m*********e
发帖数: 533 | 1 有个硕士朋友刚刚毕业
想从基因研究方面的工作
比如高通量NGS测序之类的工作
不知道这是不是一个好的职业方向
我这个朋友不太愿意转行，因为说是硕士，找工作的难度远远低于博士 |
c*******r
发帖数: 440 | 2 现在红火不意味着今后红火。
而且自动化程度越来越高，将来机器能代替一切。
做个编程的伙计倒是不错的主意 |
c********e
发帖数: 598 | 3
还不是为生物老板打工，能有前途吗？
上层领导认为就是个测序的干活。
【在 m*********e 的大作中提到】
: 有个硕士朋友刚刚毕业
: 想从基因研究方面的工作
: 比如高通量NGS测序之类的工作
: 不知道这是不是一个好的职业方向
: 我这个朋友不太愿意转行，因为说是硕士，找工作的难度远远低于博士
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s******y
发帖数: 17729 | 4 如果是高通量测序的data分析，目前和今后很长一段时间内估计都还不错
如果只是负责操作上样，或者准备实验，没搞头，没钱也没前途随时都可能随着仪器换
代而失业。
【在 m*********e 的大作中提到】
: 有个硕士朋友刚刚毕业
: 想从基因研究方面的工作
: 比如高通量NGS测序之类的工作
: 不知道这是不是一个好的职业方向
: 我这个朋友不太愿意转行，因为说是硕士，找工作的难度远远低于博士
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l****m
发帖数: 751 | 5 Re
【在 s******y 的大作中提到】
: 如果是高通量测序的data分析，目前和今后很长一段时间内估计都还不错
: 如果只是负责操作上样，或者准备实验，没搞头，没钱也没前途随时都可能随着仪器换
: 代而失业。
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h********8
发帖数: 49 | 6 NGS的最大潜力在于，为个性化医疗提供了可能性，而不是为科研服务。当全基因组测
序的成本降低到1000美元，在个性化医疗上大有前途，特别是抗癌。 |
l***y
发帖数: 4671 | 7 对于个性化医疗来说，跟 microarray 相比，优势在哪里？
已知的，不如 microarray 便宜和准确；未知的，测出来后还是不知道其作用。
NGS 要想在这方面有用，还有很长的路要走。要能做到测到未知的 snp/mutation 能够
准确预测其作用。这个领域目前很难有临床上的可行的模型。
【在 h********8 的大作中提到】
: NGS的最大潜力在于，为个性化医疗提供了可能性，而不是为科研服务。当全基因组测
: 序的成本降低到1000美元，在个性化医疗上大有前途，特别是抗癌。
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h********8
发帖数: 49 | 8 NGS和microarray都只是工具，重要的是解决临床问题，以癌症为例，在个性化医疗方
面，需要回答
1.我以后得某种癌的可能性
2.能不能在早期用biomarker检测出我身上肿瘤，如血液检测circulating tumor cell
3.一旦得癌，我得的是哪一种，肿瘤基因组出现了什么突变，有没有针对性的抗癌药和
临床试验
4.抗癌药的剂量是不是最优
5.治好后或者稳定期，会不会恶化或者重来。
我对这个很感兴趣。重开个帖子。。
lummy，你不会跟illumina有关系吧？
【在 l***y 的大作中提到】
: 对于个性化医疗来说，跟 microarray 相比，优势在哪里？
: 已知的，不如 microarray 便宜和准确；未知的，测出来后还是不知道其作用。
: NGS 要想在这方面有用，还有很长的路要走。要能做到测到未知的 snp/mutation 能够
: 准确预测其作用。这个领域目前很难有临床上的可行的模型。
|
l***y
发帖数: 4671 | 9 这里牵涉到的是 prognostic model 的问题。这类的 model 往往是严格定义了需要哪
些 feature/gene expression 作为 input 的。比如说 OntoType DX, MammaPrint DX,
PAM50，等等。对于这种应用，往往需要 microarray, small microarray 甚至 PRC。
成本低，定量准。RNA-seq 在这类应用中，质次价高，很难有商业市场。
第二类 prognostic model 是基于更全面的 molecular profiling 和部分基于机理的
模型。依然的，microarray 完胜 RNA-seq。
RNA-seq 的优势是可以发现全新的，未知的 transcripts，所以对 research 而言很有
价值。一旦这些 transcripts 的作用清晰了（不管是统计意义上的还是机理意义上的
），就可以设计相应的 probe 用 microarray 或者 qPCR 来定量测量。
所以，RNA-seq 与 microarray 是互补的关系。在临床应用上，可能 RNA-seq 更多的
是忽悠病人来牟利。所以我很看好 RNA-seq 在国内临床诊断上的普及。但在美国，很
难过保险公司这一关。
cell
【在 h********8 的大作中提到】
: NGS和microarray都只是工具，重要的是解决临床问题，以癌症为例，在个性化医疗方
: 面，需要回答
: 1.我以后得某种癌的可能性
: 2.能不能在早期用biomarker检测出我身上肿瘤，如血液检测circulating tumor cell
: 3.一旦得癌，我得的是哪一种，肿瘤基因组出现了什么突变，有没有针对性的抗癌药和
: 临床试验
: 4.抗癌药的剂量是不是最优
: 5.治好后或者稳定期，会不会恶化或者重来。
: 我对这个很感兴趣。重开个帖子。。
: lummy，你不会跟illumina有关系吧？
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g****e
发帖数: 11 | 10
DX,
【在 l***y 的大作中提到】
