v*********i
发帖数: 40 | 1 冷冻电镜?
请牛人八一八……
这个技术不是很早就有了的咩，本科学细胞的时候都讲到了?
最近几年是又有什么突破进展呀? 现在可以做什么新的东西?
细胞间连接？这个是不是已经知道的比较清楚了呀?细胞书上不是把模型都画出来了咩
……
弱问，请牛人指点之。 |
T****r
发帖数: 4006 | |
a***a
发帖数: 40617 | 3 ft。。。欢迎回到地球
【在 v*********i 的大作中提到】
: 冷冻电镜?
: 请牛人八一八……
: 这个技术不是很早就有了的咩，本科学细胞的时候都讲到了?
: 最近几年是又有什么突破进展呀? 现在可以做什么新的东西?
: 细胞间连接？这个是不是已经知道的比较清楚了呀?细胞书上不是把模型都画出来了咩
: ……
: 弱问，请牛人指点之。
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i***0
发帖数: 160 | 4 我们学校刚刚建了ＥＭ中心，ｃｒｙｏ－ＥＭ的分辨率现在最低可以到达４－５Ａ，对
于膜蛋白，还有大的ｃｏｍｐｌｅｘ，还是提供了有力的数据吧。
我不是牛人。个人看法。 |
a***a
发帖数: 40617 | 5 那个所谓4~5A水分很大
【在 i***0 的大作中提到】
: 我们学校刚刚建了ＥＭ中心，ｃｒｙｏ－ＥＭ的分辨率现在最低可以到达４－５Ａ，对
: 于膜蛋白，还有大的ｃｏｍｐｌｅｘ，还是提供了有力的数据吧。
: 我不是牛人。个人看法。
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i***0
发帖数: 160 | 6 呵呵，每个技术都是有局限性的，我只是提供一些我知道的数据，我也说了，是最低。
一般可能也就１０－２０Ａ吧，但优点是，不用结晶。ＬＺ不是在问这个技术什么时候
热起来么，我也不清楚。只不过支持一下似乎在膜蛋白和大复合物上，这个技术似乎热
了起来。个人观点而已。 |
v*********i
发帖数: 40 | 7 比如NIBS，听说就刚找了做cryo-EM的人?而且据说是前一段时间一直想找cyo-EM的人。
如果这个没有发展前景的话,已经是夕阳领域了，怎么会找这个领域的人捏? |
C*******e
发帖数: 4348 | 8 对这个技术我是门外汉
但是合作实验室做这个
我觉得一个好处就是很多东西可以保持在相对来说比较native的状态/环境下研究
对于研究细胞器还有超微结构很有用
而且重建了3D模型，或者做成video以后蛮酷的
present的时候很抓人眼球
：）
【在 v*********i 的大作中提到】
: 冷冻电镜?
: 请牛人八一八……
: 这个技术不是很早就有了的咩，本科学细胞的时候都讲到了?
: 最近几年是又有什么突破进展呀? 现在可以做什么新的东西?
: 细胞间连接？这个是不是已经知道的比较清楚了呀?细胞书上不是把模型都画出来了咩
: ……
: 弱问，请牛人指点之。
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T****r
发帖数: 4006 | 9 唉，很多都是骗人的...
只希望有些人不要让一些重复性差，或者没人去重复的东西给蒙了.....
以前好骗钱，现在也没那么好骗了
很多东西都国内来说都新，不一样的哈～ |
T****r
发帖数: 4006 | 10 看到很多在20-35晃呢，很多东西都是用来发paper，申请funding用的.经过那么多计算
机的人为处理工作，谁知道那真实程度还剩多少呢。
【在 i***0 的大作中提到】
: 我们学校刚刚建了ＥＭ中心，ｃｒｙｏ－ＥＭ的分辨率现在最低可以到达４－５Ａ，对
: 于膜蛋白，还有大的ｃｏｍｐｌｅｘ，还是提供了有力的数据吧。
: 我不是牛人。个人看法。
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v*********i
发帖数: 40 | 11 但是对NIBS来说不应该啊，如果已经夕阳的了话。
王晓东把关，还是能看得出来潜力的吧???要是不好NIBS怎么会要??
