Z******5
发帖数: 435 | 1 国内小地方做ap有段时间了，研究方向一直没有怎么确定，现在实验室主要做的方向是
蛋白修饰和信号通路，和以前phd期间做的transcription and epigenetic regulation
不太一样，很多东西做起来不太熟悉也很辛苦，都是东搞搞西搞搞，发两篇小破文章。
再这样下去就废掉了。
最近和老板商量了一下，觉得还是在自己比较熟悉的领域DNA epigenetic或者RNA
epigenetic上多下一些功夫，深挖一下。但觉得这两个领域传统研究的方法都已经比较
成熟了。感觉3D genome是一个比较新起的领域，现在跳进去应该还不算晚。就是不太
确定整个大方向是个真坑还是假坑？希望别跳到假坑里，欢迎有经验的大神指点一下。 |
a******r
发帖数: 786 | |
j****n
发帖数: 3370 | 3 不是都在搞4D nucleosme了？
regulation
【在 Z******5 的大作中提到】
: 国内小地方做ap有段时间了，研究方向一直没有怎么确定，现在实验室主要做的方向是
: 蛋白修饰和信号通路，和以前phd期间做的transcription and epigenetic regulation
: 不太一样，很多东西做起来不太熟悉也很辛苦，都是东搞搞西搞搞，发两篇小破文章。
: 再这样下去就废掉了。
: 最近和老板商量了一下，觉得还是在自己比较熟悉的领域DNA epigenetic或者RNA
: epigenetic上多下一些功夫，深挖一下。但觉得这两个领域传统研究的方法都已经比较
: 成熟了。感觉3D genome是一个比较新起的领域，现在跳进去应该还不算晚。就是不太
: 确定整个大方向是个真坑还是假坑？希望别跳到假坑里，欢迎有经验的大神指点一下。
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l*******1
发帖数: 16217 | |
z*t
发帖数: 863 | 5 这个坑首先是好坑。能挖出来宝贝。但是里面啥人都有，内部的定义也非常混乱。你想
进来挖宝首先看看自己有啥独门绝技，不要为了领域热而跟风，要不然很容易被其它矿
工一管锹拍死... |
Z******5
发帖数: 435 | 6 其实4D就是多了一个时间而已，比如胚胎发育的时间。本质上和3D好像没啥区别。我是
做肿瘤的，这个不考虑。我要考虑的是癌变的各个阶段的差异，或者异质性的肿瘤细胞
中的差异。
【在 j****n 的大作中提到】
: 不是都在搞4D nucleosme了？
:
: regulation
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Z******5
发帖数: 435 | 7 原来课题是做miRNA，你说能有啥绝技，也愁呀。 现在就是想跳一个刚兴起的坑里，
搞点绝技。
之所以想选这个坑，就是因为自己对转录调控和表观遗传还算熟悉，ChIP-seq和RIP-
seq都做过，没啥问题。想在这个基础上往3D genome发展一下。目前担心的就是这个所
谓的空间结构本质上到底是真的存在（保守并确实用功能），还是不存在这回事（那么
长的染色体纯粹是随机碰到一起的，根本是杂乱无章，无序可言），现在那些文章只是
噱头或concept。
【在 z*t 的大作中提到】
: 这个坑首先是好坑。能挖出来宝贝。但是里面啥人都有，内部的定义也非常混乱。你想
: 进来挖宝首先看看自己有啥独门绝技，不要为了领域热而跟风，要不然很容易被其它矿
: 工一管锹拍死...