: 这里牵涉到的是 prognostic model 的问题。这类的 model 往往是严格定义了需要哪
: 些 feature/gene expression 作为 input 的。比如说 OntoType DX, MammaPrint DX,
: PAM50，等等。对于这种应用，往往需要 microarray, small microarray 甚至 PRC。
: 成本低，定量准。RNA-seq 在这类应用中，质次价高，很难有商业市场。
: 第二类 prognostic model 是基于更全面的 molecular profiling 和部分基于机理的
: 模型。依然的，microarray 完胜 RNA-seq。
: RNA-seq 的优势是可以发现全新的，未知的 transcripts，所以对 research 而言很有
: 价值。一旦这些 transcripts 的作用清晰了（不管是统计意义上的还是机理意义上的
: ），就可以设计相应的 probe 用 microarray 或者 qPCR 来定量测量。
: 所以，RNA-seq 与 microarray 是互补的关系。在临床应用上，可能 RNA-seq 更多的
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l******u
发帖数: 936 | 11 "RNA-seq 在这类应用中，质次价高，很难有商业市场。"
this is not true, RNA-seq is almost the same price as MicroArray.
DX,
【在 l***y 的大作中提到】
: 这里牵涉到的是 prognostic model 的问题。这类的 model 往往是严格定义了需要哪
: 些 feature/gene expression 作为 input 的。比如说 OntoType DX, MammaPrint DX,
: PAM50，等等。对于这种应用，往往需要 microarray, small microarray 甚至 PRC。
: 成本低，定量准。RNA-seq 在这类应用中，质次价高，很难有商业市场。
: 第二类 prognostic model 是基于更全面的 molecular profiling 和部分基于机理的
: 模型。依然的，microarray 完胜 RNA-seq。
: RNA-seq 的优势是可以发现全新的，未知的 transcripts，所以对 research 而言很有
: 价值。一旦这些 transcripts 的作用清晰了（不管是统计意义上的还是机理意义上的
: ），就可以设计相应的 probe 用 microarray 或者 qPCR 来定量测量。
: 所以，RNA-seq 与 microarray 是互补的关系。在临床应用上，可能 RNA-seq 更多的
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l***y
发帖数: 4671 | 12 RNA-seq 的核心指标之一是 sequencing depth。这个是一分钱一分货啊。要做 deep
sequencing 定量问题才能有保障，而价格也就彪上去了。
【在 l******u 的大作中提到】
: "RNA-seq 在这类应用中，质次价高，很难有商业市场。"
: this is not true, RNA-seq is almost the same price as MicroArray.
:
: DX,
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l****n
发帖数: 844 | 13 somatic mutation 只能用NGS, microarray灵敏度不够,而很多靶向药物如肺癌的都是
针对somatic mutation的
DX,
【在 l***y 的大作中提到】
: 这里牵涉到的是 prognostic model 的问题。这类的 model 往往是严格定义了需要哪
: 些 feature/gene expression 作为 input 的。比如说 OntoType DX, MammaPrint DX,
: PAM50，等等。对于这种应用，往往需要 microarray, small microarray 甚至 PRC。
: 成本低，定量准。RNA-seq 在这类应用中，质次价高，很难有商业市场。
: 第二类 prognostic model 是基于更全面的 molecular profiling 和部分基于机理的
: 模型。依然的，microarray 完胜 RNA-seq。
: RNA-seq 的优势是可以发现全新的，未知的 transcripts，所以对 research 而言很有
: 价值。一旦这些 transcripts 的作用清晰了（不管是统计意义上的还是机理意义上的
: ），就可以设计相应的 probe 用 microarray 或者 qPCR 来定量测量。
: 所以，RNA-seq 与 microarray 是互补的关系。在临床应用上，可能 RNA-seq 更多的
|
l******u
发帖数: 936 | 14 要做到microarray的定量水准，根本不需要多deep，除非你要看一些详细的SNP或者
transcriptional isoform。
【在 l***y 的大作中提到】
: RNA-seq 的核心指标之一是 sequencing depth。这个是一分钱一分货啊。要做 deep
: sequencing 定量问题才能有保障，而价格也就彪上去了。
|
l**********1
发帖数: 5204 | 15 null floor post was one Keng, pls check that ID
and
http://www.mitbbs.com/clubarticle_t/biojailbreak/120109.html
10th floor
发信人: echowuhao (echo), 信区: biojailbreak
标 题: Re: 替千老朋友询问
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jun 6 01:13:00 2013, 美东)
lz 式挖坑的。 |
l**********1
发帖数: 5204 | 16 Well said.