【在 T****r 的大作中提到】
: 唉，很多都是骗人的...
: 只希望有些人不要让一些重复性差，或者没人去重复的东西给蒙了.....
: 以前好骗钱，现在也没那么好骗了
: 很多东西都国内来说都新，不一样的哈～
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p*******r
发帖数: 4048 | 12 嗯， tsinghua just bought a cryo-EM machine.
I think it's an interesting direction.
【在 v*********i 的大作中提到】
: 比如NIBS，听说就刚找了做cryo-EM的人?而且据说是前一段时间一直想找cyo-EM的人。
: 如果这个没有发展前景的话,已经是夕阳领域了，怎么会找这个领域的人捏?
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p*******r
发帖数: 4048 | 13 I think looking at individual protein is a stretch, but looking to protein
meshwork, figuring out which protein is where is pretty suitable use.
【在 T****r 的大作中提到】
: 看到很多在20-35晃呢，很多东西都是用来发paper，申请funding用的.经过那么多计算
: 机的人为处理工作，谁知道那真实程度还剩多少呢。
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j***n
发帖数: 23 | 14 The fundamental idea of EM reconstruction is quite old, Aaron Klug in MRC
has earned Nobel at 1982 in part of it.
In term of computation, the manipulation in cryoEM is as much as X-ray, if
not less. The biggest problem is the heterogeneity of the sample, which
hampers all kind of structural biology techniques and only can be solved by
biological manipulations.
【在 p*******r 的大作中提到】
: I think looking at individual protein is a stretch, but looking to protein
: meshwork, figuring out which protein is where is pretty suitable use.
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s******y
发帖数: 28562 | 15 对。优点就是不需要结晶，而且可以很直观的看到在体构型。
如果获得了很干净的数据，经过大规模计算之后是可以把精度收缩到4`5A
【在 i***0 的大作中提到】
: 呵呵，每个技术都是有局限性的，我只是提供一些我知道的数据，我也说了，是最低。
: 一般可能也就１０－２０Ａ吧，但优点是，不用结晶。ＬＺ不是在问这个技术什么时候
: 热起来么，我也不清楚。只不过支持一下似乎在膜蛋白和大复合物上，这个技术似乎热
: 了起来。个人观点而已。
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s******y
发帖数: 28562 | 16 以前是用来看细胞结构的，现在是用来看大蛋白结构的
【在 v*********i 的大作中提到】
: 冷冻电镜?
: 请牛人八一八……
: 这个技术不是很早就有了的咩，本科学细胞的时候都讲到了?
: 最近几年是又有什么突破进展呀? 现在可以做什么新的东西?
: 细胞间连接？这个是不是已经知道的比较清楚了呀?细胞书上不是把模型都画出来了咩
: ……
: 弱问，请牛人指点之。
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T****r
发帖数: 4006 | 17 大概离做这个的人太近了，所以我对这个技术有严重的偏见...
我当年差点被排上这么一个方向，还好给我抵抗掉了。
【在 p*******r 的大作中提到】
: I think looking at individual protein is a stretch, but looking to protein
: meshwork, figuring out which protein is where is pretty suitable use.
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S*******e
发帖数: 17 | 18 电镜差不多有一百年,最初的模型仅能放大几倍,但现在已经可以看清硅晶体里的原子束
了.冷冻电镜约有二十年的历史,是为观察蛋白活性状态发展出来,之前大家用重金属盐
染色法样品严重失水变形, 而且看到的图象实际是密度大的盐包围蛋白形成的轮廓,分
辨率限制在20-30A样子. 应用液态乙烷速冻蛋白溶液可使样品被包埋在密度低的玻璃态
冰里从而突显密度稍高的蛋白质,因后者密度仅是前者的1.5倍不到样品信号基本上被掩
埋在噪音里,因此这技术适用于大蛋白复合物,目前下限大概在200-300KDA.
