V******t 发帖数: 444 | 1 老是在CNS上出现,大家都关注的,问题重要又比较新,还有很多问题待解决的。
我先抛砖引玉。比如 mTOR信号通路,PTEN的修饰,DNA demethylation与TET protein
,CRISPR/Cas9等等
都说说啊,说具体一点。 |
s******y 发帖数: 28562 | 2 别的我不知道,mTOR 以及PTEN我是已经看吐了。而且这两个通道对细胞的生理状态非
常敏感,对这两个蛋白本身的浓度也敏感,但是很多相关文章并没有注意让他们的实验
对此进行normalization, 所以不同组的文章做出来那是一个五花八门各说各话。
protein
【在 V******t 的大作中提到】 : 老是在CNS上出现,大家都关注的,问题重要又比较新,还有很多问题待解决的。 : 我先抛砖引玉。比如 mTOR信号通路,PTEN的修饰,DNA demethylation与TET protein : ,CRISPR/Cas9等等 : 都说说啊,说具体一点。
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m***g 发帖数: 22 | 3 mTOR 通道的影响太大了,不同的部位不同的结果.sunnyday老师有什么方法来精确测定
这两个蛋白本身的浓度?谢谢. |
V******t 发帖数: 444 | 4 胖老师说说,其他的有趣又热门的领域呀。 genome editing 是一个工具 当前大热 是
个实验室都要用到
还有呢 非工具的
信号通路里面 Hippo怎样?
免疫里面 Th17(?)啦 ,inflammasome啦 PD1?
【在 s******y 的大作中提到】 : 别的我不知道,mTOR 以及PTEN我是已经看吐了。而且这两个通道对细胞的生理状态非 : 常敏感,对这两个蛋白本身的浓度也敏感,但是很多相关文章并没有注意让他们的实验 : 对此进行normalization, 所以不同组的文章做出来那是一个五花八门各说各话。 : : protein
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s******y 发帖数: 28562 | 5 我这个其实是感慨有些实验室用over expression 的方法来做实验。
对于测浓度。一般的场合Western blot 就够了。对于location specific issue, 如果
不怕麻烦的话是可以用quantitive fluorescence (需要事先calibrate laser source)
.
【在 m***g 的大作中提到】 : mTOR 通道的影响太大了,不同的部位不同的结果.sunnyday老师有什么方法来精确测定 : 这两个蛋白本身的浓度?谢谢.
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s******y 发帖数: 28562 | 6 Hippo 很有趣。不过实话说我对这些具体的通道是一知半解,所以我就不敢乱说那个重
要了。
而且我得感觉是,如果你现在是研究生得话,最好不要追当前得热点,因为等你读完研
究生做完博士后之后,那个热点领域会正好进入大浪淘沙的阶段。 我觉得最好找一个
目前还不热但是很重要的方向。
我个人觉得,从大方向上来看,这几个方向是目前很重要但是研究得比较少也比较不清
楚的领域。
1. Contact inhibition (hippo is part of this topic)
2. force-induced protein conformation and function change
3. Post translational modification
4. Cotranslational process
5. Limited proteolysis as a signal pathway
6. Non-label single molecule study as a tool
【在 V******t 的大作中提到】 : 胖老师说说,其他的有趣又热门的领域呀。 genome editing 是一个工具 当前大热 是 : 个实验室都要用到 : 还有呢 非工具的 : 信号通路里面 Hippo怎样? : 免疫里面 Th17(?)啦 ,inflammasome啦 PD1?