... and if you guys want to compare the somatic calls from GATK MuTect and
Illumina's Strelka
plus just go to
NGS Analysis Tools:
File to Download:
http://kimlab.surgery.ucsf.edu/media/5908286/tally_mutect_vs_st
more
RNASeq Tools:
File to Download:
web link:
http://kimlab.surgery.ucsf.edu/matlab-tools.aspx
【在 l****n 的大作中提到】
: somatic mutation 只能用NGS, microarray灵敏度不够,而很多靶向药物如肺癌的都是
: 针对somatic mutation的
:
: DX,
|
l***y
发帖数: 4671 | 17 列一下价格对比？
【在 l******u 的大作中提到】
: 要做到microarray的定量水准，根本不需要多deep，除非你要看一些详细的SNP或者
: transcriptional isoform。
|
l***y
发帖数: 4671 | 18 DNA-level 上的检测的确如此，但临床上比较有前途的不是 GWS，而是 targeted/
selected PCR and deep sequencing，也就是说，还是要预先知道并且能够 narrow
down 到感兴趣的已知 gene mutations 上去。这些新的临床应用的核心是 PCR 技术 -
- 如何更有效更有选择性地 PCR 想要的 DNA regions，而不是 DNA-seq 的部分。
RNA-level 上的 NGS 则目前还没有显著优势。
这个区别依然在于：DNA 上多是定性研究，RNA 上多是定量研究。NGS 对定性很有效，
但对定量则目前还无法和 microarray-based assay 竞争。
举个例子哈，做发育过程中的 isoform/splicing 的变化，在经费一样的情况下，上
RNA-seq 还是 exon array？要是我来设计，可能会在最关键几个时间点上用 RNA-seq
看一下全貌，其它大量 conditions/time points/repeats 都用 exon arrays。而当
RNA-seq 和 exon array 结果矛盾时，在设计下一阶段试验时，我会优先假设 exon
array 的结果更可靠。
【在 l****n 的大作中提到】
: somatic mutation 只能用NGS, microarray灵敏度不够,而很多靶向药物如肺癌的都是
: 针对somatic mutation的
:
: DX,
|
l******u
发帖数: 936 | 19 check most of core facilities' price list, and talk to them. Actually, they
are almost the same price, less and less people use microarray now.
【在 l***y 的大作中提到】
: 列一下价格对比？
|
l******u
发帖数: 936 | 20 depend on what are you doing.
what you talking about is the bio-marker test for some target therapy drug,
but actually, the precis therapy ( personalized therapy ) using chemo-drug
or cocktail drug (combining different chemo-drug or chemo/target drug) might
be based on genomic mutation profile using PDX animal model test and bio-
big data on big PDX/patient cohort. This is the real challenging topic for
precis therapy.
you can quantify the DNA amplification/deletion using ArrayCGH and you
can also find SNP using tiling array. what you said are not the key
differences between array technologies and next generation sequencing.
