发帖数: 1 | 1 我大概说下过程
1.对病人样品提总核酸
2.样品分两份，一份作为怀疑DNA病原的，下面直接到3.另一份怀疑RNA病原的做反转录
得到cDNA，然后也到3.
3.把2的DNA或者cDNA切碎。这地方要说一下。不管是人的还是病原体的DNA还是cDNA都
不会是一个拷贝。而切又是随机切。所以，比如说对一个病原体，一个拷贝的切点在
100,200,300,400.....而另一个拷贝的切点在50,150,250,350....,再一个拷贝的切点
在75,175,275,375....
4.上next generation sequencer测序，对每一个切成段的核酸测序，得到海量数据。
5.生信千老玩儿数据。把这些测好的核算段组装，你看到上面切的方法导致有overlap,
所以就可利用overlap把核算段拼接起来。理论上可以拼出完整基因组。但实际几乎不
行。但是还是会从100的片段拼出几十万长到几千也有几百长的片段。
6.生信千老那这个拼接过的数据集合跟现有的数据库比较，除去人类片段。我估计99%
甚至99.99%的拼接过的片段都是人的。
7.用除掉人片段的数据集在去现有的数据库里搜，看哪个... 阅读全帖 |
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n*********8
发帖数: 1137 | 2 美国病毒改造监控计划始末：为改造全新病毒 从中国拿走上万件样本？
送交者: 两极的世界[♂★★★声望勋衔13★★★♂] 于 2020-02-29 17:41 已读 469
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“最危险的人造病毒”：病毒学家争相改造病毒研究引发公共安全担忧
2014年10月17日下午，病毒学家Ralph Baric博士没有照例来到他在北卡罗来纳大学教
堂山分校的实验室，他正在为自己女儿周末的婚礼做最后的准备。 此时的他并不知道
，奥巴马政府由于对实验室使用SARS, MERS和流感等病毒，进行功能获得性(gain of
function)改造的研究，对公共健康构成的潜在威胁的担忧，通过白宫科技政策办公室
联合美国卫生与公众服务部发布禁令，宣布中止对类似研究的资金资助[1]，并要求相
关领域的研究人员立即停止相关的研究，直到研究项目的风险和收益被美国国家生物安
全科学顾问委员会(NSABB)和美国国家学院国家科学研究委员会(NRC)的专家进行评估后
方可继续[2]。
这其中就有武汉病毒所石正丽博士的研究团队与Ralph Baric博士的合作项目：一个正
在进... 阅读全帖 |
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b******u
发帖数: 676 | 3 早晨9点，修暖气的来了，说来丢人，就是那个controler没电池了。害大家被烤了一晚上
。
上午，大家欣赏了yonex,neo and gaobie的中国男子花样游泳队在jacuzzi池中的精彩表
演。并纷纷拍照留念。
之后进行了LA地区第三届运动会大熊湖赛区水上项目的比赛。比赛项目计四人单桨无舵手
和双人双桨无舵手。比赛名次。。我到的时候他们一直在争执，所以我不知道。
比赛回来很多细皮嫩肉的男生都给晒成了蝙蝠侠。如american life,北京选手XX(名字忘
了)，troyli等。女生普遍没事。
中午吃BBQ。BBQ大家最拿手，反正就是美味，也没什么可说的了。
下午集体补觉。
晚上实验煎饼果子，取得成功。几乎所有同志都上场了。
夜里干嘛了我怎么想不起来了？？
噢对，猜成语。CDNA反映他们拨的人素质太低，他们拨有snape,6P,ZB。还有谁来着？AL?
还玩了“某人心里想好一个东西，然后大家问问题，猜是什么。”CDNA搞了个什么人，叫
什么来着？王奉？丁奉？我们怎么知道这什么凤是谁阿。还又嫌我们素质底。我看根本就
是CDNA的问题。
噢，还有一个经典，我喜欢。有人想好了个东西 |
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M****e
发帖数: 70 | 4 For such microarray analysis, typically the mRNA is reverse-
transcribed into complementary DNA (cDNA) and labeled with
fluorescence dye or radioisotope. and the single-stranded
cDNA is hybridized to the complementary strand that is already
spread on the matrix with known position. i have only used
microarray from Clontech. theoretically, the RT enzyme with
gene-specific primers can reverse-transcribe the mRNA into
same amount of cDNA. otherwise, you cannot make the comparison
quantitatively.
fo |
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l*****k
发帖数: 587 | 5 my understanding of your question is:
the protein you are interested in, say LHRH, has N terminal sequence
identical as protein A. Now you want to use RT-PCR to get the cDNA for
this protein.
