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发帖数: 1786 | 1 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: cnDiehard (半杯), 信区: Biology
标 题: 也谈next-generation sequencing technology
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Nov 29 14:41:44 2009, 美东)
这几天看了toptip的高通量DNA测序技术在生物学研究中的应用,,受益匪浅.. 俺们实验
室的研究也focus这种应用..所以平时也作了很多数据分析.. 这里比较一下两种测序的
平台(solid和solexa),,相关的软件,,也讨论一下他们的应用.. 本人经验有限,,本文权
当抛砖引玉,,希望各位大侠多多指教:
1. raw sequence 编码
SOLiD: Solid采用color-coded序列输出. 所以输出的序列除了首位以外,,都是数字(0-
3). 没两位编码一个nucleotide.. T0132123. 然后根据一个编码表,,可以转换成
nucleotide序列.
Solexa: 输出采用nucleotide编码, 不需要任何转换..
2. yield
两种测序技术每个单 |
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