-
seq
【在 l***y 的大作中提到】
: DNA-level 上的检测的确如此，但临床上比较有前途的不是 GWS，而是 targeted/
: selected PCR and deep sequencing，也就是说，还是要预先知道并且能够 narrow
: down 到感兴趣的已知 gene mutations 上去。这些新的临床应用的核心是 PCR 技术 -
: - 如何更有效更有选择性地 PCR 想要的 DNA regions，而不是 DNA-seq 的部分。
: RNA-level 上的 NGS 则目前还没有显著优势。
: 这个区别依然在于：DNA 上多是定性研究，RNA 上多是定量研究。NGS 对定性很有效，
: 但对定量则目前还无法和 microarray-based assay 竞争。
: 举个例子哈，做发育过程中的 isoform/splicing 的变化，在经费一样的情况下，上
: RNA-seq 还是 exon array？要是我来设计，可能会在最关键几个时间点上用 RNA-seq
: 看一下全貌，其它大量 conditions/time points/repeats 都用 exon arrays。而当
|
|
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C*******e
发帖数: 4348 | 21 microarray比RNAseq准确？？？
这是如何得出的结论
【在 l***y 的大作中提到】
: 对于个性化医疗来说，跟 microarray 相比，优势在哪里？
: 已知的，不如 microarray 便宜和准确；未知的，测出来后还是不知道其作用。
: NGS 要想在这方面有用，还有很长的路要走。要能做到测到未知的 snp/mutation 能够
: 准确预测其作用。这个领域目前很难有临床上的可行的模型。
|
w****w
发帖数: 521 | 22 对于某些单基因疾病，在患者的exon上测到已知未知的nonsense/insertion/deletion
的mutation有很高比例，而正常人则很低。这种情况microarray显然不行。当然单基因
准确测序，排除pseudo基因的干扰，不是很容易就是了。
【在 l***y 的大作中提到】
: 对于个性化医疗来说，跟 microarray 相比，优势在哪里？
: 已知的，不如 microarray 便宜和准确；未知的，测出来后还是不知道其作用。
: NGS 要想在这方面有用，还有很长的路要走。要能做到测到未知的 snp/mutation 能够
: 准确预测其作用。这个领域目前很难有临床上的可行的模型。
|
l****n
发帖数: 844 | 23 我很好奇现在有没有公认的说法,认为在cancer research和在临床上, SV/CNV和
somatic mutation 相比哪个用处更大或者更准确/更有临床价值
从技术应用来讲, array 用于SV/CNV也不见得比NGS差,但是rare mutation来说NGS明显
有前途,甚至比RT-PCR更有前途
,
might
【在 l******u 的大作中提到】
: depend on what are you doing.
: what you talking about is the bio-marker test for some target therapy drug,
: but actually, the precis therapy ( personalized therapy ) using chemo-drug
: or cocktail drug (combining different chemo-drug or chemo/target drug) might
: be based on genomic mutation profile using PDX animal model test and bio-
: big data on big PDX/patient cohort. This is the real challenging topic for
: precis therapy.
: you can quantify the DNA amplification/deletion using ArrayCGH and you
: can also find SNP using tiling array. what you said are not the key
: differences between array technologies and next generation sequencing.
|
l***y
发帖数: 4671 | 24 就我们用到的来说，能够满足我们的定性（注意，是定性，不是定量）需求的 RNA-seq
，我们目前能找到的是 $1,600 左右。microarray，cRNA-based，成本是 <$100。这个
不包括前期准备样品和后期数据处理费用，因为这些都是我们自己做的。
如果你真的在实验室里比较大规模地用 RNA-seq 和 microarray 做东西来回答 bio
questions，做出来的东西要真刀真枪地直接被自己实验室用来做下一步的实验，而不
是仅仅 dry lab 为了发文章做些模型，也就是说，如果 false discovery 的代价是用
你们自己组的学术前途来承担，我很好奇基于 RNA-seq 定量做出来的 hypotheses，有
多少被证明是能够继续做下去的？
我们是在 RNA-seq 上吃过亏也成功过的。也很想听听同行们用 RNA-seq 指导 bench
work 的经验和教训。
they
【在 l******u 的大作中提到】
: check most of core facilities' price list, and talk to them. Actually, they
: are almost the same price, less and less people use microarray now.
|
l***y
发帖数: 4671 | 25 对于你说的 whole genomic mutation profile-based precis therapy，我觉得这个想
法虽然从理论上看很吸引人，但做过大量临床研究后就会知道，这个想法本身有严重问
题，在临床上很难看到希望。我过去还不服气，跟一个做临床的老头子争论了好久。后
来越做越发现这个思路在临床上不靠谱 -- 模型的可靠性和准确性太差。最后还是基于
signature 的模型在临床上还能将就用一下。
,
might
【在 l******u 的大作中提到】
: depend on what are you doing.
: what you talking about is the bio-marker test for some target therapy drug,
: but actually, the precis therapy ( personalized therapy ) using chemo-drug
: or cocktail drug (combining different chemo-drug or chemo/target drug) might
: be based on genomic mutation profile using PDX animal model test and bio-
: big data on big PDX/patient cohort. This is the real challenging topic for
: precis therapy.