I am not sure if protein A is also in your organism, if not, RT-PCR might
work, if yes, RT-PCR won't work as you will get cDNA for protein A...
I personally think you should try two methods, maybe 3 to be sure:
1. RT-PCR.
2. cDNA library
3. Genomic library.
method one is easier to try, but hard to be sure, |
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t*x
发帖数: 1065 | 6 半年前用相同的primer,cDNA synthesis kit做的，当时cDNA只用到了0.1ug/reaction.
半年之后其他东西几乎是相同的，只不过RNA是新提的（但用的相同的kit),还有SYBR
Green Master Mix是新买的，但发现，cDNA已经用到了很高的浓度(2ug/reaction)，但
Ct值还是比以前的Ct值晚出现好几个cycle,请问会是什么原因呢？
RNA quality已经跑胶检测过了，是完整的。
会是Master Mix的问题么？是新买的啊，一直保存在-20C.
多谢大家指教！ |
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R*****w
发帖数: 447 | 7 你说的用RNA ligase我后来也见过。但直接在RT的时候加一个tail比那种合成cDNA后再加tail更方便、更有效。毕竟合成cDNA后，再加tail不是100％cDNA都会有tail。
我这个方法是我当时自己想到的，但我一直没发表，后来博士毕业了不做测序工作了，也没想过去发表。好多年了不知是否其他有人发表类似的方法，估计也会有其他人想到。 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 8 用RNA ligase的那个不是在合成cDNA以后加tail
是mRNA直接加tail
然后再RT-PCR
再加tail
更方便、更有效。毕竟合成cDNA后，再加tail不是100％cDNA都会有tail。
，也没想过去发
表。好多年了不知是否其他有人发表类似的方法，估计也会有其他人想到。 |
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c*********u
发帖数: 3128 | 9 如题，因为我们做的是大鼠，找不到靶基因的cDNA，自己钓基因的话非常麻烦，经常出
现突变。
想请教各位达人，筛选shDNA candidates时，需要靶基因的cDNA，这个cDNA公司能给做
吗？哪个公司shRNA设计的服务比较好？价钱公道？
请推荐，先谢谢大家了！ |
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d****u
发帖数: 1553 | 10 你这个positive control和你的样品是相同的cDNA不同的基因呢，还是不同的cDNA相同
的基因。如果是前者，可能你的引
物有问题，如果是后者，那你得cDNA可能有问题
line |
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S*****s
发帖数: 287 | 11 我觉得你这个实验比较适合用 cell sorting 来做。取单细胞做 Single cell PCR 的
时候细胞周围溶液容易被周围破裂了的细胞污染，假阳性率很高，而且样品也不容易有
代表性。做 cell sorting 的话不同颜色的细胞收集下来多洗一洗，破损细胞的 RNA
去除得干净一些，还能在一个很大的样本量上比较不同颜色细胞的 RNA 表达，听起来
更靠谱一点。
我在培养细胞里做 Single Cell PCR。把 293 或者 culture neuron 用酶消化，用
PBS 稀释得非常淡，1：1000-3000吧，在显微镜下找到单细胞，用一微升的枪把细胞吸
进枪头，然后就是按照 cDNA kit 的配方直接做 cDNA，也没用特殊的步骤破细胞。我
用的 ABI 的 kit，做出来的 cDNA 有 10 微升，全部用来做 PCR。 |
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Z**********g
发帖数: 222 | 12 sun姐可能误解了LZ的意思了，LZ是说对于同一模板（比如control的cDNA）,假设要扩3
个基因，又假设每个基因3个replica，就是9管，这样先配9倍体积的1X mix,包括
Mastermix,dye,H2O,cDNA,然后分装成9管，每三管分别加入1个基因的primer；同样对
treated的cDNA也一样。
然后有人说这样就产生了由引物带来的系统误差。我的问题是如果最后加入模板，由
pipeting所产生的误差叫什么误差？如果由引物带来的系统误差都足够大到不能忽略的
话，那么可以想象，由最后一步加入模板所产生的这种误差会大到何等程度。这样反而
最后加引物更为准确了。
不过如果最后加引物，对于同一模板同一扩增基因的replica而言，似乎就没什么意思
了，感觉这种replica目的是要测由所加引物所带来的差别。 |
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c******y
发帖数: 148 | 13 模板是cDNA，
1，cDNA合成之前是否用Dnase I 消化
2，RNA降解途径或者RNA processing过程中会出现polyA加尾现象，我了解的至少植物
叶绿体的RNA的存在这种现象，刚google下，似乎哺乳动物也存在这种异常的加尾，用
oligodT反转录有可能会产生rRNA的cDNA
3 质粒做模板
miniprep的时候是否有痕量的大肠杆菌的基因组污染？
建议放弃PCR做模板，
酶切质粒，或者合成oligo探针
1，2，3的解释也仅仅是个人猜测了 |
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A***g
发帖数: 191 | 14 以我的经验，这个峰型的位置（就是温度值了）跟反应体系的成分有关系的。比如我的
实验中如果直接用cDNA和同样的cDNA稀释一定倍数（10倍或20倍）以后，两个峰的位置
会不一样。但是稀释20倍和稀释50倍或100倍的峰的位置差异不大，好像是因为20倍的
稀释就足够降低cDNA反应体系中成分带来的影响了。 |
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n**8
发帖数: 221 | 15 想从cDNA文库PCR拉出一条9kb的DNA，可是怎么pcr都不work.