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m***g 发帖数: 22 | 7 quantitive fluorescence的敏感度和误差大概是多少?谢谢. |
s******y 发帖数: 28562 | 8 Quantitative fluorescent microscopy 在理论上可以做到单分子的敏感度。在实践上
取决于你的系统。
一般而言,在我们自己的实验室里,可以做到比western blot 最敏感的kit 高10到100
倍的敏感度。但是如果蛋白浓度过高反而就不如wb 的线性好。
我们的误差在30%左右。
不过我得先声明,对于做荧光显微我们是三脚猫,专业人士做的精度应该比我们高。
荧光定量必须有参照样本来纠正系统,而且要尽量避免auto fluorescence 的影响。一
个比较好用的经验就是尽量不要用绿色和黄色的光谱来定量,因为大部分auto
fluorescence 是绿色和黄色的。还有一个就是尽量避免bleaching,如果有可能的话,
把你要定量的区域先用其他颜色的蛋白来定位和挑焦距,然后转到你要测量的光谱
直接咔嚓一下,然后直接转到其他没有被照过的地方继续。
如果要测绝对浓度的话,需要用可调强度的激光源。
【在 m***g 的大作中提到】 : quantitive fluorescence的敏感度和误差大概是多少?谢谢.
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V******t 发帖数: 444 | 9 线粒体和代谢 是不是也很热门
不是要寻找课题 而是想知道当前什么最好玩最热最潮
【在 s******y 的大作中提到】 : Hippo 很有趣。不过实话说我对这些具体的通道是一知半解,所以我就不敢乱说那个重 : 要了。 : 而且我得感觉是,如果你现在是研究生得话,最好不要追当前得热点,因为等你读完研 : 究生做完博士后之后,那个热点领域会正好进入大浪淘沙的阶段。 我觉得最好找一个 : 目前还不热但是很重要的方向。 : 我个人觉得,从大方向上来看,这几个方向是目前很重要但是研究得比较少也比较不清 : 楚的领域。 : 1. Contact inhibition (hippo is part of this topic) : 2. force-induced protein conformation and function change : 3. Post translational modification
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s******y 发帖数: 28562 | 10 这两个领域需要从新角度入手才行。老套的那几个比方说呼吸链和膜电位被人反复炒成渣
了。
线粒体本身的衰老化是一个不错的入手角度。不是说细胞的衰老,而是线粒体的衰老。
这个概念一直都有,但是因为工具的限制,一直都不是很清楚。
在这个角度而言mitophagy 是一个比较不清楚的概念而且是值得澄清的题材。不过这个
领域
里面的大牛势力太大,而且大牛们的文章胡扯八道的很多,不是一个友好的领域。除非
本身
老板在此也是大牛,否则很容易死得很难看。
【在 V******t 的大作中提到】 : 线粒体和代谢 是不是也很热门 : 不是要寻找课题 而是想知道当前什么最好玩最热最潮
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G********e 发帖数: 528 | 11 昨晚上睡觉还在想类似的问题
在想怎么把不同的线粒体,老的小的,多的少的,放进同样的细胞进行比较
没想出来就睡着了
成渣
【在 s******y 的大作中提到】 : 这两个领域需要从新角度入手才行。老套的那几个比方说呼吸链和膜电位被人反复炒成渣 : 了。 : 线粒体本身的衰老化是一个不错的入手角度。不是说细胞的衰老,而是线粒体的衰老。 : 这个概念一直都有,但是因为工具的限制,一直都不是很清楚。 : 在这个角度而言mitophagy 是一个比较不清楚的概念而且是值得澄清的题材。不过这个 : 领域 : 里面的大牛势力太大,而且大牛们的文章胡扯八道的很多,不是一个友好的领域。除非 : 本身 : 老板在此也是大牛,否则很容易死得很难看。
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s******y 发帖数: 28562 | 12 哈哈,我前一阵子也正好在想这个问题。
方法其实是有的,就是对细胞扰动太大,本底噪音会非常大,做出来的结果不一定可靠。
【在 G********e 的大作中提到】 : 昨晚上睡觉还在想类似的问题 : 在想怎么把不同的线粒体,老的小的,多的少的,放进同样的细胞进行比较 : 没想出来就睡着了 : : 成渣
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G********e 发帖数: 528 | 13 我觉得线粒体确实是比较有意思的
ATP工厂,还自身带DNA,就有很多问题可以问了
靠。