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z*t
发帖数: 863 | 8 我的建议是找找miRNA参与形成的nuclear body之类的,这一块是明摆着是你你说的前者
，但是因为研究手段的限制目前并没有很好的办法
【在 Z******5 的大作中提到】
: 原来课题是做miRNA，你说能有啥绝技，也愁呀。 现在就是想跳一个刚兴起的坑里，
: 搞点绝技。
: 之所以想选这个坑，就是因为自己对转录调控和表观遗传还算熟悉，ChIP-seq和RIP-
: seq都做过，没啥问题。想在这个基础上往3D genome发展一下。目前担心的就是这个所
: 谓的空间结构本质上到底是真的存在（保守并确实用功能），还是不存在这回事（那么
: 长的染色体纯粹是随机碰到一起的，根本是杂乱无章，无序可言），现在那些文章只是
: 噱头或concept。
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d********m
发帖数: 3662 | 9 chromosome directional movement肯定存在啊，多少文章都已经证实了。但是机制翻
来覆去就这么几个。你试试拓展下呗。
ucla katherine plath， uiuc andrew belmont, nih tom misteli, cshl david
spector，还有mrc wendy bickermore的文章好好看看呗。特别是misteli的。
【在 Z******5 的大作中提到】
: 原来课题是做miRNA，你说能有啥绝技，也愁呀。 现在就是想跳一个刚兴起的坑里，
: 搞点绝技。
: 之所以想选这个坑，就是因为自己对转录调控和表观遗传还算熟悉，ChIP-seq和RIP-
: seq都做过，没啥问题。想在这个基础上往3D genome发展一下。目前担心的就是这个所
: 谓的空间结构本质上到底是真的存在（保守并确实用功能），还是不存在这回事（那么
: 长的染色体纯粹是随机碰到一起的，根本是杂乱无章，无序可言），现在那些文章只是
: 噱头或concept。
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d********m
发帖数: 3662 | 10 long noncoding RNA?
【在 z*t 的大作中提到】
: 我的建议是找找miRNA参与形成的nuclear body之类的,这一块是明摆着是你你说的前者
: ，但是因为研究手段的限制目前并没有很好的办法
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d********m
发帖数: 3662 | 11 chromosome long range interaction这个绝对不是烂坑，和small rna这个领域完全是
不一样的。就说我提到的几个人，个个都是特别严谨，口碑很好的科学家。
job dekker, erez lieberman这几个就不用说了。但是hic现在的问题还是crosslink的
方法，质疑的人特别多。cornell的john liz在做一个互补的方法验证hic，这个坑可以
暂时别跳，静观其变。 |
z*t
发帖数: 863 | 12 Nuclear Sparkle
【在 d********m 的大作中提到】
: long noncoding RNA?
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j*********g
发帖数: 463 | 13 hi-c好贵，计算量大，中小实验室做不起啊
targeted hic可以是个选择，例如stunnenberg最近cell stem cell上的方法
[在 dimorphism (雷小阿伦) 的大作中提到：]
:chromosome long range interaction这个绝对不是烂坑，和small rna这个领域完全
是不一样的。就说我提到的几个人，个个都是特别严谨，口碑很好的科学家。
:job dekker, erez lieberman这几个就不用说了。但是hic现在的问题还是crosslink
的方法，质疑的人特别多。cornell的john liz在做一个互补的方法验证hic，这个坑可
以暂时别跳，静观其变。 |
j*********g
发帖数: 463 | 14 加上生物验证就有意义了，例如用cas9删除一个interaction区域，能影响基因的表达
和生物学功能
[在 dimorphism (雷小阿伦) 的大作中提到：]
:chromosome long range interaction这个绝对不是烂坑，和small rna这个领域完全
是不一样的。就说我提到的几个人，个个都是特别严谨，口碑很好的科学家。
:job dekker, erez lieberman这几个就不用说了。但是hic现在的问题还是crosslink
的方法，质疑的人特别多。cornell的john liz在做一个互补的方法验证hic，这个坑可
以暂时别跳，静观其变。 |
j*********g
发帖数: 463 | 15 那你是要做单细胞3D genome咯？
