b**********8
发帖数: 349 | 1 因为最近要用Plenti lox3.7这个载体设计shRNA,找了一些paper作参考，无意中看到这
篇paper，里面给出的shRNA序列如下
sh1, upper strand: TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCAAGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTTTTC;
N代表反向互补的shRNA序列。问题是第二个碱基G，按照U6启动子的要求这样做没错，
但是必须也在poly T序列之前加一个互补的C碱基吗？
附上另一个shRNA表达载体的说明书，似乎不用在poly TZ之前再加多一个互补的C碱基
。到底是否必须加一个互补的C呢？请大家给点经验。
谢谢 |
f******g
发帖数: 1003 | 2 和载体也有关系把，最好买现成的，shRNA克隆也挺费劲的，测序
Open Biosystem |
b**********8
发帖数: 349 | 3 谢谢关注，希望得到更多技术方面的讨论
【在 f******g 的大作中提到】
: 和载体也有关系把，最好买现成的，shRNA克隆也挺费劲的，测序
: Open Biosystem
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n*******9
发帖数: 234 | 4 Hello, which paper are you working? could you give me the paper name? I am
starting to work on lentilox3.7 very soon.
thanks in advance
【在 b**********8 的大作中提到】
: 因为最近要用Plenti lox3.7这个载体设计shRNA,找了一些paper作参考，无意中看到这
: 篇paper，里面给出的shRNA序列如下
: sh1, upper strand: TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCAAGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTTTTC;
: N代表反向互补的shRNA序列。问题是第二个碱基G，按照U6启动子的要求这样做没错，
: 但是必须也在poly T序列之前加一个互补的C碱基吗？
: 附上另一个shRNA表达载体的说明书，似乎不用在poly TZ之前再加多一个互补的C碱基
: 。到底是否必须加一个互补的C呢？请大家给点经验。
: 谢谢
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S*********s
发帖数: 304 | 5 不是必须的。
目前我用过的pSuper, pSuperior, pLKO,pSingle系列的都没有这个要求
最有可能的是原作者多加了
但我觉得根据shRNA的原理多了这个C对原作者的基因应该也work.
【在 b**********8 的大作中提到】
: 因为最近要用Plenti lox3.7这个载体设计shRNA,找了一些paper作参考，无意中看到这
: 篇paper，里面给出的shRNA序列如下
: sh1, upper strand: TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCAAGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTTTTC;
: N代表反向互补的shRNA序列。问题是第二个碱基G，按照U6启动子的要求这样做没错，
: 但是必须也在poly T序列之前加一个互补的C碱基吗？
: 附上另一个shRNA表达载体的说明书，似乎不用在poly TZ之前再加多一个互补的C碱基
: 。到底是否必须加一个互补的C呢？请大家给点经验。
: 谢谢
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b**********8
发帖数: 349 | 6 谢谢楼上各位的关注，再贴一个Plenti lox3.7这个vector自己的mannual，里面也建议
在poly T之前要加一个互补的C的。看来不同的vector要求不同，我已经把oligo发出去
了，一下子设计了5对shRNA，希望回来都能work，否则老板的脸又要黑了。 |
b**********8
发帖数: 349 | 7
【在 b**********8 的大作中提到】
: 谢谢楼上各位的关注，再贴一个Plenti lox3.7这个vector自己的mannual，里面也建议
: 在poly T之前要加一个互补的C的。看来不同的vector要求不同，我已经把oligo发出去
: 了，一下子设计了5对shRNA，希望回来都能work，否则老板的脸又要黑了。
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