: you can quantify the DNA amplification/deletion using ArrayCGH and you
: can also find SNP using tiling array. what you said are not the key
: differences between array technologies and next generation sequencing.
|
s******r
发帖数: 1245 | 26 RNA-seq一条lane又不是只跑一个sample，multiplex一下上四，五个不是问题，狠一点
的十几个挤挤也凑活，啥array这么便宜，一般不都得好几百
如果只看一个gene panel的话也许array稍稍有点优势，看全transcriptome的肯定是
seq更好，没听说过啥问题array能做的比seq好的，要扯false discovery难道array就
没有，只会更糟
seq
【在 l***y 的大作中提到】
: 就我们用到的来说，能够满足我们的定性（注意，是定性，不是定量）需求的 RNA-seq
: ，我们目前能找到的是 $1,600 左右。microarray，cRNA-based，成本是 <$100。这个
: 不包括前期准备样品和后期数据处理费用，因为这些都是我们自己做的。
: 如果你真的在实验室里比较大规模地用 RNA-seq 和 microarray 做东西来回答 bio
: questions，做出来的东西要真刀真枪地直接被自己实验室用来做下一步的实验，而不
: 是仅仅 dry lab 为了发文章做些模型，也就是说，如果 false discovery 的代价是用
: 你们自己组的学术前途来承担，我很好奇基于 RNA-seq 定量做出来的 hypotheses，有
: 多少被证明是能够继续做下去的？
: 我们是在 RNA-seq 上吃过亏也成功过的。也很想听听同行们用 RNA-seq 指导 bench
: work 的经验和教训。
|
l***y
发帖数: 4671 | 27
【在 C*******e 的大作中提到】
: microarray比RNAseq准确？？？
: 这是如何得出的结论
|
l******u
发帖数: 936 | 28 同学，我现在好几个朋友在大的制药公司都在做这个，我看过他们的data，非常有趣。
【在 l***y 的大作中提到】
: 对于你说的 whole genomic mutation profile-based precis therapy，我觉得这个想
: 法虽然从理论上看很吸引人，但做过大量临床研究后就会知道，这个想法本身有严重问
: 题，在临床上很难看到希望。我过去还不服气，跟一个做临床的老头子争论了好久。后
: 来越做越发现这个思路在临床上不靠谱 -- 模型的可靠性和准确性太差。最后还是基于
: signature 的模型在临床上还能将就用一下。
:
: ,
: might
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l***y
发帖数: 4671 | 29 同学，我就在做这个，在 presentation 上，我的 data 看上去也非常有趣。
事实上，只要忽悠到下一笔钱，我会立刻 move on，把这块大石头让给下一个人扛着吧。
【在 l******u 的大作中提到】
: 同学，我现在好几个朋友在大的制药公司都在做这个，我看过他们的data，非常有趣。
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n******7
发帖数: 12463 | 30 NGS除了现在贵点，其他完爆microarray吧
提供的信息不是一个级别的
【在 l***y 的大作中提到】
: 对于个性化医疗来说，跟 microarray 相比，优势在哪里？
: 已知的，不如 microarray 便宜和准确；未知的，测出来后还是不知道其作用。
: NGS 要想在这方面有用，还有很长的路要走。要能做到测到未知的 snp/mutation 能够
: 准确预测其作用。这个领域目前很难有临床上的可行的模型。
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n******7
发帖数: 12463 | 31 你这说的都是expression分析
要做genotyping，microarray跟NGS不可比，NGS搞下来，甭管知道的不知道的，SNP/
indel/SNV,全套都搞定了
就是说expression，我也不明白为什么NGS不好.可能现在成本还高，不像microarray特
定针对一组transcripts。但是价格在迅速下降，通量快速提升，处理方法也在不断改
进。我不觉得microarray可以笑多久
DX,
【在 l***y 的大作中提到】
: 这里牵涉到的是 prognostic model 的问题。这类的 model 往往是严格定义了需要哪
: 些 feature/gene expression 作为 input 的。比如说 OntoType DX, MammaPrint DX,
: PAM50，等等。对于这种应用，往往需要 microarray, small microarray 甚至 PRC。
: 成本低，定量准。RNA-seq 在这类应用中，质次价高，很难有商业市场。
: 第二类 prognostic model 是基于更全面的 molecular profiling 和部分基于机理的
: 模型。依然的，microarray 完胜 RNA-seq。
: RNA-seq 的优势是可以发现全新的，未知的 transcripts，所以对 research 而言很有
: 价值。一旦这些 transcripts 的作用清晰了（不管是统计意义上的还是机理意义上的
: ），就可以设计相应的 probe 用 microarray 或者 qPCR 来定量测量。
: 所以，RNA-seq 与 microarray 是互补的关系。在临床应用上，可能 RNA-seq 更多的
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n******7
发帖数: 12463 | 32 good to know!