【在 s******y 的大作中提到】 : 哈哈,我前一阵子也正好在想这个问题。 : 方法其实是有的,就是对细胞扰动太大,本底噪音会非常大,做出来的结果不一定可靠。
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h*****s 发帖数: 153 | 14
跟计算机,化学结合的各种omics,ome,system biology算吗,虽然,我也觉得没什么
用处,但是我们自己做的还非常起劲的。
【在 s******y 的大作中提到】 : 别的我不知道,mTOR 以及PTEN我是已经看吐了。而且这两个通道对细胞的生理状态非 : 常敏感,对这两个蛋白本身的浓度也敏感,但是很多相关文章并没有注意让他们的实验 : 对此进行normalization, 所以不同组的文章做出来那是一个五花八门各说各话。 : : protein
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a**o 发帖数: 108 | 15 说的太对了。
尤其是PD 和mitophagy放一起,一堆神经病等着给你挑错呢。。。
成渣
【在 s******y 的大作中提到】 : 这两个领域需要从新角度入手才行。老套的那几个比方说呼吸链和膜电位被人反复炒成渣 : 了。 : 线粒体本身的衰老化是一个不错的入手角度。不是说细胞的衰老,而是线粒体的衰老。 : 这个概念一直都有,但是因为工具的限制,一直都不是很清楚。 : 在这个角度而言mitophagy 是一个比较不清楚的概念而且是值得澄清的题材。不过这个 : 领域 : 里面的大牛势力太大,而且大牛们的文章胡扯八道的很多,不是一个友好的领域。除非 : 本身 : 老板在此也是大牛,否则很容易死得很难看。
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e****s 发帖数: 1125 | 16 膜拜下胖老师,
我去年找工作的Research plan里面,胖老师这6个方向我列了2个半作为我未来的研究
方向。
【在 s******y 的大作中提到】 : Hippo 很有趣。不过实话说我对这些具体的通道是一知半解,所以我就不敢乱说那个重 : 要了。 : 而且我得感觉是,如果你现在是研究生得话,最好不要追当前得热点,因为等你读完研 : 究生做完博士后之后,那个热点领域会正好进入大浪淘沙的阶段。 我觉得最好找一个 : 目前还不热但是很重要的方向。 : 我个人觉得,从大方向上来看,这几个方向是目前很重要但是研究得比较少也比较不清 : 楚的领域。 : 1. Contact inhibition (hippo is part of this topic) : 2. force-induced protein conformation and function change : 3. Post translational modification
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Z**********g 发帖数: 222 | 17 circular RNA/lncRNA;super enhancer;各种histone modifiers;Wnt in (cancer)
stem cells;IDH in (cancer) metabolism;hedgehog signaling等。 |
V******t 发帖数: 444 | 18 对 enhancer绝对是热门 IDH也热门
histone modifier过气了吧?
求问为啥wnt 和 hedgehog signaling 依然重要?不是已经研究得很清楚的pathway了咩
【在 Z**********g 的大作中提到】 : circular RNA/lncRNA;super enhancer;各种histone modifiers;Wnt in (cancer) : stem cells;IDH in (cancer) metabolism;hedgehog signaling等。
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c*******0 发帖数: 190 | 19 Super-resolution label-free imaging.
Epigenetic manipulation and therapy. |
t****w 发帖数: 130 | 20 说来说去基本上还是分子层面的东西 皓首穷经也做不完。
个人觉得生物学的大趋势是往组织器官层面转移,从而进一步跟医学接轨。脱离具体的
组织器官环境来研究孤立的分子层面的问题意义不是太大。 |
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s***e 发帖数: 911 | 21 我也请教一下:
Hippo里哪些蛋白你觉得是受力调控的?Yap1在cell-cell junction上是结合在Caherin
上还是结合在alpha/beta-catenin, p120等蛋白上?Yap1直接或者间接链接在
cytoskeleton上吗?