[在 Zifeng85 (Zifeng9527) 的大作中提到：]
:其实4D就是多了一个时间而已，比如胚胎发育的时间。本质上和3D好像没啥区别。我
是做肿瘤的，这个不考虑。我要考虑的是癌变的各个阶段的差异，或者异质性的肿瘤细
胞中的差异。 |
Z******5
发帖数: 435 | 16 对nuclear body还不太熟悉。但是如果没有啥新的研究手段，觉得也不好做呀。
【在 z*t 的大作中提到】
: 我的建议是找找miRNA参与形成的nuclear body之类的,这一块是明摆着是你你说的前者
: ，但是因为研究手段的限制目前并没有很好的办法
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Z******5
发帖数: 435 | 17 我们实验室重点研究的就一个基因（这也是在这边为啥发愁的原因，一直不知道该研究
啥）。目前手头积累了各种和这个基因相关的database来源数据，提示可以往3D
genome这个方向试试。我第一步打算从这个基因的ChIP-seq上拓展到ChIA-seq，看它影
响的3D genome结构。至于Hi-C，至少目前对我来说还不是必须的。
不过你说的crosslink问题，如果我现在入手做ChIA-Seq，肯定要用这个办法的，好像
避免不了。
【在 d********m 的大作中提到】
: chromosome long range interaction这个绝对不是烂坑，和small rna这个领域完全是
: 不一样的。就说我提到的几个人，个个都是特别严谨，口碑很好的科学家。
: job dekker, erez lieberman这几个就不用说了。但是hic现在的问题还是crosslink的
: 方法，质疑的人特别多。cornell的john liz在做一个互补的方法验证hic，这个坑可以
: 暂时别跳，静观其变。
|
Z******5
发帖数: 435 | 18 我理解的Hi-c就是全基因组所有interaction位点都要找全，貌似我目前还用不到。 我
们做肿瘤的多数是从一个蛋白入手去研究机制，所以我准备用我感兴趣的蛋白做ChIA-
seq，虽然目前各种分析数据提示可能有作用，但是是不是真能做出来，心里很没底，
有点撞大运的感觉。
crosslink
【在 j*********g 的大作中提到】
: hi-c好贵，计算量大，中小实验室做不起啊
: targeted hic可以是个选择，例如stunnenberg最近cell stem cell上的方法
: [在 dimorphism (雷小阿伦) 的大作中提到：]
: :chromosome long range interaction这个绝对不是烂坑，和small rna这个领域完全
: 是不一样的。就说我提到的几个人，个个都是特别严谨，口碑很好的科学家。
: :job dekker, erez lieberman这几个就不用说了。但是hic现在的问题还是crosslink
: 的方法，质疑的人特别多。cornell的john liz在做一个互补的方法验证hic，这个坑可
: 以暂时别跳，静观其变。
|
Z******5
发帖数: 435 | 19 恩，所以往这个坑跳的另外一个原因就是有cas9的手段去研究感兴趣的位点的function。
crosslink
【在 j*********g 的大作中提到】
: 加上生物验证就有意义了，例如用cas9删除一个interaction区域，能影响基因的表达
: 和生物学功能
: [在 dimorphism (雷小阿伦) 的大作中提到：]
: :chromosome long range interaction这个绝对不是烂坑，和small rna这个领域完全
: 是不一样的。就说我提到的几个人，个个都是特别严谨，口碑很好的科学家。
: :job dekker, erez lieberman这几个就不用说了。但是hic现在的问题还是crosslink
: 的方法，质疑的人特别多。cornell的john liz在做一个互补的方法验证hic，这个坑可
: 以暂时别跳，静观其变。
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Z******5
发帖数: 435 | 20 貌似也不必做单细胞的吧。 可以做的很多，比如1.非肿瘤细胞和肿瘤细胞比较；2.原
发灶和转移灶的比较；3.转移强的和转移弱的比较；3.诱导EMT前后的比较；4.非肿瘤
干细胞和肿瘤干细胞的比较.....
【在 j*********g 的大作中提到】
: 那你是要做单细胞3D genome咯？
: [在 Zifeng85 (Zifeng9527) 的大作中提到：]
: :其实4D就是多了一个时间而已，比如胚胎发育的时间。本质上和3D好像没啥区别。我
: 是做肿瘤的，这个不考虑。我要考虑的是癌变的各个阶段的差异，或者异质性的肿瘤细
: 胞中的差异。
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Z******5
发帖数: 435 | 21 貌似也不必做单细胞的吧。 可以做的很多，比如1.非肿瘤细胞和肿瘤细胞比较；2.原
发灶和转移灶的比较；3.转移强的和转移弱的比较；3.诱导EMT前后的比较；4.非肿瘤
干细胞和肿瘤干细胞的比较.....
