提到】
: 我也搭车问一下一般都怎么固定抗体?
: 还是不固定直接用酸性tris溶出来?
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b*******g
发帖数: 1309 | 13
这叫 De Novo Peptide Sequencing，有一些 software 可以做，
但是还不是很efficient，因为sequence coverage不可能是100%，
而且需要的计算能力比较高
【在 a*****n 的大作中提到】
: 刚好有一个问题，搭车问一下。
: 请问是不是只要有一个质谱峰就能根据分子量预测出来一个肽断，即使这个蛋白本身不
: 存在？我这里的core facility一般都是搜索已知的蛋白质数据库，如果数据库里面没
: 有的话估计就出不来结果了。
: 有没有一种程序，根据精确的质谱数据模拟出来相应的肽断？
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