但是这条长的cDNA当中的相互overlap的小片段 （～1kb）都能被P出来。现在怀疑是不
是反转没有得
到全长的cDNA。
请教大侠，一般这种情况该怎么对付？
不甚感激！ |
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b******n
发帖数: 4225 | 16 很容易啊，还是突变（=表示cDNA部分，*表示突变位点）
-> <-*-
=========================
-*-> <-
两对引物，两轮PCR，（第二轮用引物对->和<-）
克隆回原来载体，测序cDNA部分就行
不过我还是觉得抽RNA反转录可能快点（如果别人有现成的cDNA那就更快了） |
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w*****n
发帖数: 107 | 17 can you clone by function/complementation?
if the gene mutation in a known species can lead to a phenotype, you can
prepare a cDNA library from your species, and then introduce your cDNA
library into the mutant to identify the cDNAs that can rescue the phenotype. |
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w****l
发帖数: 229 | 18 invitrogen的，不是常见的那个NCODE， 而是NCode™ VILO™ miRNA cDNA
Synthesis Kit and EXPRESS SYBR GreenER™ miRNA qRTPCR Kits。
我通过读那个manual,发现说这个cDNA形成之后，不能1：10dilute，而要用不dilute的
cDNA??
不是很理解，现在客服也下班了。
如果有人用过这个kit, 能帮我解决一下我的疑惑。 |
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v***a
发帖数: 1242 | 19 抱歉没有讲清楚。情况是这样的：拿不同cDNA sample做模板，PCR一个gene（非全长）
，大部分的sample都能得到一个正确的产物短条带（经过测序验证）。然后想用PCR的
方法得到全长的该gene，设计flank该gene两端的引物后，却几乎得不到任何条带。做
到现在，试了自己的sample，也拿别人做的cDNA试（大约20多个来源不同的cDNA
sample)，只有2个是有条带的。用这2个purify后的PCR产物做transformation都失败了
，所以还需要尝试更多，但又苦于能PCR得到全长的概率很小。在此请教大家。 |
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a*****x
发帖数: 901 | 20 学界的标准是要能用slient mutant的cDNA rescue。而且比较严格必须要lentivirus
cDNA rescue, 因为cDNA plasmid copy 数过多会titrate out siRNA/shRNA.