【在 j*********g 的大作中提到】
: 那你是要做单细胞3D genome咯？
: [在 Zifeng85 (Zifeng9527) 的大作中提到：]
: :其实4D就是多了一个时间而已，比如胚胎发育的时间。本质上和3D好像没啥区别。我
: 是做肿瘤的，这个不考虑。我要考虑的是癌变的各个阶段的差异，或者异质性的肿瘤细
: 胞中的差异。
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j*********g
发帖数: 463 | 22 ChIA-seq不容易，需要抗体。试试3c-seq, 或者targeted chromatin capture既然你有
viewpoint…
[在 Zifeng85 (Zifeng9527) 的大作中提到：]
:我理解的Hi-c就是全基因组所有interaction位点都要找全，貌似我目前还用不到。
我们做肿瘤的多数是从一个蛋白入手去研究机制，所以我准备用我感兴趣的蛋白做ChIA-
:seq，虽然目前各种分析数据提示可能有作用，但是是不是真能做出来，心里很没底，
:有点撞大运的感觉。
:crosslink |
c*********r
发帖数: 1312 | 23 求内行科普一下，做3D genome，测序样本制备需要多少细胞或者细胞核？需要哪些好
的抗体？还需要哪些关键试剂或者方法？
我问这些问题是因为之前和一哥们儿聊过一些。他做AP后其中一个方向研究细胞周期中
的3D genome变化。需要找一个实验模型，要至少几个million的细胞，而且是高度同步
的。虽然使用物理和化学方法可以是培养的细胞同步，但是我总觉得会不会有一些
artifact。
我倒是有个很好的系统，某种动物胚胎发育过程中，前3个细胞周期天然高度同步，而
且从一个个体就可以拿到几个million个胚胎，关于cyclin的诺奖甚至都是在该物种里
最早发现的，可见很适合研究细胞周期。这种动物的进化地位其实比果蝇线虫更接近人
。但是问题在于这个系统不是主流模式生物，genome虽然在06年就发表了，后来也有不
断改进，但是很不完善。而且很多抗体估计都没有人在这个物种里开发和尝试过。考虑
到种种风险，我的同学决定还是上保险靠谱的动物，先做老鼠和人的细胞吧，就没有跟
进了。
各位评价一下这样的系统是否可以用来研究3D genome在细胞周期中的变化？ |
d********m
发帖数: 3662 | 24 frog eggs?
只要能crosslink + 测序就行吧。erez实验室做的物种的种间和时间跨度大到吓死个人。
【在 c*********r 的大作中提到】
: 求内行科普一下，做3D genome，测序样本制备需要多少细胞或者细胞核？需要哪些好
: 的抗体？还需要哪些关键试剂或者方法？
: 我问这些问题是因为之前和一哥们儿聊过一些。他做AP后其中一个方向研究细胞周期中
: 的3D genome变化。需要找一个实验模型，要至少几个million的细胞，而且是高度同步
: 的。虽然使用物理和化学方法可以是培养的细胞同步，但是我总觉得会不会有一些
: artifact。
: 我倒是有个很好的系统，某种动物胚胎发育过程中，前3个细胞周期天然高度同步，而
: 且从一个个体就可以拿到几个million个胚胎，关于cyclin的诺奖甚至都是在该物种里
: 最早发现的，可见很适合研究细胞周期。这种动物的进化地位其实比果蝇线虫更接近人
: 。但是问题在于这个系统不是主流模式生物，genome虽然在06年就发表了，后来也有不
|
j*********g
发帖数: 463 | 25 xenopus吧 百万细胞可以啊
上Hi-C不要抗体啊
推荐你做targeted 这样测序只要几百个million reads
像liebermann那样一下测几个billion 测序量惊人 计算也很困难
[在 cellcreator (cellcreator) 的大作中提到：]
:求内行科普一下，做3D genome，测序样本制备需要多少细胞或者细胞核？需要哪些好
:的抗体？还需要哪些关键试剂或者方法？
:我问这些问题是因为之前和一哥们儿聊过一些。他做AP后其中一个方向研究细胞周期
中的3D genome变化。需要找一个实验模型，要至少几个million的细胞，而且是高度同
步的。虽然使用物理和化学方法可以是培养的细胞同步，但是我总觉得会不会有一些
:artifact。
:我倒是有个很好的系统，某种动物胚胎发育过程中，前3个细胞周期天然高度同步，而