我外行，有没有这方面的review推荐一二？
【在 l***y 的大作中提到】
: 对于你说的 whole genomic mutation profile-based precis therapy，我觉得这个想
: 法虽然从理论上看很吸引人，但做过大量临床研究后就会知道，这个想法本身有严重问
: 题，在临床上很难看到希望。我过去还不服气，跟一个做临床的老头子争论了好久。后
: 来越做越发现这个思路在临床上不靠谱 -- 模型的可靠性和准确性太差。最后还是基于
: signature 的模型在临床上还能将就用一下。
:
: ,
: might
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n******7
发帖数: 12463 | 33 这个图似乎有些问题
1.microarray data 为啥也有RPKM值？
2.很明显microarray data 的range很小，不是很可比
3. CoV是SD除以mean，mean值小的时候就容易特别大了。一个低表达gene，两次测到1
个reads，两次测到4个reads，reads的CoV是0.69，so what？ （RPKM同理）
【在 l***y 的大作中提到】
: 同学，我就在做这个，在 presentation 上，我的 data 看上去也非常有趣。
: 事实上，只要忽悠到下一笔钱，我会立刻 move on，把这块大石头让给下一个人扛着吧。
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l******u
发帖数: 936 | 34 what you said is the academic set-up "只要忽悠到下一笔钱，我会立刻 move on".
Actually, what I said is the real big biophama R&D projects, all the things
are business driven.
吧。
【在 l***y 的大作中提到】
: 同学，我就在做这个，在 presentation 上，我的 data 看上去也非常有趣。
: 事实上，只要忽悠到下一笔钱，我会立刻 move on，把这块大石头让给下一个人扛着吧。
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l******u
发帖数: 936 | 35 agree.
1
【在 n******7 的大作中提到】
: 这个图似乎有些问题
: 1.microarray data 为啥也有RPKM值？
: 2.很明显microarray data 的range很小，不是很可比
: 3. CoV是SD除以mean，mean值小的时候就容易特别大了。一个低表达gene，两次测到1
: 个reads，两次测到4个reads，reads的CoV是0.69，so what？ （RPKM同理）
|
l**********1
发帖数: 5204 | 36 if relevent to quantivie analysis of TF binding sites and chromatin
accessibility,
first microarray then NGS might be a sutiable choice.
pls refer
PMID 23739687
Shu H, et al., (2013).
Measuring Arabidopsis chromatin accessibility using DNase I-polymerase chain
reaction and DNase I-chip assays.
Plant Physiol. 162: 1794-801.
Abstract
DNA accessibility is an important layer of regulation of DNA-dependent
processes. Methods that measure DNA accessibility at local and genome-wide
scales have facilitated a rapid increase in the knowledge of chromatin
architecture in animal and yeast systems. In contrast, much less is known
about chromatin organization in plants. We developed a robust DNase I-
polymerase chain reaction (PCR) protocol for the model plant Arabidopsis (
Arabidopsis thaliana).
more pls go to below both figures or
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23739687
【在 s******r 的大作中提到】
: RNA-seq一条lane又不是只跑一个sample，multiplex一下上四，五个不是问题，狠一点
: 的十几个挤挤也凑活，啥array这么便宜，一般不都得好几百
: 如果只看一个gene panel的话也许array稍稍有点优势，看全transcriptome的肯定是
: seq更好，没听说过啥问题array能做的比seq好的，要扯false discovery难道array就
: 没有，只会更糟
:
: seq
|
b****r
发帖数: 17995 | 37 公司的R&D，活到进入市场的可能1/10? 进入市场后，能活过2年的可能又只有1/10?
对于大公司来说，100个R&Dproject同时运行，成功的可能性是很大的。但是对于小lab
甚至个人呢？
我是做临床出生的，我觉得我看问题的角度和这个帖子大部分不一样。如果你们是想从
临床赚钱，第一个不是应该看paper，或者听这些基础科学家们吹，你们应该多听听临
床医生们的需求，了解一下临床医生的水平和order test之前的思路，看看临床上的证据
当然，我完全同意NGS将会是将来临床诊断的一大支柱。但是具体到lz所问的个人发展
，就要具体到很细节的方向。只有极少数NGS相关的方向会在今后10年内真正在临床上
开花结果，其他做NGS的也未见得有什么好日子过，更别说转方向付出的代价了
打个比方， RNA seq做biomarker，其实类似的array data也不是质量差那么多，这也
10多年了，临床上谁用了？没有人用我觉得并不奇怪，临床上目的很简单，最重要的是
要能治疗，改善预后。哪怕是预防或者提供预后线索，虽然社会意义是有，但是一样不
会有多少病人掏钱。人性的弱点在那里。要改善治疗，这名堂就多了，你要先做多少个
临床病人才能有把握的说，治疗有这个biomarker的人会有效？这得多少钱？如果大部
分人有效，有几个反而有副作用，你这个方向就死菜了。治疗的话，还有个药物的研发
和市场验证的问题。每种biomarker的患者可能都并不多，药厂也未见得愿意掏钱研制
和市场化这个药物。最后你又要想办法让整个社会的各个医生都学习和接受这种全新的
治疗方案。每一个步骤可能都要花很多年，最后这个蛋糕才会真的变大。更不要说在中
国了，绝大部分情况下，上面每个步骤在中国都要比在美国难得多慢得多，医生和官僚
体制的素质摆在那里。
忠言逆耳，怕的是哪些同僚们头脑发热
".