【在 s******y 的大作中提到】 : Hippo 很有趣。不过实话说我对这些具体的通道是一知半解,所以我就不敢乱说那个重 : 要了。 : 而且我得感觉是,如果你现在是研究生得话,最好不要追当前得热点,因为等你读完研 : 究生做完博士后之后,那个热点领域会正好进入大浪淘沙的阶段。 我觉得最好找一个 : 目前还不热但是很重要的方向。 : 我个人觉得,从大方向上来看,这几个方向是目前很重要但是研究得比较少也比较不清 : 楚的领域。 : 1. Contact inhibition (hippo is part of this topic) : 2. force-induced protein conformation and function change : 3. Post translational modification
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n***w 发帖数: 2405 | 22 👍
【在 t****w 的大作中提到】 : 说来说去基本上还是分子层面的东西 皓首穷经也做不完。 : 个人觉得生物学的大趋势是往组织器官层面转移,从而进一步跟医学接轨。脱离具体的 : 组织器官环境来研究孤立的分子层面的问题意义不是太大。
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m*****e 发帖数: 253 | 23 干细胞?真希望不要坑了。和当年基因治疗一样提出新的方法,感觉比基因治疗的概念
要靠谱很多,但是好像也还没有成气候。
【在 t****w 的大作中提到】 : 说来说去基本上还是分子层面的东西 皓首穷经也做不完。 : 个人觉得生物学的大趋势是往组织器官层面转移,从而进一步跟医学接轨。脱离具体的 : 组织器官环境来研究孤立的分子层面的问题意义不是太大。
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C*********h 发帖数: 83 | 24 脱离了科学问题谈这些,意义不太大
protein
【在 V******t 的大作中提到】 : 老是在CNS上出现,大家都关注的,问题重要又比较新,还有很多问题待解决的。 : 我先抛砖引玉。比如 mTOR信号通路,PTEN的修饰,DNA demethylation与TET protein : ,CRISPR/Cas9等等 : 都说说啊,说具体一点。
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G********e 发帖数: 528 | 25 干细胞只是其中一个
我也同意组织器官水平上挖坑,老坑变新坑
【在 m*****e 的大作中提到】 : 干细胞?真希望不要坑了。和当年基因治疗一样提出新的方法,感觉比基因治疗的概念 : 要靠谱很多,但是好像也还没有成气候。
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e****s 发帖数: 1125 | 26 有一些说过了。
做分子有时候是越简单越好,特别要做结构和机理的话。很多机制问题,就得在极端条
件下才能搞清楚。肯定不是什么东西都要放在组织动物水平做的。
【在 t****w 的大作中提到】 : 说来说去基本上还是分子层面的东西 皓首穷经也做不完。 : 个人觉得生物学的大趋势是往组织器官层面转移,从而进一步跟医学接轨。脱离具体的 : 组织器官环境来研究孤立的分子层面的问题意义不是太大。
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j******1 发帖数: 1315 | 27 短期ebola,长期HIV-1 Vaccine,GBM drug,这两个是对人类智慧的挑战,其它都是垃
圾。 |
A******y 发帖数: 2041 | 28 Yes, histone modification is old hat. However, lysine modifications just
beginning on several key regulatory pathways (hint: not acetylation nor
methylation).
了咩
【在 V******t 的大作中提到】 : 对 enhancer绝对是热门 IDH也热门 : histone modifier过气了吧? : 求问为啥wnt 和 hedgehog signaling 依然重要?不是已经研究得很清楚的pathway了咩
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a*****t 发帖数: 288 | 29 围观史前ID
Caherin
【在 s***e 的大作中提到】 : 我也请教一下: : Hippo里哪些蛋白你觉得是受力调控的?Yap1在cell-cell junction上是结合在Caherin : 上还是结合在alpha/beta-catenin, p120等蛋白上?Yap1直接或者间接链接在 : cytoskeleton上吗?