:且从一个个体就可以拿到几个million个胚胎，关于cyclin的诺奖甚至都是在该物种里
:最早发现的，可见很适合研究细胞周期。这种动物的进化地位其实比果蝇线虫更接近
人。但是问题在于这个系统不是主流模式生物，genome虽然在06年就发表了，后来也有
不断改进，但是很不完善。而且很多抗体估计都没有人在这个物种里开发和尝试过。考
虑到种种风险，我的同学决定还是上保险靠谱的动物，先做老鼠和人的细胞吧，就没有
跟进了。
:各位评价一下这样的系统是否可以用来研究3D genome在细胞周期中的变化？ |
z*t
发帖数: 863 | 26 你这个是什么细胞？
现在Hi-C 有好多的database可以看
Yue Feng lab @ PSU
Juiciebox里面也有好多
：我们实验室重点研究的就一个基因（这也是在这边为啥发愁的原因，一直不知道该研
究啥）。目前手头积累了各种和这个基因相关的database来源数据，提示可以往3D
：genome这个方向试试。我第一步打算从这个基因的ChIP-seq上拓展到ChIA-seq，看它
影响的3D genome结构。至于Hi-C，至少目前对我来说还不是必须的。
：不过你说的crosslink问题，如果我现在入手做ChIA-Seq，肯定要用这个办法的，好像
：避免不了。
【在 Z******5 的大作中提到】
: 貌似也不必做单细胞的吧。 可以做的很多，比如1.非肿瘤细胞和肿瘤细胞比较；2.原
: 发灶和转移灶的比较；3.转移强的和转移弱的比较；3.诱导EMT前后的比较；4.非肿瘤
: 干细胞和肿瘤干细胞的比较.....
|
c*********r
发帖数: 1312 | 27 不是Frog, 是更小众的海胆。
人。
【在 d********m 的大作中提到】
: frog eggs?
: 只要能crosslink + 测序就行吧。erez实验室做的物种的种间和时间跨度大到吓死个人。
|
c*********r
发帖数: 1312 | 28 Xenopus细胞不同embryo之间以及同一个embryo之内的细胞的周期高度同步吗？
【在 j*********g 的大作中提到】
: xenopus吧 百万细胞可以啊
: 上Hi-C不要抗体啊
: 推荐你做targeted 这样测序只要几百个million reads
: 像liebermann那样一下测几个billion 测序量惊人 计算也很困难
: [在 cellcreator (cellcreator) 的大作中提到：]
: :求内行科普一下，做3D genome，测序样本制备需要多少细胞或者细胞核？需要哪些好
: :的抗体？还需要哪些关键试剂或者方法？
: :我问这些问题是因为之前和一哥们儿聊过一些。他做AP后其中一个方向研究细胞周期
: 中的3D genome变化。需要找一个实验模型，要至少几个million的细胞，而且是高度同
: 步的。虽然使用物理和化学方法可以是培养的细胞同步，但是我总觉得会不会有一些
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c*********r
发帖数: 1312 | 29 是海胆，多谢分享。我去Yue Feng lab网页看看~
好像
【在 z*t 的大作中提到】
: 你这个是什么细胞？
: 现在Hi-C 有好多的database可以看
: Yue Feng lab @ PSU
: Juiciebox里面也有好多
:
: ：我们实验室重点研究的就一个基因（这也是在这边为啥发愁的原因，一直不知道该研
: 究啥）。目前手头积累了各种和这个基因相关的database来源数据，提示可以往3D
: ：genome这个方向试试。我第一步打算从这个基因的ChIP-seq上拓展到ChIA-seq，看它
: 影响的3D genome结构。至于Hi-C，至少目前对我来说还不是必须的。
: ：不过你说的crosslink问题，如果我现在入手做ChIA-Seq，肯定要用这个办法的，好像
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c*********r
发帖数: 1312 | 30 多谢你之前的帖子介绍这方面的实验室，很有帮助。我了解一下看这方面水深不深。如
果有前途的话，我也许就做个独立课题，海胆早期胚胎发育细胞周期中的3D genome
dynamics。不知道这个topic够不够sexy？
人。
【在 d********m 的大作中提到】
: frog eggs?