电镜结构重组涉及到很多图象处理,最重要的技术是通过复合大量单颗粒图象来提高信
噪比,这里隐含的前提是所有单颗粒有同样的组成同样的构象.实际上生物分子总处于动
态的变化中,因此就有上面有人提到的不均一性问题.少数例外是有高对称性的病毒颗粒
(UCLA的ZHENHONG ZHOU实验室发表了几个3.5A左右的病毒结构),和其他一些对称性较高
的分子(BEYLOR的WHA QIU实验室做的4A的GroEL,BERKELEY的EVA实验室有一些微管蛋白
的精细结构).其他对称性不高的蛋白分辨率局限在10A上下(例外
【在 v*********i 的大作中提到】
: 冷冻电镜?
: 请牛人八一八……
: 这个技术不是很早就有了的咩，本科学细胞的时候都讲到了?
: 最近几年是又有什么突破进展呀? 现在可以做什么新的东西?
: 细胞间连接？这个是不是已经知道的比较清楚了呀?细胞书上不是把模型都画出来了咩
: ……
: 弱问，请牛人指点之。
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a***a
发帖数: 40617 | 19 mark
【在 S*******e 的大作中提到】
: 电镜差不多有一百年,最初的模型仅能放大几倍,但现在已经可以看清硅晶体里的原子束
: 了.冷冻电镜约有二十年的历史,是为观察蛋白活性状态发展出来,之前大家用重金属盐
: 染色法样品严重失水变形, 而且看到的图象实际是密度大的盐包围蛋白形成的轮廓,分
: 辨率限制在20-30A样子. 应用液态乙烷速冻蛋白溶液可使样品被包埋在密度低的玻璃态
: 冰里从而突显密度稍高的蛋白质,因后者密度仅是前者的1.5倍不到样品信号基本上被掩
: 埋在噪音里,因此这技术适用于大蛋白复合物,目前下限大概在200-300KDA.
: 电镜结构重组涉及到很多图象处理,最重要的技术是通过复合大量单颗粒图象来提高信
: 噪比,这里隐含的前提是所有单颗粒有同样的组成同样的构象.实际上生物分子总处于动
: 态的变化中,因此就有上面有人提到的不均一性问题.少数例外是有高对称性的病毒颗粒
: (UCLA的ZHENHONG ZHOU实验室发表了几个3.5A左右的病毒结构),和其他一些对称性较高
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j***n
发帖数: 23 | 20 well summarized.
The main reason of super low S/N ratio in cryoEM is due to the dose-
sensitive of biological specimen to electron beam. The speed of electron in
modern EM is close to light-speed. After short exposure, almost every
chemical bond is gone, the structure is vaporized.
If the protein behaves like rock, EM may see atomic/sub-atomic
structure easily with current technology.
【在 S*******e 的大作中提到】
: 电镜差不多有一百年,最初的模型仅能放大几倍,但现在已经可以看清硅晶体里的原子束
: 了.冷冻电镜约有二十年的历史,是为观察蛋白活性状态发展出来,之前大家用重金属盐
: 染色法样品严重失水变形, 而且看到的图象实际是密度大的盐包围蛋白形成的轮廓,分
: 辨率限制在20-30A样子. 应用液态乙烷速冻蛋白溶液可使样品被包埋在密度低的玻璃态
: 冰里从而突显密度稍高的蛋白质,因后者密度仅是前者的1.5倍不到样品信号基本上被掩
: 埋在噪音里,因此这技术适用于大蛋白复合物,目前下限大概在200-300KDA.
: 电镜结构重组涉及到很多图象处理,最重要的技术是通过复合大量单颗粒图象来提高信
: 噪比,这里隐含的前提是所有单颗粒有同样的组成同样的构象.实际上生物分子总处于动
: 态的变化中,因此就有上面有人提到的不均一性问题.少数例外是有高对称性的病毒颗粒
: (UCLA的ZHENHONG ZHOU实验室发表了几个3.5A左右的病毒结构),和其他一些对称性较高
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