j*********o
发帖数: 237 | 1 本人新手，刚开始做chip-seq，不知道应该用single-read 还是 paired-end，好像说
paired-end做出来的peak比较准确，但是容易有primer dimer的污染，恳请有经验的大
侠指教！ |
d***y
发帖数: 8536 | 2 是测未知的genome，还是已知序列的genome？ 未知的话用paired-end,已知的话，两个
都能用，paired-end要贵不少。 |
j*********o
发帖数: 237 | 3 测小鼠的，在自己研究所的facility做，价格不是问题，主要想知道哪个更好一些，对
了，我做的蛋白不是转录因子，预计peak不会很sharp，这种情况2中方法有区别吗？多
谢！ |
m***T
发帖数: 11058 | |
j*********o
发帖数: 237 | |
s******s
发帖数: 13035 | 6 PE基本没有必要，现在一头普通的就是50bp
【在 j*********o 的大作中提到】
: 测小鼠的，在自己研究所的facility做，价格不是问题，主要想知道哪个更好一些，对
: 了，我做的蛋白不是转录因子，预计peak不会很sharp，这种情况2中方法有区别吗？多
: 谢！
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L*******a
发帖数: 293 | 7 如果不在乎钱，建议你做一个lane的PE先。
按你的说法似乎是个broad peak。
目前大多数软件对建库时候的gel selection size这个参数比较敏感，用PE的话能有个
比较准的估计。
如果一个lane的saturation不够，接下来可以再做个SE的。
供参考。
【在 j*********o 的大作中提到】
: 本人新手，刚开始做chip-seq，不知道应该用single-read 还是 paired-end，好像说
: paired-end做出来的peak比较准确，但是容易有primer dimer的污染，恳请有经验的大
: 侠指教！
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