: 只要能crosslink + 测序就行吧。erez实验室做的物种的种间和时间跨度大到吓死个人。
|
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m********m
发帖数: 11 | 31 一个基因的话还是做4c吧比较便宜，虽然4c也不好做但是比ChIA-PET还是容易多了。不
过4C也只是半定量，如果差别不是特别显著的那种也很难观测到。
做HiC的话不光贵而且分析也是个大坑，现在几个大组的数据分析标准都不统一，一个
人从头理太费时间了，希望4DN能建立起行业标准。
【在 Z******5 的大作中提到】
: 我们实验室重点研究的就一个基因（这也是在这边为啥发愁的原因，一直不知道该研究
: 啥）。目前手头积累了各种和这个基因相关的database来源数据，提示可以往3D
: genome这个方向试试。我第一步打算从这个基因的ChIP-seq上拓展到ChIA-seq，看它影
: 响的3D genome结构。至于Hi-C，至少目前对我来说还不是必须的。
: 不过你说的crosslink问题，如果我现在入手做ChIA-Seq，肯定要用这个办法的，好像
: 避免不了。
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m********m
发帖数: 11 | 32 至少有两个组都做了老鼠早期胚胎发育里面的HiC了，都已经投出去了，现在再做海胆
的是不是有点不够新了。。。
【在 c*********r 的大作中提到】
: 多谢你之前的帖子介绍这方面的实验室，很有帮助。我了解一下看这方面水深不深。如
: 果有前途的话，我也许就做个独立课题，海胆早期胚胎发育细胞周期中的3D genome
: dynamics。不知道这个topic够不够sexy？
:
: 人。
|
c*********r
发帖数: 1312 | 33 细胞周期中的HiC有人做过没？比如一个细胞周期中每隔一段时间取样什么的。
【在 m********m 的大作中提到】
: 至少有两个组都做了老鼠早期胚胎发育里面的HiC了，都已经投出去了，现在再做海胆
: 的是不是有点不够新了。。。
|
a********p
发帖数: 52 | 34 http://science.sciencemag.org/content/sci/342/6161/948.full.pdf
【在 c*********r 的大作中提到】
: 细胞周期中的HiC有人做过没？比如一个细胞周期中每隔一段时间取样什么的。
|
d********m
发帖数: 3662 | 35 我觉得能把海胆两字去掉就绝对sexy啦，哈哈。
【在 c*********r 的大作中提到】
: 多谢你之前的帖子介绍这方面的实验室，很有帮助。我了解一下看这方面水深不深。如
: 果有前途的话，我也许就做个独立课题，海胆早期胚胎发育细胞周期中的3D genome
: dynamics。不知道这个topic够不够sexy？
:
: 人。
|
d********m
发帖数: 3662 | 36 说起这个文章，一开始我看了个人觉得没有什么大的意思，但是前阵子面试的一个这
个领域的绝顶大牛对这篇文章赞不绝口，认为job dekker方法加模拟出的结果合理解释
很多传统的chromosome的形态和功能问题。
此牛滔滔不绝的给我讲了半个小时这个文章和传统生化实验还有电镜结果的联系，我一
下子认识到和大牛的视野还有思考方式差距太大了，有种完全没法弥补的感觉。
【在 a********p 的大作中提到】
: http://science.sciencemag.org/content/sci/342/6161/948.full.pdf
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c*********r
发帖数: 1312 | 37 其实我开始也想说来着，除了海胆这两个字，其它的看着还都不错。
后来本着对自己工作的热爱，就没说。。。哈哈~
【在 d********m 的大作中提到】
: 我觉得能把海胆两字去掉就绝对sexy啦，哈哈。
|
c*********r
发帖数: 1312 | 38 谢谢分享这篇文章！刚才zxt也给我发了这篇文章，一定仔细看看。
这篇文章是用hela细胞sort之后做的吧？之后有人follow他们的工作在其它体系里做过
吗？我觉得用海胆做的话有两个优势，一是大量天然的同步的细胞，而是胚胎发育过程
里做。前者可以保证材料的可靠，而且和癌细胞有些区别；后者的意义在于也许可以找
到一些在胚胎发育过程中重要的调控机制。缺点也很明显，就是非主流生物。
【在 d********m 的大作中提到】
: 说起这个文章，一开始我看了个人觉得没有什么大的意思，但是前阵子面试的一个这
: 个领域的绝顶大牛对这篇文章赞不绝口，认为job dekker方法加模拟出的结果合理解释
: 很多传统的chromosome的形态和功能问题。
: 此牛滔滔不绝的给我讲了半个小时这个文章和传统生化实验还有电镜结果的联系，我一