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Z**********g 发帖数: 222 | 30 (仅限于对cancer的了解)histone modification/mutation/variant在cancer领域还
是很热的吧。Wnt仍然是热点信号通路,还有很多方面没有研究清楚,比如Wnt的细胞外
delivery和b-catenin转运,很容易上CNS的哦。
了咩
【在 V******t 的大作中提到】 : 对 enhancer绝对是热门 IDH也热门 : histone modifier过气了吧? : 求问为啥wnt 和 hedgehog signaling 依然重要?不是已经研究得很清楚的pathway了咩
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m*****e 发帖数: 253 | 31 你做免疫的?
【在 j******1 的大作中提到】 : 短期ebola,长期HIV-1 Vaccine,GBM drug,这两个是对人类智慧的挑战,其它都是垃 : 圾。
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q******g 发帖数: 3858 | 32 没办法啊。经常是做了knockdown,然后审稿人问overexpress会怎样, 不得不做。
source)
【在 s******y 的大作中提到】 : 我这个其实是感慨有些实验室用over expression 的方法来做实验。 : 对于测浓度。一般的场合Western blot 就够了。对于location specific issue, 如果 : 不怕麻烦的话是可以用quantitive fluorescence (需要事先calibrate laser source) : .
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q******g 发帖数: 3858 | 33 intron retention
idh mutation已经做的差不多了吧?
【在 Z**********g 的大作中提到】 : circular RNA/lncRNA;super enhancer;各种histone modifiers;Wnt in (cancer) : stem cells;IDH in (cancer) metabolism;hedgehog signaling等。
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s******y 发帖数: 28562 | 34 倒,你问得太具体了。你问的这些问题我一个也不敢回答。
具体到Yap1 上,现在的文章说是结合到alpha-catenin。我的直觉是这个东西应该是一
个动态结合的过程,可能是类似于microtubule instability 来反复对膜以及其他膜内
环境进行测量的那个动态过程,而不会是乖乖的一直挂在某一个东西上。
Caherin
【在 s***e 的大作中提到】 : 我也请教一下: : Hippo里哪些蛋白你觉得是受力调控的?Yap1在cell-cell junction上是结合在Caherin : 上还是结合在alpha/beta-catenin, p120等蛋白上?Yap1直接或者间接链接在 : cytoskeleton上吗?
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s***e 发帖数: 911 | 35 如果YAP1是链接在alpha-catenin上,那应该受力调控吧。alpha-catenin有actin
binding domain. 几个皮牛就能把alpha-catenin的alpha-helice bundle解开。比如5
个皮牛的力就能把vinculin结合到alpha-catenin的affinity 增加100-1000倍。而5 pN
也就是一两个myosin能产生的力。
【在 s******y 的大作中提到】 : 倒,你问得太具体了。你问的这些问题我一个也不敢回答。 : 具体到Yap1 上,现在的文章说是结合到alpha-catenin。我的直觉是这个东西应该是一 : 个动态结合的过程,可能是类似于microtubule instability 来反复对膜以及其他膜内 : 环境进行测量的那个动态过程,而不会是乖乖的一直挂在某一个东西上。 : : Caherin
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s******y 发帖数: 28562 | 36 alpha catenin 的折叠这么弱啊。
这我还真的不知道呢。
5
pN
【在 s***e 的大作中提到】 : 如果YAP1是链接在alpha-catenin上,那应该受力调控吧。alpha-catenin有actin : binding domain. 几个皮牛就能把alpha-catenin的alpha-helice bundle解开。比如5 : 个皮牛的力就能把vinculin结合到alpha-catenin的affinity 增加100-1000倍。而5 pN : 也就是一两个myosin能产生的力。
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z*******6 发帖数: 679 | 37 我补充两个:肠道菌群和生物钟在各种动物模型中的影响 |
