w*********n
发帖数: 439 | 1 请有经验的大虾看看这个size是不是合适？ 我担心有点over shared。 |
j****t
发帖数: 1663 | 2 我得到过和你差不多的size，有时略大些，average size is 300-350bp
因为上sequencer之前要作size selection （切胶纯化，200-400bp左右），所以我觉
得把DNA打到300bp左右应该还是可以测序的。
你不放心的话，可以先找个positive control region 来测一下你的ChIP DNA.再上
sequencer |
s******s
发帖数: 13035 | 3 你这个还早吧。我们都是打到mono的，你这个都是di
【在 w*********n 的大作中提到】
: 请有经验的大虾看看这个size是不是合适？ 我担心有点over shared。
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w*********n
发帖数: 439 | 4 多谢大虾指教。
请问你们做chip－seq的时候都送一个Input去测序吗？
公司说有的客户测，有的不测， 请问这个是必须的吗？
测出来有什么用途？
【在 w*********n 的大作中提到】
: 请有经验的大虾看看这个size是不是合适？ 我担心有点over shared。
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s******s
发帖数: 13035 | 5 我制作sonication，其他实验用的。我们实验室做chip的那个
IgG control必须做一个的， input不知道有没有测过
【在 w*********n 的大作中提到】
: 多谢大虾指教。
: 请问你们做chip－seq的时候都送一个Input去测序吗？
: 公司说有的客户测，有的不测， 请问这个是必须的吗？
: 测出来有什么用途？
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j****t
发帖数: 1663 | 6 我一直送input的，用来找binding site (peak).
因为很多peak calling 的程序(peakseq, spp, MACS)scoring peaks from ChIP
samples relative to input.
【在 w*********n 的大作中提到】
: 多谢大虾指教。
: 请问你们做chip－seq的时候都送一个Input去测序吗？
: 公司说有的客户测，有的不测， 请问这个是必须的吗？
: 测出来有什么用途？
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C***Y
发帖数: 61 | 7 After linker (~120 bp) ligation, fragments of 200-450 bp will be cut from
gel for purification, so your sonication result is very good. |
w*********n
发帖数: 439 | 8 多谢各位大侠回贴，让我长了很多知识～
【在 w*********n 的大作中提到】
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w*********n
发帖数: 439 | 9 请有经验的大虾看看这个size是不是合适？ 我担心有点over shared。 |
j****t
发帖数: 1663 | 10 我得到过和你差不多的size，有时略大些，average size is 300-350bp
因为上sequencer之前要作size selection （切胶纯化，200-400bp左右），所以我觉
得把DNA打到300bp左右应该还是可以测序的。
你不放心的话，可以先找个positive control region 来测一下你的ChIP DNA.再上
sequencer |
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s******s
发帖数: 13035 | 11 你这个还早吧。我们都是打到mono的，你这个都是di
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w*********n
发帖数: 439 | 12 多谢大虾指教。
请问你们做chip－seq的时候都送一个Input去测序吗？
公司说有的客户测，有的不测， 请问这个是必须的吗？
测出来有什么用途？
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s******s
发帖数: 13035 | 13 我制作sonication，其他实验用的。我们实验室做chip的那个
IgG control必须做一个的， input不知道有没有测过
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: 请问你们做chip－seq的时候都送一个Input去测序吗？
: 公司说有的客户测，有的不测， 请问这个是必须的吗？
: 测出来有什么用途？
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j****t
发帖数: 1663 | 14 我一直送input的，用来找binding site (peak).
因为很多peak calling 的程序(peakseq, spp, MACS)scoring peaks from ChIP
samples relative to input.
【在 w*********n 的大作中提到】
: 多谢大虾指教。
: 请问你们做chip－seq的时候都送一个Input去测序吗？
: 公司说有的客户测，有的不测， 请问这个是必须的吗？
: 测出来有什么用途？
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C***Y
发帖数: 61 | 15 After linker (~120 bp) ligation, fragments of 200-450 bp will be cut from
gel for purification, so your sonication result is very good. |
w*********n
发帖数: 439 | 16 多谢各位大侠回贴，让我长了很多知识～
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l**********1
发帖数: 5204 | 17 EN
last stage:
try this
CisGenome: An integrated tool for tiling array, ChIP-seq, genome and cis-
regulatory element analysis.
//www.biostat.jhsph.edu/~hji/cisgenome/index.htm
//www.stanford.edu/group/wonglab/software.html
【在 s******s 的大作中提到】
: 你这个还早吧。我们都是打到mono的，你这个都是di
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w********r
发帖数: 1431 | 18 这个size没问题，我们做的是超声到peak的中心在250bp，比你这个稍微大一点点。
不过我觉得片段稍微小一点的话测序也没问题，RNA-Seq的片段还要更小。况且后来还
要按照size回收DNA。
有的用input做control，有的用IgG IP做control，都可以。开会问过一个大牛，他说
他们input和IgG两个control都做。 |