: 下子认识到和大牛的视野还有思考方式差距太大了，有种完全没法弥补的感觉。
|
Z******5
发帖数: 435 | 39 牛人呀，从你的贴中学到很多。希望能把这块展开说说：“此牛滔滔不绝的给我讲了半
个小时这个文章和传统生化实验还有电镜结果的联系，我一下子认识到和大牛的视野还
有思考方式差距太大了，有种完全没法弥补的感觉”。让我们没吃过牛肉的也看看牛跑。
这个领域实验是一个难点，另外还有一个难点就是分析。ChIP-seq还好，现在有很多傻
瓜式分析工具，对我这种不会写code的人来说也可以做。但是ChiA-seq分析相对就要复
杂一些，“傻瓜”工具也还不多。你对这一块有啥看法？（更直接一点的问题是像我这
样的人能不能做分析这块？： 我不会写code，但是会用R，会用各种傻瓜工具。）
【在 d********m 的大作中提到】
: 说起这个文章，一开始我看了个人觉得没有什么大的意思，但是前阵子面试的一个这
: 个领域的绝顶大牛对这篇文章赞不绝口，认为job dekker方法加模拟出的结果合理解释
: 很多传统的chromosome的形态和功能问题。
: 此牛滔滔不绝的给我讲了半个小时这个文章和传统生化实验还有电镜结果的联系，我一
: 下子认识到和大牛的视野还有思考方式差距太大了，有种完全没法弥补的感觉。
|
Z******5
发帖数: 435 | 40 还有一个问题就是：其实国内现在很多group都对ChIP-seq感兴趣，比如我们单位我就
知道有六七个课题组在做这块，但至今还没有做成功的，都死在了IP这一步，也就是IP
下来的DNA不能够满足公司的建库需求（公司一般要求建库的样品总量至少在20ng以上
，最好50ng以上）。 但是最近听说国外几个牛lab做这个实验这块要求其实没那么高，
不知道你们是否了解。 我们在国内的话，这个问题怎么解决？是否可以自己搞一套单
细胞测序建库的东西？
【在 d********m 的大作中提到】
: 说起这个文章，一开始我看了个人觉得没有什么大的意思，但是前阵子面试的一个这
: 个领域的绝顶大牛对这篇文章赞不绝口，认为job dekker方法加模拟出的结果合理解释
: 很多传统的chromosome的形态和功能问题。
: 此牛滔滔不绝的给我讲了半个小时这个文章和传统生化实验还有电镜结果的联系，我一
: 下子认识到和大牛的视野还有思考方式差距太大了，有种完全没法弥补的感觉。
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c*********r
发帖数: 1312 | 41 我也挺担心这个抗体的问题。我也想做一些ChIP-seq，但是没人试过在我们这个物种里
试过epigenetics相关的抗体。这算是个机会呢，还是个坑？
IP
【在 Z******5 的大作中提到】
: 还有一个问题就是：其实国内现在很多group都对ChIP-seq感兴趣，比如我们单位我就
: 知道有六七个课题组在做这块，但至今还没有做成功的，都死在了IP这一步，也就是IP
: 下来的DNA不能够满足公司的建库需求（公司一般要求建库的样品总量至少在20ng以上
: ，最好50ng以上）。 但是最近听说国外几个牛lab做这个实验这块要求其实没那么高，
: 不知道你们是否了解。 我们在国内的话，这个问题怎么解决？是否可以自己搞一套单
: 细胞测序建库的东西？
|
j*********g
发帖数: 463 | 42 这个公司很挫。即使TruSeq ChIP也只需要5ng DNA。而clontech的最新kit不用
Atailing，而是PolyT tailing，只需要100pg DNA，用的方法类似清华Wei Xie去年的
Nature，只是polyC换成了polyT。少量细胞做ChIPseq很成熟了，0.1million绝对是没
有问题的。关键是抗体要好。
如果能拿到5ng以上，就自己买个TruSeq ChIP kit，建好了library再送去公司上机测
序吧。
IP
【在 Z******5 的大作中提到】
: 还有一个问题就是：其实国内现在很多group都对ChIP-seq感兴趣，比如我们单位我就
: 知道有六七个课题组在做这块，但至今还没有做成功的，都死在了IP这一步，也就是IP
: 下来的DNA不能够满足公司的建库需求（公司一般要求建库的样品总量至少在20ng以上
: ，最好50ng以上）。 但是最近听说国外几个牛lab做这个实验这块要求其实没那么高，
: 不知道你们是否了解。 我们在国内的话，这个问题怎么解决？是否可以自己搞一套单
: 细胞测序建库的东西？
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Z******5
发帖数: 435 | 43 单就这个物种没多大意思吧。除非你说用这个模式生物发现了全新的现象。
【在 c*********r 的大作中提到】
: 我也挺担心这个抗体的问题。我也想做一些ChIP-seq，但是没人试过在我们这个物种里