作为screen两个validate好的shRNA是可以接受的。但我还是觉得validation不那么容
易。 而且现在大多都run pooled shRNA screen,然后再收细胞做deep sequencing。
一般的HTS还是用siRNA为主。
shrna |
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p*****2
发帖数: 12 | 21 There is no lab around you working on rice? You can ask an aliquot of rice
cDNA from any lab who working on rice. As xihe said, you should specify
which rice variety you need. We have cDNA of several varieties, but not sure
if there is one you need. But I think you may need cDNA of the reference
variety, Nipponbare. |
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w********r
发帖数: 1431 | 22 lz发个包子吧，哈哈
To deliver siRNA/cDNA into muscle of adult mice, the TA muscles were
pretreated with 30 ul of hyaluronidase (0.4 U/ml) (Sigma) 2 hr before siRNA/
cDNA injection. For each TA muscle, 6 ul of siRNA (50 uM) (or several ug of
plasmid. the amount of plasmid depends on the expression of your GOI) was
diluted with 0.9% NaCl to a final volume of 30 ul, and injected into the TA
muscle and followed with electroporation using a BTX ECM 830 generator (mode
a pair of 7 mm Tweezertrodes (BTX) with ... 阅读全帖 |
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d*****i
发帖数: 3905 | 23 一般测之前2000rpm spin 1min。但是拿出来后好像还是有bubble，不在well底下，在
上面。
那台ABI是系里公用的，看实验室其他人做的结果也都很好，估计不是仪器问题。
mRNA RT后还测cDNA浓度吗？我一般是测cDNA浓度，然后一个well里加100ng cDNA。
primer浓度一般用多少呢？
the
be |
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n******e
发帖数: 110 | 24 在做肿瘤RNA测序相关的研究，最近才开始注意到反转录酶的出错率，看了一些文献报
道，觉得这是个大的问题，尤其是在做一些de novo sequence 研究的时候。比如trans
-splicing 和alternative splicing，大多数开始的实验是通过cDNA来作研究的。对于
一两个的transcript到是可以用传统的方法来验证通过cDNA sequence 的结果，可是对
于高通量的测序结果，好像没有人去一个个都验证吧。下面是两篇由反转录酶引起假阳
性的例子。
有没有同学对这方面熟悉的，比如反转录酶的错误率，怎么控制RNA sequence的准确，
希望可以讨论讨论。
1. Houseley, J. and D. Tollervey, Apparent non-canonical trans-splicing is
generated by reverse transcriptase in vitro. PLoS One. 5(8): p. e12271.
2. Zeng, X.C. and S.X. Wang, Evidence that BmTXK beta-B... 阅读全帖 |
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z*t
发帖数: 863 | 25 你是说这段么“A disadvantage of this type of double-copy vector is that the
RNA form of the vector genome contains two copies of the cDNA, and since the
size of the vector RNA is limited to about 10 kb, the size of the cDNA that
can be accommodated is about half of that possible in other retroviral
vectors.”
好像说的是因为retrovirus要搞two copy of RNA，而two copy加起来的总共最多可以
装10kb，所以单个cDNA不能超过5kb?
不知道目前的MSCV-GFP/neo是不是这种double copy vector
kB. |
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a******7
发帖数: 7936 | 26 我做的是测浓度，
按浓度加RNA到反转cDNA的体系里这样出来的cDNA浓度大约就是统一的
一般用Biorad的kit反转出来到1000ng/ul，我在N年前刚做PhD的时候还测过反转出的
cDNA浓度，比较一致的在1000~1100ng/ul之间，此后的N年里再也不测了，cDNA1:10稀
释后做PCR |
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M*****n
发帖数: 16729 | 27 最近碰到一个怪事，请版上的大牛小牛们帮俺看看，提点建议。
俺的postdoc用genomic DNA作PCR，是为了genotyping mutant，结果有一个animal 的
genomic DNA 给出的一个PCR 条带，我们sequence 以后发现居然是这个gene 的
partial
cDNA， genotyping primers 其实是跨了几个intron的，但是这个PCR 产物居然是不含任
何intron.我们从来没有克隆这个基因的cDNA，所以不可能是环境中的交叉污染。俺实
在是不得其解。怎么从genomic DNA直接就能扩出cDNA呢？ 而且做了几十个sample，只
有一个有这样的PCR 产物。 颠覆中心法则阿。 |
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D***a
发帖数: 516 | 28 从一篇文章上抄来的：
cDNA encoding 'artificial' SUMO-2 'polymers' was generated by ligating PCR
products encoding DeltaN11–SUMO-2 while simultaneously digesting with
restriction enzymes specific for BamHI (N-terminal site) and BglII (C-
terminal site) in T4 DNA ligase buffer, 150 mM NaCl, 0.1 mg ml- 1 BSA at 22
°C for 5 h (enzymes and buffers from New England Biolabs). This created a
range of cDNAs encoding DeltaN11–SUMO-2 cDNA 'monomers' and 'multimers'
that were separated by agarose gel electrophoresis ... 阅读全帖 |
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l*****7
发帖数: 8463 | 29 如果没人能重复出来，那么至少有两个层面的问题
1 韩春雨发现的NgAgo的cDNA的本质:
到底是什么?
2 韩春雨发现的NgAgo的cDNA的表达的问题
mRNA, 蛋白质
只要有cDNA就能证明清楚。 |
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l*****7
发帖数: 8463 | 30 实事求是
把我的老帖子翻出来了。
发信人: luke837 (abcdefg), 信区: Biology
标 题: Re: 既然公开说韩春雨造假，就不要再披着马甲上阵了
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 21 09:31:50 2016, 美东)
如果没人能重复出来，那么至少有两个层面的问题
1 韩春雨发现的NgAgo的cDNA的本质:
到底是什么?