things
【在 l******u 的大作中提到】
: what you said is the academic set-up "只要忽悠到下一笔钱，我会立刻 move on".
: Actually, what I said is the real big biophama R&D projects, all the things
: are business driven.
:
: 吧。
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l******u
发帖数: 936 | 38 真正在癌症的系统化治疗上运用NGS指导可能有很长的路要走，
但是目前国内几家做的最来钱的，比如诊断贝瑞和康等用NGS做的产前外周血检测，
的确在商业上可行，这是非常难饱和的市场，引文中国人实在太多了，
虽然华大等大公司在做这个，而且这一项就占他们健康类收入的哦60%以上。
FDA将在未来2年内批准NGS进入临床，这将极大提高疾病的诊断和预测。
lab
证据
【在 b****r 的大作中提到】
: 公司的R&D，活到进入市场的可能1/10? 进入市场后，能活过2年的可能又只有1/10?
: 对于大公司来说，100个R&Dproject同时运行，成功的可能性是很大的。但是对于小lab
: 甚至个人呢？
: 我是做临床出生的，我觉得我看问题的角度和这个帖子大部分不一样。如果你们是想从
: 临床赚钱，第一个不是应该看paper，或者听这些基础科学家们吹，你们应该多听听临
: 床医生们的需求，了解一下临床医生的水平和order test之前的思路，看看临床上的证据
: 当然，我完全同意NGS将会是将来临床诊断的一大支柱。但是具体到lz所问的个人发展
: ，就要具体到很细节的方向。只有极少数NGS相关的方向会在今后10年内真正在临床上
: 开花结果，其他做NGS的也未见得有什么好日子过，更别说转方向付出的代价了
: 打个比方， RNA seq做biomarker，其实类似的array data也不是质量差那么多，这也
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b****r
发帖数: 17995 | 39 产前筛查用ngs是很成功的例子，但是不是上面我说的那些东西没有想明白就去搞就能
行的。外周血的dna能产前诊断，我老十多年前就在国内临床上做了，不过用的不是ngs
而已。ngs除了通量高定量准确，并没有什么非常特别的东西。如果真有什么好临床用
途，肯定有人会用普通pcr先做上去
另外，fda现在还没有正式进入临床诊断调控，ngs早就在临床上大量铺开了，主要是增
加单基因遗传诊断的速度。你不知道就别乱说
【在 l******u 的大作中提到】
: 真正在癌症的系统化治疗上运用NGS指导可能有很长的路要走，
: 但是目前国内几家做的最来钱的，比如诊断贝瑞和康等用NGS做的产前外周血检测，
: 的确在商业上可行，这是非常难饱和的市场，引文中国人实在太多了，
: 虽然华大等大公司在做这个，而且这一项就占他们健康类收入的哦60%以上。
: FDA将在未来2年内批准NGS进入临床，这将极大提高疾病的诊断和预测。
:
: lab
: 证据
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l******u
发帖数: 936 | 40 我当然知道现在FDA 没批准NGS 进入临床，我说的是未来2年可能。这是我和这边欧洲
一些诊断公司高层还有illumina亚太区头聊时候他们说的。 illumina 去年下半年向
FDA 申报Miseq，刚和illumina亚太区头在微信上聊的最新消息，他说这个乐观估计2个
月到半年内会被approved, 大家等着听新闻吧。 实际上也没理由不approved，
Nanostring 和Sequenom都通过FDA了. FDA有没有approve这个NGS， 对各个大NGS公司
市场拓展还是有很大差别的，这里不讨论几个研究水平较高的机构小范围的尝试。疾病
诊断biomarker Panel未来的趋势应该是Sequenom，精确，定量，低价，PCR可能逐渐推
出舞台。
PCR 检测血液中婴儿DNA中N倍体的精度准确性不如NGS，这也是为什么NGS现在在这个方
向这么挣钱的原因。"通量高定量准确"可能是未来诊断的一个重要参数吧。
ngs
【在 b****r 的大作中提到】
: 产前筛查用ngs是很成功的例子，但是不是上面我说的那些东西没有想明白就去搞就能
: 行的。外周血的dna能产前诊断，我老十多年前就在国内临床上做了，不过用的不是ngs
: 而已。ngs除了通量高定量准确，并没有什么非常特别的东西。如果真有什么好临床用
: 途，肯定有人会用普通pcr先做上去
: 另外，fda现在还没有正式进入临床诊断调控，ngs早就在临床上大量铺开了，主要是增
: 加单基因遗传诊断的速度。你不知道就别乱说
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l******u