s***e 发帖数: 911 | 38 5 pN是打开 含有vinculin head domain binding site的 central modulation domain
in alpha-catenin. 其它domains稳定些,不过也只需要10-30 pN就能几秒钟内打开。
talin所有domain都能在<30 pN下几秒打开。在成熟的focal adhesion里,单根
integrin上的力> 40 pN. 我估计在cell-cell junction, 单根E-cadherin linkage上
受力也小不到哪里去。看起来力的因素是不能忽视的。动不动就改变binding affinity
成百上千倍。
【在 s******y 的大作中提到】 : alpha catenin 的折叠这么弱啊。 : 这我还真的不知道呢。 : : 5 : pN
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s******y 发帖数: 28562 | 39 做微观生物力学的一个大问题就是工具不好弄。
所以一直是一个近于未知的领域。
domain
affinity
【在 s***e 的大作中提到】 : 5 pN是打开 含有vinculin head domain binding site的 central modulation domain : in alpha-catenin. 其它domains稳定些,不过也只需要10-30 pN就能几秒钟内打开。 : talin所有domain都能在<30 pN下几秒打开。在成熟的focal adhesion里,单根 : integrin上的力> 40 pN. 我估计在cell-cell junction, 单根E-cadherin linkage上 : 受力也小不到哪里去。看起来力的因素是不能忽视的。动不动就改变binding affinity : 成百上千倍。
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s***e 发帖数: 911 | 40 In vivo不知道该怎么做。In vitro这几年工具是已经发展好了。以前力谱研究都是靠
AFM。这个工具力学精度不高。最麻烦的是热漂移太快,所以实验时间尺度很短,不方
便研究复杂蛋白稳定性和相互作用。光镊好很多,不过时间尺度也有限。我觉得这方面
研究最趁手的是磁镊。作十几个小时都能保持纳米精度稳定性。
【在 s******y 的大作中提到】 : 做微观生物力学的一个大问题就是工具不好弄。 : 所以一直是一个近于未知的领域。 : : domain : affinity
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t****w 发帖数: 130 | 41 结构和分子机理最好根本不要在活细胞里边做,直接在试管里构建一套反应系统最能说
明问题
不过个人觉得分子机理方面基本的东西已经差不多了,big question回答完之后剩下大
都是边边角角修修补补的工作,整个生物学界有5~10%的人去搞差不多够了。而现在
的情况是50%以上的人还在搞这些边角料————当然有时候也是受限于多年的学术背
景,方向不是说转就转得了的。
【在 e****s 的大作中提到】 : 有一些说过了。 : 做分子有时候是越简单越好,特别要做结构和机理的话。很多机制问题,就得在极端条 : 件下才能搞清楚。肯定不是什么东西都要放在组织动物水平做的。
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t****w 发帖数: 130 | 42 应该说整个细胞治疗领域都还是大有可为的,干细胞(成体的或者胚胎的)是其中最重
要的一块,还有免疫细胞的应用感觉也挺有戏的。
单纯的基因治疗之所以失败,还是因为没有办法靶向细胞。把基因改造和细胞治疗结合
起来应该大有希望。
【在 m*****e 的大作中提到】 : 干细胞?真希望不要坑了。和当年基因治疗一样提出新的方法,感觉比基因治疗的概念 : 要靠谱很多,但是好像也还没有成气候。
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r******k 发帖数: 446 | 43 是呀 最近还除了pten long。 小弟被老板呵斥开始做实验室的主方向PTEN。。。。。
要吐了。。
【在 s******y 的大作中提到】 : 别的我不知道,mTOR 以及PTEN我是已经看吐了。而且这两个通道对细胞的生理状态非 : 常敏感,对这两个蛋白本身的浓度也敏感,但是很多相关文章并没有注意让他们的实验 : 对此进行normalization, 所以不同组的文章做出来那是一个五花八门各说各话。 : : protein
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r******k 发帖数: 446 | 44 感觉IDH确实没啥好做的了 大家文章都大同小异。。
【在 Z**********g 的大作中提到】 : circular RNA/lncRNA;super enhancer;各种histone modifiers;Wnt in (cancer) : stem cells;IDH in (cancer) metabolism;hedgehog signaling等。
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