2 韩春雨发现的NgAgo的cDNA的表达的问题
mRNA, 蛋白质
只要有cDNA就能证明清楚。
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/32028273_0_5.html |
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m****g
发帖数: 530 | 31 Helicos BioSciences（第三代测序仪制造商）的研究人员近日发表了一篇原理验证（
proof-of-principle，生物通
注）研究，说明利用其单分子测序技术来进行RNA直接测序的可行性，文章发表在9月23
日的《Nature》在线版上。
该研究小组利用一台Helicos样机，直接对酿酒酵母的RNA进行测序，而没有将其转变成
cDNA。在这个过程中，他们还
发现了许多酿酒酵母转录本3’端的异质性，同时有证据表明酵母中至少有一些核仁RNA
和核糖体RNA是聚腺苷酸化的。
随着RNA的重要性逐渐被人所认识，研究人员也开发出多种方法来研究它。但是，许多
方法仍需将RNA反转录成
cDNA，而这一步会引入错误，且效率不高。研究人员写道：“人们急需一种方法，而这
种方法不会有反转录、扩增、连
接以及其他cDNA合成步骤的相关困难，而是能利用极少量的总RNA来综合、无偏见地浏
览转录组。”
为了让“边合成边测序”的反应适应直接的RNA测序，Milos（Helicos的首席科学家）
及她的同事优化了一切，从使用的
聚合酶到缓冲液再到专利的荧光核苷酸类似物。总的来说，这种方法在po |
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n*****s
发帖数: 6495 | 32 原来是生物千老，失敬，失敬
套用你的话
正经生物专业毕业，却没出息地去杀老鼠；
正经生物专业毕业，却不争气地去杀老鼠；
正经生物专业毕业，却不要脸地去杀老鼠。
发信人: Bluemusic (Bluemusic), 信区: Biology
标 题: 如何快速分辨是RNA还是cDNA？
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan 7 16:57:37 2016, 美东)
放了好几年的一组sample，忘了是RNA还是cDNA了，
请问如何快速分辨？
谢谢 |
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p***n
发帖数: 17190 | 33 prion是同樣的一級結構不同的三級結構
形成跨品種的有感染性的蛋白質
轉基因生成的蛋白質用同樣的DNA序列
經過centra dogma
cDNA轉錄成mRNA
mRNA在核醣體上轉譯成胺基酸序落
同樣的cDNA序列會被做成
同樣的一級結構
一級結構被核醣體生成之後
要被高基氏體打包成二三級結構
不同生物的細胞的高基氏體有不同的打包方式
那麼轉基因之后
同樣一級結構被轉基因到
不同生物的細胞
所生成的一級結構被不同生物的細胞的
高基氏體打包
有可能會給打包成不同的三級結構
那同樣的一級結構不同的三級結構
就有可能形成原來生物體(牛)的 prion
而且還有可能感染到其他生物體(人)
也就是說
轉基因提供了
由同樣的一級結構
給不同的高基氏體打包成不同的三級結構
形成跨品種的有感染性的prion 的
遠超過原有生態系設計的
大量的機會
不小芯又發現了轉基因跟prion的芯關係
剛查了一下還發現我還是帝一個提出這芯關係的
我的光圈又多一圈了.... |
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w********2
发帖数: 632 | 34 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: vivien2009 (心寄悠然), 信区: Biology
标 题: 我是张辰宇的学生，说说最近的事
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Nov 17 02:44:01 2013, 美东)
代朋友发帖，全文如下：
我叫陈熹，是张辰宇的学生。昨天有朋友告诉我，说你老板火了，在MITBBS被人“打脸
”了，让我去看一下。我心想，又是NBT这事，挺无语的，不过去看看国外的中国留学
生怎么看这个事情也好。看完我就郁闷了，我们课题组的文章怎么就是“垃圾”了，张
辰宇怎么就是“joker”了？其实以往对于这些事情我都是缄默的，搞科研的数据说话
，所以一直以来也在坚持做着这个领域，希望做出更多的东西来，弄明白一些问题，但
是心血被贬得一文不值，不吐不快。你说外洗地也好，说我是打手也好，我无所谓，我
就是想说说心里真实的想法。
1. 首先，我想澄清，我们的工作不是“垃圾”，张辰宇也不是“joker”。我们实验室
从2004年开始做miRNA，当时规模很小，就我一个人做，平台也刚开始建立，进展较慢
。但经过三年时间，miRNA的检测技术和... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 35 【 以下文字转载自 Joke 讨论区 】
发信人: CornucopiaX (VE RI TAS), 信区: Joke
标 题: 巴德年是满人。。。哈哈哈哈。。汉人真萎啊