: 试过epigenetics相关的抗体。这算是个机会呢，还是个坑？
:
: IP
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c*********r
发帖数: 1312 | 44 有道理。还得再想想怎么忽悠。。。
【在 Z******5 的大作中提到】
: 单就这个物种没多大意思吧。除非你说用这个模式生物发现了全新的现象。
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s*********r
发帖数: 22 | 45 我们组经常做25万细胞的 chip-seq.
polII,ctcf,cohesin. h3k27,h3k4. |
r***z
发帖数: 19 | 46 求文章链接，查了一下stunnenberg最近cell stem cell发的是
DNA Methylation Dynamics of Human Hematopoietic Stem Cell Differentiation
是这篇吗？
crosslink
【在 j*********g 的大作中提到】
: hi-c好贵，计算量大，中小实验室做不起啊
: targeted hic可以是个选择，例如stunnenberg最近cell stem cell上的方法
: [在 dimorphism (雷小阿伦) 的大作中提到：]
: :chromosome long range interaction这个绝对不是烂坑，和small rna这个领域完全
: 是不一样的。就说我提到的几个人，个个都是特别严谨，口碑很好的科学家。
: :job dekker, erez lieberman这几个就不用说了。但是hic现在的问题还是crosslink
: 的方法，质疑的人特别多。cornell的john liz在做一个互补的方法验证hic，这个坑可
: 以暂时别跳，静观其变。
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w********2
发帖数: 632 | 47 3D genome seems to focus on the spacial structure of the genome. It is not
easy, because spacial structure can change during sampling and extraction.
Even totally in natural form, dynamics happens because the genome is too big
too long. Once into the structural biology field, advanced instruments are
needed, EM, X-Ray, NMR, FT-MS, etc. Good research field, but high risk and
long term. |
b*****u
发帖数: 75 | 48 求指点一下 polii的抗体哪家好用？
【在 s*********r 的大作中提到】
: 我们组经常做25万细胞的 chip-seq.
: polII,ctcf,cohesin. h3k27,h3k4.
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c****u
发帖数: 584 | 49 Santa Cruz 的不错
【在 b*****u 的大作中提到】
: 求指点一下 polii的抗体哪家好用？
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b*****u
发帖数: 75 | 50 能告知货号吗？ 谢谢
btw， 看到某大牛用8WG16的单抗。兴冲冲买回来，发现做western都做不好。信号很弱
（和millipore的磷酸化polii相比）。也求推荐一个做western好用的polii抗体。
【在 c****u 的大作中提到】
: Santa Cruz 的不错
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c****u
发帖数: 584 | 51 N-20
【在 b*****u 的大作中提到】
: 能告知货号吗？ 谢谢
: btw， 看到某大牛用8WG16的单抗。兴冲冲买回来，发现做western都做不好。信号很弱
: （和millipore的磷酸化polii相比）。也求推荐一个做western好用的polii抗体。
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i****o
发帖数: 1018 | 52 这个停了。santa cruz被禁止用兔子了
【在 c****u 的大作中提到】
: N-20
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