发帖数: 936 | 41 array的问题是刚出来的时候，重复性不好，而且很多组不知道怎么用qPCR验证数
据（其实到现在还有组在乱验证）, 以至于好多做功能的老实验室一直到现在都在
讨厌这个技术，虽然现在array技术非常成熟了。你说的这些PCR 技术用的
biomarkers， 很多都是array筛出来的，这不能说没在临床上应用吧
我提到的这个项目基本所有的大制药厂公司都在投大钱搞，你觉得他们没和医生谈
过? 一个德国朋友，一个 瑞士朋友亲自在做这个项目，我看了数据了，very
promising。不过他们在招收病人上还有一些法律文件上遇到不少障碍。
lab
证据
【在 b****r 的大作中提到】
: 公司的R&D，活到进入市场的可能1/10? 进入市场后，能活过2年的可能又只有1/10?
: 对于大公司来说，100个R&Dproject同时运行，成功的可能性是很大的。但是对于小lab
: 甚至个人呢？
: 我是做临床出生的，我觉得我看问题的角度和这个帖子大部分不一样。如果你们是想从
: 临床赚钱，第一个不是应该看paper，或者听这些基础科学家们吹，你们应该多听听临
: 床医生们的需求，了解一下临床医生的水平和order test之前的思路，看看临床上的证据
: 当然，我完全同意NGS将会是将来临床诊断的一大支柱。但是具体到lz所问的个人发展
: ，就要具体到很细节的方向。只有极少数NGS相关的方向会在今后10年内真正在临床上
: 开花结果，其他做NGS的也未见得有什么好日子过，更别说转方向付出的代价了
: 打个比方， RNA seq做biomarker，其实类似的array data也不是质量差那么多，这也
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l**********1
发帖数: 5204 | 42 sure
this October 22th Ion Torrent Ion World 2013 event (Boston MA)
‘Join us for the NGS event of the Year’
Keynote speaker:
Eric J. Topol (Scripps La Jolla CA )
Breakthroughs in Sequencing and the Future of Health Care
official web site of EJT:
http://www.scripps.org/physicians/5497-eric-topol-md
more pls go to
http://find.lifetechnologies.com/sequencing/ionworld/ext-ban?CI
GenomeWeb-728x90
or
http://www.genomeweb.com/sequencing/sequencing-step-now-trivial
or
Laboratory for Personalized Medicine (IPM), Harvard Univ its News site:
June 13, 2012: "Sequencing Step Now 'Trivial' Part of Clinical Genomics
Pipeline amid Analysis, Reimbursement Challenges"
GenomeWeb article discussing barriers involved in clinical application of
whole genome sequencing
Article Transcript
http://lpm.hms.harvard.edu/news
【在 l******u 的大作中提到】
: 我当然知道现在FDA 没批准NGS 进入临床，我说的是未来2年可能。这是我和这边欧洲
: 一些诊断公司高层还有illumina亚太区头聊时候他们说的。 illumina 去年下半年向
: FDA 申报Miseq，刚和illumina亚太区头在微信上聊的最新消息，他说这个乐观估计2个
: 月到半年内会被approved, 大家等着听新闻吧。 实际上也没理由不approved，
: Nanostring 和Sequenom都通过FDA了. FDA有没有approve这个NGS， 对各个大NGS公司
: 市场拓展还是有很大差别的，这里不讨论几个研究水平较高的机构小范围的尝试。疾病
: 诊断biomarker Panel未来的趋势应该是Sequenom，精确，定量，低价，PCR可能逐渐推
: 出舞台。
: PCR 检测血液中婴儿DNA中N倍体的精度准确性不如NGS，这也是为什么NGS现在在这个方
: 向这么挣钱的原因。"通量高定量准确"可能是未来诊断的一个重要参数吧。
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