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Oct 24 12:00:26 2017, 美东)
巴德年 编辑
巴德年，吉林省四平市人。 免疫学家。中国工程院院士。
原中国医学科学院院长、中国协和医科大学校长、教授，浙江大学医学院院长[1] 。
兼任中国医学科学院中国协和医科大学顾问、中华医学会副会长、《中华医学杂志》总
编、中国免疫学会名誉理事长、中国生物医学工程学会名誉理事长、中国生物医学工程
学会名誉理事长、国务院学位委员会委员。[1] 第九届、第十届全国政协委员。[2]
巴德年长期致力于肿瘤免疫研究和高等医学教育改革及浙大医学学科的全面繁荣。在二
十世纪80年代初，因其免疫学的研究有多项成果在国内国际处于领先水平，成为中国癌
生物疗法的学术带头人之一；二十一世纪初，巴德年任浙江大学医学院院长期间，主持
的科研和教改成果在中国处于领先水平。
中文名
巴德年
国 籍
... 阅读全帖 |
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m****s
发帖数: 18160 | 36 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: homebird (homebird), 信区: Biology
标 题: 中国科学院遗传与发育生物学研究所招聘
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jan 23 20:35:47 2013, 美东)
中国科学院遗传与发育生物学研究所分子系统生物学中心陈宇航课题组向海内外公开招
聘助理（副）研究员，科研助理和实验员等工作人员。陈宇航课题组将应用蛋白质晶体
学和电生理学等方法来研究膜蛋白离子通道/转运子的结构与功能调控。实验室简单介
绍请见：http://sourcedb.genetics.cas.cn/zw/zjrck/201211/t20121129_3692767.html
（一） 助理（副）研究员1-2名
应聘条件：
1. 具有生物化学，分子生物学或结构生物学相关专业的博士学位
2. 具有严谨的科研作风，高度的责任心和团队精神
3. 具有较强的英语听说读写能力
4. 具有如下背景者优先：膜蛋白结构研究/电生理学研究。
（二）科研助理 1名
应聘条件：
1. 具有生物学相关专业背景硕士... 阅读全帖 |
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d*p
发帖数: 534 | 37 这几年一直在做高通量的shRNA筛选，感觉现有的产品有很大缺陷，想开发以下产品：
现在做功能研究比较快,能够进行高通量的就是knockdown and over-expression 这两
种方法。因此想做下面两类产品：
1， 覆盖全基因组的shRNA和siRNA， 每个基因两条， 每条的knockdown效率经过验证
，保证大于80%，提供蛋白水平的knockdown结果。
2， 覆盖全基因组的cDNA表达库，克隆每个基因的cDNA到Lenti-vector, 带上Barcode。
算了一下成本，用我的方法，大概5m 美元能够做完人和小鼠的这两个库，Broad现在也
在做，但是他们的方法效率太低，结果还非常不可靠，按他们的方法，50m都不够。
完成以后,
1. 可卖单个基因的产品，和市场上的公司竞争，全球市场大概有5亿美元左右的市场。
目前市场上的shRNA基本都是卖几个给你，不知道那个有用，有时候一个有用的都没有
，或者knockdown太低，看不到表型，需要自己花时间去验证。
2. 全基因组的knockdown 和over-expression library完成后，每个基因有两... 阅读全帖 |
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c**A
发帖数: 1474 | 38 【 以下文字转载自 cDNA 的信箱 】
【 原文由 cDNA 所发表 】
今天晚上看体操的重播
美国的解说还是非常公正和专业的。当看到李小鹏的双杠时，专业解说形容李的一个动作
：It is no one else in this world is capable to do this. You don't believe,
you can try it. 这句话在团体比赛中对中国队员的评论中也经常用到。
当看到中国体操女将的floor excercise时也用到这句， 稍微改成： It is very few of
people can do this.
评分后，看到中国队员在摇头，于是一个解说问那个专业解说，seems it is low. 那个
专业的说：I can't agree more. 显然也很不满。
总体来讲，体操评分这回太过分了。不过，心中也有点喜。 没想到，中国也强大到要大
家算计的程度了。 哈哈 |
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d*i
发帖数: 9453 | 39 ☆─────────────────────────────────────☆
mark (花生，微爷远爷的爸爸) 于 (Fri Sep 14 18:15:44 2007) 提到:
marathon.. 4小时就三级运动员.heihei.
