r**********e
发帖数: 587 | 1 现在要做一个实验：研究g－quadruplex对transcription的影响
我的设计大概是：
pcr product为template，加入kcl，95度，然后cool overnight；从而加强g－
quadruplex的结构
然后用上面的产物，做in vitro transcription，然后检测最后的rna yield
1. 不知道有没有这种做法的。
2. 我应该用多少pcr product作为template呢？
研究g－quadruplex一般用4-10uM的oligo，加入100mM kcl。。。貌似4-10uM的oligo大
概也是700ng/ul，我觉得我的pcr 产物都达不到这么高的浓度 |
X****U
发帖数: 1 | 2
PCR产物要多少有多少吧。你这个实验对照是啥，不行成G4的PCR产物？
RNAyield怎么检测？同位素？
【在 r**********e 的大作中提到】
: 现在要做一个实验：研究g－quadruplex对transcription的影响
: 我的设计大概是：
: pcr product为template，加入kcl，95度，然后cool overnight；从而加强g－
: quadruplex的结构
: 然后用上面的产物，做in vitro transcription，然后检测最后的rna yield
: 1. 不知道有没有这种做法的。
: 2. 我应该用多少pcr product作为template呢？
: 研究g－quadruplex一般用4-10uM的oligo，加入100mM kcl。。。貌似4-10uM的oligo大
: 概也是700ng/ul，我觉得我的pcr 产物都达不到这么高的浓度
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r**********e
发帖数: 587 | 3 对照组的话，我是比较不同长度的G4，比如5个G4和10个G4的区别
RNA yield，我就是In vitro transcription，然后用bio-spin column purify RNA，
去除比如single nucleotide；然后直接nano-drop来测量。不知道nanodrop行不行？
另外，关于初始浓度
文献上是30nt的oligo，用100mM KCL 稀释成4uM；
而我的pcr 产物有300nt，那么是不是使用的浓度直接是 （30nt * 4uM）/ 300nt = 0.
4uM就可以了？
也就是，我的pcr 产物直接用100mM KCL稀释成0.4uM？
换句话说，还是看最后的质量浓度 ng/ul ？长度长的template，molecular weight大
，需要的摩尔浓度低
关键是，我不知道如何搭配DNA vs KCL的浓度，来获得一个induce g-quadruplex最好
的环境，所以只能根据已有的文献进行换算
【在 X****U 的大作中提到】
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: PCR产物要多少有多少吧。你这个实验对照是啥，不行成G4的PCR产物？
: RNAyield怎么检测？同位素？
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