5千米。。三级运动员需要17:40..crazy
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Deling (流浪歌手-爬爬死爬腰酸) 于 (Fri Sep 14 18:17:40 2007) 提到:
ft, 17:40, 这辈子没戏
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cDNA (一线生机) 于 (Fri Sep 14 18:51:20 2007) 提到:
因为练的人少？
赫赫。
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cDNA (一线生机) 于 (Fri Sep 14 18:52:00 2007) 提到:
要是真有心练的话，应该没问题。
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d*i
发帖数: 9453 | 40 ☆─────────────────────────────────────☆
cDNA (一线生机) 于 (Tue Sep 18 21:35:28 2007) 提到:
坚持吃了两个月，体重终于下降了。
赫赫。。
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liyanyan (liyanyan) 于 (Tue Sep 18 21:37:25 2007) 提到:
6寸的subway我吃完后一个多小时肚子就饿了：（
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FridayInLove (兰花贼) 于 (Tue Sep 18 21:38:17 2007) 提到:
我一个午饭也就6寸，还得从1点顶到八点半
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cDNA (一线生机) 于 (Tue Sep 18 21:39:07 2007) 提到:
所以我现在都是吃1 foot long的。
再加chip和coca..
临走再refill一次就可以撑到下班了 |
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发帖数: 1 | 41 巴德年 编辑
巴德年，吉林省四平市人。 免疫学家。中国工程院院士。
原中国医学科学院院长、中国协和医科大学校长、教授，浙江大学医学院院长[1] 。
兼任中国医学科学院中国协和医科大学顾问、中华医学会副会长、《中华医学杂志》总
编、中国免疫学会名誉理事长、中国生物医学工程学会名誉理事长、中国生物医学工程
学会名誉理事长、国务院学位委员会委员。[1] 第九届、第十届全国政协委员。[2]
巴德年长期致力于肿瘤免疫研究和高等医学教育改革及浙大医学学科的全面繁荣。在二
十世纪80年代初，因其免疫学的研究有多项成果在国内国际处于领先水平，成为中国癌
生物疗法的学术带头人之一；二十一世纪初，巴德年任浙江大学医学院院长期间，主持
的科研和教改成果在中国处于领先水平。
中文名
巴德年
国 籍
中国
民 族
满族
出生地
吉林省四平市
出生日期
1938年10月27日
职 业
免疫学家
毕业院校
哈尔滨医科大学
信 仰
共产主义
主要成就
首次提出免疫功能异常与高血压发生的关系；获国家级科技进步奖
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发帖数: 1 | 42 【 以下文字转载自 Faculty 讨论区 】
发信人: CornucopiaX (VE RI TAS), 信区: Faculty
标 题: 巴德年是满人, 中共党员。。。哈哈哈哈。。汉人真萎啊
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Oct 24 12:01:21 2017, 美东)
发信人: CornucopiaX (VE RI TAS), 信区: Joke
标 题: 巴德年是满人。。。哈哈哈哈。。汉人真萎啊
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Oct 24 12:00:26 2017, 美东)
巴德年 编辑
巴德年，吉林省四平市人。 免疫学家。中国工程院院士。
原中国医学科学院院长、中国协和医科大学校长、教授，浙江大学医学院院长[1] 。
兼任中国医学科学院中国协和医科大学顾问、中华医学会副会长、《中华医学杂志》总
编、中国免疫学会名誉理事长、中国生物医学工程学会名誉理事长、中国生物医学工程
学会名誉理事长、国务院学位委员会委员。[1] 第九届、第十届全国政协委员。[2]
巴德年长期致力于肿瘤免疫研究和高等医学教... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 43 ◇◇新语丝(www.xys.org)(newxys.com)(xys10.dxiong.com)◇◇
举报南京大学生命学院院长华子春学术不端
方先生您好！
我们反映南京大学生命学院院长、长江、杰青、 国家科技进步奖获得者、
国重主任华子春长期存在学术不端问题。 附件是我们发现的第一批四组共9篇文
章。
1. 2000-C和2000-E两篇文章皆为英文稿， 分布发表于南京大学学报和
Protein Expression and Purification。华教授是通讯作者。 南京大学学报的
内容系于后者的文字上做了删掉，无文字改写。 例如：
前者的第一、二段：
Human cardiac-specific homeobox protein (hCsx2 or Nkx2.5) encodes
a homeobox transcription factor of 323 amino acids containing six
cysteines and is composed of three domains: the TN-domain, the
homeobox- domain, and t... 阅读全帖 |
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f******r
发帖数: 1105 | 44 生物化学家。北京市人。1945年毕业于西北大学生物系。1949年毕业于清华大学研究院
，获硕士学位。中国农业大学教授。1948年在植物叶绿体中发现碳酸酐酶的存在；1963
年首次发现高等植物中收缩蛋白（肌动球蛋白）的存在；80年代后，证明花粉、卷须中
普遍存在肌动蛋白和肌球蛋白，并证明玉米花粉的肌动蛋白在分子量、氨基酸组成、C
末端、圆二色谱均与脊椎动物骨骼肌肌动蛋白极为相似，并能聚合成肌动蛋白丝，从豌
豆卷须中鉴定出肌球蛋白重链及轻链；建立了豌豆cDNA文库，测定了豌豆肌动蛋白cDNA
序列，与骨骼肌肌动蛋白有85％的同源性。近年指导研究生从高粱叶绿体中分离、克隆
了psaA、psbD基因，测定了psaA基因的序列并将psbD基因在大肠杆菌中高水平地表达。
1991年当选为中国科学院院士（学部委员）。 |
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n*******e
发帖数: 27 | 45 yeap, man, it is like that you first have to make a DNA
competitor that can be amplified with the same primer
sets. however, the size of the product is different than
the RTPCR product, normally it is 30-100bp less than
that. so it is an internal deletion of the RTPCR product.
then you add different amount of the competitor to the
RT product, and do PCR. run the gel through a machine,
sort of like HPLC. there should be three major products,
the cDNA, the truncated cDNA, as well as a hybrid of
th |
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r****o
发帖数: 105 | 46 IMAGE clones估计是没戏的。IMAGE 是Integrated Molecular
Analysis of Genomes and their Expression 的缩写。网址http://
image.llnl.gov. 实际上是一个EST cDNA clones library. 你可以
在invitrogen订购，http://clones.invitrogen.com/
收得倒挺全，但是序列可能会有问题，在3'端常常有错误，出现stop
codon什么的。你这个基因这么大，很难保证有完全正确的cDNA.
当然你也可以选择一些测过全长，甚至可以直接表达的clone库，
同样是http://clones.invitrogen.com. 但是这种库clone十分有限，
你要的基因不一定在里面。另外日本有个免费的克隆库，
http://www.kazusa.or.jp/huge/ , 你可以去找找。
另外，实际序列与网上序列库序列有微小的不一致，其实一点也不
奇怪。我就遇到过这种情况。建议你先问问给你clone的实验室，看
他们的意见 |
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h******b
发帖数: 312 | 47 There are primarily 2 types of microarray, comercial Affymetrix chip and
spotted array(cDNA/pcr), I guess u mean spotted array.
two major differences between the 2 types:
1. spotted material: affy use de novo synthesized oligo, 20mer or 25 mer,
called a probe, each gene is represented by 11? or 16 probes. the whole thing
called a probeset, so a probeset correspond to a gene. spotted array is
relative flexible, can print on the chip cDNA(comercially synthesized) or pcr
product, or even promoter s |
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n********k
发帖数: 2818 | 48 first, i could be ignorant but as far as I know RNA-seq is not there yet...
still in research phase...and all the so called RNA-Seq in seminars etc are
indeed cDNA-seq...nonetheless, RNA-seq is going to be there hopefully soon
and shall much advantage over cDNA-seq...
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T**********t
发帖数: 1604 | 49 mRNA sequencing 不都是把mRNA先逆转录成cDNA再用cDNA做模板测序的么？RNA直接测
序现在好像还不成吧，至少没听说有商业化的RNA直接测序服务。 |
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a****d
发帖数: 1919 | 50 从起始密码子开始，序列是这样的：
ATGCCGGCCGGCCGCGCCGCGCGC
gene本身65％GC含量,1.3Kb
打算从ES cell的cDNA pool中clone到lenti over expression vector，ES cell的cDNA
pool是从mRNA反转录得到的。目前试过TAKARA的LA taq，GC buffer，with or
without DMSO(5%),做了gradient Tm， 从53－58度，结果任何一个条件都不能PCR出片
断。现在想是不是因为起始序列太特别了，有没有特别的办法把这个ORF扩增出来？ |
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